BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088N07
Chromosome2 (Build37)
Map Location 112,495,450 - 112,549,711
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRyr3
Upstream geneOlfr1299, Olfr1300-ps1, Olfr1301, Olfr1302, Olfr1303, Olfr249-ps1, LOC668825, Olfr1305, Olfr1306, LOC668827, Olfr1307, Olfr1308, Olfr1309, LOC433463, Olfr1310, Olfr1311, Olfr1312, Olfr1313, Olfr1314, Olfr1315-ps1, Olfr1316, Olfr1317, Olfr1318, GA_x5J8B7W3P0G-705890-705633, LOC100043187, Agpat7, Nut, Nola3, Slc12a6, Tmem85, EG668839, 2410042D21Rik, 2900064A13Rik, Chrm5, Aven
Downstream gene4930563P21Rik, Fmn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088N07.bB6Ng01-088N07.g
ACCDH901578DH901579
length7801,140
definitionDH901578|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088N07, 5' end.DH901579|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088N07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,495,450 - 112,496,229)(112,548,545 - 112,549,711)
sequence
gaattcagagatctgcatctgcctgtctctgcttcctgagtgctgggatt
gacagtctgagccaccacctatcagtttgaaggtcattaaaaaaattttt
ttttcttcctctgggtcatacttgtttttaccgattctctgtttctcttg
ccaaaagctttgtctagccattcagtttcctggggaactttcccctacct
attgtgtgtcatagctttattgaaaaacaacagcaacagcaacaacagca
aacctgtagcaggacagactactagagctgagaagagacctcagaggcca
accccttatactttatagatgatgaaaccaaaagctggagtggggaggaa
ctttcccaacatcactgatgaggaggtggcagggtaagggctcttatctc
cagagcctctacaccacactgtcatgattgacacagacatggacatgtta
ctgccaaattagtagtcccttccagaactcctttcccataaggccagagt
caaaaggggaaaaaaaatgaagggtcaaacagcacattccaaaagagaag
aggcaggtgtgatagccttgaaatcttcagatttaaattaatgctgcaaa
tgtccctccaatcagtctgaaacacatcttgaagtgctcctacatgtgtt
gccatggagagaggcgatcaccgactatagatgctacatttatttgttca
taataaatgttctcagtggttctgattcatcttgccagagagatggggag
gagaggtagagatggatacggagaggaagc
gaattcatagtgggtggggcccccatggcctggagttgctgagtagagta
gagaccttctgcggctgtgctggattcctgcttcactgtggacttgggag
agggatgttcaaggaaagattacagataggatctatgcacagataacatt
ctggattgatggtttccttaatctcacctttcttaatgtctttaatgttt
ataacacttgggatgagactaaggtcctctgtttgcaactgcagtgtatg
cccagccaattatcagcaaagccaggcccgacctgcttcgaagccacttc
atccccaccctggagaagctaaagaagaaggcggtgaagactgtgcagga
ggaggagcagctgaagaccgatggcaagggggacacccaggaggctgagc
tcctcatcctagatgagtttgctgtcctctgcagggacctctatgccttc
taccccatgctgatccgctatgtggacaacaacaggtatgaaggagttgt
ctggaagctgccagctgctctccgagactggtttgtacaatcaaataaca
gggaacgatgatattgctttgtgttgctagggagatgaaggaagctatag
ctaccactgccagtctttccaccagcagtcagaacatatatgtacagtgg
ttaccttggccagtgattttgtgtggattgaggcacacatcctcatgggc
cattacgaggcaaggggcagctggtggaataaggtttgcattgtctcatt
tttgctgctcactgatatactcattcaatggctgcccttgactgccaggc
actgttcatggccttgagggatggagaatactctttaccataggggcatt
cattttggaaaataaaaaagcacacacaattgggggggggcagtacaaca
atattgagagaaataaaaggaagggcaagtaaatgcagttccttaactgt
gttgtactgggaaagcaacatttgagcaagacccgcagaaatagagctgg
gaacatgagtccagacagatcatgtggaagagggcttatgggtggaatcc
tcagagcaggtgtcggaatatttaatagttgaaatgctcaatgtcatact
aagcaatgatcctgtatcccagaagttttgttaagccatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_112495450_112496229
seq2: B6Ng01-088N07.b_48_827

seq1  GAATTCAGAGATCTGCATCTGCCTGTCTCTGCTTCCTGAGTGCTGGGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGATCTGCATCTGCCTGTCTCTGCTTCCTGAGTGCTGGGATT  50

