BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088C13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 18,809,874 - 18,942,906
singlet/doubletdoublet
Overlap genePip5k2a, 4930426L09Rik
Upstream gene1700113O17Rik, A930004D18Rik, 2810030E01Rik, Mllt10, LOC641254, Dnajc1, LOC100041388, LOC623325, LOC625815, Commd3, Bmi1, EG667477, LOC100041448, BC061194, LOC667493, LOC100041479
Downstream geneLOC667521, Armc3, Msrb2, LOC100041196, Ptf1a, LOC100041534, 4921504E06Rik, LOC100041244, Otud1, LOC667564, LOC100041302, LOC433406
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088C13.bB6Ng01-088C13.g
ACCDH901091DH901092
length1,1411,002
definitionDH901091|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088C13, 5' end.DH901092|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,941,847 - 18,942,906)(18,809,874 - 18,810,887)
sequence
gaattcttctccttcttgcatctactaccttgtgaaatgccttacaactt
atccataggaaaattggcttatttcttcactcataatgtggactagccat
ctgagttgactttttcaataggccattaagcaaatgtcatgcaatccttg
aaagccatttgtacataaatgcctgctctcttaagatcctgaaaattctt
ccaccacacagtgggagagcttagaatggtcttctagaaactgagagacc
agggagtgtctcactctcagtatcccttagtccctacctggaataccctg
cccacaaccctgaactttccagcctggagctgtgcagcccttcctccaga
agcaacagaagtttggggggtgaatggaacccccgctattggaagaagta
actttttacagtgattttatctaaaggaactcactttacaatgatcaacc
acctatatttcataattgagtaggaaaagatgtaaagtttaaggtttctg
taaagtctgaggatatgcaagcttctgaaggttggaggacatgaaaacct
tggatgctgatagtaaaatgacttacggtacacgggaggaatgaaaatgc
ttcagatttcttccccttactatgttactgtagtaaacttcaaagattct
tataagctttggggaatccactcaaatccacctttccacctcacttcaaa
aaatggactccaaacaaggctgtcaattaatagcctgtttccctccccac
ctccccacctgcctattcctgagggtggatccatccccttttccctggtc
ctaggaccccatcaacctcctccaaatcccaagaccatgggcctaagagt
ttcaagtgtacacccaagaaaagggactccttaaactttatcttctgccc
cttacacccatacatacatgcatacatacatgcaaacataaatgcaaaca
tacatgcatacatacatacatacatacatacatatatatgttctagcatc
ctgccaagtacagatgttcctcagaactgcatccaggacagctcaaagct
ggccagttcaagactactttaactggtcttgcaaagtcttacccgtgatg
tttccacagcctgacaaacagctcttcttggacttgaccaa
gaattctcaggacttgggaagtattgatgcgttcattgtataagtgagga
gacagaaaaaaaaaaaaaaaaaaacagtgaggagacaggtctcaaaatcc
agaagccacacagtccacaggtgactgggctgggatctaagtcgaggact
atcttgcttctgcatctggtattcttgctatttcatagggagacgacttc
tactgatccagttggacctgtggatctgtgctccagcatgcaaaactatg
ctggcatttaactcaggaaagagaaagcagctcccaagggcatctcccca
ggagattacaaagtagtaatagttggggatcaaatggggcagaaagtgac
acaaaattccctaaaacaaagaattttctacaaggtctgactgggcacgg
atgagtcctggaagggtcagagagtgagaacagcacaggattcggtagtg
taaacagatacagacttggggttaacatctaatttctggcacagaaggaa
tcttctggaaagatgccagatccttatcgaagcgatttttacaaccagaa
tggggattactggaagcataattagattaaatttattttaaataatttag
atgactattatgtaaatgggacatagcattcttatgttaagggccagtaa
ttgggccacaatcactctggaacccgaggctggaggatcttcatgtcaga
tgtggtcttgttacattggccaagcacaggtcagagtgttggccttgaag
acaccctggcatgaagataaacctgctccaagagtctataaggtagggaa
gttacctggtggtacttcttcaggatgttgtgcatctctgccacgtcctc
actggtaatggtcttgatgacgtatctttatcataagacgtgtgaaaccg
agcccgctgcgagctgggagtcattggaagggtgcacttctggtcaggaa
tctcccggtgggatgaggagggagaaggagagactggttaagtgtggctt
tg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_18941847_18942906
seq2: B6Ng01-088C13.b_134_1187 (reverse)

seq1  TTGGTCAAGTCCAGGAAGAGCTGGTTGTCCAGGCTGTGGAACCATCACGG  50
      ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||| |
seq2  TTGGTCAAGTCCAAGAAGAGCTGTTTGT-CAGGCTGTGGAAACATCAC-G  48

