BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090N04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 151,539,698 - 151,729,436
singlet/doubletdoublet
Overlap genePsmf1, Rspo4
Upstream geneEntpd6, LOC100043605, Pygb, Abhd12, Gins1, LOC668925, 4930519N13Rik, LOC668926, Nanp, LOC433486, LOC381390, 4930442J19Rik, LOC100043839, LOC100043840, 4921509C19Rik, Nsfl1c, Fkbp1a, Sdcbp2, Snph, LOC668929, BC052486, 5430405G05Rik
Downstream geneAngpt4, 5430432M24Rik, 2310046K01Rik, Scrt2, Srxn1, Tcf15, LOC100043843, Csnk2a1, Tbc1d20, Rbck1, Trib3, LOC628060, Nrsn2, Sox12, Zcchc3, 6820408C15Rik, EG629114, LOC668930, 9230107O10Rik, 9230002F21Rik, EG654457, OTTMUSG00000015852, Defb29, 4930525K10Rik, Defb19, OTTMUSG00000015859, Defb36, OTTMUSG00000015862, Rem1, H13, Mcts2, Id1, LOC629170, Cox4i2, Bcl2l1, Tpx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090N04.bB6Ng01-090N04.g
ACCDH903023DH903024
length1,2451,092
definitionDH903023|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090N04, 5' end.DH903024|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090N04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,539,698 - 151,540,948)(151,728,329 - 151,729,436)
sequence
gaattcattaatcatgcatgccatcaactaaggctgactgactcagttct
ttgttcctgatatgcaggtgaaggtaaagggcttctacacttgaacatct
caaattccgtgtgcacatggaaggtgggaaacttgtcaaaaggcaagttc
actggggctggagataaggttcaatactcagagcagctactgttcttcca
gaggacctggattcaatgcccaacacagctcacaattatcagtagctcca
attccagggactctaatgccctttctggcctctgtatgtaccaggcatgc
atctaatacaaatacatacacacaggcaaaacacccatacacataaaaat
aaagtggtaagtctggggtggcccctgagagtattcatttccagcaagac
tttggtagtggtggtactgaatagaatgacttcaccattctccaaccttg
tgatctgtgaattacaacgggactttgcaaacaagaccttgaaggtcttt
gcttagaactgtggattggggctcgggatgtactgtatacaaactcctga
ggagtcttaggagatggtgaggccatggcaagcaagggtgtggtaccctt
ctacattgttgttattatatgatcataggaggctcagcagatctgttcca
ctgaaccttcccaatggcagagataggaaaagtgcacgagggcttcccag
gacctcttgttgctagagtctgaggtgataggttctcacaaccaggtgaa
gtcagtccatttagctttgaactaggaacctgaatgtgagctgaattggg
cacaaggtgacagggaaaggcatacactttccgatgcagacttggacagc
tgctactgtacagttcctacttctcagaccatggtgatgagctctctggc
taagttaaatgagtatttactgcccggaacttccagactggccctcctcc
tcagttgctctgaaccattacactgtgactttcctagcacttgctttatg
tagcttatttgggaatgacacgtgcatgtggttagccagggtcctttgtg
ggagcagaagatgaggccttcgcctccacaaggaacagtgagatacttag
aacttcctggaggcatctctcggaactggacagtatcaagctttgcagtc
tactgctttataccctcatctcttgcatgccttgcttgaactgttttcga
attctgtcaagtccaagaaagtattttagggtgtggcatccaagg
gaattctctaagtgccccctgttgttggacagagggttttctctgtggta
gacctccccgcaagtccagaagcacattcctcttccattccccaggccct
cagctcatcggctctcctaccggctctcttccccaattctccagaatggc
tgtggccaagtgacttactttggccagggagacactgtcagacagaggca
tgcagaggcttggcttggccatgtgccccgtggtttgctggttcctggga
acccttggggccaccttgaaagtgatgctgggctaacctgctagagggta
agacatggccaagtgggtctttgtgtcaccctgcctcagtctgacagact
cggtcaccctgaacgatggagcccaagtgactcatagagggggacactgg
tccttcaagatacccactgtgggggtttgtgaggaagcaggggccaaggc
ggtcctggccagccagcccacaggctgtgagcctcagtctctgtaatttg
gtgaatacaagtatgttcccaactgtggctgggatggaatgaatggtcca
tgtgaaggtcacacagggaggactcgatccccacagctcttgtcactgcc
acatcccagacacaacaagtgaccttcctgacttcttagcattcttcttg
gttgttctattctgaacttgcttgtctgacttagtattctggaaggtgca
gacatgtaaccctgagtatgaagatctttctccagctgaatagccttccc
tctgactgcaggacaactccctaacctgccacctggtttccttcacaggc
agggttctctgtggagatgtcactaaagatggagcaatggggctacaagt
gataggcaaccctggttgccatggccacgccagaggcttagaagagccag
gaagggatggagaatggtactagagggagaacaaaagcacagcattgaca
gcttctggtacaagctctggcgaggccatttttgtcattttaagcattgc
cttgtggcacttcagttgaactgggaaagatatacgaatcattgctatag
tgcaactagaggggaactctttgggacattatggggtgagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_151539698_151540948
seq2: B6Ng01-090N04.b_48_1292

