BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-101K14
Chromosome2 (Build37)
Map Location 59,014,823 - 59,165,702
singlet/doubletdoublet
Overlap genePkp4
Upstream geneLOC100042926, Acvr1c, LOC667062, Acvr1, LOC674940, Upp2, BC062650
Downstream geneLOC625354, 2310032F03Rik, LOC100038999, LOC100039016, Tanc1, Wdsub1, Baz2b, LOC667103, LOC667106, Ldha-ps, LOC100039092, March7, Cd302, LOC625861, Ly75
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-101K14.bB6Ng01-101K14.g
ACCDH910775DH910776
length1,2201,100
definitionDH910775|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-101K14, 5' end.DH910776|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-101K14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,164,487 - 59,165,702)(59,014,823 - 59,015,952)
sequence
gaattccctgtacatttagatgcagagttggtcaggtgtgggagagctcc
ctcaggtgtggagcaagagtgctgggtgtgagggaacaaaggttcctaga
gggagctgtggagaatggaggttagcagcagcagcagcagctgccctggg
agggccaggcacaaacactcaatctaaagaggcttgcttctgctactcag
agttcctcccacatgaaggtcataagagggctaggactttagtgtcaggt
aaacatgagcactgacctgtgtttctgagattttctaatcacaaaggtca
gtcatacaccctgatctaactacacctaggggtctctttataggatcgca
tttgtacctcagtgtcttctctactgaggtaattttgccacttggtgggt
gctgtgaggagattaacgacaccacatggttgtgtagttcagtgttccct
ggaatggtatttcttcaggaaataagcttacaatttggggatgctgacag
ctgcccatgagggacataaagctggctccttctgttggaagcaggtacaa
tggaacaggtgaggtacatgaggaaaatggggggagttagcagagagtgc
agtggctcacacctccaacccttattttgctggtgacatagattctgaca
aagagtgtcaaaagagcaaagagagttagttacccaaagagccacttaag
gaagtggtcctcaactttcctaatgcagtgaccctttaatacagttcctt
atattgtggtgacacccaactacaatctatttacattggtacttcataac
tgtaattttgctactgttataaatggtaatataaatatctggtttgcagc
atatctgatatgtgacccctgtgaaagggtcatttgatctccaaaggggt
tgtggcctgcagtctactctccctgacttgtgtgtccaaggacactttct
catcggtaccttcactagatcatcagcggaagcttcgagacagcgagcaa
cgctggaagcttgtgggcatcagcaggggccgagatgggaacacggtgga
tttggggtcctccccgtgtgtggaccaccttctctcaattagtaaggctt
gtcaagggctaccgaagggagggcaattcttccctctggccaaggctgct
gaaccacgtttctaagttgaacttaaatttcccacttggctggctctctt
cggcataagacctagaattc
gaattccactttctcttagaaaacaatagccactgttcagtgaacactta
ctaggtactaggcactatcccacatattttatgtgaattaattaactata
acagccctatgacccaagtgttactaatcatgttgacacagaaccacaga
ggtaagtcaccagggctacagagcttggaagtggatagccctgcatttca
ctcatctgtgcttagcactccagtcagtgctgttccccatcccctaacta
cagaaacaataccactgttcataatttccagtttgtgtatagacctccga
agtctgtgtataagattaggttcggttccatggaggaactgtgtcattgc
atttttagggctcagttaggagcatccgacatgtctctgcggccagtgtc
tgtccgctgaatcaatggaaacaaatggctactacactccgttactaggc
ttacacaccagacatcttgtttgttatctttgagagatgtctttgctttg
gagctctcgagggctttgacatgccatgccgcccaggctgtgacgggctt
gtgtctgtgccttcctccctctcttcccacctgcttggtcccagggctag
ggctgtttgtcagcaccaccacatgtagcttgagacaagttttgtaggca
aactacctaaacatttagcgtattgttaacttaaaaagaggaagcagtct
tgaaatttacatgtgcattttaggttttgctatcggaaaaactttcataa
ttttgttctaatgaaagacttaggagtccgtgttacttaggttcaatgac
atcatccttatgtcagtaatagaaagtgcatggcatatgtaacgcaatta
aggttgtgctgtaatgagttgttgctttattgatagaggaagtatttttt
attagaacaagtgcacgtccttgttttgaccgccttgaatatattattta
agcctttgtagtctgcagtagtggataatggagtcaggtgaagatatcca
gtgaaatttgatagatgattacctatatatgtacttacattccagaatta
caaattataatttaaaatatcaatattttgaagaacctttaagtctaatt

