BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099B10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 153,965,378 - 154,146,860
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlunc, 2310021H06Rik, U46068, BC018465, 5430413K10Rik, OTTMUSG00000015915
Upstream geneHck, Tm9sf4, Tspyl3, Plagl2, Pofut1, Kif3b, 2500004C02Rik, Asxl1, 8430427H17Rik, Commd7, 7530422B04Rik, Dnmt3b, LOC668932, Mapre1, EG329541, LOC100043869, Spag4l, Bpil1, Bpil3, Rya3, LOC100043870, Gm1006, EG545477, Psp, LOC100043652, 1700058C13Rik
Downstream geneCdk5rap1, Snta1, Cbfa2t2, Apba2bp, 1700003F12Rik, E2f1, Pxmp4, Zfp341, Chmp4b, LOC668936, LOC435692, Raly, Eif2s2, a, Ahcy, Itch, LOC100043877, LOC668931, Dynlrb1, Map1lc3a, Cdc91l1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099B10.bB6Ng01-099B10.g
ACCDH908983DH908984
length1,1831,196
definitionDH908983|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099B10, 5' end.DH908984|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099B10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,965,378 - 153,966,563)(154,145,674 - 154,146,860)
sequence
gaattcactgttatctatttgttacctactcaaaattgaatgctgatttc
catcctaatccatcacaagttgaagataaatgtcacacatattaataata
gtaatatgggctagagagatggctccatggttaagagtgcttactactct
tccagaggtcccagtttcagatcccagcacccacagtatgtggcccacaa
ctgcgtgaagttccagctctaggagaatccggtgccttcttccagcttcc
atgggcatacgtgtggtatatatacacatacacaaataaaaataaatctt
taaaaataagtaagcactcgacaagtcttccacatctgattaaatgcctc
accagcaaccccgtgacatacaaaactgtcacccagtttacacatgaacg
ttctgaaagaagaagctatttgcctaaatcacacagaaaggaactggtct
cgtcagccctgctaacattaatcgtatgcccattaatcatatgcagacag
gtagatcacaaagctcacactcttaattgtgaacccccaccccaaggtgt
ccccttcttccctcccttctaagacctcccctcgacttcccttccaccca
aggggaatatgatgaaatcggttcagtggaactgagaagctcaaacaagg
aagtgtcaactgctcagagatgagaagagggccagagaacttcttgtctc
catctttcaattcaaactccctaatccgaaatgcttcaccggggatttgc
aaccctagacaccatgatcctgaacattccacttgatagcctttggctta
cagggttcttcctgctcttgagtcaaagagcaaacacaggagggctaggc
cacaaggctgtctgcttccttgggggatagcgttgtctgcatttcctctt
ggcactatctgggttgtcttaagggctccatcaagatgcctctttgtgtt
ttccaattcctctttggcaccttctgggttgtcttaagggctccatcaag
atgctctttggtgttttccattttgtcttcatattaggattcacagagcc
ggagactcagccatcatacttgctccagaagagcttgttggatatcagag
gccttctgaatgctcttggggtcacagtggaggggatgcttaaaaatgga
atgtaatccaaaggtcaggactttgtcctgacc
gaattcagagttggagaccacgctagctttccatcatcataacaaggtaa
gtgtcttcagtggggaagaggtcagtataagctcagtgtcagaggaccca
ggctgtgacctattgtccctttggtctttaggcctgtggctggcagtgca
tggtcatgggaaacaaagtgctcacaggagacaggcctccacatctgctt
gaagggcaagctcccagtgacctagagagctacctcaggcagcacaggtc
ccacctcccaagagcaccaggtggggagcaaggctttgccccctgagcct
ttgtgaggtactccagatccaagtaagacagggaggtgaggggcagaaag
ggttactcattgtccctgagcactgagatcactgggttttgttggctcct
gttagtgttcatccctaagtaagaagttctttgcatgctcatgaatatgc
atgagcgttgaggaaagagtcacctctcagttttgcatgcagggagtgtt
tattaaggagctgattacaacaatgcccatttcctccaactgttcttgtc
cttgtcactcagggcagaggatcctgggcatactgaggagaccattgcta
ttgtctcctgaatcataaggatgggctgaaaggggcatggagacaattct
caggggtttgctgtcattcagtacttggggttcagtagtggcttcagctt
gctgcctgaaggtcaatctgaggggagagaaagacaatagtttctgcctt
tagccctgggagttgactgcaggcgtgataactgccaccttcatctgtcc
ccaccagatcaccatagcactgcttcagggtggggagcagacatctgcca
gtgaatgccctgggagatgtagactatgatagaggggatttgaaggtgaa
ttctctggcaagaggggatccatgcagtcgagggtcgggatcacccagag
acagcaggcttactactactgactcttgtgttcacaagatctgggaatga
agcccctgctggcacatgggtaccatgctggcctgttaggaactgtactt
gtttactgctatgacataacctactgggggcttatgtgtctgctctactg
gagctatagctcgatgtcatttcatctgggcctggtccctgaatcaaggc
tgggctgtcggtaatgactgctggatgtcctatcaaagaatgggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_153965378_153966563
seq2: B6Ng01-099B10.b_47_1229

