BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-093N10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 48,175,812 - 48,226,859
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC383691, LOC100041457, LOC383692, Acvr2a, Orc4l, LOC100041508, Mbd5, LOC100042719, LOC666709, LOC435666
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-093N10.bB6Ng01-093N10.g
ACCDH905214DH905215
length1,1151,164
definitionDH905214|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093N10, 5' end.DH905215|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093N10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,225,724 - 48,226,859)(48,175,812 - 48,176,995)
sequence
gaattcacctcagatataatactatcatacatcatttcattcagctaaag
gggcataattatttctatttattgacacagattgaatttgtattaatttt
atatttaacatcacttagacacaatttagtaaaatggcttatggtcttga
gaaaactttacaattcatttcatgtgacattaccaattagatggttttta
acatctttaattgtgtacttattaatgatagatgcagctcagctaaaagc
aattataatattaaaggttctcctggtgatgaattatgcagaattatatg
agatattcctagaagaggttatagttaggactataggctaaaggatagtt
aaagacagacagtctcacagttcagtctttgtatctgaaaaacgagcata
aacttctaatcatcaaaaccacaacctttttgtccctaccccaagcctga
atataaattctggaagtgggtaccagtaatctgaatttggacaagtcctc
tatgtgatgctgatgttacttacaccatgaagacttctcttttaaagaac
cgtaataagggaagctactaatgatcaaatgaggccactatcaacagaac
taactcatggactttgtacagattgatgcaggtttggaggcttaggcttt
ttttttttttttttttttttaagtgtgttcttaaacatgcaaaacattcc
agcatttaaacctcttttgcatataatgataacacagattcatcaaaaaa
ttgattgaacctcttttcctcctgatgactgttgattctttaggatgata
ctcattctctagctagcagataagggactcgaggaaatgaagaggccaag
agaacaaaaatgtatattgctggggtccagcagtgtttatggggaagcag
tgtttgagctgctgtgctggtgtttcatcatagctttcagaaatgaacgt
gttttctcctttatgcctcagaaacttggatatgattttctttggcacag
gatgtaaagtgagcatatgaaaacagccagttagaatcagtccacaaaaa
tatttagatctccctgtggtgattcttctatgatgaatcatctctctgga
acgtggtaagggttg
gaattccttatattttagtagcattctaaagcacatgtaggagtcaggag
agggcacaggagagggcaagaaaagttccatacaaatgggatacaaagct
agaggtcccagaagcatggaagggcaatgtcctcaaaccactgaaccaca
aaaaggataaagtcatgaagaactattagatcatgttaaggactttagcc
tgcaatctgtgtttatatgaaaggccattggaagatcttgggaagaagaa
ttacacatttaagttatattaaaagatcatactggctcaacaaggcatgc
ctcaaaagcacgaagcatgcatgtatattagtaataagggcattactgca
gtgtttcaggttatggctcatgatggcttagactaagaatatagctacag
tagtgaaaataaatcaatagactgaaaggcattggagacgtaaaaaaaaa
aaaaaaaaaaaaacctgctaactgagagaatgtagtgagaaggtaggggt
gtccctccctgttgtcgaccgttcacctgtggtatggatagtggtaatat
cttttttttaaatacaggtaaatgtctatgggggcagaaacaggtcaaat
aacaggtttataatatccggttgctgggaagatagcccactgggtaaaac
agttaccacacaagtgtgggatctgagctcataacccaggacccgaacaa
tactgtatctcagtaaccgatgtctgtaactccagggctgctaaagcaaa
atgggaggaggagacaagagactcttggaagctttggaaccaatacccta
gcatgtacagcactgaacaacaagagaccttctcttaaacaaggcacttt
cacacatgaagtgggggagtgtacacgcctgtgtacatgcacaaacacac
acttacgtacatgtatgtacatacactcatgcacacatacatgcataacc
acacaccctcagtataatactggtgcatgaacgtgtatacccatgcagca
cacaactgcactcatcacggaagagattaagataaagccaaaataaggca
atgtagattgtgacgacgcctaggcattgtaaccttctatcccgagatcg
tcgtaactgcctaaatacgaagtcctaggcagacagaaggtatctgatac
ccctgcgaattcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_48225724_48226859
seq2: B6Ng01-093N10.b_50_1164 (reverse)

seq1  CAACCCTTACCAACTGTTCCAGAGAGATTGATATCATCATAGAAGATCAA  50
      ||||||||||||   |||||||||||| |||| |||||||||||||   |
seq2  CAACCCTTACCA--CGTTCCAGAGAGA-TGAT-TCATCATAGAAGAATCA  46

seq1  CCAACCAGGGGAGATCATAAATATATTTGTGGACTTGGATTCTATACTGG  100
      |||  || |||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||| ||| |
seq2  CCA--CA-GGGAGATC-TAAATATTTTTGTGGACT--GATTCTA-ACT-G  88

seq1  GCTGGTTTTTCATATGCTTCACTTTAACATCCTGTGCCAAAGAAAATCAT  150
      ||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTG--TTTTCATATGC-TCACTTT-ACATCCTGTGCCAAAGAAAATCAT  134