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_59164487_59165702
seq2: B6Ng01-101K14.b_45_1264 (reverse)

seq1  GAATACTAGGCTCTTATGCCTGAACGAGGCAGCCAAGTGGGAAACTAAAG  50
      |||| ||||| |||||||||  |  ||| ||||||||||||||| | |||
seq2  GAATTCTAGG-TCTTATGCCGAAGAGAGCCAGCCAAGTGGGAAATTTAAG  49

seq1  -TCAACTTAGAAAACGTGG-TCAGCTAGCATTGGGCAGAGG--AGAATTT  96
       ||||||||| |||||||| ||||| ||| |||| ||||||  |||| ||
seq2  TTCAACTTAG-AAACGTGGTTCAGC-AGCCTTGGCCAGAGGGAAGAA-TT  96

seq1  GCACTCCC-TCGGTAG-CCTTGAC-AGCCTACATATATGAG-GAAGGTGG  142
      || ||||| ||||||| ||||||| |||||   ||  |||| ||||||||
seq2  GCCCTCCCTTCGGTAGCCCTTGACAAGCCTTACTAATTGAGAGAAGGTGG  146

seq1  T-CACACACGGGGA-GACCCCAAATCCACCGTGTTCCCATCTCGGCCCCT  190
      | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACACGGGGAGGACCCCAAATCCACCGTGTTCCCATCTCGGCCCCT  196

seq1  GCTGATGCCCTACAGCTTCCAGCGTTGCTCGCTTGTCTCGAAGCTTCCGC  240
      ||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCTGATGCCCACAAGCTTCCAGCGTTGCTCGC-TGTCTCGAAGCTTCCGC  245

seq1  TGATGATCTAGTGAAGGTACCGATGAGAAAGTGTCCTTGGACACACAAGT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATCTAGTGAAGGTACCGATGAGAAAGTGTCCTTGGACACACAAGT  295

seq1  CAGGGGAGAGTAGACTGCAGGCCACAACCCCTTTGGAGATCAAATGACCC  340
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-GGGAGAGTAGACTGCAGGCCACAACCCCTTTGGAGATCAAATGACCC  344

seq1  TTTCACAGGGGTCACATATCAGATATGCTGCAAACCAGATATTTATATTA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAGGGGTCACATATCAGATATGCTGCAAACCAGATATTTATATTA  394

seq1  CCATTTATAACAGTAGCAAAATTACAGTTATGAAGTACCAATGTAAATAG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTATAACAGTAGCAAAATTACAGTTATGAAGTACCAATGTAAATAG  444

seq1  ATTGTAGTTGGGTGTCACCACAATATAAGGAACTGTATTAAAGGGTCACT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAGTTGGGTGTCACCACAATATAAGGAACTGTATTAAAGGGTCACT  494

seq1  GCATTAGGAAAGTTGAGGACCACTTCCTTAAGTGGCTCTTTGGGTAACTA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAGGAAAGTTGAGGACCACTTCCTTAAGTGGCTCTTTGGGTAACTA  544

seq1  ACTCTCTTTGCTCTTTTGACACTCTTTGTCAGAATCTATGTCACCAGCAA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTTTGCTCTTTTGACACTCTTTGTCAGAATCTATGTCACCAGCAA  594

seq1  AATAAGGGTTGGAGGTGTGAGCCACTGCACTCTCTGCTAACTCCCCCCAT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGGTTGGAGGTGTGAGCCACTGCACTCTCTGCTAACTCCCCCCAT  644

