BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105L03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 19,553,979 - 19,695,606
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041244, Otud1, LOC667564
Upstream geneLOC625815, Commd3, Bmi1, EG667477, LOC100041448, BC061194, LOC667493, LOC100041479, Pip5k2a, 4930426L09Rik, LOC667521, Armc3, Msrb2, LOC100041196, Ptf1a, LOC100041534, 4921504E06Rik
Downstream geneLOC100041302, LOC433406, LOC654360, LOC667609, Etl4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105L03.bB6Ng01-105L03.g
ACCDH913646DH913647
length1,034859
definitionDH913646|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105L03, 5' end.DH913647|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105L03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,694,568 - 19,695,606)(19,553,979 - 19,554,836)
sequence
gaattcaatgctctttttctgaactcaggcaccaggtacatacatgcagg
caaaacactcatacacatgaaatacatctttaattaagagaaaagaacaa
atatctaagcataaaaaagaagttagtgatatttgtcaatttcttgacat
ttatgtagtaactaaaaaaacattagctcagaattttgaaaggacacagt
gggatgaagatgttttacttgttaatatacccattaatataaacacaact
aaagattatgctacaagaatctgagagagcaagcaaaacaattcaccctt
tatgttacttggtttggtttggtttggtttggtttggtttttagatagtc
ttgttttgtagttctgactgtcttgtaactttttagactaggctggtctt
agactcacagagatcctcctgatgctgcctcctaagtgctgggattaaag
gcgtgtaccaccatacctagccattaattcaacttttaatcaaatatgag
aagatagacacttgaaccaaacacaaggttgcaactcctttgctgttttt
aatattacatttttaactaaatctgttctttgacattttatacatgtatg
taattttctcttaactacactcaccccacatccttgcctatctcccttcc
attccccacctccttccaaaaacccttttccactatggtgattgaatgag
aatggtttccataggcttgtgtatttgattgcttggttcccagttactgg
aactgtttgggaaggataaggtatggctttgttggagtgagtgtggcctt
gttagaaaagggcaatcactatggttgggctttcaagttccaaagcctat
gtccatgcccagttctcagtctgcctcctgttattttatggaataagatg
tgaactctcacctactgcttcatgctgttgcatgcatatgatgaccatgg
actaccctttgaatctggaagcgacttccattaatgtttccatttatagt
tgccttggtcatactggctatcaaacaatagaaa
gaattcctgcactgacttcccacattgatggagagtgacctgagagttgt
aaaatgaaataaactccttcctctcaggttggttttagtcactttctccc
aaattgtttcctcttagcaacagaaagcctgagacaggagccttgtggga
tctcaagcaggaggataagaatgatttattctttagagatacagcaatcc
tgttagtaacatttacactaataatggtggctgacatttattctgctgat
tacatgctggaaaaatgcaaatgttttatatcatgtggtttttgtttttc
aagtaacattggtgtagctcaccataaaaggcatataaattatattagag
ttgtcaaaagtagaagaaaaaaatgaggttgcttgaagagggtttgctct
ataattacaagcacaagtgggacttcatgtggagacagactgctactttc
cttccaagagtgtggcttatacaggaacagtagttaggctgcagaaagta
ggtttgaattatattatgatttaatccatttctctatagcatgggtctgt
tagcttaataagtatgtttgtgtttatgtctgtatatgtgtgtgtgtctg
tgtgtttttgtgtatatgtgtatatctgtgtgtctttgtgtgtctgagta
agtgcatgtgttcatgtatgtatgcatgtgtgtgtatctgtgtttgtgtg
ttatcgcaatgtgaatttggtaggggaagaccttggacaccattaaaatt
acaggccttgaatcatagggtgcacgggataattatgtgaagatgtaaaa
ctatcaagagattaacatttaaaaaattattattattattattattatta
ttagagtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_19694568_19695606
seq2: B6Ng01-105L03.b_49_1082 (reverse)

seq1  TTTCTATTGTTGTGATAGACCAGTATGACCAAGGCAACTTATAAATGGAA  50
      ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTCTATTGTT-TGATAG-CCAGTATGACCAAGGCAAC-TATAAATGGAA  47

