BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-103K07
Chromosome2 (Build37)
Map Location 104,692,740 - 104,873,101
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc73, Ga17, 2210415I11Rik, LOC622356
Upstream geneLOC100042965, Lmo2, Fbxo3, Cd59b, Cd59a, A930018P22Rik, D430041D05Rik, LOC100043349, Hipk3, LOC383735, LOC668733, Cstf3, Tcp11l1, EG622282, OTTMUSG00000014964, Depdc7, Qser1, LOC100042995, 2310047K21Rik, LOC668744, Prrg4
Downstream geneWt1, 0610012H03Rik, Rcn1, Pax6os1, LOC100043391, Pax6, Elp4, LOC100043394, Immp1l, LOC100043402, Dph4, LOC668765
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-103K07.bB6Ng01-103K07.g
ACCDH912169DH912170
length1,1571,168
definitionDH912169|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103K07, 5' end.DH912170|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103K07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,871,941 - 104,873,101)(104,692,740 - 104,693,916)
sequence
gaattcacatcctcacgatcaagtgctgccagcctttttcctattcttag
ttccagacttctgtttccataattaatgtatacttggtgctgggaatatg
gaggaaatacagcacatttctgaccacaaaggagcaagcctgaagagcag
gaaagacacgtgaataaggctatcttgtcatttcacaccaatgctcacag
agtgactctgcccaaagggtacaagccaccttgttttcaaacagattcct
atttctttttcttttgtatgtataagtgtgtgcctgttggtctgtacact
gtgtgaatgcagtgcccacggaggccagaggggagcatcagatcctttaa
ggcaactgggagaggaaacctggatcaacacagctctttatggctaagcc
ttaaagagtctctccagcctcagctagcttgtaagaggagcaagttctgg
ggatctgacagtcaacctgggtgagttgttaacttaattatgttaaccct
tatatcaatacaatatattcatatatatcttgaatctatacaatcttcat
tatcatttaagttttaattaattttttaaaatatggtatagtgctagcag
cagctctggcaggaggctgtggtgcagtgcatcctgggttgtcatagcca
tggtgcccttctggcctctgtctgccacctgctcacggccttcgtaccgc
tgctccagcttcccacacagcaccatgccctaccccgagagaacccagaa
gaggctggggactctgcacctgcctttgcaggtgcctgtggagggtcaca
cacttgtcctgccagtacagtaacacaccacctttgatgttagaggaaat
cagggacctagtgatgtatgtcttgaagctctatgacaaaattgagagct
caaaaagagctctcagtaaatctcattttatgaaggacttgggctcagac
caagtggagattattatggccatggaagatgaatttgggtttgaaattcc
tgctatagatgcagagagtaatgtgttccacaagaaaagagtagattcca
tgcagttaagagacgtatacaaataagtatacgagcttctttctatcaac
aggagcaaacctcttaggacaaacgaggcatcatggctgactgacatggg
tttctcc
gaattcaagaatgaaatgggaactggctcctgtgtgggcttggggatgga
ctcaagggctgtgacggaagtgtttgggtggtggtcacgaagctcttccg
tgtaaggctgactgtagttctggaataggagaggagctgaacttacatct
tggtgacatttagccttgacatttcaacagcaactggctgctgttttaat
ttatcccagtaaaatcagtaagcagagaagaaatgactcctactcctcaa
tgttaattgtgtatccgtgcgaaggtatttctcggagttattgcataggg
gttaaagactggttttatatgtttgccgggagccctggtgggaaactttt
gatggagtttagatttaattccatcatataagtagcaaaatatttcaata
aaaatcaaggatcctgaaaaatgtcatctatttcctttcatgagccgtga
tgagagctatgttctgataaaaaaaagtcctatcgtcctttcaaggcacc
tagaaacctgaaatggtgtggttctgagctctccccagggccctgtgata
aggacttttgtcacagtttgtcatagagcttgtcactgtgcgcatggacc
ttacattttttacagctgccatcagttcttttcccatccctcatttctta
tcataagctttgttcctcccacttaccctctcaggactggtattacaggt
gttcaccacacaacttttctggcttgttttgtaaacacatgctcaagtaa
tcatagcgttccaaacgagttttctttttttttttttcatgctcagttta
tgcagaatcatttgcaaagccatactttccatatatgtcacctatcgaaa
atgaaacaaatcgtgcatttctacctataactgactccgtttgatgtgat
agtatgggtgagaagtgcagctcactggtagagcactgatctaccttttg
aaaggcactgggttctagtctcagcaccagtaaattgaggaagacagaac
agagcaagcgccttataatctcagctaatctggaagctgagcagaggagc
atgggttgagcaagtctgggccagatgctgccaactgatatgctactgct
gatggaagaacatgcatacacattgggtgcacttgccatgtgcatgagac
tgctgaagaaaaggaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_104871941_104873101
seq2: B6Ng01-103K07.b_45_1201 (reverse)