seq1  TAATCCAAGTTTCTTGAGGCATAAAGGAGAAAACACGTTCATTTCCTGAA  200
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  --ATCCAAGTTTC-TGAGGCATAAAGGAGAAAACACGTTCATTT-CTGAA  180

seq1  AGCTATGATGAAAACACCAGCACAGCAGCTCAAACACTGCTTCCCCATAA  250
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGATG-AAACACCAGCACAGCAGCTCAAACACTGCTTCCCCATAA  229

seq1  ACACTGCTGGACCCCAGCAATATACATTTTTGTTCTCTTGGCCTCTTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCTGGACCCCAGCAATATACATTTTTGTTCTCTTGGCCTCTTCAT  279

seq1  TTCCTCGAGTCCCTTATCTGCTAGCTAGAGAATGAGTATCATCCTAAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCGAGTCCCTTATCTGCTAGCTAGAGAATGAGTATCATCCTAAAGA  329

seq1  ATCAACAGTCATCAGGAGGAAAAGAGGTTCAATCAATTTTTTGATGAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACAGTCATCAGGAGGAAAAGAGGTTCAATCAATTTTTTGATGAATC  379

seq1  TGTGTTATCATTATATGCAAAAGAGGTTTAAATGCTGGAATGTTTTGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTATCATTATATGCAAAAGAGGTTTAAATGCTGGAATGTTTTGCAT  429

seq1  GTTTAAGAACACACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCTAAGCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGAACACACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCTAAGCCTC  479

seq1  CAAACCTGCATCAATCTGTACAAAGTCCATGAGTTAGTTCTGTTGATAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTGCATCAATCTGTACAAAGTCCATGAGTTAGTTCTGTTGATAGT  529

seq1  GGCCTCATTTGATCATTAGTAGCTTCCCTTATTACGGTTCTTTAAAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCATTTGATCATTAGTAGCTTCCCTTATTACGGTTCTTTAAAAGAG  579

seq1  AAGTCTTCATGGTGTAAGTAACATCAGCATCACATAGAGGACTTGTCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTCATGGTGTAAGTAACATCAGCATCACATAGAGGACTTGTCCAA  629

seq1  ATTCAGATTACTGGTACCCACTTCCAGAATTTATATTCAGGCTTGGGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGATTACTGGTACCCACTTCCAGAATTTATATTCAGGCTTGGGGTA  679

seq1  GGGACAAAAAGGTTGTGGTTTTGATGATTAGAAGTTTATGCTCGTTTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAAAAAGGTTGTGGTTTTGATGATTAGAAGTTTATGCTCGTTTTTC  729

seq1  AGATACAAAGACTGAACTGTGAGACTGTCTGTCTTTAACTATCCTTTAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAAAGACTGAACTGTGAGACTGTCTGTCTTTAACTATCCTTTAGC  779

seq1  CTATAGTCCTAACTATAACCTCTTCTAGGAATATCTCATATAATTCTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTCCTAACTATAACCTCTTCTAGGAATATCTCATATAATTCTGCA  829

seq1  TAATTCATCACCAGGAGAACCTTTAATATTATAATTGCTTTTAGCTGAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCATCACCAGGAGAACCTTTAATATTATAATTGCTTTTAGCTGAGC  879

seq1  TGCATCTATCATTAATAAGTACACAATTAAAGATGTTAAAAACCATCTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTATCATTAATAAGTACACAATTAAAGATGTTAAAAACCATCTAA  929

seq1  TTGGTAATGTCACATGAAATGAATTGTAAAGTTTTCTCAAGACCATAAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAATGTCACATGAAATGAATTGTAAAGTTTTCTCAAGACCATAAGC  979

seq1  CATTTTACTAAATTGTGTCTAAGTGATGTTAAATATAAAATTAATACAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTACTAAATTGTGTCTAAGTGATGTTAAATATAAAATTAATACAAA  1029

seq1  TTCAATCTGTGTCAATAAATAGAAATAATTATGCCCCTTTAGCTGAATGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATCTGTGTCAATAAATAGAAATAATTATGCCCCTTTAGCTGAATGA  1079

seq1  AATGATGTATGATAGTATTATATCTGAGGTGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGTATGATAGTATTATATCTGAGGTGAATTC  1115

seq1: chr2_48175812_48176995
seq2: B6Ng01-093N10.g_69_1232

seq1  GAATTCCTTATATTTTAGTAGCATTCTAAAGCACATGTAGGAGTCAGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTATATTTTAGTAGCATTCTAAAGCACATGTAGGAGTCAGGAG  50

seq1  AGGGCACAGGAGAGGGCAAGAAAAGTTCCATACAAATGGGATACAAAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCACAGGAGAGGGCAAGAAAAGTTCCATACAAATGGGATACAAAGCT  100

seq1  AGAGGTCCCAGAAGCATGGAAGGGCAATGTCCTCAAACCACTGAACCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCCCAGAAGCATGGAAGGGCAATGTCCTCAAACCACTGAACCACA  150