seq1  GAATTCACTGTTATCTATTTGTTACCTACTCAAAATTGAATGCTGATTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTTATCTATTTGTTACCTACTCAAAATTGAATGCTGATTTC  50

seq1  CATCCTAATCCATCACAAGTTGAAGATAAATGTCACACATATTAATAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTAATCCATCACAAGTTGAAGATAAATGTCACACATATTAATAATA  100

seq1  GTAATATGGGCTAGAGAGATGGCTCCATGGTTAAGAGTGCTTACTACTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATGGGCTAGAGAGATGGCTCCATGGTTAAGAGTGCTTACTACTCT  150

seq1  TCCAGAGGTCCCAGTTTCAGATCCCAGCACCCACAGTATGTGGCCCACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGGTCCCAGTTTCAGATCCCAGCACCCACAGTATGTGGCCCACAA  200

seq1  CTGCGTGAAGTTCCAGCTCTAGGAGAATCCGGTGCCTTCTTCCAGCTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGTGAAGTTCCAGCTCTAGGAGAATCCGGTGCCTTCTTCCAGCTTCC  250

seq1  ATGGGCATACGTGTGGTATATATACACATACACAAATAAAAATAAATCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCATACGTGTGGTATATATACACATACACAAATAAAAATAAATCTT  300

seq1  TAAAAATAAGTAAGCACTCGACAAGTCTTCCACATCTGATTAAATGCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATAAGTAAGCACTCGACAAGTCTTCCACATCTGATTAAATGCCTC  350

seq1  ACCAGCAACCCCGTGACATACAAAACTGTCACCCAGTTTACACATGAACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCAACCCCGTGACATACAAAACTGTCACCCAGTTTACACATGAACG  400

seq1  TTCTGAAAGAAGAAGCTATTTGCCTAAATCACACAGAAAGGAACTGGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAAGAAGAAGCTATTTGCCTAAATCACACAGAAAGGAACTGGTCT  450

seq1  CGTCAGCCCTGCTAACATTAATCGTATGCCCATTAATCATATGCAGACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCAGCCCTGCTAACATTAATCGTATGCCCATTAATCATATGCAGACAG  500

seq1  GTAGATCACAAAGCTCACACTCTTAATTGTGAACCCCCACCCCAAGGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATCACAAAGCTCACACTCTTAATTGTGAACCCCCACCCCAAGGTGT  550

seq1  CCCCTTCTTCCCTCCCTTCTAAGACCTCCCCTCGACTTCCCTTCCACCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCTTCCCTCCCTTCTAAGACCTCCCCTCGACTTCCCTTCCACCCA  600

seq1  AGGGGAATATGATGAAATCGGTTCAGTGGAACTGAGAAGCTCAAACAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAATATGATGAAATCGGTTCAGTGGAACTGAGAAGCTCAAACAAGG  650

seq1  AAGTGTCAACTGCTCAGAGATGAGAAGAGGGCCAGAGAACTTCTTGTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCAACTGCTCAGAGATGAGAAGAGGGCCAGAGAACTTCTTGTCTC  700

seq1  CATCTTTCAATTCAAACTCCCTAATCCGAAATGCTTCACCGGGGATTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCAATTCAAACTCCCTAATCCGAAATGCTTCACCGGGGATTTGC  750

