BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106H05
Chromosome2 (Build37)
Map Location 179,440,673 - 179,620,270
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh4
Upstream geneLOC100039368, LOC665264, LOC100043168, LOC100039413
Downstream geneTaf4a, Lsm14b, Psma7, Ss18l1, Gtpbp5, Hrh3, Osbpl2, LOC100039470, Adrm1, Lama5, Rps21, Cables2, BC066135, Gata5, EG622283, Slco4a1, Ntsr1, 1600027N09Rik, Ogfr, Col9a3, Tcfl5, Dido1, 2310003C23Rik, 1700019H03Rik, Bhlhb4, OTTMUSG00000016394
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106H05.bB6Ng01-106H05.g
ACCDH914189DH914190
length845987
definitionDH914189|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106H05, 5' end.DH914190|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106H05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(179,619,428 - 179,620,270)(179,440,673 - 179,441,656)
sequence
gaattccttaattactgtgtgggcaggcacaagggagctgaagatcctga
gagtcgctacggccacaagaagctcaggaaatgcatgtgagggctgagag
taatggcggccaaaggttgattttggttttagggggacatgatgggtccg
tgagcaacagcatctgccaccatgcctgatgtttgatcctcagaatccac
aaggttggaggagaccactggcccctgcaagctgccccctaactgcctcc
tcctgtgagcaacaccatctcccctgacccccaactaaacaaaataaaag
ttagtttttgctgaacacagtggtacacgcctgcaatcccagcagtcagg
agaaagagacaggagtaaacaagcgtttacttgttcaacgtttgcttgaa
cttgttactgattttgtgtctccagagggagacttaaagtaatagaaatg
cagtcctggggggcagacgtaaaatgtctatccctgggctagagtccgac
agcagggccagtttcttcagtgactcctgtctcatacatgtccactctgg
agaggggtgtgtggggtcttgtccctcttcagagccagctgtggattcct
gcctccagctgtttctgcctctgtcttcacaccttgctctgcgtgttagt
tttaggtagatacaagctagagtccctttaggaaagggtacctcaattga
agtaatgctgccaccaggttgggctgtggtgctctttcctcattggtgaa
ttgcccagttcgctgtgggcggggccacccgggagaggtgctataaataa
agcagctgaacaagcaagggggtgggtgtgggggaccggaggggc
gaattcaaggccagcctgggctactgaaggagaccgtgattcagtgtaaa
actttgtcagctgacagagccaaaggcgacatagataggatagagatgac
tgcacacacccaaaggtcaggctttggtagcctgtgcccacaaaaccaac
atgagctggagattccaccgctgacctcatgctacagatgccttgagcct
tgctgtaggagactgtcctagaccactataccaaagaggcttgacaggaa
agacagctagcctggcctccccatgtgagactgtgcattgtgggtaatgg
gtctcagctctgactctacctaaagagaccagcaaatacctgcactccca
actgtcacaactaaattgtgtcaagacatggctgtgcattccccaagggc
agcatcagacccatggagaagcttgcattccatttagaaggactctaagt
cataccagctaccggggtgacatactgagcagccttgggcatatcgtgga
agggctgggtgcctgtccagtggtcagtacagtgcctgggataatgggag
agaatgagttgccctgtggatcacagccagggctctgatatccgtagctg
aacagacagccagtctgccctgaggactatttccatgtcagtaaatgaca
gaaagcatttgacttaaaaattgatgcttagaaggggcttttgaggcaga
gacttttagctgagcatgggaccagcctggcttcctgttcttgcccagcc
acatacaatggagaggctataggagggtggctggctatcgctcttctgtc
tggagctggcagggatgccttctgaagctctgatggggagcatgcaggta
ggggaatttcagcatcagtacccacagagcaccagaatgtcagcatatgg
ggttgagattagtggtttaatcaccttgcttacatggctgcccagcggcc
agaaaaaaacagatcctttaacttgttgcccaggctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_179619428_179620270
seq2: B6Ng01-106H05.b_45_888 (reverse)

seq1  CCCCTCCGGTCCCCCACACCCACCCCCTTGCTTGTTCAGCTGCTTTATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCGGTCCCCCACACCCACCCCCTTGCTTGTTCAGCTGCTTTATTT  50

