BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106D04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 70,337,934 - 70,485,679
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933404M02Rik, LOC100040068, Gad1, LOC100039766
Upstream geneLrp2, Bbs5, Kbtbd10, Fastkd1, Ppig, 4930578N16Rik, Phospho2, LOC433432, Klhl23, Ssb, Mettl5, 4930550G17Rik, Zfp650, Myo3b, LOC100040021, Sp5
Downstream geneGorasp2, Tlk1, Mettl8, 4833418A01Rik, Cybrd1, Dync1i2, Slc25a12, LOC667528, Hat1, LOC100040177, Metapl1, LOC100040207, Dlx1, Dlx1as, Dlx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106D04.bB6Ng01-106D04.g
ACCDH914008DH914009
length1,1751,080
definitionDH914008|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106D04, 5' end.DH914009|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106D04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,337,934 - 70,339,127)(70,484,595 - 70,485,679)
sequence
gaattcagccttagacagacagagaaaggttattaggtagtgagaaatct
ggtctaacaaggattaatgagagaagcaagcttgttctggtcaaagaagg
tttattataaagtgtgtttggccttattgccctgtctctctcctgtcgtc
ttgaccttcagcaaaaattttccttgacagggccaactctctgcttggaa
gtcccaactagcagaatatgtgttctttataaattgctcagggtcttctg
aaaacaaagtagaatcaattcttatggttccagttaggtgtgtgtgtgtt
cttcattctgcattatgcctctattatacctcactgtgtgacttcaggca
ccttacctactagagactcagtttccttattttcaaaatgggtatagtaa
tagtacccaacttacagggaggaatgttgccaggattaaattagagaata
taaattaaatcaaactttaaaaactgatatataataagtatgcaataaga
attgggtactgatcgtaaccaattattttataaaataattatttcctttt
aaagataatatattattgatacagtactatttaatggtataatttttgaa
ctctttcaacaatactactctaattttcattttaaaacatagatgaagtt
taaataaattttaactgctgtgttcacttggaatttatgtcatatttagc
ccagagattcacatacatggagtccatgtatgattttatgaacaaaattt
ttgtgtcacatgttggaattgtgatgcccactatgggagcagcgagtagg
acatttggggacatgataagactgtgagcatggaatcttcataaatgaga
ttagtcccctcagaggagagcctgcagctagggctccctgagggaactaa
taggaagaatccgagcatcaaacagagatgttaaattggcttacaccatt
tgagctccgaaccagccacagctgtctgcacaatggattaggtgagagcc
cggtagctccgcagtcacatgctgggtgcctcacagctcagtctagtgcc
gaagacagtgattcctagaaagcagctgcttctcagcattagaggtgagg
acgctgagtcctgatatcatgcagaatgcatgggcagggcccatagcagc
aacagggtgagtatccccataggac
gaattcactctagtttatgggtagaatatctgtagccaggaaataatgat
ttacataggaacaataagtctcacatttgagataatatttacctctgggt
ggaagagaacagaacggaattgggaacaaggcatacatacatcatatgta
tccaaaatacttaatttttaaagctaccaggtaaatatattattttttcc
actagggtcggtgtatttttactttatattttcatttgatagaactattt
aatcattatccaaatcatgaggttgtataatataaactaatgaaacgaaa
cttagttaattttctgttagtgtggtgaaataccctgagaaaggcaactg
aagggaataagggtttgctgtggctcacagttcaagctacggtccatgat
agtggggaaatcacagtggcgagagcttgagcgggtcacattgtgttcat
agtcaggaagggtggtggaatgaatgcagccttttagctcacttcttctt
tacagtccaggacctcagggaatggtgctgcccacagtgggcaggtcttc
ccatgtcagttaatttaattaaggtaaatccagacccctgacaggcaagt
ccagaggcagctctcccaggtgatcctggatctcatcaccatgacatctg
agattagattaaccatcactaaactggacgatgtggattctggctctgta
gtcagtgtgtagttgagataaattaagatactgaatttattttattgtag
tctctgtatcctcattcataatgattaggacaataatgtccaccttatag
gactattgtcatgattaatggggaatcacctttgcaaaatatcccagcgt
actacttaggcccctccatgagtcacagatgccttccttgtgacttagga
agaacagggcttggtcatataaactgctgcagtaatgctggggttatgct
gctttgtcttttatttgaaaaaaaaaatatgtaagttcttactttggata
cagatgacaggtgttcatgcaaaagttttttaaaatgtgagaatatcagg
aatgaaatttaatgttgctttgaatctgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_70337934_70339127
seq2: B6Ng01-106D04.b_49_1223

seq1  GAATTCAGCCTTAGACAGACAGAGAAAGGTTATTAGGTAGTGAGAAATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCTTAGACAGACAGAGAAAGGTTATTAGGTAGTGAGAAATCT  50

seq1  GGTCTAACAAGGATTAATGAGAGAAGCAAGCTTGTTCTGGTCAAAGAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAACAAGGATTAATGAGAGAAGCAAGCTTGTTCTGGTCAAAGAAGG  100