seq1  GACAGTCTGAGCCACCACCTATCAGTTTGAAGGTCATTAAAAAAATTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTCTGAGCCACCACCTATCAGTTTGAAGGTCATTAAAAAAATTTTT  100

seq1  TTTTCTTCCTCTGGGTCATACTTGTTTTTACCGATTCTCTGTTTCTCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCCTCTGGGTCATACTTGTTTTTACCGATTCTCTGTTTCTCTTG  150

seq1  CCAAAAGCTTTGTCTAGCCATTCAGTTTCCTGGGGAACTTTCCCCTACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAGCTTTGTCTAGCCATTCAGTTTCCTGGGGAACTTTCCCCTACCT  200

seq1  ATTGTGTGTCATAGCTTTATTGAAAAACAACAGCAACAGCAACAACAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTGTCATAGCTTTATTGAAAAACAACAGCAACAGCAACAACAGCA  250

seq1  AACCTGTAGCAGGACAGACTACTAGAGCTGAGAAGAGACCTCAGAGGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTAGCAGGACAGACTACTAGAGCTGAGAAGAGACCTCAGAGGCCA  300

seq1  ACCCCTTATACTTTATAGATGATGAAACCAAAAGCTGGAGTGGGGAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTTATACTTTATAGATGATGAAACCAAAAGCTGGAGTGGGGAGGAA  350

seq1  CTTTCCCAACATCACTGATGAGGAGGTGGCAGGGTAAGGGCTCTTATCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCAACATCACTGATGAGGAGGTGGCAGGGTAAGGGCTCTTATCTC  400

seq1  CAGAGCCTCTACACCACACTGTCATGATTGACACAGACATGGACATGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCTCTACACCACACTGTCATGATTGACACAGACATGGACATGTTA  450

seq1  CTGCCAAATTAGTAGTCCCTTCCAGAACTCCTTTCCCATAAGGCCAGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAAATTAGTAGTCCCTTCCAGAACTCCTTTCCCATAAGGCCAGAGT  500

seq1  CAAAAGGGGAAAAAAAATGAAGGGTCAAACAGCACATTCCAAAAGAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGGGAAAAAAAATGAAGGGTCAAACAGCACATTCCAAAAGAGAAG  550

seq1  AGGCAGGTGTGATAGCCTTGAAATCTTCAGATTTAAATTAATGCTGCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTGTGATAGCCTTGAAATCTTCAGATTTAAATTAATGCTGCAAA  600

seq1  TGTCCCTCCAATCAGTCTGAAACACATCTTGAAGTGCTCCTACATGTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTCCAATCAGTCTGAAACACATCTTGAAGTGCTCCTACATGTGTT  650

seq1  GCCATGGAGAGAGGCGATCACCGACTATAGATGCTACATTTATTTGTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGAGAGAGGCGATCACCGACTATAGATGCTACATTTATTTGTTCA  700

seq1  TAATAAATGTTCTCAGTGGTTCTGATTCATCTTGCCAGAGAGATGGGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATGTTCTCAGTGGTTCTGATTCATCTTGCCAGAGAGATGGGGAG  750

seq1  GAGAGGTAGAGATGGATACGGAGAGGAAGC  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGTAGAGATGGATACGGAGAGGAAGC  780

seq1: chr2_112548545_112549711
seq2: B6Ng01-088N07.g_67_1206 (reverse)

seq1  GATGGCTCATACAAAAACTTTCTGGTATTACAGGAATCAATTTGCTTAAT  50
      ||||||| | ||||||   |||||| | |||||| ||||  |||||| | 
seq2  GATGGCTTA-ACAAAA--CTTCTGGGA-TACAGG-ATCA--TTGCTT-AG  42

seq1  TATGACATTTGAGCATTTCAACTATTAAATATCCCGAACACACTGCTTCC  100
      ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||  |
seq2  TATGACA-TTGAGCATTTCAACTATTAAATATTCCG-ACAC-CTGCT--C  87

seq1  TGAGGATTTCCACCCATAGCCCCTCTTCCCACAATGATCTTGTTCTGGAC  150
      |||||| |||||||||||  ||||||| |||| |||||||   |||||||
seq2  TGAGGA-TTCCACCCATAAGCCCTCTT-CCAC-ATGATCT--GTCTGGAC  132

seq1  CTTCATGGTTCCCAGCCTCTTATTTCCTGCGGGTCTTTGCTCAAATGTTG  200
        |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  --TCAT-GTTCCCAG-CTC-TATTT-CTGCGGGTC-TTGCTCAAATGTTG  175