seq1  GGTAGGACTGTGCAGGCCCAGTTAAAGTAGTCTGTGAACCTGGGCCAGCT  100
      |||| |||| |||| | |||||||||||||||| |||||   ||||||||
seq2  GGTAAGACTTTGCAAGACCAGTTAAAGTAGTCT-TGAAC--TGGCCAGCT  95

seq1  TTGGAGCTGTCCTGGATGCAGTTCTGAGGAAACATCTGTACTTGGCAGGA  150
      || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TT-GAGCTGTCCTGGATGCAGTTCTGAGG-AACATCTGTACTTGGCAGGA  143

seq1  TGCTAGAACATATATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGCATGTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGAACATATATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGCATGTATG  193

seq1  TTTGCATTTATGTTTGCATGTATGTATGCATGTATGTATGTGTGTTAGGG  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  TTTGCATTTATGTTTGCATGTATGTATGCATGTATGTATGGGTGTAAGGG  243

seq1  GCAGAAGATAAAG-TTAAGGAGTCCCTTTTCTTGGGTGTACACTTGAAAC  299
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGATAAAGTTTAAGGAGTCCCTTTTCTTGGGTGTACACTTGAAAC  293

seq1  TCTTAGGCCCATGGTCTTGGGATTTGGAGGAGGTTGATGGGGTCCTAGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGCCCATGGTCTTGGGATTTGGAGGAGGTTGATGGGGTCCTAGGA  343

seq1  CCAGGGAAAAGGGGATGGATCCACCCTCAGGAATAGGCAGGTGGGGAGGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAAAAGGGGATGGATCCACCCTCAGGAATAGGCAGGTGGGGAGGT  393

seq1  GGGGAGGGAAACAGGCTATTAATTGACAGCCTTGTTTGGAGTCCATTTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGGAAACAGGCTATTAATTGACAGCCTTGTTTGGAGTCCATTTTT  443

seq1  TGAAGTGAGGTGGAAAGGTGGATTTGAGTGGATTCCCCAAAGCTTATAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGAGGTGGAAAGGTGGATTTGAGTGGATTCCCCAAAGCTTATAAG  493

seq1  AATCTTTGAAGTTTACTACAGTAACATAGTAAGGGGAAGAAATCTGAAGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTGAAGTTTACTACAGTAACATAGTAAGGGGAAGAAATCTGAAGC  543

seq1  ATTTTCATTCCTCCCGTGTACCGTAAGTCATTTTACTATCAGCATCCAAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATTCCTCCCGTGTACCGTAAGTCATTTTACTATCAGCATCCAAG  593

seq1  GTTTTCATGTCCTCCAACCTTCAGAAGCTTGCATATCCTCAGACTTTACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCATGTCCTCCAACCTTCAGAAGCTTGCATATCCTCAGACTTTACA  643

seq1  GAAACCTTAAACTTTACATCTTTTCCTACTCAATTATGAAATATAGGTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTTAAACTTTACATCTTTTCCTACTCAATTATGAAATATAGGTGG  693

seq1  TTGATCATTGTAAAGTGAGTTCCTTTAGATAAAATCACTGTAAAAAGTTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCATTGTAAAGTGAGTTCCTTTAGATAAAATCACTGTAAAAAGTTA  743

seq1  CTTCTTCCAATAGCGGGGGTTCCATTCACCCCCCAAACTTCTGTTGCTTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCCAATAGCGGGGGTTCCATTCACCCCCCAAACTTCTGTTGCTTC  793

seq1  TGGAGGAAGGGCTGCACAGCTCCAGGCTGGAAAGTTCAGGGTTGTGGGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAAGGGCTGCACAGCTCCAGGCTGGAAAGTTCAGGGTTGTGGGCA  843

seq1  GGGTATTCCAGGTAGGGACTAAGGGATACTGAGAGTGAGACACTCCCTGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATTCCAGGTAGGGACTAAGGGATACTGAGAGTGAGACACTCCCTGG  893

seq1  TCTCTCAGTTTCTAGAAGACCATTCTAAGCTCTCCCACTGTGTGGTGGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCAGTTTCTAGAAGACCATTCTAAGCTCTCCCACTGTGTGGTGGAA  943

seq1  GAATTTTCAGGATCTTAAGAGAGCAGGCATTTATGTACAAATGGCTTTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTCAGGATCTTAAGAGAGCAGGCATTTATGTACAAATGGCTTTCA  993

seq1  AGGATTGCATGACATTTGCTTAATGGCCTATTGAAAAAGTCAACTCAGAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGCATGACATTTGCTTAATGGCCTATTGAAAAAGTCAACTCAGAT  1043