seq1  TTTATTATAAAGTGTGTTTGGCCTTATTGCCCTGTCTCTCTCCTGTCGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATAAAGTGTGTTTGGCCTTATTGCCCTGTCTCTCTCCTGTCGTC  150

seq1  TTGACCTTCAGCAAAAATTTTCCTTGACAGGGCCAACTCTCTGCTTGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCTTCAGCAAAAATTTTCCTTGACAGGGCCAACTCTCTGCTTGGAA  200

seq1  GTCCCAACTAGCAGAATATGTGTTCTTTATAAATTGCTCAGGGTCTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAACTAGCAGAATATGTGTTCTTTATAAATTGCTCAGGGTCTTCTG  250

seq1  AAAACAAAGTAGAATCAATTCTTATGGTTCCAGTTAGGTGTGTGTGTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAGTAGAATCAATTCTTATGGTTCCAGTTAGGTGTGTGTGTGTT  300

seq1  CTTCATTCTGCATTATGCCTCTATTATACCTCACTGTGTGACTTCAGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTCTGCATTATGCCTCTATTATACCTCACTGTGTGACTTCAGGCA  350

seq1  CCTTACCTACTAGAGACTCAGTTTCCTTATTTTCAAAATGGGTATAGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACCTACTAGAGACTCAGTTTCCTTATTTTCAAAATGGGTATAGTAA  400

seq1  TAGTACCCAACTTACAGGGAGGAATGTTGCCAGGATTAAATTAGAGAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACCCAACTTACAGGGAGGAATGTTGCCAGGATTAAATTAGAGAATA  450

seq1  TAAATTAAATCAAACTTTAAAAACTGATATATAATAAGTATGCAATAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAAATCAAACTTTAAAAACTGATATATAATAAGTATGCAATAAGA  500

seq1  ATTGGGTACTGATCGTAACCAATTATTTTATAAAATAATTATTTCCTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTACTGATCGTAACCAATTATTTTATAAAATAATTATTTCCTTTT  550

seq1  AAAGATAATATATTATTGATACAGTACTATTTAATGGTATAATTTTTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATAATATATTATTGATACAGTACTATTTAATGGTATAATTTTTGAA  600

seq1  CTCTTTCAACAATACTACTCTAATTTTCATTTTAAAACATAGATGAAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCAACAATACTACTCTAATTTTCATTTTAAAACATAGATGAAGTT  650

seq1  TAAATAAATTTTAACTGCTGTGTTCACTTGGAATTTATGTCATATTTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATTTTAACTGCTGTGTTCACTTGGAATTTATGTCATATTTAGC  700

seq1  CCAGAGATTCACATACATGGAGTCCATGTATGATTTTATGAACAAAATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGATTCACATACATGGAGTCCATGTATGATTTTATGAACAAAATTT  750

seq1  TTGTGTCACATGTTGGAATTGTGATGCCCACTATGGGAGCAGCGAGTAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTCACATGTTGGAATTGTGATGCCCACTATGGGAGCAGCGAGTAGG  800

seq1  ACATTTGGGGACATGATAAGACTGTGAGCATGGAATCTTCATAAATGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGGGGACATGATAAGACTGTGAGCATGGAATCTTCATAAATGAGA  850

seq1  TTAGTCCCCTCAGAGGAGAGCCTGCAGCTAGGGCTCCCTGAGGGAACTTA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTAGTCCCCTCAGAGGAGAGCCTGCAGCTAGGGCTCCCTGAGGGAACTAA  900

seq1  TAGGAAGAATCCGAGCATCAAACAGAGATGTTAAATTGGCTTACACCATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGAATCCGAGCATCAAACAGAGATGTTAAATTGGCTTACACCATT  950

seq1  TGAGCTCCGAACCAGCCACAGCTGTCTGCACAATGGATTAGGTGAGAGCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCCGAACCAGCCACAGCTGTCTGCACAATGGATTAGGTGAGAGCC  1000

seq1  CGGTAGCTCCGCAGTCCACAAGGCTGGGTGCCTCACAAGCTCAGTCTAGT  1050
      ||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CGGTAGCTCCGCAGT-CAC-ATGCTGGGTGCCTCAC-AGCTCAGTCTAGT  1047

seq1  GCCGAAAGACCAAGTGGATTCCTAGAGAGCAGCTGCTCCTCAGGCCACTT  1100
      |||| |||||  ||| |||||||||| |||||||||| |||||  || ||
seq2  GCCG-AAGAC--AGT-GATTCCTAGAAAGCAGCTGCTTCTCAG--CA-TT  1090

seq1  AGAAGGGTGAGGACGCTGAGTTCTGATATCAGTGCAGTAATGCAGTGGGC  1150
      |||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||
seq2  AGA--GGTGAGGACGCTGAGTCCTGATATCA-TGCAG-AATGCA-TGGGC  1135

seq1  AGGGGCCACAGCAGCAACAGGGTGAGTGTACCCCCCATCAGGAC  1194
      |||| ||| |||||||||||||||||| |   |||||| |||||
seq2  AGGGCCCATAGCAGCAACAGGGTGAGTAT---CCCCAT-AGGAC  1175

