BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-094C10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 53,927,891 - 54,042,007
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRprm
Upstream geneFmnl2, Prpf40a, Arl6ip6, LOC666872, LOC666876, LOC207933
Downstream geneLOC666913, LOC626563, LOC100041792, LOC100042878, Galnt13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-094C10.bB6Ng01-094C10.g
ACCDH905445DH905446
length1,0961,226
definitionDH905445|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094C10, 5' end.DH905446|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094C10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,040,907 - 54,042,007)(53,927,891 - 53,929,125)
sequence
gaattctcattacagtttatttagtgtaatttgtgctcattatgttatag
ggttttaaatcattaaagacaacattttgtcatcactaccaacataaact
ctactttggaatacatactatcaagtcatggaaaacatttatcagtagtt
aagatacttagaaatgaaggtcttgatttaccaatgagtttctggcccat
tctgtaccctaaattaagagcagtgaagcatatgagataaatgaacttaa
ggtgtgtctcagtatattgcccttggtgtcagtcatcttctggttcagct
tctccttctggtctttgctttcccaggccttggctttcctactgggacca
ccactcttgctcttgcattgacaataatctcttcaagctgagtttgtcca
attctgacttctatgaacatgaatagttggatctgaccactctgtgcatt
tcatctttctagttgtcatgacttgcccctggggaatcatttcaaaacct
tatatgcattaagagttagaagcagatatttgtaggactccttcagtctt
ttctctcaatcagagatgctcatctaaattagaaagtttttttggtgagt
ggattctcgaccagatcaattcaagaaccatgagaaagttagttcataag
ttctttttttctttttaaatttaaacattttgtctgggattaatatagct
atgatagctctcatctcattaaaatttacccaaattattttctttttgca
cctgaattttaaaattaatcttgttctttgataattgcacacatgtatat
aacatattctgattattctctgttctctgtattcttatctcactcataca
ctcatatatgtaactacactcatatatgtaacagcctctttttttttttt
tttttaacaaagaccttatttattatttagaatttgggtttcagtatgtc
attcagactgaccaaaactaactatgtagatcaggttgggcttgcattta
cagaattctgttgacttttctctctataaagattggtttaattttgttta
tggatgtgtttaaagtgcatgcatggcttggtcaggtgccagtgga
gaattcactcttgcacctgcgtacaaggcttgtttactagttaggcacag
cggaggcccgcgccatcttataatggcgattgctcgcggcacacacggct
ctcctcagagattactggcagcatgcacgcgattgctcgcggcacggctc
tccacacatatctaagtaaaaaacagactttttattaagtataacttaat
aaaactcctgttcttaagaataaaaaagatagaaagaaaaaaggcttaaa
ggttagaatccacaagagtccagttccagtaggctttgggtcccaatgag
gaggtgaggaaacagcgatggaaagagactaacacaatctaagggtgaat
cctgatagctggtgtgtttattgaaaaaaagtgtatgtgaagcgggtgag
gggagagctacaacttttaaactctatatttgcatagttacttattcacg
ggcaatgttgaaagcagacttgatgattccaagaagtgtacgagcttatc
acagatggtttttaacctgttttagccctgatttcaacatccagaatgaa
agcagtaatcaactttattacaatatttttctttaaaggaaaagcaatgc
agctaagtccctattgatttttaaggttcagcaatccctccaggtgcccc
ctttatccttcctcctgaatgctctcagcctttatggtcagaaggtacca
aacagtaagaaacaaacctataagagcaattttcactcctcaaggtgcct
ggtgcagtggttgtaccatgtagccttcctatgtgtcgtagtcttacaat
atgggcctgttctcatacactccccaaaggggaggtccagacatcttaat
ttttccaatatgccatatcatcctgattccttcaaggtatgtttctgtat
atggcagaggggatcaagccagtctaactccttaacagaatctgcttctt
atggggcataacagatcttgccatccatgctgtatgtcagtcacatactc
tcagaatatgctgtaaggtactattctatacttattactgaacctttggc
cttcaactgcctaaggtccaaggctttggggtctgggcccatttttttct
ctagtgccgttcatccttggagacagggataagtgcttaagagtttctgg
acatctttacagttaatgcttcttacctgttattctggtcacagggggca
ttaggactcttgtggtaggcatggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_54040907_54042007
seq2: B6Ng01-094C10.b_46_1141 (reverse)

seq1  TCCACTGGCACCTGTACACACGCATGCATGCACTCTAAGACACATCCATA  50
      |||||||||||||| ||  |  |||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  TCCACTGGCACCTG-ACCAAGCCATGCATGCACTTTAA-ACACATCCATA  48

seq1  AACAAAATTAAAACAAATCTTTATAGAGAGACAAAGTCAACAGAATTCTG  100
      ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATT-AAACCAATCTTTATAGAGAGA-AAAGTCAACAGAATTCTG  96

seq1  TAAATGCAAGCCCAACCTGATCTACATAGTTAGTTTTGGTCAGTCTGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCAAGCCCAACCTGATCTACATAGTTAGTTTTGGTCAGTCTGAAT  146

