BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-098A06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 43,984,556 - 44,150,690
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArhgap15
Upstream geneLOC100041228, LOC100041245, Kynu
Downstream geneGtdc1, Zeb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-098A06.bB6Ng01-098A06.g
ACCDH908231DH908232
length1,1471,110
definitionDH908231|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098A06, 5' end.DH908232|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098A06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,149,509 - 44,150,690)(43,984,556 - 43,985,684)
sequence
gaattctatgaattcctagaatttctatggcaccccatggactcaccagc
agctcggttcttccctggtttgcaaagagtgacccagagttcaggacaga
tggttgcttacagtgcctgtgtatgtgtcctggccagcatggcaggcttg
ctcctcagcttaacccaagctctctttggcctgcatccctgtctttaggc
cctgactcccgctatgactggattattgtctttttttttttttctgtcca
tatgtatggacaattttatgttcccaaatcttcatgtcccttgaaacaat
agtttgtttggattataaaacgtagctgcttggatttgagtgtctgtgtc
ccctactaaactcatatattggcatatacatattaccaaggggagattgt
ggtctttgagagaaaatattttgaggtatggctttttcggcataatgggg
tttgagttcctattggaaaaaaaatccccaaatctgctttgtcctttctg
ctatatgacgatgctggaaaagttcccatctatgaactatagtaccggcc
ctgaatctatgattttgaaaatcagatattaaacttgcttttaaacttag
ttgtggaacttgaagaagtaagcttgtactgttttgctatagtagtctga
cagtactaagacagtaaccaaatcttggaatcctcctgtactcctcttgg
ttatatatatcacagtaagaacagaagtccagtggtaataaaaccctgtt
cagaagaacataggacttttgaccatagaaccagagaaccgaatttcatg
cttagttgtcttaattactaagggtctgaccttagacaaacctcatgccc
tcaccatgttttgggttttattatttgtaatggtggctcatactcacagt
gttatttaaagtatacagaccacacagagaagcccatggacatagtttga
atgcagtagtgctcaattagtcatggctatcactatcatacatttttctt
ttttgacatgcacttatattacactaaaatgtcattctgctttatgacat
gtagttcgctcactcgtcatcagggctcaggtttattagcatcagttcag
cttgatactccatatcagtagctaggaaataagcactgatttaagcc
gaattcactcctagcccctggatatagctgtagtacatgcatcctttgcc
ctctcttagaactttaattgacctcagccagttcacaaagagtacttcat
ctaaaatcgactcttatgggaaaacataaagggtcatagacatcattctc
cctgttcaaaagacacttccaactgaggtctccatcccacttctatagca
ctttcacatcccagtaagaaatcctgttgcctgggtctgaagagcagcct
tgacccagaaaatgtgcaagatacaaaatggcctctcccaataggttgcc
tagtcatactgttttgtgggtaaatttggggtagattaggtatctttgaa
ttgtcagtttctgcagtgaaagctgaaaaatgagaaacaaacaccatttg
actagaaatcccccaaaagaaaacttgttttgagaatgctaatttataat
cataatctcttccctccaattacattgctgaaacagaatttccacttatt
tacacagaataactagtgagcttcaaacaacctactaagaatgggaattt
ctaagcatagcttacactcaacctaccaagctacccaatgctccacagag
ccacatgactctcaggctcttaatatggtttattataaaatcctttacct
gcctcaaagcacttctcatcaaagccacttctaagccaaagctgaggact
aaagaatgcctttaacagaatcctaaaatagcttttaacccggggctgag
agagaaagtgcttttaacctaaagtgctttcctcttacgtacttcagcgc
atacctagtgctcagccttagtggcttgaagaacacccttaagacccaaa
tgaaagagactccattatagatattcaaacctgttatattaatacattac
aagcaatatttgaaatcattaagcagttttactcctactgactttgagtc
ttttctattgaactctacattcatgcaataattgagtctttacacttggg
attctaacaatctatgctgatatagagagaatacagcttctactagactt
tgctaattctgcagtaatgtctgtgctctcccaccaaaagatctttgatc
ttaatcactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_44149509_44150690
seq2: B6Ng01-098A06.b_45_1191 (reverse)

seq1  GGCTTAAATCAGTTGCTTAAATCTCCTAGGGCATAACTGAATAT-GAGTA  49
      |||||||||||| |||||  || ||||||      |||| |||| |||||
seq2  GGCTTAAATCAG-TGCTT--ATTTCCTAG----CTACTG-ATATGGAGTA  42

seq1  TCACAGGCTGGAACTGATGCTAAATTAGAACACCTGAGCACCTGAATGAA  99
      |  || ||| |||||||||||||      | |||||||| |||| ||| |
seq2  T--CAAGCT-GAACTGATGCTAA-----TAAACCTGAGC-CCTG-ATG-A  81

seq1  CGAGTGAGCGAAACCTACCATGTCACAAAAAAAGAAAGAAAAAAGAAACA  149
      ||||||||||||  ||| ||||||        | |||| | || |  |||
seq2  CGAGTGAGCGAA--CTA-CATGTC--------ATAAAGCAGAATG--ACA  118