seq1  ATAGCACCTCTCCCGGGTGGCCCCGCCCACAGCGAACTGGGC-ATTCACC  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATAGCACCTCTCCCGGGTGGCCCCGCCCACAGCGAACTGGGCAATTCACC  100

seq1  AATGAGGAAAGAGCACCACAGCCCAACCTGGTGGCAGCATTACTTCAATT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGAAAGAGCACCACAGCCCAACCTGGTGGCAGCATTACTTCAATT  150

seq1  GAGGTACCCTTTCCTAAAGGGACTCTAGCTTGTATCTACCTAAAACTAAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTACCCTTTCCTAAAGGGACTCTAGCTTGTATCTACCTAAAACTAAC  200

seq1  ACGCAGAGCAAGGTGTGAAGACAGAGGCAGAAACAGCTGGAGGCAGGAAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCAGAGCAAGGTGTGAAGACAGAGGCAGAAACAGCTGGAGGCAGGAAT  250

seq1  CCACAGCTGGCTCTGAAGAGGGACAAGACCCCACACACCCCTCTCCAGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGCTGGCTCTGAAGAGGGACAAGACCCCACACACCCCTCTCCAGAG  300

seq1  TGGACATGTATGAGACAGGAGTCACTGAAGAAACTGGCCCTGCTGTCGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATGTATGAGACAGGAGTCACTGAAGAAACTGGCCCTGCTGTCGGA  350

seq1  CTCTAGCCCAGGGATAGACATTTTACGTCTGCCCCCCAGGACTGCATTTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCCCAGGGATAGACATTTTACGTCTGCCCCCCAGGACTGCATTTC  400

seq1  TATTACTTTAAGTCTCCCTCTGGAGACACAAAATCAGTAACAAGTTCAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTTTAAGTCTCCCTCTGGAGACACAAAATCAGTAACAAGTTCAAG  450

seq1  CAAACGTTGAACAAGTAAACGCTTGTTTACTCCTGTCTCTTTCTCCTGAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACGTTGAACAAGTAAACGCTTGTTTACTCCTGTCTCTTTCTCCTGAC  500

seq1  TGCTGGGATTGCAGGCGTGTACCACTGTGTTCAGCAAAAACTAACTTTTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGATTGCAGGCGTGTACCACTGTGTTCAGCAAAAACTAACTTTTA  550

seq1  TTTTGTTTAGTTGGGGGTCAGGGGAGATGGTGTTGCTCACAGGAGGAGGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTAGTTGGGGGTCAGGGGAGATGGTGTTGCTCACAGGAGGAGGC  600

seq1  AGTTAGGGGGCAGCTTGCAGGGGCCAGTGGTCTCCTCCAACCTTGTGGAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGGGGCAGCTTGCAGGGGCCAGTGGTCTCCTCCAACCTTGTGGAT  650

seq1  TCTGAGGATCAAACATCAGGCATGGTGGCAGATGCTGTTGCTCACGGACC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGATCAAACATCAGGCATGGTGGCAGATGCTGTTGCTCACGGACC  700

seq1  CATCATGTCCCCCTAAAACCAAAATCAACCTTTGGCCGCCATTACTCTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGTCCCCCTAAAACCAAAATCAACCTTTGGCCGCCATTACTCTCA  750

seq1  GCCCTCACATGCATTTCCTGAGCTTCTTGTGGCCGTAGCGACTCTCAGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCACATGCATTTCCTGAGCTTCTTGTGGCCGTAGCGACTCTCAGGA  800

seq1  TCTTCAGCTCCCTTGTGCCTGCCCACACAGTAATTAAGGAATTC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGCTCCCTTGTGCCTGCCCACACAGTAATTAAGGAATTC  844

seq1: chr2_179440673_179441656
seq2: B6Ng01-106H05.g_66_1052

seq1  GAATTCAAGGCCAGCCTGGGCTACTGAAGGAGACCGTGATTCAGTGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCAGCCTGGGCTACTGAAGGAGACCGTGATTCAGTGTAAA  50

seq1  ACTTTGTCAGCTGACAGAGCCAAAGGCGACATAGATAGGATAGAGATGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTCAGCTGACAGAGCCAAAGGCGACATAGATAGGATAGAGATGAC  100

