BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089C16
Chromosome2 (Build37)
Map Location 145,583,756 - 145,696,837
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRin2
Upstream geneDtd1, 1700010M22Rik, Slc24a3, LOC627312, OTTMUSG00000015643, LOC433482, LOC100043810
Downstream geneNat5, Crnkl1, 4930529M08Rik, LOC100043563, Insm1, A230067G21Rik, LOC668918, Gm114
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089C16.bB6Ng01-089C16.g
ACCDH901814DH901815
length1,0931,030
definitionDH901814|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089C16, 5' end.DH901815|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089C16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,583,756 - 145,584,851)(145,695,816 - 145,696,837)
sequence
gaattcaagatcagcctgggttacatcgcaagactttctctcaaagcaac
ggcaaaatctgctcagttcactactttgaacactgaatatcccagcagat
acagtgctgttcctctccaaaacacctagtcatctttgtgtggctcttgg
agaaaattaaaatcagcctttacccagcatgctgttctgccatagccttc
cccttgacaaagacttgcttgaccagacttcagtcagcctcctgaacctt
ctcccagaaccctctgcaaacttccttacgctatcctgttttaacaaaga
gccttgccaaatgagccagaacctcccctttctatgtctgatccagttcc
tcagcctccattcttgctccagggacctctatctgctcatgtggcccatc
ttcagcaagattcctgatagattgttttatagagaatccccctcacatct
gatgtttcctcttagtaatttttcatccactgcccccaaactgctctcta
ctgcaaatccccacctgttcatgctgtatcgagagtttcatcagatctgt
cttctggacttcaaaatcccattggcatgccgcccagcatatacactgca
gtggtctaaagtcaacccctcagtgctttaacacatctcatgatataatt
ttttcttttcttctagaccctctgtagattaggggttcttcaaagttaga
gccagggctggtcctgctcactcatcttttgtgtccccagtgcttgtacc
cttgcgttgtctctatgtgtgaaggctccatggcagcgctgaaattcttg
ctaagtgtgtgtttgctgatctctaactcctttcactgcaagttctttca
cttaaggaagccatggctcttggctgtggaggagccagcagacctgcaca
gtactttcacttctgcagctacttccctggctcctcaatccactccttga
gcctccttcgtctttccagatggtcatgatagaagtaggccatatctaat
tagttagtaattgggtttgcttcgttgatgtggcctatgaagccccacta
ccttgatagtgcagaaggaggtagcttgtactagccagattgc
gaattccaggacagccagggctagagaaatcctgttgacctgttgaaaag
aaagaatgaaccaaagaactgtttgaactgtaatattttggaccttgaaa
actgtatattagctgtagcctctgaatgacccaaactggaaacaaggttt
atgaaagcaggggtccaatcaactggtcccatagactatccctaagtggg
aggcagcaaagactatgttggttctccttgtctcattgctaactaatgca
gtaattgataaaaaaatattcaatgtgttggcctttaggcaacaattgat
tcactctctatgaagaaacagagacagggactagagagatggctctggtt
aagagcactgactgctcttccagaggtcctgagttcaattcccagccacc
acatggtggctcacaaccatctgtaatgggatttgatgctgtctttttgt
gtgtctgaagacagctacagtgtactcatatacataataaataaataaat
ctttaaaaaagagaaagaaaggaagaaggaaagagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagacagaacacttgggaga
aggcagcaggggtcagaagttcaaggccagcctcagctatgtagcaatct
aatggccaacctgagctccatgagactgtgtttcaaaacaagcaataaga
ggggagaaagagtcttcccctttaccatcggtctgagctacagatatatt
cagagggtggagacagcagaagaaacaccgtctgcctctataaaacactg
gctttgcttgtgagctttctgcttacccactgctgggcaggcagccatga
gaccccagaagaaaaggggtgacttgcaaatgaagcccatcgtagaaggc
agcacaggaggctattacaccccagtcaaccagtccagcttccaccttct
taagtgggcatgaccaactgatttactttttactgtaacatccaggactc
tcttcagattgttcaagatggtttaacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_145583756_145584851
seq2: B6Ng01-089C16.b_44_1136

seq1  GAATTCAAGATCAGCCTGGGTTACATCGCAAGACTTTCTCTCAAAGCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGATCAGCCTGGGTTACATCGCAAGACTTTCTCTCAAAGCAAC  50

seq1  GGCAAAATCTGCTCAGTTCACTACTTTGAACACTGAATATCCCAGCAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAATCTGCTCAGTTCACTACTTTGAACACTGAATATCCCAGCAGAT  100

