BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-097D20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 177,277,327 - 177,385,634
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOTTMUSG00000016571
Upstream geneLOC100039093, LOC668039, LOC100039109, LOC100043381, LOC100043387, LOC100039123, LOC626877, LOC100039156, LOC100039166, 6230416C02Rik, LOC635470, LOC100043403, LOC100039198, LOC100043406, LOC668066, LOC621442, LOC628308
Downstream geneLOC100039233, LOC626802, LOC329575, LOC433515, LOC665205, OTTMUSG00000016327, LOC100039263, LOC626848, 2810021G02Rik, Phactr3, Sycp2, Ppp1r3d, 9030418K01Rik, Cdh26
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-097D20.bB6Ng01-097D20.g
ACCDH907666DH907667
length1,1531,155
definitionDH907666|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097D20, 5' end.DH907667|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097D20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,277,327 - 177,278,477)(177,384,469 - 177,385,634)
sequence
gaattctcatctctgcctgatgctatgtgtttatgctgctatgattgact
ctaacactttggaactgtaaacccgattttatgccttcaattataatttg
tccatggtgtgttttataataacaatagaaaagtaaatatatacacatgt
tgtgtggaaggtcagaacccagaaaatccccccttccaactataggaacc
aggatggaatactgttcaaactttatctctagagcagttataatctgtcc
tgtgtctttgaagttaggcatgatcccaagattgacaattatagacttcc
ctgaagaagcaacccctttatgaacattctcctttacttctaacccaacc
aataccaaatcatgaatcaggtccatcttgtattgaagactctcatttaa
gtaatggtggcccaaaacacaggatgaaataaatactactctttattaca
gatccaataagtgttgtaaattgtagtttatttagtgagtaaaggtcagc
ttcattataaatgagaacctgtctcaaaaaaaaaaggatgataaacaatc
taaactatattttaagggccagttaaagactattctttttcctgttccaa
attaatcctaaagaaaaaaatacagtaatttctatattgtttagtacggt
attttctctactcatgttctatgttaaaggacaacttttcattttgactt
gtttttccccaataatcttaagatttacatggtgtaaattgtttccagtg
ttcttggcatggttttagagctgccaggtttttcactaaattactgactg
caaagcaattctagttttgtaatcacctactatgaaaccttggcctttga
gttgaaatagaaaatttcctgtgtttttactcagggctgctattctctcc
taattcagaggagactgcaggattggcctggaaataaaaataactttttt
actttcacatcatttaaggtcattgcttctttgttctgacagtgcaccat
aactatttttaaaatatgggacgtgactattgtagaacagtgtgtcctca
atcaggatgtgaattggcctccaaactgctggaattgatagcacaatgct
attatgtttggctaatttcattttggaaatgaattgtatggcattggatc
caa
gaattcattacccactggctcaagctaacctgcccaaataaaacaccctc
caatctaggtttactaaattacatccatacatggatacagtctgtgaaat
tacaaaatcattctcactccctgaatcaggtccttctccataacagtgac
ccctgcacacactccctttccctttggtctgtgacctagctcttgtcagc
actgttttacctgacagtgtacacagtaagctgttcctctggttctcatc
ctgccaagtgtatttccacacacaagcccctgccacaaaggtttagtcca
gatgctgccagataaagttatttagaggctacagccgggtccaaggagag
actaggtccacaaaggagcacacaggtggccccatatgcctggctgatgc
ttaccatccatgcgctggaaagacctactacgcaggcatcctttgctaag
aagcttgctccccatctttacaggagatgactttgcacttaccatgtctg
aaattctgaccttgtctgagctacctcgcagcactcaatgaagacagtaa
gaacacaacacatagaaacactcaggtcacctgagttacagagaggaact
cgagggcatagtaccaggaagagccacctcctcttctgactggcagctcc
gtgtgggggttctgatggctactgagtcttgagtgacatgagcaccaccc
ttagggttagcgtgtgttgaaaggacacagcttagtggttccagcctggg
ccaatcctttttcagatctgcggctttgtaggacagtagcagtagtgagt
ctcctccaatagctgatctgtctgttctcccgctaattccttggggaggg
ggctaagattccagatcaatgctgcttatctgcctgcttctccccttgtg
ggcagtgccctttgttcactgctgtgcaaattttgatcttgcctgaactc
aagcactgcactcagaggcacttcttcctctagatccaagctgaatagct
acatagcccatcaatcacttacattggtagtctccaattgtgtcccacag
tgacgtgcccagaatattagccattaaagaaataaagaggaattaaggaa
acaggattttttccggggcttctgactggttcagttccactgcagtatgt
tccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_177277327_177278477
seq2: B6Ng01-097D20.b_49_1201