seq1  TTTTAAGTGTAGATATAAGTGCATGTCAATATAGAAAAATGTTATGATAG  199
      |||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||
seq2  TTTT-AGTGTA-ATATAAGTGCATGTCAAAAAAGAAAAATG-TATGATAG  165

seq1  TGATAGCCATGACTAATTGAGCACTACCTGCATTCAAACTATGTCCATGG  249
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCCATGACTAATTGAGCACTA-CTGCATTCAAACTATGTCCATGG  214

seq1  GCTTCTTCTGTGTGGTCTGTATACTTTAAATAACACTGTGAGTATGAGCC  299
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTC-TCTGTGTGGTCTGTATACTTTAAATAACACTGTGAGTATGAGCC  263

seq1  ACCATTACAAATAATAAAA-CCAAAACATGGTGAGGGCATGAGGTTTGTC  348
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTACAAATAATAAAACCCAAAACATGGTGAGGGCATGAGGTTTGTC  313

seq1  TAAGGTCAGACCCTTAGTAATTAAGACAACTAAGCATGAAATTCGGTTCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTCAGACCCTTAGTAATTAAGACAACTAAGCATGAAATTCGGTTCT  363

seq1  CTGGTTCTATGGTCAAAAGTCCTATGTTCTTCTGAACAGGGTTTTATTAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTCTATGGTCAAAAGTCCTATGTTCTTCTGAACAGGGTTTTATTAC  413

seq1  CACTGGACTTCTGTTCTTACTGTGATATATATAACCAAGAGGAGTACAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGACTTCTGTTCTTACTGTGATATATATAACCAAGAGGAGTACAGG  463

seq1  AGGATTCCAAGATTTGGTTACTGTCTTAGTACTGTCAGACTACTATAGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCCAAGATTTGGTTACTGTCTTAGTACTGTCAGACTACTATAGCA  513

seq1  AAACAGTACAAGCTTACTTCTTCAAGTTCCACAACTAAGTTTAAAAGCAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTACAAGCTTACTTCTTCAAGTTCCACAACTAAGTTTAAAAGCAA  563

seq1  GTTTAATATCTGATTTTCAAAATCATAGATTCAGGGCCGGTACTATAGTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATATCTGATTTTCAAAATCATAGATTCAGGGCCGGTACTATAGTT  613

seq1  CATAGATGGGAACTTTTCCAGCATCGTCATATAGCAGAAAGGACAAAGCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATGGGAACTTTTCCAGCATCGTCATATAGCAGAAAGGACAAAGCA  663

seq1  GATTTGGGGATTTTTTTTCCAATAGGAACTCAAACCCCATTATGCCGAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGGGGATTTTTTTTCCAATAGGAACTCAAACCCCATTATGCCGAAA  713

seq1  AAGCCATACCTCAAAATATTTTCTCTCAAAGACCACAATCTCCCCTTGGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATACCTCAAAATATTTTCTCTCAAAGACCACAATCTCCCCTTGGT  763

seq1  AATATGTATATGCCAATATATGAGTTTAGTAGGGGACACAGACACTCAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTATATGCCAATATATGAGTTTAGTAGGGGACACAGACACTCAAA  813

seq1  TCCAAGCAGCTACGTTTTATAATCCAAACAAACTATTGTTTCAAGGGACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCAGCTACGTTTTATAATCCAAACAAACTATTGTTTCAAGGGACA  863

seq1  TGAAGATTTGGGAACATAAAATTGTCCATACATATGGACAGAAAAAAAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATTTGGGAACATAAAATTGTCCATACATATGGACAGAAAAAAAAA  913

seq1  AAAAGACAATAATCCAGTCATAGCGGGAGTCAGGGCCTAAAGACAGGGAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACAATAATCCAGTCATAGCGGGAGTCAGGGCCTAAAGACAGGGAT  963

seq1  GCAGGCCAAAGAGAGCTTGGGTTAAGCTGAGGAGCAAGCCTGCCATGCTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCAAAGAGAGCTTGGGTTAAGCTGAGGAGCAAGCCTGCCATGCTG  1013

seq1  GCCAGGACACATACACAGGCACTGTAAGCAACCATCTGTCCTGAACTCTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGACACATACACAGGCACTGTAAGCAACCATCTGTCCTGAACTCTG  1063

seq1  GGTCACTCTTTGCAAACCAGGGAAGAACCGAGCTGCTGGTGAGTCCATGG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACTCTTTGCAAACCAGGGAAGAACCGAGCTGCTGGTGAGTCCATGG  1113

seq1  GGTGCCATAGAAATTCTAGGAATTCATAGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCATAGAAATTCTAGGAATTCATAGAATTC  1147

seq1: chr2_43984556_43985684
seq2: B6Ng01-098A06.g_67_1176

seq1  GAATTCACTCCTAGCCCCTGGATATAGCTGTAGTACATGCATCCTTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCTAGCCCCTGGATATAGCTGTAGTACATGCATCCTTTGCC  50