seq1  GGAGAA--CCATGTCAGTCAGCCATGATGCCTCTGTTTGTTCTTAAGA-G  47
      ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |
seq2  GGAGAAACCCATGTCAGTCAGCCATGATGCCTC-GTTTG-TCCTAAGAGG  48

seq1  TTTGCT-CTGTTGATGAGAAAGAAAGCTCTGATACTTTATTTGTATACGT  96
      |||||| |||||||| |||||| ||||||  |||| ||||||||||||||
seq2  TTTGCTCCTGTTGAT-AGAAAG-AAGCTCGTATAC-TTATTTGTATACGT  95

seq1  CCTTCTTAACTGCAATGGAATCTACTC-TTTCTTGTGG-ACACATTAACT  144
      |  |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||   
seq2  C--TCTTAACTGC-ATGGAATCTACTCTTTTCTTGTGGAACACATTA--C  140

seq1  TCTCTGCATCTATAGCAGGAATTTCAAACCCAAATTCATCTTCCATGGCC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCATCTATAGCAGGAATTTCAAACCCAAATTCATCTTCCATGGCC  190

seq1  ATAATAATCTCCACTTGGTCTGAGCCCAAGTCCTTCATAAAATGAGATTT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAATCTCCACTTGGTCTGAGCCCAAGTCCTTCATAAAATGAGATTT  240

seq1  ACTGAGAGCTCTTTTTGAGCTCTCAATTTTGTCATAGAGCTTCAAGACAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGAGCTCTTTTTGAGCTCTCAATTTTGTCATAGAGCTTCAAGACAT  290

seq1  ACATCACTAGGTCCCTGATTTCCTCTAACATCAAAGGTGGTGTGTTACTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACTAGGTCCCTGATTTCCTCTAACATCAAAGGTGGTGTGTTACTG  340

seq1  TACTGGCAGGACAAGTGTGTGACCCTCCACAGGCACCTGCAAAGGCAGGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGCAGGACAAGTGTGTGACCCTCCACAGGCACCTGCAAAGGCAGGT  390

seq1  GCAGAGTCCCCAGCCTCTTCTGGGTTCTCTCGGGGTAGGGCATGGTGCTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTCCCCAGCCTCTTCTGGGTTCTCTCGGGGTAGGGCATGGTGCTG  440

seq1  TGTGGGAAGCTGGAGCAGCGGTACGAAGGCCGTGAGCAGGTGGCAGACAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAAGCTGGAGCAGCGGTACGAAGGCCGTGAGCAGGTGGCAGACAG  490

seq1  AGGCCAGAAGGGCACCATGGCTATGACAACCCAGGATGCACTGCACCACA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGAAGGGCACCATGGCTATGACAACCCAGGATGCACTGCACCACA  540

seq1  GCCTCCTGCCAGAGCTGCTGCTAGCACTATACCATATTTTAAAAAATTAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTGCCAGAGCTGCTGCTAGCACTATACCATATTTTAAAAAATTAA  590

seq1  TTAAAACTTAAATGATAATGAAGATTGTATAGATTCAAGATATATATGAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACTTAAATGATAATGAAGATTGTATAGATTCAAGATATATATGAA  640