seq1  ACATTTAATTGGAAGGTCGCTTCCAGATTCAAAGGGTTAGTCCATGGTCA  100
      |||||  | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACATT--AATGGAA-GTCGCTTCCAGATTCAAAGGG-TAGTCCATGGTCA  93

seq1  TCATGATGCATGGCAACAGCATGAAGCAGTAGGTGAGAGTTCACATCTTA  150
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAT-ATGCAT-GCAACAGCATGAAGCAGTAGGTGAGAGTTCACATCTTA  141

seq1  -TCCAT-AAATTACAGGAGGCAGACTGAG-ACTGGGCATGG-CATAGGCT  196
       ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| 
seq2  TTCCATAAAATAACAGGAGGCAGACTGAGAACTGGGCATGGACATAGGC-  190

seq1  TTTGGAACTTGAAAGCCCAACCATAGTGATTG-CCTTTTCTAACAAGGCC  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTGGAACTTGAAAGCCCAACCATAGTGATTGCCCTTTTCTAACAAGGCC  240

seq1  ACACTCACTCCAACAAAGCCATACCTTATCCTTCCCAAACAGTTCCAGTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCACTCCAACAAAGCCATACCTTATCCTTCCCAAACAGTTCCAGTA  290

seq1  ACTGGGAACCAAGCAATCAAATACACAAGCCTATGGAAACCATTCTCATT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGAACCAAGCAATCAAATACACAAGCCTATGGAAACCATTCTCATT  340

seq1  CAATCACCATAGTGGAAAAGGGTTTTTGGAAGGAGGTGGGGAATGGAAGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCACCATAGTGGAAAAGGGTTTTTGGAAGGAGGTGGGGAATGGAAGG  390

seq1  GAGATAGGCAAGGATGTGGGGTGAGTGTAGTTAAGAGAAAATTACATACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGGCAAGGATGTGGGGTGAGTGTAGTTAAGAGAAAATTACATACA  440

seq1  TGTATAAAATGTCAAAGAACAGATTTAGTTAAAAATGTAATATTAAAAAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAAAATGTCAAAGAACAGATTTAGTTAAAAATGTAATATTAAAAAC  490

seq1  AGCAAAGGAGTTGCAACCTTGTGTTTGGTTCAAGTGTCTATCTTCTCATA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGGAGTTGCAACCTTGTGTTTGGTTCAAGTGTCTATCTTCTCATA  540

seq1  TTTGATTAAAAGTTGAATTAATGGCTAGGTATGGTGGTACACGCCTTTAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTAAAAGTTGAATTAATGGCTAGGTATGGTGGTACACGCCTTTAA  590

seq1  TCCCAGCACTTAGGAGGCAGCATCAGGAGGATCTCTGTGAGTCTAAGACC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCACTTAGGAGGCAGCATCAGGAGGATCTCTGTGAGTCTAAGACC  640

seq1  AGCCTAGTCTAAAAAGTTACAAGACAGTCAGAACTACAAAACAAGACTAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGTCTAAAAAGTTACAAGACAGTCAGAACTACAAAACAAGACTAT  690

seq1  CTAAAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAGTAACATAAAGGGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAGTAACATAAAGGGT  740

seq1  GAATTGTTTTGCTTGCTCTCTCAGATTCTTGTAGCATAATCTTTAGTTGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGTTTTGCTTGCTCTCTCAGATTCTTGTAGCATAATCTTTAGTTGT  790

seq1  GTTTATATTAATGGGTATATTAACAAGTAAAACATCTTCATCCCACTGTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATATTAATGGGTATATTAACAAGTAAAACATCTTCATCCCACTGTG  840

seq1  TCCTTTCAAAATTCTGAGCTAATGTTTTTTTAGTTACTACATAAATGTCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCAAAATTCTGAGCTAATGTTTTTTTAGTTACTACATAAATGTCA  890

seq1  AGAAATTGACAAATATCACTAACTTCTTTTTTATGCTTAGATATTTGTTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTGACAAATATCACTAACTTCTTTTTTATGCTTAGATATTTGTTC  940

seq1  TTTTCTCTTAATTAAAGATGTATTTCATGTGTATGAGTGTTTTGCCTGCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTTAATTAAAGATGTATTTCATGTGTATGAGTGTTTTGCCTGCA  990