seq1  CTCTCTTAGAACTTTAATTGACCTCAGCCAGTTCACAAAGAGTACTTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTAGAACTTTAATTGACCTCAGCCAGTTCACAAAGAGTACTTCAT  100

seq1  CTAAAATCGACTCTTATGGGAAAACATAAAGGGTCATAGACATCATTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATCGACTCTTATGGGAAAACATAAAGGGTCATAGACATCATTCTC  150

seq1  CCTGTTCAAAAGACACTTCCAACTGAGGTCTCCATCCCACTTCTATAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCAAAAGACACTTCCAACTGAGGTCTCCATCCCACTTCTATAGCA  200

seq1  CTTTCACATCCCAGTAAGAAATCCTGTTGCCTGGGTCTGAAGAGCAGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACATCCCAGTAAGAAATCCTGTTGCCTGGGTCTGAAGAGCAGCCT  250

seq1  TGACCCAGAAAATGTGCAAGATACAAAATGGCCTCTCCCAATAGGTTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAGAAAATGTGCAAGATACAAAATGGCCTCTCCCAATAGGTTGCC  300

seq1  TAGTCATACTGTTTTGTGGGTAAATTTGGGGTAGATTAGGTATCTTTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATACTGTTTTGTGGGTAAATTTGGGGTAGATTAGGTATCTTTGAA  350

seq1  TTGTCAGTTTCTGCAGTGAAAGCTGAAAAATGAGAAACAAACACCATTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGTTTCTGCAGTGAAAGCTGAAAAATGAGAAACAAACACCATTTG  400

seq1  ACTAGAAATCCCCCAAAAGAAAACTTGTTTTGAGAATGCTAATTTATAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAAATCCCCCAAAAGAAAACTTGTTTTGAGAATGCTAATTTATAAT  450

seq1  CATAATCTCTTCCCTCCAATTACATTGCTGAAACAGAATTTCCACTTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATCTCTTCCCTCCAATTACATTGCTGAAACAGAATTTCCACTTATT  500

seq1  TACACAGAATAACTAGTGAGCTTCAAACAACCTACTAAGAATGGGAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAATAACTAGTGAGCTTCAAACAACCTACTAAGAATGGGAATTT  550

seq1  CTAAGCATAGCTTACACTCAACCTACCAAGCTACCCAATGCTCCACAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCATAGCTTACACTCAACCTACCAAGCTACCCAATGCTCCACAGAG  600

seq1  CCACATGACTCTCAGGCTCTTAATATGGTTTATTATAAAATCCTTTACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGACTCTCAGGCTCTTAATATGGTTTATTATAAAATCCTTTACCT  650

seq1  GCCTCAAAGCACTTCTCATCAAAGCCACTTCTAAGCCAAAGCTGAGGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAAAGCACTTCTCATCAAAGCCACTTCTAAGCCAAAGCTGAGGACT  700

seq1  AAAGAATGCCTTTAACAGAATCCTAAAATAGCTTTTAACCCGGGGCTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGCCTTTAACAGAATCCTAAAATAGCTTTTAACCCGGGGCTGAG  750

seq1  AGAGAAAGTGCTTTTAACCTAAAGTGCTTTCCTCTTACGTACTTCAGCGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGTGCTTTTAACCTAAAGTGCTTTCCTCTTACGTACTTCAGCGC  800

seq1  ATACCTAGTGCTCAGCCTTAGTGGCTTGAAGAACACCCTTAAGACCCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTAGTGCTCAGCCTTAGTGGCTTGAAGAACACCCTTAAGACCCAAA  850

seq1  TGAAAGAGACTCCATTATAGATATTCAAACCTGTTATATTAATACATTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGAGACTCCATTATAGATATTCAAACCTGTTATATTAATACATTAC  900

seq1  AAGCAATATTTGAAATCATTAAGCAGTTTTACTCCTACTGACTTTGAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATATTTGAAATCATTAAGCAGTTTTACTCCTACTGACTTTGAGTC  950

seq1  TTTTCTTATTGAACTCTACATTCATGCAAATAAATTGAAGTCTTTACCAC  1000
      ||||| |||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||
seq2  TTTTC-TATTGAACTCTACATTCATGCAA--TAATTG-AGTCTTTA-CAC  995

seq1  TTGGGATTCTAACAAATCTATGCTGATATTAGAGAGAATACAGCCTTCTT  1050
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| 
seq2  TTGGGATTCTAAC-AATCTATGCTGATA-TAGAGAGAATACAG-CTTCT-  1041

seq1  ACCTAGACTTTGCTTAATTCTGCAGTAAAATGTCTGTGCTCTCCCCAACC  1100
        ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||  |||
seq2  -ACTAGACTTTGC-TAATTCTGCAGT--AATGTCTGTGCTCTCCC--ACC  1085

seq1  AAAAAGAATCTTTTGATTCTTAATCACTG  1129
      ||||   ||| ||||| ||||||||||||
seq2  AAAA--GATC-TTTGA-TCTTAATCACTG  1110