seq1  TATATTGTATTGATATAAGGGTTAACATAATTAAGTTAACAACTCACCCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTGTATTGATATAAGGGTTAACATAATTAAGTTAACAACTCACCCA  690

seq1  GGTTGACTGTCAGATCCCCAGAACTTGCTCCTCTTACAAGCTAGCTGAGG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGACTGTCAGATCCCCAGAACTTGCTCCTCTTACAAGCTAGCTGAGG  740

seq1  CTGGAGAGACTCTTTAAGGCTTAGCCATAAAGAGCTGTGTTGATCCAGGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAGACTCTTTAAGGCTTAGCCATAAAGAGCTGTGTTGATCCAGGT  790

seq1  TTCCTCTCCCAGTTGCCTTAAAGGATCTGATGCTCCCCTCTGGCCTCCGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCCCAGTTGCCTTAAAGGATCTGATGCTCCCCTCTGGCCTCCGT  840

seq1  GGGCACTGCATTCACACAGTGTACAGACCAACAGGCACACACTTATACAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACTGCATTCACACAGTGTACAGACCAACAGGCACACACTTATACAT  890

seq1  ACAAAAGAAAAAGAAATAGGAATCTGTTTGAAAACAAGGTGGCTTGTACC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGAAAAAGAAATAGGAATCTGTTTGAAAACAAGGTGGCTTGTACC  940

seq1  CTTTGGGCAGAGTCACTCTGTGAGCATTGGTGTGAAATGACAAGATAGCC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGCAGAGTCACTCTGTGAGCATTGGTGTGAAATGACAAGATAGCC  990

seq1  TTATTCACGTGTCTTTCCTGCTCTTCAGGCTTGCTCCTTTGTGGTCAGAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCACGTGTCTTTCCTGCTCTTCAGGCTTGCTCCTTTGTGGTCAGAA  1040

seq1  ATGTGCTGTATTTCCTCCATATTCCCAGCACCAAGTATACATTAATTATG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTGTATTTCCTCCATATTCCCAGCACCAAGTATACATTAATTATG  1090

seq1  GAAACAGAAGTCTGGAACTAAGAATAGGAAAAAGGCTGGCAGCACTTGAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGAAGTCTGGAACTAAGAATAGGAAAAAGGCTGGCAGCACTTGAT  1140

seq1  CGTGAGGATGTGAATTC  1161
      |||||||||||||||||
seq2  CGTGAGGATGTGAATTC  1157

seq1: chr2_104692740_104693916
seq2: B6Ng01-103K07.g_68_1235

seq1  GAATTCAAGAATGAAATGGGAACTGGCTCCTGTGTGGGCTTGGGGATGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAATGAAATGGGAACTGGCTCCTGTGTGGGCTTGGGGATGGA  50

seq1  CTCAAGGGCTGTGACGGAAGTGTTTGGGTGGTGGTCACGAAGCTCTTCCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGGCTGTGACGGAAGTGTTTGGGTGGTGGTCACGAAGCTCTTCCG  100

seq1  TGTAAGGCTGACTGTAGTTCTGGAATAGGAGAGGAGCTGAACTTACATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGCTGACTGTAGTTCTGGAATAGGAGAGGAGCTGAACTTACATCT  150

seq1  TGGTGACATTTAGCCTTGACATTTCAACAGCAACTGGCTGCTGTTTTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGACATTTAGCCTTGACATTTCAACAGCAACTGGCTGCTGTTTTAAT  200

seq1  TTATCCCAGTAAAATCAGTAAGCAGAGAAGAAATGACTCCTACTCCTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCCAGTAAAATCAGTAAGCAGAGAAGAAATGACTCCTACTCCTCAA  250

seq1  TGTTAATTGTGTATCCGTGCGAAGGTATTTCTCGGAGTTATTGCATAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATTGTGTATCCGTGCGAAGGTATTTCTCGGAGTTATTGCATAGGG  300

seq1  GTTAAAGACTGGTTTTATATGTTTGCCGGGAGCCCTGGTGGGAAACTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGACTGGTTTTATATGTTTGCCGGGAGCCCTGGTGGGAAACTTTT  350