seq1  GAATTCATTAATCATGCATGCCATCAACTAAGGCTGACTGACTCAGTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAATCATGCATGCCATCAACTAAGGCTGACTGACTCAGTTCT  50

seq1  TTGTTCCTGATATGCAGGTGAAGGTAAAGGGCTTCTACACTTGAACATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCCTGATATGCAGGTGAAGGTAAAGGGCTTCTACACTTGAACATCT  100

seq1  CAAATTCCGTGTGCACATGGAAGGTGGGAAACTTGTCAAAAGGCAAGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCCGTGTGCACATGGAAGGTGGGAAACTTGTCAAAAGGCAAGTTC  150

seq1  ACTGGGGCTGGAGATAAGGTTCAATACTCAGAGCAGCTACTGTTCTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGCTGGAGATAAGGTTCAATACTCAGAGCAGCTACTGTTCTTCCA  200

seq1  GAGGACCTGGATTCAATGCCCAACACAGCTCACAATTATCAGTAGCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACCTGGATTCAATGCCCAACACAGCTCACAATTATCAGTAGCTCCA  250

seq1  ATTCCAGGGACTCTAATGCCCTTTCTGGCCTCTGTATGTACCAGGCATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGGGACTCTAATGCCCTTTCTGGCCTCTGTATGTACCAGGCATGC  300

seq1  ATCTAATACAAATACATACACACAGGCAAAACACCCATACACATAAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAATACAAATACATACACACAGGCAAAACACCCATACACATAAAAAT  350

seq1  AAAGTGGTAAGTCTGGGGTGGCCCCTGAGAGTATTCATTTCCAGCAAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGTAAGTCTGGGGTGGCCCCTGAGAGTATTCATTTCCAGCAAGAC  400

seq1  TTTGGTAGTGGTGGTACTGAATAGAATGACTTCACCATTCTCCAACCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTAGTGGTGGTACTGAATAGAATGACTTCACCATTCTCCAACCTTG  450

seq1  TGATCTGTGAATTACAACGGGACTTTGCAAACAAGACCTTGAAGGTCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTGTGAATTACAACGGGACTTTGCAAACAAGACCTTGAAGGTCTTT  500

seq1  GCTTAGAACTGTGGATTGGGGCTCGGGATGTACTGTATACAAACTCCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGAACTGTGGATTGGGGCTCGGGATGTACTGTATACAAACTCCTGA  550

seq1  GGAGTCTTAGGAGATGGTGAGGCCATGGCAAGCAAGGGTGTGGTACCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTTAGGAGATGGTGAGGCCATGGCAAGCAAGGGTGTGGTACCCTT  600

seq1  CTACATTGTTGTTATTATATGATCATAGGAGGCTCAGCAGATCTGTTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTGTTGTTATTATATGATCATAGGAGGCTCAGCAGATCTGTTCCA  650

seq1  CTGAACCTTCCCAATGGCAGAGATAGGAAAAGTGCACGAGGGCTTCCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCTTCCCAATGGCAGAGATAGGAAAAGTGCACGAGGGCTTCCCAG  700

seq1  GACCTCTTGTTGCTAGAGTCTGAGGTGATAGGTTCTCACAACCAGGTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCTTGTTGCTAGAGTCTGAGGTGATAGGTTCTCACAACCAGGTGAA  750