seq1  GAATTCTCATCTCTGCCTGATGCTATGTGTTTATGCTGCTATGATTGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATCTCTGCCTGATGCTATGTGTTTATGCTGCTATGATTGACT  50

seq1  CTAACACTTTGGAACTGTAAACCCGATTTTATGCCTTCAATTATAATTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACACTTTGGAACTGTAAACCCGATTTTATGCCTTCAATTATAATTTG  100

seq1  TCCATGGTGTGTTTTATAATAACAATAGAAAAGTAAATATATACACATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGTGTGTTTTATAATAACAATAGAAAAGTAAATATATACACATGT  150

seq1  TGTGTGGAAGGTCAGAACCCAGAAAATCCCCCCTTCCAACTATAGGAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGAAGGTCAGAACCCAGAAAATCCCCCCTTCCAACTATAGGAACC  200

seq1  AGGATGGAATACTGTTCAAACTTTATCTCTAGAGCAGTTATAATCTGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGAATACTGTTCAAACTTTATCTCTAGAGCAGTTATAATCTGTCC  250

seq1  TGTGTCTTTGAAGTTAGGCATGATCCCAAGATTGACAATTATAGACTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTTTGAAGTTAGGCATGATCCCAAGATTGACAATTATAGACTTCC  300

seq1  CTGAAGAAGCAACCCCTTTATGAACATTCTCCTTTACTTCTAACCCAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAAGCAACCCCTTTATGAACATTCTCCTTTACTTCTAACCCAACC  350

seq1  AATACCAAATCATGAATCAGGTCCATCTTGTATTGAAGACTCTCATTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCAAATCATGAATCAGGTCCATCTTGTATTGAAGACTCTCATTTAA  400

seq1  GTAATGGTGGCCCAAAACACAGGATGAAATAAATACTACTCTTTATTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGGTGGCCCAAAACACAGGATGAAATAAATACTACTCTTTATTACA  450

seq1  GATCCAATAAGTGTTGTAAATTGTAGTTTATTTAGTGAGTAAAGGTCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAATAAGTGTTGTAAATTGTAGTTTATTTAGTGAGTAAAGGTCAGC  500

seq1  TTCATTATAAATGAGAACCTGTCTCAAAAAAAAAAGGATGATAAACAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTATAAATGAGAACCTGTCTCAAAAAAAAAAGGATGATAAACAATC  550

seq1  TAAACTATATTTTAAGGGCCAGTTAAAGACTATTCTTTTTCCTGTTCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTATATTTTAAGGGCCAGTTAAAGACTATTCTTTTTCCTGTTCCAA  600

seq1  ATTAATCCTAAAGAAAAAAATACAGTAATTTCTATATTGTTTAGTACGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCCTAAAGAAAAAAATACAGTAATTTCTATATTGTTTAGTACGGT  650

seq1  ATTTTCTCTACTCATGTTCTATGTTAAAGGACAACTTTTCATTTTGACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTCTACTCATGTTCTATGTTAAAGGACAACTTTTCATTTTGACTT  700

seq1  GTTTTTCCCCAATAATCTTAAGATTTACATGGTGTAAATTGTTTCCAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCCCCAATAATCTTAAGATTTACATGGTGTAAATTGTTTCCAGTG  750