seq1  GACATACTGAAACCCAAATTCTAAATAATAAATAAGGTCTTTTGTTAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GACATACTGAAACCCAAATTCTAAATAATAAATAAGGTC-TTTGTTAAAA  195

seq1  AAAAAAAAAAAAAGAGGCTGTTACATATATGAGTGTAGTTACATATATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAGAGGCTGTTACATATATGAGTGTAGTTACATATATGA  245

seq1  GTGTATGAGTGAGATAAGAATACAGAGAACAGAGAATAATCAGAATATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGAGTGAGATAAGAATACAGAGAACAGAGAATAATCAGAATATGT  295

seq1  TATATACATGTGTGCAATTATCAAAGAACAAGATTAATTTTAAAATTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACATGTGTGCAATTATCAAAGAACAAGATTAATTTTAAAATTCAG  345

seq1  GTGCAAAAAGAAAATAATTTGGGTAAATTTTAATGAGATGAGAGCTATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAAAAGAAAATAATTTGGGTAAATTTTAATGAGATGAGAGCTATCA  395

seq1  TAGCTATATTAATCCCAGACAAAATGTTTAAATTTAAAAAGAAAAAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATATTAATCCCAGACAAAATGTTTAAATTTAAAAAGAAAAAAAGA  445

seq1  ACTTATGAACTAACTTTCTCATGGTTCTTGAATTGATCTGGTCGAGAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATGAACTAACTTTCTCATGGTTCTTGAATTGATCTGGTCGAGAATC  495

seq1  CACTCACCAAAAAAACTTTCTAATTTAGATGAGCATCTCTGATTGAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACCAAAAAAACTTTCTAATTTAGATGAGCATCTCTGATTGAGAGA  545

seq1  AAAGACTGAAGGAGTCCTACAAATATCTGCTTCTAACTCTTAATGCATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTGAAGGAGTCCTACAAATATCTGCTTCTAACTCTTAATGCATAT  595

seq1  AAGGTTTTGAAATGATTCCCCAGGGGCAAGTCATGACAACTAGAAAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTTGAAATGATTCCCCAGGGGCAAGTCATGACAACTAGAAAGATG  645

seq1  AAATGCACAGAGTGGTCAGATCCAACTATTCATGTTCATAGAAGTCAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCACAGAGTGGTCAGATCCAACTATTCATGTTCATAGAAGTCAGAA  695

seq1  TTGGACAAACTCAGCTTGAAGAGATTATTGTCAATGCAAGAGCAAGAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACAAACTCAGCTTGAAGAGATTATTGTCAATGCAAGAGCAAGAGTG  745

seq1  GTGGTCCCAGTAGGAAAGCCAAGGCCTGGGAAAGCAAAGACCAGAAGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCCAGTAGGAAAGCCAAGGCCTGGGAAAGCAAAGACCAGAAGGAG  795

seq1  AAGCTGAACCAGAAGATGACTGACACCAAGGGCAATATACTGAGACACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGAACCAGAAGATGACTGACACCAAGGGCAATATACTGAGACACAC  845

seq1  CTTAAGTTCATTTATCTCATATGCTTCACTGCTCTTAATTTAGGGTACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTTCATTTATCTCATATGCTTCACTGCTCTTAATTTAGGGTACAG  895

seq1  AATGGGCCAGAAACTCATTGGTAAATCAAGACCTTCATTTCTAAGTATCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGCCAGAAACTCATTGGTAAATCAAGACCTTCATTTCTAAGTATCT  945

seq1  TAACTACTGATAAATGTTTTCCATGACTTGATAGTATGTATTCCAAAGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTACTGATAAATGTTTTCCATGACTTGATAGTATGTATTCCAAAGTA  995

seq1  GAGTTTATGTTGGTAGTGATGACAAAATGTTGTCTTTAATGATTTAAAAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTATGTTGGTAGTGATGACAAAATGTTGTCTTTAATGATTTAAAAC  1045

seq1  CCTATAACATAATGAGCACAAATTACACTAAATAAACTGTAATGAGAATT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAACATAATGAGCACAAATTACACTAAATAAACTGTAATGAGAATT  1095

seq1  C  1101
      |
seq2  C  1096

seq1: chr2_53927891_53929125
seq2: B6Ng01-094C10.g_69_1294

seq1  GAATTCACTCTTGCACCTGCGTACAAGGCTTGTTTACTAGTTAGGCACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTTGCACCTGCGTACAAGGCTTGTTTACTAGTTAGGCACAG  50

seq1  CGGAGGCCCGCGCCATCTTATAATGGCGATTGCTCGCGGCACACACGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGCCCGCGCCATCTTATAATGGCGATTGCTCGCGGCACACACGGCT  100

seq1  CTCCTCAGAGATTACTGGCAGCATGCACGCGATTGCTCGCGGCACGGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAGAGATTACTGGCAGCATGCACGCGATTGCTCGCGGCACGGCTC  150

seq1  TCCACACATATCTAAGTAAAAAACAGACTTTTTATTAAGTATAACTTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACATATCTAAGTAAAAAACAGACTTTTTATTAAGTATAACTTAAT  200