seq1  GTCAGTCCATTTAGCTTTGAACTAGGAACCTGAATGTGAGCTGAATTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTCCATTTAGCTTTGAACTAGGAACCTGAATGTGAGCTGAATTGGG  800

seq1  CACAAGGTGACAGGGAAAGGCATACACTTTCCGATGCAGACTTGGACAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGTGACAGGGAAAGGCATACACTTTCCGATGCAGACTTGGACAGC  850

seq1  TGCTACTGTACAGTTCCTACTTCTCAGACCATGGTGATGAGCTCTCTGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTGTACAGTTCCTACTTCTCAGACCATGGTGATGAGCTCTCTGGC  900

seq1  TAAGTTAAATGAGTATTTACTGCCCGGAACTTCCAGACTGGCCCCTCCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAAGTTAAATGAGTATTTACTGCCCGGAACTTCCAGACTGG-CCCTCCTC  949

seq1  CTCAGTTGCTCTGAACCATTACACTGTGACTTTCCTAGCACTTGCTTTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTGCTCTGAACCATTACACTGTGACTTTCCTAGCACTTGCTTTAT  999

seq1  GTAGCTTATTT-GGAATGACACGTGCATGTGGTTAGCCAGGGTCCTTTGT  1049
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTAGCTTATTTGGGAATGACACGTGCATGTGGTTAGCCAGGGTCCTTTG-  1048

seq1  TGGGAGCAGAGGATG-GGCCTTCCGCTTCCACAAGAACAAGTGAGATACT  1098
      |||||||||| |||| |||||| ||| |||||||| |  |||||||||||
seq2  TGGGAGCAGAAGATGAGGCCTT-CGCCTCCACAAGGAACAGTGAGATACT  1097

seq1  TAG-ACTTCCT-GATGCATC-CTCGGACCTGGACAGTTACCAGAGCCTTG  1145
      ||| ||||||| || ||||| |||||| |||||||| || || ||| |||
seq2  TAGAACTTCCTGGAGGCATCTCTCGGAACTGGACAG-TATCA-AGCTTTG  1145

seq1  CCAGTCTACTGC-TTATACCCTCACTCTCTGCCATGCTTGCCTT--TTGA  1192
       ||||||||||| ||||||||||| |||||    ||| ||||||  ||||
seq2  -CAGTCTACTGCTTTATACCCTCA-TCTCT----TGCATGCCTTGCTTGA  1189

seq1  CCTGTTCTCAGATTCCTGGTCAAGTCCAGAGAAGTGATTTAGGGTGTGGC  1242
       ||||| ||  ||||   ||||||||||   ||||  |||||||||||||
seq2  ACTGTTTTCGAATTC--TGTCAAGTCCAAGAAAGTATTTTAGGGTGTGGC  1237

seq1  ATCCCAAGG  1251
      || ||||||
seq2  AT-CCAAGG  1245

seq1: chr2_151728329_151729436
seq2: B6Ng01-090N04.g_68_1159 (reverse)

seq1  GACTCCACCCCATAATGTCCCAAAGAGGTCCCCTCCCTTGGTGGCCATAT  50
      |||| |||||||||||||||||||||| |||||||   | || ||  || 
seq2  GACT-CACCCCATAATGTCCCAAAGAGTTCCCCTC---TAGTTGCACTA-  45

seq1  TAGACAATGGATTTTGGTATATCCCTTTCCCAGTCCACCTGAAGTGCCAC  100
      ||| |||||    || ||||||  |||||||||| || ||||||||||||
seq2  TAG-CAATG---ATTCGTATAT--CTTTCCCAGTTCAACTGAAGTGCCAC  89

seq1  AAAGCCAATGCTTAAAATGACAAAAATGGCCTCGCCCAGAGCTTTGTACC  150
       ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  -AAGGCAATGCTTAAAATGACAAAAATGGCCTCG-CCAGAGC-TTGTACC  136

seq1  AGAAGGCTGTCATTGCTGTGCTTTTGGTCTCCCTCTGGTACCATTCT-CA  199
      |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||
seq2  AGAA-GCTGTCAATGCTGTGCTTTTGTTCTCCCTCTAGTACCATTCTCCA  185