seq1  TGTATGTACCTGGTGCCTGAGTTCAGAAAAAGAGCATTGAATTC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTACCTGGTGCCTGAGTTCAGAAAAAGAGCATTGAATTC  1034

seq1: chr2_19553979_19554836
seq2: B6Ng01-105L03.g_68_926

seq1  GAATTCCTGCACTGACTTCCCACATTGATGGAGAGTGACCTGAGAGTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCACTGACTTCCCACATTGATGGAGAGTGACCTGAGAGTTGT  50

seq1  AAAATGAAATAAACTCCTTCCTCTCAGGTTGGTTTTAGTCACTTTCTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAAATAAACTCCTTCCTCTCAGGTTGGTTTTAGTCACTTTCTCCC  100

seq1  AAATTGTTTCCTCTTAGCAACAGAAAGCCTGAGACAGGAGCCTTGTGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTTTCCTCTTAGCAACAGAAAGCCTGAGACAGGAGCCTTGTGGGA  150

seq1  TCTCAAGCAGGAGGATAAGAATGATTTATTCTTTAGAGATACAGCAATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGCAGGAGGATAAGAATGATTTATTCTTTAGAGATACAGCAATCC  200

seq1  TGTTAGTAACATTTACACTAATAATGGTGGCTGACATTTATTCTGCTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTAACATTTACACTAATAATGGTGGCTGACATTTATTCTGCTGAT  250

seq1  TACATGCTGGAAAAATGCAAATGTTTTATATCATGTGGTTTTTGTTTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCTGGAAAAATGCAAATGTTTTATATCATGTGGTTTTTGTTTTTC  300

seq1  AAGTAACATTGGTGTAGCTCACCATAAAAGGCATATAAATTATATTAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAACATTGGTGTAGCTCACCATAAAAGGCATATAAATTATATTAGAG  350

seq1  TTGTCAAAAGTAGAAGAAAAAAATGAGGTTGCTTGAAGAGGGTTTGCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAAAAGTAGAAGAAAAAAATGAGGTTGCTTGAAGAGGGTTTGCTCT  400

seq1  ATAATTACAAGCACAAGTGGGACTTCATGTGGAGACAGACTGCTACTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTACAAGCACAAGTGGGACTTCATGTGGAGACAGACTGCTACTTTC  450

seq1  CTTCCAAGAGTGTGGCTTATACAGGAACAGTAGTTAGGCTGCAGAAAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAGAGTGTGGCTTATACAGGAACAGTAGTTAGGCTGCAGAAAGTA  500

seq1  GGTTTGAATTATATTATGATTTAATCCATTTCTCTATAGCATGGGTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGAATTATATTATGATTTAATCCATTTCTCTATAGCATGGGTCTGT  550

seq1  TAGCTTAATAAGTATGTTTGTGTTTATGTCTGTATATGTGTGTGTGTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTAATAAGTATGTTTGTGTTTATGTCTGTATATGTGTGTGTGTCTG  600

seq1  TGTGTTTTTGTGTATATGTGTATATCTGTGTGTCTTTGTGTGTCTGAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTTGTGTATATGTGTATATCTGTGTGTCTTTGTGTGTCTGAGTA  650

seq1  AGTGCATGTGTTCATGTATGTATGCATGTGTGTGTATCTGTGTTTGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCATGTGTTCATGTATGTATGCATGTGTGTGTATCTGTGTTTGTGTG  700

seq1  TTATCGCAATGTGAATTTGGTA-GGGAAGACCTTGGACACCATTAAAAAT  749
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTATCGCAATGTGAATTTGGTAGGGGAAGACCTTGGACACCATTAAAATT  750

seq1  ACAGGCCTTGAATCATAGGGTGCAC-GGATAATTATGTGAAGATGTAAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCCTTGAATCATAGGGTGCACGGGATAATTATGTGAAGATGTAAAA  800

seq1  CTATCAAGAGAATAACATTTAAAAAATTATTATTATTATTATTATTATTA  848
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAAGAGATTAACATTTAAAAAATTATTATTATTATTATTATTATTA  850

seq1  TTAGTAGTAG  858
      |||| |||||
seq2  TTAG-AGTAG  859