seq1  AACCCTAGACACCATGATCCTGAACATTCCACTTGATAGCCTTTGGCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTAGACACCATGATCCTGAACATTCCACTTGATAGCCTTTGGCTTA  800

seq1  CAGGGTTCTTCCTGCTCTTGAGTCAAAGAGCAAACACAGGAGGGCTAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTCTTCCTGCTCTTGAGTCAAAGAGCAAACACAGGAGGGCTAGGC  850

seq1  CACAAGGCTGTCTGCTTCCTTGGGGGATAGCGTTTGTCTGCA-TTCCTCT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  CACAAGGCTGTCTGCTTCCTTGGGGGATAGCG-TTGTCTGCATTTCCTCT  899

seq1  TGGCACTATCTGGGTTGTCTTAAGGGCTCCATCAAGATGCCTCTTTGTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTATCTGGGTTGTCTTAAGGGCTCCATCAAGATGCCTCTTTGTGT  949

seq1  TTTCCAATTCCTC-TTGGCACCTTCTGGGTTGTCTTAAGGGCTCCATCAA  998
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAATTCCTCTTTGGCACCTTCTGGGTTGTCTTAAGGGCTCCATCAA  999

seq1  GATGCTTCTTTGTGTTTTCCAATTCTGTCTTCATATTAAGATTCACAGAG  1048
      ||||||  || ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  GATGCTCTTTGGTGTTTTCC-ATTTTGTCTTCATATTAGGATTCACAGAG  1048

seq1  CCAGAGACCCAGCCATCACACTTGCTCCCAGAAGAGCTTGTTTGGATA-C  1097
      || ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |
seq2  CCGGAGACTCAGCCATCATACTTGCT-CCAGAAGAGCTTG-TTGGATATC  1096

seq1  AGA-GCCCTCTG-ATGCTCTTGGGGTCCACAGTG--AGGGATGCTTAAAA  1143
      ||| ||| |||| ||||||||||||| |||||||   |||||||||||||
seq2  AGAGGCCTTCTGAATGCTCTTGGGGT-CACAGTGGAGGGGATGCTTAAAA  1145

seq1  CAGAAATGTAATTCCCAAATAGTCAGGACTTTTGTCCATGACC  1186
        | ||||||||  |||||  |||||||| ||||||| |||||
seq2  ATGGAATGTAAT--CCAAA-GGTCAGGAC-TTTGTCC-TGACC  1183

seq1: chr2_154145674_154146860
seq2: B6Ng01-099B10.g_67_1262 (reverse)

seq1  CTCCCATTCTTTTATATGGAACCTATCAGCAGCCATTACC-ACAAGCCAG  49
      |||||||||||| ||| |  | |   |||||| ||||||| |||  ||||
seq2  CTCCCATTCTTTGATAGGACATC---CAGCAGTCATTACCGACAGCCCAG  47

seq1  CCTTGA-TCAGGGAACA-GACCAGATG-AATGACATCTGAGCTATAGCT-  95
      |||||| ||||||| || | ||||||| ||||||||| ||||||||||| 
seq2  CCTTGATTCAGGGACCAGGCCCAGATGAAATGACATC-GAGCTATAGCTC  96

seq1  CAGT-GAGCAGACACA-CAGCCCACAGTAGGTTATGTCATAGCAGTAAAC  143
      |||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGAGCAGACACATAAGCCCCCAGTAGGTTATGTCATAGCAGTAAAC  146

seq1  -AGTACAGTTCCTAAACAGCCAGCATGGTACC--AGTGCCAGCAGGTGCT  190
       ||||||||||||||   ||||||||||||||   ||||||||||| |||
seq2  AAGTACAGTTCCTAACAGGCCAGCATGGTACCCATGTGCCAGCAGGGGCT  196

seq1  TCATT-CCAGATCTTGTGAACACAAGAGTCAGT-GTAGTAAGCCTGCTGT  238
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCATTCCCAGATCTTGTGAACACAAGAGTCAGTAGTAGTAAGCCTGCTGT  246

seq1  CTCTGGGTGATCCCGA-CCTCGACTGCATGGATCCCCTCTTGCCAGAGAA  287
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGTGATCCCGACCCTCGACTGCATGGATCCCCTCTTGCCAGAGAA  296