seq1  AAAAGGATAAAGTCATGAAGAACTATTAGATCATGTTAAGGACTTTAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGATAAAGTCATGAAGAACTATTAGATCATGTTAAGGACTTTAGCC  200

seq1  TGCAATCTGTGTTTATATGAAAGGCCATTGGAAGATCTTGGGAAGAAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATCTGTGTTTATATGAAAGGCCATTGGAAGATCTTGGGAAGAAGAA  250

seq1  TTACACATTTAAGTTATATTAAAAGATCATACTGGCTCAACAAGGCATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACATTTAAGTTATATTAAAAGATCATACTGGCTCAACAAGGCATGC  300

seq1  CTCAAAAGCACGAAGCATGCATGTATATTAGTAATAAGGGCATTACTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAGCACGAAGCATGCATGTATATTAGTAATAAGGGCATTACTGCA  350

seq1  GTGTTTCAGGTTATGGCTCATGATGGCTTAGACTAAGAATATAGCTACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCAGGTTATGGCTCATGATGGCTTAGACTAAGAATATAGCTACAG  400

seq1  TAGTGAAAATAAATCAATAGACTGAAAGGCATTGGAGACGTAAAAAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAAAATAAATCAATAGACTGAAAGGCATTGGAGACGTAAAAAAAAA  450

seq1  AAAAAAAAAAAAACCTGCTAACTGAGAGAATGTAGTGAGAAGGTAGGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAACCTGCTAACTGAGAGAATGTAGTGAGAAGGTAGGGGT  500

seq1  GTCCCTCCCTGTTGTCGACCGTTCACCTGTGGTATGGATAGTGGTAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTCCCTGTTGTCGACCGTTCACCTGTGGTATGGATAGTGGTAATAT  550

seq1  CTTTTTTTTAAATACAGGTAAATGTCTATGGGGGCAGAAACAGGTCAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTTTAAATACAGGTAAATGTCTATGGGGGCAGAAACAGGTCAAAT  600

seq1  AACAGGTTTATAATATCCGGTTGCTGGGAAGATAGCCCACTGGGTAAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTTTATAATATCCGGTTGCTGGGAAGATAGCCCACTGGGTAAAAC  650

seq1  AGTTACCACACAAGTGTGGGATCTGAGCTCATAACCCAGGACCCGAACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACCACACAAGTGTGGGATCTGAGCTCATAACCCAGGACCCGAACAA  700

seq1  TACTGTATCTCAGTAACCGATGTCTGTAACTCCAGGGCTGCTAAAGCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTATCTCAGTAACCGATGTCTGTAACTCCAGGGCTGCTAAAGCAAA  750

seq1  ATGGGAGGAGGAGACAAGAGACTCTTGGAAGCTTTGGAACCAATACCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGGAGGAGACAAGAGACTCTTGGAAGCTTTGGAACCAATACCCTA  800

seq1  GCATGTACAGCACTGAACAACAAGAGACCTTCTCTCAAACAAGGCACTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCATGTACAGCACTGAACAACAAGAGACCTTCTCTTAAACAAGGCACTTT  850

seq1  CACACATGAAGT-GGGGAGTGTACACGCCTGTGTACATGCACAAACACAC  899
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGAAGTGGGGGAGTGTACACGCCTGTGTACATGCACAAACACAC  900

seq1  ACTTACGTACATGTATGTACATACACTCATGCACACATACATGCATACAC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  ACTTACGTACATGTATGTACATACACTCATGCACACATACATGCATAACC  950

seq1  ACACA-CCTCAGTATAATACT-GTGCATGAACGTGTATACTCATGCACAC  997
      ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |
seq2  ACACACCCTCAGTATAATACTGGTGCATGAACGTGTATACCCATGCA-GC  999

seq1  ACACACACACACACACACACAGAAAGAGAATAAAAGATAAAAGCCAAAAT  1047
      |||||    ||| ||  ||| | |||||| |  ||||| |||||||||||
seq2  ACACAACTGCACTCA-TCAC-GGAAGAGATT--AAGAT-AAAGCCAAAAT  1044

seq1  AAGGCAATGTAGATTTGTGAACAAAAGCCTAGGCAATTGTAAACTTCTAT  1097
      ||||||||||||| ||||||    | |||||||| ||||||| |||||||
seq2  AAGGCAATGTAGA-TTGTGA--CGACGCCTAGGC-ATTGTAACCTTCTAT  1090

seq1  CCCCAGTAATCTGTCTTTTACTTTCTTTAAAATATCAGAGTCCTAAGGCA  1147
      ||| ||  ||| |||  | |||  ||   ||||| |  |||||| |||| 
seq2  CCCGAG--ATC-GTC-GTAACTGCCT---AAATA-CGAAGTCCT-AGGC-  1130

seq1  AGACAGAAAGGAAATCTGATA-CCCTGCAAAAATTCAA  1184
      ||||||||  |  |||||||| ||||||   |||||||
seq2  AGACAGAA--GGTATCTGATACCCCTGC--GAATTCAA  1164