seq1  AAAACTCCTGTTCTTAAGAATAAAAAAGATAGAAAGAAAAAAGGCTTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCCTGTTCTTAAGAATAAAAAAGATAGAAAGAAAAAAGGCTTAAA  250

seq1  GGTTAGAATCCACAAGAGTCCAGTTCCAGTAGGCTTTGGGTCCCAATGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGAATCCACAAGAGTCCAGTTCCAGTAGGCTTTGGGTCCCAATGAG  300

seq1  GAGGTGAGGAAACAGCGATGGAAAGAGACTAACACAATCTAAGGGTGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAGGAAACAGCGATGGAAAGAGACTAACACAATCTAAGGGTGAAT  350

seq1  CCTGATAGCTGGTGTGTTTATTGAAAAAAAGTGTATGTGAAGCGGGTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATAGCTGGTGTGTTTATTGAAAAAAAGTGTATGTGAAGCGGGTGAG  400

seq1  GGGAGAGCTACAACTTTTAAACTCTATATTTGCATAGTTACTTATTCACG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGCTACAACTTTTAAACTCTATATTTGCATAGTTACTTATTCACG  450

seq1  GGCAATGTTGAAAGCAGACTTGATGATTCCAAGAAGTGTACGAGCTTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATGTTGAAAGCAGACTTGATGATTCCAAGAAGTGTACGAGCTTATC  500

seq1  ACAGATGGTTTTTAACCTGTTTTAGCCCTGATTTCAACATCCAGAATGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGGTTTTTAACCTGTTTTAGCCCTGATTTCAACATCCAGAATGAA  550

seq1  AGCAGTAATCAACTTTATTACAATATTTTTCTTTAAAGGAAAAGCAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTAATCAACTTTATTACAATATTTTTCTTTAAAGGAAAAGCAATGC  600

seq1  AGCTAAGTCCCTATTGATTTTTAAGGTTCAGCAATCCCTCCAGGTGCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGTCCCTATTGATTTTTAAGGTTCAGCAATCCCTCCAGGTGCCCC  650

seq1  CTTTATCCTTCCTCCTGAATGCTCTCAGCCTTTATGGTCAGAAGGTACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCCTTCCTCCTGAATGCTCTCAGCCTTTATGGTCAGAAGGTACCA  700

seq1  AACAGTAAGAAACAAACCTATAAGAGCAATTTTCACTCCTCAAGGTGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAAGAAACAAACCTATAAGAGCAATTTTCACTCCTCAAGGTGCCT  750

seq1  GGTGCAGTGGTTGTACCATGTAGCCTTCCTATGTGTCGTAGTCTTACAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAGTGGTTGTACCATGTAGCCTTCCTATGTGTCGTAGTCTTACAAT  800

seq1  ATGGGCCTGTTCTCATACACTCCCCAAAGGGGAGGTCCAGACATCTTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCCTGTTCTCATACACTCCCCAAAGGGGAGGTCCAGACATCTTAAT  850

seq1  TTTTCCAATATGCCATATCATCCTGATTCCTTCAAGGTATGTTTCTGTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAATATGCCATATCATCCTGATTCCTTCAAGGTATGTTTCTGTAT  900

seq1  ATGGCAGAGGGGGATCAAGCCAGTCTAACTCCTTAACAGAATCTGCTTCT  950
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGA-GGGGATCAAGCCAGTCTAACTCCTTAACAGAATCTGCTTCT  949

seq1  TATGGGGCATAACAGATCTTGCCATCCATGCTGTATGTCAGTCACATACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGGCATAACAGATCTTGCCATCCATGCTGTATGTCAGTCACATACT  999

seq1  CTCAGAATATGCTGT-AGGTACTATTCTATACTTATTACCTGAA-CTTTT  1048
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| 
seq2  CTCAGAATATGCTGTAAGGTACTATTCTATACTTATTA-CTGAACCTTTG  1048

seq1  GCCTTCAACTG-CTAAGGTCCCAGGCTTT-GGGTCTGGGCCCA-TTGTTT  1095
      ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||
seq2  GCCTTCAACTGCCTAAGGTCCAAGGCTTTGGGGTCTGGGCCCATTTTTTT  1098

seq1  CTCTAGTGCACTTTCAT-CTTTGAGACCAGGTATAAGTGCTTAAGAGTTT  1144
      ||||||||| | ||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGTGC-CGTTCATCCTTGGAGA-CAGGGATAAGTGCTTAAGAGTTT  1146

seq1  CTGGAACCATC-TTACAGTTAATGCTTCTTTAACTTGTTTATTCTTGGTA  1193
      |||||  |||| ||||||||||||||||||  || || |||||| |||| 
seq2  CTGGA--CATCTTTACAGTTAATGCTTCTT--ACCTG-TTATTC-TGGT-  1189

seq1  CAAACAGGGGGCATAAAGGGGACTCTTGT-GTAGGCATAGGCA  1235
         ||||||||||| |   |||||||||| |||||||| ||||
seq2  --CACAGGGGGCATTA---GGACTCTTGTGGTAGGCAT-GGCA  1226