seq1  ACAGTGCTGTTCCTCTCCAAAACACCTAGTCATCTTTGTGTGGCTCTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCTGTTCCTCTCCAAAACACCTAGTCATCTTTGTGTGGCTCTTGG  150

seq1  AGAAAATTAAAATCAGCCTTTACCCAGCATGCTGTTCTGCCATAGCCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATTAAAATCAGCCTTTACCCAGCATGCTGTTCTGCCATAGCCTTC  200

seq1  CCCTTGACAAAGACTTGCTTGACCAGACTTCAGTCAGCCTCCTGAACCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGACAAAGACTTGCTTGACCAGACTTCAGTCAGCCTCCTGAACCTT  250

seq1  CTCCCAGAACCCTCTGCAAACTTCCTTACGCTATCCTGTTTTAACAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGAACCCTCTGCAAACTTCCTTACGCTATCCTGTTTTAACAAAGA  300

seq1  GCCTTGCCAAATGAGCCAGAACCTCCCCTTTCTATGTCTGATCCAGTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCCAAATGAGCCAGAACCTCCCCTTTCTATGTCTGATCCAGTTCC  350

seq1  TCAGCCTCCATTCTTGCTCCAGGGACCTCTATCTGCTCATGTGGCCCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTCCATTCTTGCTCCAGGGACCTCTATCTGCTCATGTGGCCCATC  400

seq1  TTCAGCAAGATTCCTGATAGATTGTTTTATAGAGAATCCCCCTCACATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAAGATTCCTGATAGATTGTTTTATAGAGAATCCCCCTCACATCT  450

seq1  GATGTTTCCTCTTAGTAATTTTTCATCCACTGCCCCCAAACTGCTCTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTCCTCTTAGTAATTTTTCATCCACTGCCCCCAAACTGCTCTCTA  500

seq1  CTGCAAATCCCCACCTGTTCATGCTGTATCGAGAGTTTCATCAGATCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAATCCCCACCTGTTCATGCTGTATCGAGAGTTTCATCAGATCTGT  550

seq1  CTTCTGGACTTCAAAATCCCATTGGCATGCCGCCCAGCATATACACTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGACTTCAAAATCCCATTGGCATGCCGCCCAGCATATACACTGCA  600

seq1  GTGGTCTAAAGTCAACCCCTCAGTGCTTTAACACATCTCATGATATAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCTAAAGTCAACCCCTCAGTGCTTTAACACATCTCATGATATAATT  650

seq1  TTTTCTTTTCTTCTAGACCCTCTGTAGATTAGGGGTTCTTCAAAGTTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTTCTTCTAGACCCTCTGTAGATTAGGGGTTCTTCAAAGTTAGA  700

seq1  GCCAGGGCTGGTCCTGCTCACTCATC-TTTGTGTCCCCAGTGCTTGTACC  749
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGCTGGTCCTGCTCACTCATCTTTTGTGTCCCCAGTGCTTGTACC  750

seq1  CTTGCGTTGTCTCTATGTGTGAAGGCTCCATGGCAGCGCTGAAATTCTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCGTTGTCTCTATGTGTGAAGGCTCCATGGCAGCGCTGAAATTCTTG  800

seq1  CTAAGTGTGTGTTTGCTGATCTCTAACTCCTTTCACTGCAAGTTCTTTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGTGTGTTTGCTGATCTCTAACTCCTTTCACTGCAAGTTCTTTCA  850

seq1  CTTAAGGAAGCCATGGCTCTTGGCTGTGGAGGAGCCAGCAGACCTGCACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGGAAGCCATGGCTCTTGGCTGTGGAGGAGCCAGCAGACCTGCACA  900

seq1  GTACCTTCACTTCTGCAGCTACTTCCCTGGCTCCCTCAATCCACTCCTTG  949
      |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTACTTTCACTTCTGCAGCTACTTCCCTGGCT-CCTCAATCCACTCCTTG  949

seq1  AGCCTCCTTCGTCTTCCCAGATTGGGTCATGATAGAAGGTAGGCCATATC  999
      ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGCCTCCTTCGTCTTTCCAGAT--GGTCATGATAGAA-GTAGGCCATATC  996

seq1  TAATAAGTTAGTAATT-GGTTTGCTTCGTTTGATGTGGGCTAATGAAGCC  1048
      |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||||
seq2  TAATTAGTTAGTAATTGGGTTTGCTTCG-TTGATGTGGCCT-ATGAAGCC  1044

seq1  CCACTACTTGGAT-GTGCAAGAGGA-GTAGCCTTGTACTAGCCAGGTTGC  1096
      ||||||| | ||| |||||  |||| |||| |||||||||||||| ||||
seq2  CCACTACCTTGATAGTGCAGAAGGAGGTAG-CTTGTACTAGCCAGATTGC  1093