seq1  TTTCCTCATGTACCTCACCTGTTCCATTGTACCTGCTTCCAACAGAAGGA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCATGTACCTCACCTGTTCCATTGTACCTGCTTCCAACAGAAGGA  694

seq1  GCCAGCTTTATGTCCCTCATGGGCAGCTGTCAGCATCCCCAAATTGTAAG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTTTATGTCCCTCATGGGCAGCTGTCAGCATCCCCAAATTGTAAG  744

seq1  CTTATTTCCTGAAGAAATACCATTCCAGGGAACACTGAACTACACAACCA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTCCTGAAGAAATACCATTCCAGGGAACACTGAACTACACAACCA  794

seq1  TGTGGTGTCGTTAATCTCCTCACAGCACCCACCAAGTGGCAAAATTACCT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGTCGTTAATCTCCTCACAGCACCCACCAAGTGGCAAAATTACCT  844

seq1  CAGTAGAGAAGACACTGAGGTACAAATGCGATCCTATAAAGAGACCCCTA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGAGAAGACACTGAGGTACAAATGCGATCCTATAAAGAGACCCCTA  894

seq1  GGTGTAGTTAGATCAGGGTGTATGACTGACCTTTGTGATTAGAAAATCTC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAGTTAGATCAGGGTGTATGACTGACCTTTGTGATTAGAAAATCTC  944

seq1  AGAAACACAGGTCAGTGCTCATGTTTACCTGACACTAAAGTCCTAGCCCT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACACAGGTCAGTGCTCATGTTTACCTGACACTAAAGTCCTAGCCCT  994

seq1  CTTATGACCTTCATGTGGGAGGAACTCTGAGTAGCAGAAGCAAGCCTCTT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGACCTTCATGTGGGAGGAACTCTGAGTAGCAGAAGCAAGCCTCTT  1044

seq1  TAGATTGAGTGTTTGTGCCTGGCCCTCCCAGGGCAGCTGCTGCTGCTGCT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGAGTGTTTGTGCCTGGCCCTCCCAGGGCAGCTGCTGCTGCTGCT  1094

seq1  GCTAACCTCCATTCTCCACAGCTCCCTCTAGGAACCTTTGTTCCCTCACA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACCTCCATTCTCCACAGCTCCCTCTAGGAACCTTTGTTCCCTCACA  1144

seq1  CCCAGCACTCTTGCTCCACACCTGAGGGAGCTCTCCCACACCTGACCAAC  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACTCTTGCTCCACACCTGAGGGAGCTCTCCCACACCTGACCAAC  1194

seq1  TCTGCATCTAAATGTACAGGGAATTC  1216
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTAAATGTACAGGGAATTC  1220

seq1: chr2_59014823_59015952
seq2: B6Ng01-101K14.g_69_1168

seq1  GAATTCCACTTTCTCTTAGAAAACAATAGCCACTGTTCAGTGAACACTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTTTCTCTTAGAAAACAATAGCCACTGTTCAGTGAACACTTA  50

seq1  CTAGGTACTAGGCACTATCCCACATATTTTATGTGAATTAATTAACTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTACTAGGCACTATCCCACATATTTTATGTGAATTAATTAACTATA  100

seq1  ACAGCCCTATGACCCAAGTGTTACTAATCATGTTGACACAGAACCACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCTATGACCCAAGTGTTACTAATCATGTTGACACAGAACCACAGA  150

seq1  GGTAAGTCACCAGGGCTACAGAGCTTGGAAGTGGATAGCCCTGCATTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGTCACCAGGGCTACAGAGCTTGGAAGTGGATAGCCCTGCATTTCA  200

seq1  CTCATCTGTGCTTAGCACTCCAGTCAGTGCTGTTCCCCATCCCCTAACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTGTGCTTAGCACTCCAGTCAGTGCTGTTCCCCATCCCCTAACTA  250

seq1  CAGAAACAATACCACTGTTCATAATTTCCAGTTTGTGTATAGACCTCCGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACAATACCACTGTTCATAATTTCCAGTTTGTGTATAGACCTCCGA  300