seq1  TTCACCTTCAAATTCCCTCTATCATAGTCTACATTCTCCAGGGCATTCAC  337
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  TTCACCTTCAAATCCCCTCTATCATAGTCTACATCTCCCAGGGCATTCAC  346

seq1  TGGCAGATGTCTGCTCCCCATCCCTGAAGCAGTGCTATGGTGATCTGGTG  387
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGATGTCTGCTCCCCA-CCCTGAAGCAGTGCTATGGTGATCTGGTG  395

seq1  GGGACAGATG-AGGTGGCAGTTATCACGCCTGCAGTCAACTCCCAGGGCT  436
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAGATGAAGGTGGCAGTTATCACGCCTGCAGTCAACTCCCAGGGCT  445

seq1  AAAGGCAGAAACTATTGTCTTTCTCTCCCCTCAGATTGACCTTCAGGCAG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAGAAACTATTGTCTTTCTCTCCCCTCAGATTGACCTTCAGGCAG  495

seq1  CAAGCTGAAGCCACTACTGAACCCCAAGTACTGAATGACAGCAAACCCCT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGAAGCCACTACTGAACCCCAAGTACTGAATGACAGCAAACCCCT  545

seq1  GAGAATTGTCTCCATGCCCCTTTCAGCCCATCCTTATGATTCAGGAGACA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTGTCTCCATGCCCCTTTCAGCCCATCCTTATGATTCAGGAGACA  595

seq1  ATAGCAATGGTCTCCTCAGTATGCCCAGGATCCTCTGCCCTGAGTGACAA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAATGGTCTCCTCAGTATGCCCAGGATCCTCTGCCCTGAGTGACAA  645

seq1  GGACAAGAACAGTTGGAGGAAATGGGCATTGTTGTAATCAGCTCCTTAAT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAGAACAGTTGGAGGAAATGGGCATTGTTGTAATCAGCTCCTTAAT  695

seq1  AAACACTCCCTGCATGCAAAACTGAGAGGTGACTCTTTCCTCAACGCTCA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTCCCTGCATGCAAAACTGAGAGGTGACTCTTTCCTCAACGCTCA  745

seq1  TGCATATTCATGAGCATGCAAAGAACTTCTTACTTAGGGATGAACACTAA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATTCATGAGCATGCAAAGAACTTCTTACTTAGGGATGAACACTAA  795

seq1  CAGGAGCCAACAAAACCCAGTGATCTCAGTGCTCAGGGACAATGAGTAAC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCCAACAAAACCCAGTGATCTCAGTGCTCAGGGACAATGAGTAAC  845

seq1  CCTTTCTGCCCCTCACCTCCCTGTCTTACTTGGATCTGGAGTACCTCACA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTGCCCCTCACCTCCCTGTCTTACTTGGATCTGGAGTACCTCACA  895

seq1  AAGGCTCAGGGGGCAAAGCCTTGCTCCCCACCTGGTGCTCTTGGGAGGTG  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCAGGGGGCAAAGCCTTGCTCCCCACCTGGTGCTCTTGGGAGGTG  945

seq1  GGACCTGTGCTGCCTGAGGTAGCTCTCTAGGTCACTGGGAGCTTGCCCTT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGTGCTGCCTGAGGTAGCTCTCTAGGTCACTGGGAGCTTGCCCTT  995

seq1  CAAGCAGATGTGGAGGCCTGTCTCCTGTGAGCACTTTGTTTCCCATGACC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGATGTGGAGGCCTGTCTCCTGTGAGCACTTTGTTTCCCATGACC  1045

seq1  ATGCACTGCCAGCCACAGGCCTAAAGACCAAAGGGACAATAGGTCACAGC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTGCCAGCCACAGGCCTAAAGACCAAAGGGACAATAGGTCACAGC  1095

seq1  CTGGGTCCTCTGACACTGAGCTTATACTGACCTCTTCCCCACTGAAGACA  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCCTCTGACACTGAGCTTATACTGACCTCTTCCCCACTGAAGACA  1145

seq1  CTTACCTTGTTATGATGATGGAAAGCTAGCGTGGTCTCCAACTCTGAATT  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTTGTTATGATGATGGAAAGCTAGCGTGGTCTCCAACTCTGAATT  1195

seq1  C  1187
      |
seq2  C  1196