seq1: chr2_145695816_145696837
seq2: B6Ng01-089C16.g_69_1098 (reverse)

seq1  TGTG-TGAACCATCCTGAACATTCTGAAGAGAGT-CTGGATGTTAACAGT  48
      |||| | ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  TGTGTTAAACCATCTTGAACAATCTGAAGAGAGTCCTGGATGTT-ACAGT  49

seq1  AAAAAGTAAAGTCAGTTGGTCATGGCCACTTAAGAAGGTGG-AGCTGGAC  97
      |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAAAAGTAAA-TCAGTTGGTCATGCCCACTTAAGAAGGTGGAAGCTGGAC  98

seq1  TGG-TGGCT-GGGTGTAATGGCCTCCTGTGCTG-CTTCTACGATGGGCTT  144
      ||| || || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGGTTGACTGGGGTGTAATAGCCTCCTGTGCTGCCTTCTACGATGGGCTT  148

seq1  CA-TTGCAAGTCA-CCCTTTTC-TCTGGGGTTCTCATGGCTGCCTGGCCA  191
      || |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  CATTTGCAAGTCACCCCTTTTCTTCTGGGG-TCTCATGGCTGCCTGCCCA  197

seq1  GCAGTGGGTAAGCAGAAAGCTCACAAGCAAAGCCAGTGTTTTATAGAGGC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGGTAAGCAGAAAGCTCACAAGCAAAGCCAGTGTTTTATAGAGGC  247

seq1  AGACGGTGTTTCTTCTGCTGTCTCCACCCTCTGAATATATCTGTAGCTCA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGGTGTTTCTTCTGCTGTCTCCACCCTCTGAATATATCTGTAGCTCA  297

seq1  GACCGATGGTAAAGGGGAAGACTCTTTCTCCCCTCTTATTGCTTGTTTTG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCGATGGTAAAGGGGAAGACTCTTTCTCCCCTCTTATTGCTTGTTTTG  347

seq1  AAACACAGTCTCATGGAGCTCAGGTTGGCCATTAGATTGCTACATAGCTG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAGTCTCATGGAGCTCAGGTTGGCCATTAGATTGCTACATAGCTG  397

seq1  AGGCTGGCCTTGAACTTCTGACCCCTGCTGCCTTCTCCCAAGTGTTCTG-  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGGCTGGCCTTGAACTTCTGACCCCTGCTGCCTTCTCCCAAGTGTTCTGT  447

seq1  -TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  489
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  497

seq1  CTTTCCTTCTTCCTTTCTTTCTCTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTAT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTCTTCCTTTCTTTCTCTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTAT  547

seq1  GTATATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACAAAAAGACAGCATCA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACAAAAAGACAGCATCA  597

seq1  AATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTGGCTGGGAATTGAA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTGGCTGGGAATTGAA  647

seq1  CTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCAGAGCCATCTCTC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCAGAGCCATCTCTC  697

seq1  TAGTCCCTGTCTCTGTTTCTTCATAGAGAGTGAATCAATTGTTGCCTAAA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCCTGTCTCTGTTTCTTCATAGAGAGTGAATCAATTGTTGCCTAAA  747

seq1  GGCCAACACATTGAATATTTTTTTATCAATTACTGCATTAGTTAGCAATG  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAACACATTGAATATTTTTTTATCAATTACTGCATTAGTTAGCAATG  797

seq1  AGACAAGGAGAACCAACATAGTCTTTGCTGCCTCCCACTTAGGGATAGTC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGGAGAACCAACATAGTCTTTGCTGCCTCCCACTTAGGGATAGTC  847

seq1  TATGGGACCAGTTGATTGGACCCCTGCTTTCATAAACCTTGTTTCCAGTT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGACCAGTTGATTGGACCCCTGCTTTCATAAACCTTGTTTCCAGTT  897

seq1  TGGGTCATTCAGAGGCTACAGCTAATATACAGTTTTCAAGGTCCAAAATA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCATTCAGAGGCTACAGCTAATATACAGTTTTCAAGGTCCAAAATA  947

seq1  TTACAGTTCAAACAGTTCTTTGGTTCATTCTTTCTTTTCAACAGGTCAAC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTTCAAACAGTTCTTTGGTTCATTCTTTCTTTTCAACAGGTCAAC  997

seq1  AGGATTTCTCTAGCCCTGGCTGTCCTGGAATTC  1022
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTCTCTAGCCCTGGCTGTCCTGGAATTC  1030