seq1  GGCTAGTCCAC  1060
      |||||||||||
seq2  GGCTAGTCCAC  1054

seq1: chr2_18809874_18810887
seq2: B6Ng01-088C13.g_70_1071

seq1  GAATTCTCAGGACTTGGGAAGTATTGATGCGTTCATTGTATAAGTGAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGACTTGGGAAGTATTGATGCGTTCATTGTATAAGTGAGGA  50

seq1  GACAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTGAGGAGACAGGTCTCAAAATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTGAGGAGACAGGTCTCAAAATCC  100

seq1  AGAAGCCACACAGTCCACAGGTGACTGGGCTGGGATCTAAGTCGAGGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCACACAGTCCACAGGTGACTGGGCTGGGATCTAAGTCGAGGACT  150

seq1  ATCTTGCTTCTGCATCTGGTATTCTTGCTATTTCATAGGGAGACGACTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGCTTCTGCATCTGGTATTCTTGCTATTTCATAGGGAGACGACTTC  200

seq1  TACTGATCCAGTTGGACCTGTGGATCTGTGCTCCAGCATGCAAAACTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGATCCAGTTGGACCTGTGGATCTGTGCTCCAGCATGCAAAACTATG  250

seq1  CTGGCATTTAACTCAGGAAAGAGAAAGCAGCTCCCAAGGGCATCTCCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATTTAACTCAGGAAAGAGAAAGCAGCTCCCAAGGGCATCTCCCCA  300

seq1  GGAGATTACAAAGTAGTAATAGTTGGGGATCAAATGGGGCAGAAAGTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATTACAAAGTAGTAATAGTTGGGGATCAAATGGGGCAGAAAGTGAC  350

seq1  ACAAAATTCCCTAAAACAAAGAATTTTCTACAAGGTCTGACTGGGCACGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTCCCTAAAACAAAGAATTTTCTACAAGGTCTGACTGGGCACGG  400

seq1  ATGAGTCCTGGAAGGGTCAGAGAGTGAGAACAGCACAGGATTCGGTAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTCCTGGAAGGGTCAGAGAGTGAGAACAGCACAGGATTCGGTAGTG  450

seq1  TAAACAGATACAGACTTGGGGTTAACATCTAATTTCTGGCACAGAAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGATACAGACTTGGGGTTAACATCTAATTTCTGGCACAGAAGGAA  500

seq1  TCTTCTGGAAAGATGCCAGATCCTTATCGAAGCGATTTTTACAACCAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGAAAGATGCCAGATCCTTATCGAAGCGATTTTTACAACCAGAA  550

seq1  TGGGGATTACTGGAAGCATAATTAGATTAAATTTATTTTAAATAATTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATTACTGGAAGCATAATTAGATTAAATTTATTTTAAATAATTTAG  600

seq1  ATGACTATTATGTAAATGGGACATAGCATTCTTATGTTAAGGGCCAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTATTATGTAAATGGGACATAGCATTCTTATGTTAAGGGCCAGTAA  650

seq1  TTGGGCCACAATCACTCTGGAACCCGAGGCTGGAGGATCTTCATGTCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCCACAATCACTCTGGAACCCGAGGCTGGAGGATCTTCATGTCAGA  700

seq1  TGTGGTCTTGTTACATTGGCCAAGCACAGGTCAGAGTGTTGGCCTTGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCTTGTTACATTGGCCAAGCACAGGTCAGAGTGTTGGCCTTGAAG  750

seq1  ACACCCTGGCATGAAGATAAACCTGCTCCAAGAGTCTATAAGGTAGGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCTGGCATGAAGATAAACCTGCTCCAAGAGTCTATAAGGTAGGGAA  800

seq1  GTTACCTGGTGGTACTTCTTCAGGATGTTGTGCATCTCTGCCACGTCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCTGGTGGTACTTCTTCAGGATGTTGTGCATCTCTGCCACGTCCTC  850

seq1  ACTGGTAATGGTCTTGATGACGTATCTTTTATCATAAGACGTGTGAAACC  900
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTAATGGTCTTGATGACGTATC-TTTATCATAAGACGTGTGAAACC  899

seq1  GAGCCCCGCTGCGAGCCTGGGAGTCATTGGGAAGGGGTGCACTTCTGGTC  950
      ||| ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||
seq2  GAG-CCCGCTGCGAG-CTGGGAGTCATTGG--AAGGGTGCACTTCTGGTC  945

seq1  AAGGAATTCTTCCCGGTGGGATGAGGAGGGAGAAGGGAAGAGAACTGGTT  1000
       ||||||   ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||
seq2  -AGGAAT--CTCCCGGTGGGATGAGGAGGGAGAAGG--AGAG-ACTGGTT  989

seq1  AAAGTGTGGCTTTG  1014
       |||||||||||||
seq2  -AAGTGTGGCTTTG  1002