seq1  TGCACACACCCAAAGGTCAGGCTTTGGTAGCCTGTGCCCACAAAACCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACCCAAAGGTCAGGCTTTGGTAGCCTGTGCCCACAAAACCAAC  150

seq1  ATGAGCTGGAGATTCCACCGCTGACCTCATGCTACAGATGCCTTGAGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTGGAGATTCCACCGCTGACCTCATGCTACAGATGCCTTGAGCCT  200

seq1  TGCTGTAGGAGACTGTCCTAGACCACTATACCAAAGAGGCTTGACAGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTAGGAGACTGTCCTAGACCACTATACCAAAGAGGCTTGACAGGAA  250

seq1  AGACAGCTAGCCTGGCCTCCCCATGTGAGACTGTGCATTGTGGGTAATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCTAGCCTGGCCTCCCCATGTGAGACTGTGCATTGTGGGTAATGG  300

seq1  GTCTCAGCTCTGACTCTACCTAAAGAGACCAGCAAATACCTGCACTCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGCTCTGACTCTACCTAAAGAGACCAGCAAATACCTGCACTCCCA  350

seq1  ACTGTCACAACTAAATTGTGTCAAGACATGGCTGTGCATTCCCCAAGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCACAACTAAATTGTGTCAAGACATGGCTGTGCATTCCCCAAGGGC  400

seq1  AGCATCAGACCCATGGAGAAGCTTGCATTCCATTTAGAAGGACTCTAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCAGACCCATGGAGAAGCTTGCATTCCATTTAGAAGGACTCTAAGT  450

seq1  CATACCAGCTACCGGGGTGACATACTGAGCAGCCTTGGGCATATCGTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCAGCTACCGGGGTGACATACTGAGCAGCCTTGGGCATATCGTGGA  500

seq1  AGGGCTGGGTGCCTGTCCAGTGGTCAGTACAGTGCCTGGGATAATGGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGGGTGCCTGTCCAGTGGTCAGTACAGTGCCTGGGATAATGGGAG  550

seq1  AGAATGAGTTGCCCTGTGGATCACAGCCAGGGCTCTGATATCCGTAGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAGTTGCCCTGTGGATCACAGCCAGGGCTCTGATATCCGTAGCTG  600

seq1  AACAGACAGCCAGTCTGCCCTGAGGACTATTTCCATGTCAGTAAATGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACAGCCAGTCTGCCCTGAGGACTATTTCCATGTCAGTAAATGACA  650

seq1  GAAAGCATTTGACTTAAAAATTGATGCTTAGAAGGGGC-TTTGAGGCAGA  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAAAGCATTTGACTTAAAAATTGATGCTTAGAAGGGGCTTTTGAGGCAGA  700

seq1  GACTTTTAGCTGAGCATGGGACCAGCCTGGCTTCCTGTTCTTGCCCAGCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTTAGCTGAGCATGGGACCAGCCTGGCTTCCTGTTCTTGCCCAGCC  750

seq1  ACATACAATGGAGAGGCTATAGGAGGGTGGCTGGCTATCGCTCTTCTGTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAATGGAGAGGCTATAGGAGGGTGGCTGGCTATCGCTCTTCTGTC  800

seq1  TGGAGCTGGCAGGGATGCC-TCTGAAGCTCTGATGGGGAGCATGCAGGTA  848
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTGGCAGGGATGCCTTCTGAAGCTCTGATGGGGAGCATGCAGGTA  850

seq1  GGGGAATTTCAGCATCAGTACCCACAGAGCACCAGATTGTCAGCAATATG  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  GGGGAATTTCAGCATCAGTACCCACAGAGCACCAGAATGTCAGC-ATATG  899

seq1  GGGTTGAGATTAGTGGTTTAATCACC-TGC-TACATGGCTGCACAGCGGC  946
      |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||
seq2  GGGTTGAGATTAGTGGTTTAATCACCTTGCTTACATGGCTGCCCAGCGGC  949

seq1  CAGAGAAAAACAGATCCCTTTACCTGTTGCCCAGGCTG  984
      |||| |||||||||||| || || ||||||||||||||
seq2  CAGAAAAAAACAGATCCTTTAACTTGTTGCCCAGGCTG  987