seq1: chr2_70484595_70485679
seq2: B6Ng01-106D04.g_66_1145 (reverse)

seq1  GTCAGATTCAAAGCAACATTTTAATTTTCATTCCTGTATATTCTCACATT  50
      ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTCAGATTCAAAGCAACA--TTAAATTTCATTCCTG-ATATTCTCACATT  47

seq1  TTAAAAAACTTTCTGCATTGAACACCTGTCACTCTTGTATCCAAAGTAAG  100
      |||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||
seq2  TTAAAAAACTTT-TGCA-TGAACACCTGTCA-TC-TGTATCCAAAGTAAG  93

seq1  AACTTACATATTTTTTTTTTCAAATAAAAGACAAAGCAGCATAA-CACAG  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
seq2  AACTTACATATTTTTTTTTTCAAATAAAAGACAAAGCAGCATAACCCCAG  143

seq1  CATTACTGCAGCAGTTTATATGACCAAGCCCTGTTCTTCCTAAGTCACAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTGCAGCAGTTTATATGACCAAGCCCTGTTCTTCCTAAGTCACAA  193

seq1  GGAAGGCATCTGTGACTCATGGAGGGGCCTAAGTAGTACGCTGGGATATT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCATCTGTGACTCATGGAGGGGCCTAAGTAGTACGCTGGGATATT  243

seq1  TTGCAAAGGTGATT-CCCATTAATCATGACAATAGTCCTATAAGGTGGAC  298
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAAGGTGATTCCCCATTAATCATGACAATAGTCCTATAAGGTGGAC  293

seq1  ATTATTGTCCTAATCATTATGAATGAGGATACAGAGACTACAATAAAATA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGTCCTAATCATTATGAATGAGGATACAGAGACTACAATAAAATA  343

seq1  AATTCAGTATCTTAATTTATCTCAACTACACACTGACTACAGAGCCAGAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGTATCTTAATTTATCTCAACTACACACTGACTACAGAGCCAGAA  393

seq1  TCCACATCGTCCAGTTTAGTGATGGTTAATCTAATCTCAGATGTCATGGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATCGTCCAGTTTAGTGATGGTTAATCTAATCTCAGATGTCATGGT  443

seq1  GATGAGATCCAGGATCACCTGGGAGAGCTGCCTCTGGACTTGCCTGTCAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGATCCAGGATCACCTGGGAGAGCTGCCTCTGGACTTGCCTGTCAG  493

seq1  GGGTCTGGATTTACCTTAATTAAATTAACTGACATGGGAAGACCTGCCCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTGGATTTACCTTAATTAAATTAACTGACATGGGAAGACCTGCCCA  543

seq1  CTGTGGGCAGCACCATTCCCTGAGGTCCTGGACTGTAAAGAAGAAGTGAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGCAGCACCATTCCCTGAGGTCCTGGACTGTAAAGAAGAAGTGAG  593

seq1  CTAAAAGGCTGCATTCATTCCACCACCCTTCCTGACTATGAACACAATGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGGCTGCATTCATTCCACCACCCTTCCTGACTATGAACACAATGT  643

seq1  GACCCGCTCAAGCTCTCGCCACTGTGATTTCCCCACTATCATGGACCGTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCGCTCAAGCTCTCGCCACTGTGATTTCCCCACTATCATGGACCGTA  693

seq1  GCTTGAACTGTGAGCCACAGCAAACCCTTATTCCCTTCAGTTGCCTTTCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAACTGTGAGCCACAGCAAACCCTTATTCCCTTCAGTTGCCTTTCT  743

seq1  CAGGGTATTTCACCACACTAACAGAAAATTAACTAAGTTTCGTTTCATTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTATTTCACCACACTAACAGAAAATTAACTAAGTTTCGTTTCATTA  793

seq1  GTTTATATTATACAACCTCATGATTTGGATAATGATTAAATAGTTCTATC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATATTATACAACCTCATGATTTGGATAATGATTAAATAGTTCTATC  843

seq1  AAATGAAAATATAAAGTAAAAATACACCGACCCTAGTGGAAAAAATAATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAATATAAAGTAAAAATACACCGACCCTAGTGGAAAAAATAATA  893

seq1  TATTTACCTGGTAGCTTTAAAAATTAAGTATTTTGGATACATATGATGTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACCTGGTAGCTTTAAAAATTAAGTATTTTGGATACATATGATGTA  943

seq1  TGTATGCCTTGTTCCCAATTCCGTTCTGTTCTCTTCCACCCAGAGGTAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCCTTGTTCCCAATTCCGTTCTGTTCTCTTCCACCCAGAGGTAAA  993

seq1  TATTATCTCAAATGTGAGACTTATTGTTCCTATGTAAATCATTATTTCCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATCTCAAATGTGAGACTTATTGTTCCTATGTAAATCATTATTTCCT  1043

seq1  GGCTACAGATATTCTACCCATAAACTAGAGTGAATTC  1085
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACAGATATTCTACCCATAAACTAGAGTGAATTC  1080