seq1  CTTTCCCAGTAACAACACAGTTAAGGAACTGCATTTTACTTGCCCTTCCT  250
      |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCAGT-ACAACACAGTTAAGGAACTGCA-TTTACTTGCCCTTCCT  223

seq1  TTTATTTCTCTCAATATTGTTGTACTGCCCCCCCCCAATTGTGTGTGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCTCTCAATATTGTTGTACTGCCCCCCCCCAATTGTGTGTGCTT  273

seq1  TTTTATTTTCCAAAATGAATGCCCCTATGGTAAAGAGTATTCTCCATCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTCCAAAATGAATGCCCCTATGGTAAAGAGTATTCTCCATCCC  323

seq1  TCAAGGCCATGAACAGTGCCTGGCAGTCAAGGGCAGCCATTGAATGAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCCATGAACAGTGCCTGGCAGTCAAGGGCAGCCATTGAATGAGTA  373

seq1  TATCAGTGAGCAGCAAAAATGAGACAATGCAAACCTTATTCCACCAGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGTGAGCAGCAAAAATGAGACAATGCAAACCTTATTCCACCAGCTG  423

seq1  CCCCTTGCCTCGTAATGGCCCATGAGGATGTGTGCCTCAATCCACACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTGCCTCGTAATGGCCCATGAGGATGTGTGCCTCAATCCACACAAA  473

seq1  ATCACTGGCCAAGGTAACCACTGTACATATATGTTCTGACTGCTGGTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGGCCAAGGTAACCACTGTACATATATGTTCTGACTGCTGGTGGA  523

seq1  AAGACTGGCAGTGGTAGCTATAGCTTCCTTCATCTCCCTAGCAACACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTGGCAGTGGTAGCTATAGCTTCCTTCATCTCCCTAGCAACACAAA  573

seq1  GCAATATCATCGTTCCCTGTTATTTGATTGTACAAACCAGTCTCGGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATCATCGTTCCCTGTTATTTGATTGTACAAACCAGTCTCGGAGAG  623

seq1  CAGCTGGCAGCTTCCAGACAACTCCTTCATACCTGTTGTTGTCCACATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGCAGCTTCCAGACAACTCCTTCATACCTGTTGTTGTCCACATAG  673

seq1  CGGATCAGCATGGGGTAGAAGGCATAGAGGTCCCTGCAGAGGACAGCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATCAGCATGGGGTAGAAGGCATAGAGGTCCCTGCAGAGGACAGCAAA  723

seq1  CTCATCTAGGATGAGGAGCTCAGCCTCCTGGGTGTCCCCCTTGCCATCGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTAGGATGAGGAGCTCAGCCTCCTGGGTGTCCCCCTTGCCATCGG  773

seq1  TCTTCAGCTGCTCCTCCTCCTGCACAGTCTTCACCGCCTTCTTCTTTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGCTGCTCCTCCTCCTGCACAGTCTTCACCGCCTTCTTCTTTAGC  823

seq1  TTCTCCAGGGTGGGGATGAAGTGGCTTCGAAGCAGGTCGGGCCTGGCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAGGGTGGGGATGAAGTGGCTTCGAAGCAGGTCGGGCCTGGCTTT  873

seq1  GCTGATAATTGGCTGGGCATACACTGCAGTTGCAAACAGAGGACCTTAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATAATTGGCTGGGCATACACTGCAGTTGCAAACAGAGGACCTTAGT  923

seq1  CTCATCCCAAGTGTTATAAACATTAAAGACATTAAGAAAGGTGAGATTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCCCAAGTGTTATAAACATTAAAGACATTAAGAAAGGTGAGATTAA  973

seq1  GGAAACCATCAATCCAGAATGTTATCTGTGCATAGATCCTATCTGTAATC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACCATCAATCCAGAATGTTATCTGTGCATAGATCCTATCTGTAATC  1023

seq1  TTTCCTTGAACATCCCTCTCCCAAGTCCACAGTGAAGCAGGAATCCAGCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTGAACATCCCTCTCCCAAGTCCACAGTGAAGCAGGAATCCAGCA  1073

seq1  CAGCCGCAGAAGGTCTCTACTCTACTCAGCAACTCCAGGCCATGGGGGCC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCGCAGAAGGTCTCTACTCTACTCAGCAACTCCAGGCCATGGGGGCC  1123

seq1  CCACCCACTATGAATTC  1167
      |||||||||||||||||
seq2  CCACCCACTATGAATTC  1140