seq1  AGTCTGTGTATAAGATTAGGTTCGGTTCCATGGAGGAACTGTGTCATTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTGTATAAGATTAGGTTCGGTTCCATGGAGGAACTGTGTCATTGC  350

seq1  ATTTTTAGGGCTCAGTTAGGAGCATCCGACATGTCTCTGCGGCCAGTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAGGGCTCAGTTAGGAGCATCCGACATGTCTCTGCGGCCAGTGTC  400

seq1  TGTCCGCTGAATCAATGGAAACAAATGGCTACTACACTCCGTTACTAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCGCTGAATCAATGGAAACAAATGGCTACTACACTCCGTTACTAGGC  450

seq1  TTACACACCAGACATCTTGTTTGTTATCTTTGAGAGATGTCTTTGCTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACACCAGACATCTTGTTTGTTATCTTTGAGAGATGTCTTTGCTTTG  500

seq1  GAGCTCTCGAGGGCTTTGACATGCCATGCCGCCCAGGCTGTGACGGGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTCGAGGGCTTTGACATGCCATGCCGCCCAGGCTGTGACGGGCTT  550

seq1  GTGTCTGTGCCTTCCTCCCTCTCTTCCCACCTGCTTGGTCCCAGGGCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGTGCCTTCCTCCCTCTCTTCCCACCTGCTTGGTCCCAGGGCTAG  600

seq1  GGCTGTTTGTCAGCACCACCACATGTAGCTTGAGACAAGTTTTGTAGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTTTGTCAGCACCACCACATGTAGCTTGAGACAAGTTTTGTAGGCA  650

seq1  AACTACCTAAACATTTAGCGTATTGTTAACTTAAAAAGAGGAAGCAGTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACCTAAACATTTAGCGTATTGTTAACTTAAAAAGAGGAAGCAGTCT  700

seq1  TGAAATTTACATGTGCATTTTAGGTTTTGCTATCGGAAAAACTTTCATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTTACATGTGCATTTTAGGTTTTGCTATCGGAAAAACTTTCATAA  750

seq1  TTTTGTTCTAATGAAAGACTTAGGAGTCCGTGTTACTTAGGTTCAATGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTCTAATGAAAGACTTAGGAGTCCGTGTTACTTAGGTTCAATGAC  800

seq1  ATCATCCTTATGTCAGTAATAGAAAGTGCATTGGCATATGTAACGCAATT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATCATCCTTATGTCAGTAATAGAAAGTGCA-TGGCATATGTAACGCAATT  849

seq1  AAGGTTGTGCTGTAATGAGTTGTTGCTTTAATTGATAGAGGAAGTATTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTGTGCTGTAATGAGTTGTTGCTTT-ATTGATAGAGGAAGTATTTT  898

seq1  TTATTAGAACAAGTGCACGTCCTTGTTTTGACCGCCTTGAATATTATTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTATTAGAACAAGTGCACGTCCTTGTTTTGACCGCCTTGAATA-TATTAT  947

seq1  TTAAGCCTTTGTAGTCTGCAGTAGTGGGATAATGGAGTTCAAGTGAAAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||
seq2  TTAAGCCTTTGTAGTCTGCAGTAGT-GGATAATGGAG-TCAGGTG-AAGA  994

seq1  ATTATCCAAGTGAAATTTGATAAGGATTGAATTACCTAATATTATGTAAC  1050
        ||||| ||||||||||||||  |||   ||||||| ||| ||||| ||
seq2  --TATCC-AGTGAAATTTGATA--GAT--GATTACCT-ATA-TATGT-AC  1034

seq1  TTACAATCACAGAATTACAAATATTATAAAATTAAAAAATAATTACAAAA  1100
      ||||| || |||||||||||  ||||| || |||||| ||     |||  
seq2  TTACATTC-CAGAATTACAA--ATTAT-AATTTAAAATAT-----CAA--  1073

seq1  TTATTTTGAAGACACCTTTATAGTCTAATT  1130
       ||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  -TATTTTGAAGA-ACCTTTA-AGTCTAATT  1100