seq1  TTCTTGGCATGGTTTTAGAGCTGCCAGGTTTTTCACTAAATTACTGACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGCATGGTTTTAGAGCTGCCAGGTTTTTCACTAAATTACTGACTG  800

seq1  CAAAGCAATTCTAGTTTTGTAATCACCTACTATG-AACCTTGGCC-TTGA  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  CAAAGCAATTCTAGTTTTGTAATCACCTACTATGAAACCTTGGCCTTTGA  850

seq1  GTTGAAATAGAAAATTTCCTGTGTTTTTACTCAGGGCTGCTATTCTCTCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAATAGAAAATTTCCTGTGTTTTTACTCAGGGCTGCTATTCTCTCC  900

seq1  TAATTCAGAGGAGACTGCAGGATTGGCCTGGAAAT-AAAATAAC-TTTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  TAATTCAGAGGAGACTGCAGGATTGGCCTGGAAATAAAAATAACTTTTTT  950

seq1  AC-TTCACATCATTT-AGGTCATTGCTTCTTTGTTCTTGACAGTGCAACC  994
      || |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  ACTTTCACATCATTTAAGGTCATTGCTTCTTTGTTC-TGACAGTGC-ACC  998

seq1  ATAACTATTTTTTAAAAATAT-GGACGTGACTA-TGTAGAACAGTGTGTC  1042
      ||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATAACTATTTTT--AAAATATGGGACGTGACTATTGTAGAACAGTGTGTC  1046

seq1  CTCAAATTCATGGATGTGAATTTGCCTCCAAACTGCTGGAATTGATAGCA  1092
      |||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAA--TCA-GGATGTGAATTGGCCTCCAAACTGCTGGAATTGATAGCA  1093

seq1  C-ATGCTATTATGTTTGGCTATATTCATTTTTGAAAATGATTGTATGGCA  1141
      | |||||||||||||||||||  |||||||| ||||   |||||||||||
seq2  CAATGCTATTATGTTTGGCTAATTTCATTTTGGAAATGAATTGTATGGCA  1143

seq1  TTGGATCCAA  1151
      ||||||||||
seq2  TTGGATCCAA  1153

seq1: chr2_177384469_177385634
seq2: B6Ng01-097D20.g_69_1223 (reverse)

seq1  GTGGAACATACATGCAGTGGACCTGAACCCAGTCAGAAGCCACAGAAAAA  50
      ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||
seq2  GTGGAACATAC-TGCAGTGGAACTGAA-CCAGTCAGAAGCCCCGGAAAAA  48

seq1  ATCCTTGTTTCCTAAAATCTCTCTTTAATTTCTTTAATTGCTAATATTCT  100
      |||| |||||||| || || |||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  ATCC-TGTTTCCTTAATTC-CTCTTT-ATTTCTTTAATGGCTAATATTCT  95

seq1  GGGCAACCGTCCACTTGTGGGACAC-ATTGGAGACT-CCAATGTAAGTTG  148
      |||||  ||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| ||
seq2  GGGCA--CGT-CAC-TGTGGGACACAATTGGAGACTACCAATGTAAG-TG  140

seq1  ATTGATGGGCTATGTAAGCTATTCAGCTTGGATCTAGGAGGAAGAAGTGC  198
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATTGATGGGCTATGT-AGCTATTCAGCTTGGATCTA-GAGGAAGAAGTGC  188

seq1  CTCCTGAGTGCAGTGCTTTGAGTTCAGGCAAGATCAAAATTTGCACAGCA  248
      || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CT-CTGAGTGCAGTGC-TTGAGTTCAGGCAAGATCAAAATTTGCACAGCA  236

seq1  GTGAACAAAGGGCACTGCCCACAAAGGGGAGAAGCAGGCAGATAAGCAGC  298
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACAAAGGGCACTGCCCAC-AAGGGGAGAAGCAGGCAGATAAGCAGC  285