seq1  GATGGAGTTTAGATTTAATTCCATCATATAAGTAGCAAAATATTTCAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGTTTAGATTTAATTCCATCATATAAGTAGCAAAATATTTCAATA  400

seq1  AAAATCAAGGATCCTGAAAAATGTCATCTATTTCCTTTCATGAGCCGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAAGGATCCTGAAAAATGTCATCTATTTCCTTTCATGAGCCGTGA  450

seq1  TGAGAGCTATGTTCTGATAAAAAAAAGTCCTATCGTCCTTTCAAGGCACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGCTATGTTCTGATAAAAAAAAGTCCTATCGTCCTTTCAAGGCACC  500

seq1  TAGAAACCTGAAATGGTGTGGTTCTGAGCTCTCCCCAGGGCCCTGTGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACCTGAAATGGTGTGGTTCTGAGCTCTCCCCAGGGCCCTGTGATA  550

seq1  AGGACTTTTGTCACAGTTTGTCATAGAGCTTGTCACTGTGCGCATGGACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTTTTGTCACAGTTTGTCATAGAGCTTGTCACTGTGCGCATGGACC  600

seq1  TTACATTTTTTACAGCTGCCATCAGTTCTTTTCCCATCCCTCATTTCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTTTTTACAGCTGCCATCAGTTCTTTTCCCATCCCTCATTTCTTA  650

seq1  TCATAAGCTTTGTTCCTCCCACTTACCCTCTCAGGACTGGTATTACAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAGCTTTGTTCCTCCCACTTACCCTCTCAGGACTGGTATTACAGGT  700

seq1  GTTCACCACACAACTTTTCTGGCTTGTTTTGTAAACACATGCTCAAGTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACCACACAACTTTTCTGGCTTGTTTTGTAAACACATGCTCAAGTAA  750

seq1  TCATAGCGTTCCAAACGAGTTTTC-TTTTTTTTTTTTCATGCTCAGTTTA  799
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCGTTCCAAACGAGTTTTCTTTTTTTTTTTTTCATGCTCAGTTTA  800

seq1  TGCAGAATCATTTGCAAAGCCATACTTTCCATATATGTCACCTATCGAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAATCATTTGCAAAGCCATACTTTCCATATATGTCACCTATCGAAA  850

seq1  ATGAAACAAATCGTGCATTTCTACCTATAACTGACTCCGTTTGATGTGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACAAATCGTGCATTTCTACCTATAACTGACTCCGTTTGATGTGAT  900

seq1  AGTATGGGTGAGAAGTGCAGCTCACTGGTAGAGCACTGATCTACCTTTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGGGTGAGAAGTGCAGCTCACTGGTAGAGCACTGATCTACCTTTTG  950

seq1  AAAGGCACTGGGTTCTAGTCTCAGCACCAGTAAATTGAGGAAGACAGAAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCACTGGGTTCTAGTCTCAGCACCAGTAAATTGAGGAAGACAGAAC  1000

seq1  AGAGCAAGCGCC-TATAATCTCAGCTAATCTGGAAGCTGAGGCAGGAGGA  1048
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  AGAGCAAGCGCCTTATAATCTCAGCTAATCTGGAAGCTGA-GCA-GAGGA  1048

seq1  GCATGGGTTGAAGCAAGTCTGGGCAAGATGGCTGCACAGCGTGATAATGC  1098
      |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| || | |||| ||||
seq2  GCATGGGTTG-AGCAAGTCTGGGCCAGAT-GCTGC-CAAC-TGAT-ATGC  1093

seq1  TACTGCTGATGGAAAGACACATGCATACACATTTGTGTGCACTTGCACAT  1148
      |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||
seq2  TACTGCTGATGG-AAGA-ACATGCATACACA-TTGGGTGCACTTGC-CAT  1139

seq1  GTGCATGAGCATGCTGAGAGAAAGGAAAT  1177
      |||||||||  ||||||   |||||||||
seq2  GTGCATGAGACTGCTGAAGAAAAGGAAAT  1168