seq1  TCCCTTCCTGGCTCTTCTAAGCCTCTGGCGGTGGCCATGGCAACCAGGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCCTGGCTCTTCTAAGCCTCTGGC-GTGGCCATGGCAACCAGGGT  234

seq1  TGCCTATCACTTGTAGCCCCATTGCTCCATCTTTAGTGACATCTCCACAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATCACTTGTAGCCCCATTGCTCCATCTTTAGTGACATCTCCACAG  284

seq1  AGAACCCTGCCTGTTGAAGGAAACCAGGTGGCAGGTTAGGGAGTTGTCCT  349
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCCTGCCTG-TGAAGGAAACCAGGTGGCAGGTTAGGGAGTTGTCCT  333

seq1  GCAGTCAGAGGGAAGGCTATTCAGCTGGAGAAAGATCTTCATACTCAGGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCAGAGGGAAGGCTATTCAGCTGGAGAAAGATCTTCATACTCAGGG  383

seq1  TTACATGTCTGCACCTTCCAGAATACTAAGTCAGACAAGCAAGTTCAGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGTCTGCACCTTCCAGAATACTAAGTCAGACAAGCAAGTTCAGAA  433

seq1  TAGAACAACCAAGAAGAATGCTAAGAAGTCAGGAAGGTCACTTGTTGTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACAACCAAGAAGAATGCTAAGAAGTCAGGAAGGTCACTTGTTGTGT  483

seq1  CTGGGATGTGGCAGTGACAAGAGCTGTGGGGATCGAGTCCTCCCTGTGTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATGTGGCAGTGACAAGAGCTGTGGGGATCGAGTCCTCCCTGTGTG  533

seq1  ACCTTCACATGGACCATTCATTCCATCCCAGCCACAGTTGGGAACATACT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCACATGGACCATTCATTCCATCCCAGCCACAGTTGGGAACATACT  583

seq1  TGTATTCACCAAATTACAGAGACTGAGGCTCACAGCCTGTGGGCTGGCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCACCAAATTACAGAGACTGAGGCTCACAGCCTGTGGGCTGGCTG  633

seq1  GCCAGGACCGCCTTGGCCCCTGCTTCCTCACAAACCCCCACAGTGGGTAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGACCGCCTTGGCCCCTGCTTCCTCACAAACCCCCACAGTGGGTAT  683

seq1  CTTGAAGGACCAGTGTCCCCCTCTATGAGTCACTTGGGCTCCATCGTTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGGACCAGTGTCCCCCTCTATGAGTCACTTGGGCTCCATCGTTCA  733

seq1  GGGTGACCGAGTCTGTCAGACTGAGGCAGGGTGACACAAAGACCCACTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGACCGAGTCTGTCAGACTGAGGCAGGGTGACACAAAGACCCACTTG  783

seq1  GCCATGTCTTACCCTCTAGCAGGTTAGCCCAGCATCACTTTCAAGGTGGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTCTTACCCTCTAGCAGGTTAGCCCAGCATCACTTTCAAGGTGGC  833

seq1  CCCAAGGGTTCCCAGGAACCAGCAAACCACGGGGCACATGGCCAAGCCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGGTTCCCAGGAACCAGCAAACCACGGGGCACATGGCCAAGCCAA  883

seq1  GCCTCTGCATGCCTCTGTCTGACAGTGTCTCCCTGGCCAAAGTAAGTCAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCATGCCTCTGTCTGACAGTGTCTCCCTGGCCAAAGTAAGTCAC  933

seq1  TTGGCCACAGCCATTCTGGAGAATTGGGGAAGAGAGCCGGTAGGAGAGCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCACAGCCATTCTGGAGAATTGGGGAAGAGAGCCGGTAGGAGAGCC  983

seq1  GATGAGCTGAGGGCCTGGGGAATGGAAGAGGAATGTGCTTCTGGACTTGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGCTGAGGGCCTGGGGAATGGAAGAGGAATGTGCTTCTGGACTTGC  1033

seq1  GGGGAGGTCTACCACAGAGAAAACCCTCTGTCCAACAACAGGGGGCACTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGTCTACCACAGAGAAAACCCTCTGTCCAACAACAGGGGGCACTT  1083

seq1  AGAGAATTC  1108
      |||||||||
seq2  AGAGAATTC  1092