seq1  ATTGATCTGGAATCTTAGCCCC--TCCCAAGGAATTAGCGGGAGAACAGA  346
      ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATCTGGAATCTTAGCCCCCTCCCCAAGGAATTAGCGGGAGAACAGA  335

seq1  CAGATCAGCTATTGGAGGAGACTCACTACTGCTACTGTCCTACAAAGCCG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCAGCTATTGGAGGAGACTCACTACTGCTACTGTCCTACAAAGCCG  385

seq1  CAGATCTGAAAAAGGATTGGCCCAGGCTGGAACCACTAAGCTGTGTCCTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTGAAAAAGGATTGGCCCAGGCTGGAACCACTAAGCTGTGTCCTT  435

seq1  TCAACACACGCTAACCCTAAGGGTGGTGCTCATGTCACTCAAGACTCAGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACACACGCTAACCCTAAGGGTGGTGCTCATGTCACTCAAGACTCAGT  485

seq1  AGCCATCAGAACCCCCACACGGAGCTGCCAGTCAGAAGAGGAGGTGGCTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATCAGAACCCCCACACGGAGCTGCCAGTCAGAAGAGGAGGTGGCTC  535

seq1  TTCCTGGTACTATGCCCTCGAGTTCCTCTCTGTAACTCAGGTGACCTGAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGTACTATGCCCTCGAGTTCCTCTCTGTAACTCAGGTGACCTGAG  585

seq1  TGTTTCTATGTGTTGTGTTCTTACTGTCTTCATTGAGTGCTGCGAGGTAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTATGTGTTGTGTTCTTACTGTCTTCATTGAGTGCTGCGAGGTAG  635

seq1  CTCAGACAAGGTCAGAATTTCAGACATGGTAAGTGCAAAGTCATCTCCTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACAAGGTCAGAATTTCAGACATGGTAAGTGCAAAGTCATCTCCTG  685

seq1  TAAAGATGGGGAGCAAGCTTCTTAGCAAAGGATGCCTGCGTAGTAGGTCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATGGGGAGCAAGCTTCTTAGCAAAGGATGCCTGCGTAGTAGGTCT  735

seq1  TTCCAGCGCATGGATGGTAAGCATCAGCCAGGCATATGGGGCCACCTGTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCGCATGGATGGTAAGCATCAGCCAGGCATATGGGGCCACCTGTG  785

seq1  TGCTCCTTTGTGGACCTAGTCTCTCCTTGGACCCGGCTGTAGCCTCTAAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTTTGTGGACCTAGTCTCTCCTTGGACCCGGCTGTAGCCTCTAAA  835

seq1  TAACTTTATCTGGCAGCATCTGGACTAAACCTTTGTGGCAGGGGCTTGTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTATCTGGCAGCATCTGGACTAAACCTTTGTGGCAGGGGCTTGTG  885

seq1  TGTGGAAATACACTTGGCAGGATGAGAACCAGAGGAACAGCTTACTGTGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAATACACTTGGCAGGATGAGAACCAGAGGAACAGCTTACTGTGT  935

seq1  ACACTGTCAGGTAAAACAGTGCTGACAAGAGCTAGGTCACAGACCAAAGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTCAGGTAAAACAGTGCTGACAAGAGCTAGGTCACAGACCAAAGG  985

seq1  GAAAGGGAGTGTGTGCAGGGGTCACTGTTATGGAGAAGGACCTGATTCAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGAGTGTGTGCAGGGGTCACTGTTATGGAGAAGGACCTGATTCAG  1035

seq1  GGAGTGAGAATGATTTTGTAATTTCACAGACTGTATCCATGTATGGATGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGAGAATGATTTTGTAATTTCACAGACTGTATCCATGTATGGATGT  1085

seq1  AATTTAGTAAACCTAGATTGGAGGGTGTTTTATTTGGGCAGGTTAGCTTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGTAAACCTAGATTGGAGGGTGTTTTATTTGGGCAGGTTAGCTTG  1135

seq1  AGCCAGTGGGTAATGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTGGGTAATGAATTC  1155