BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-107I21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 38,542,095 - 38,676,347
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC674251, Nr5a1, Nr6a1
Upstream geneDennd1a, LOC100040947, Lhx2, Nek6, Psmb7
Downstream geneOlfml2a, LOC624652, LOC100041071, 1700123D08Rik, Rpl35, Arpc5l, Golga1, A930041I02Rik, LOC100042584, Ppp6c, Vmn2r-ps2, Ppia-ps2_560.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-107I21.bB6Ng01-107I21.g
ACCDH914989DH914990
length1,0621,021
definitionDH914989|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107I21, 5' end.DH914990|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107I21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,675,274 - 38,676,347)(38,542,095 - 38,543,118)
sequence
gaattctttgccacttggaatatctgataatcttggttagaatacaattg
atagtacttactagttatgagacaaactcataggtacccaaaggacttac
atctcattatttagccttgtcttgagctacttttgacttcttaagaataa
tagcaataaggcctgtcttaagacctagcttttgagaacttttgaaatat
gtcttggagttagtgctcaaatgtgggaaaggatatttctagaacttaga
ttcagtttgggcatttccaaacaaatcctgttactgtttgtttgtttgtt
tgtttgttcgttcgttttcaggtctgtccacatagccctggctatcatgg
aactcaccaatgtactatatgttaggctaggctcaaactcagagaatgcc
tgcctttgcctcccagtgctggggtcaaaggaatgcatcactatgcctga
ttgatttggttttatgtaaaggagaattggagcataaagctatagcaagt
tataacggaaagagataatctatgattattgattgtgagccatgtactgt
gggatgaaccctttccctgaaattgaacccaggttcttaaacagacaaat
gttgacctatcctccatttgctgggcacatttaagctttaattttcatag
ctatttgtgagaggaaagggtattctcttttttcttaaagatttatttat
tattatacataaatacactgtagctgtcttctgacacaccagaagcgggc
gtcagatctcattacagatggttgtgagctaccatatggttgctgggatt
tgaactcaggacctttggaagagcagtcagtgctcttgcccgctgaacca
tcttaccagccccgggtattctcattttgcagagaaaaaaaaattacgat
ttagaggaatgagtcctgagcagtcgcataaccaggtagtactgagttgg
gagagaacttctataccttctttgagagagagtggtatttctagtgctgg
gagcagatgctttgttgtataggaacacggggtgaggaaattggctgttt
tgtattttacat
gaattcttatgtggaagggctgattctcagccaaggtgtgaaagctgtat
gcaaaggggtgtcattgtgagaggcaggacaatgtgagggctggtaagag
atgggtcaggaggggacatgggaccggactgttctgactccaaagttgct
ataggagaccccagttttattgtagggagtgtgaggcatgggtgatgtca
agcttggggtggtggggtccagaaagatgcctttgtttgctggtgtgcag
tatgaaaaggagactcatggagaaggcaatgctgaggtgcagaagggaca
ggctggctctgggtttagtgttaggatgtcaatccattatgcctggagac
cagaggcccaaaggctggaagacctaggagtccaatgccctctgctcttg
gccttgggcttgaacagaaagctgccttttatgctgtcacatggtgtctg
agtaagttccaggctctagttctaggctcagttcaagtctgaccttttgg
acagcactatcttgggaccaaatacagcactatcttggtactttgtgagt
gccaaggccctgctggtcccgacacatgtggagaggagtcagctctgccc
tagccctgaatgctgagcccttcacactcaatctctgaaggaaataagag
actttatgggccgcagagtaaagggctagcgggagggcaaggcaggcttt
gagtccttctgcctcttgacgtccctcagtgtatctactgaatgtggtcc
tgggctcttgatccaaggaaagtgggaggtcagaccacagagcagtgggt
gttccttcttagtgatacgaggcctgtccacagggcccatacatcttcct
tgtctacgctgcttacaatggagaggtgagtatggtgagcatactgtggg
gggaaaaaaaccaagggagggtagactggggtccttacttctacttcccc
cagagtcaagggtggacccaccttgttgggctctagggaagtcaagcctg
acctgtgctccccccaggtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_38675274_38676347
seq2: B6Ng01-107I21.b_44_1105 (reverse)

seq1  ATGTAAAATACAAAAACAGCTCCATTTTCTTCCACCCCACTGGTTTCCTA  50
      ||||||||||| |||||||  ||| |||| | ||||||   |  ||||||
seq2  ATGTAAAATAC-AAAACAG--CCAATTTCCT-CACCCC---GTGTTCCTA  43

seq1  TACAACATAGCATCTTGCTCCCAGCACCTAGAAATAACCACTCTCTCTCA  100
      ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  TACAACAAAGCATC-TGCTCCCAGCA-CTAGAAAT-ACCACTCTCTCTCA  90

seq1  AAGAAGGTATAGAGTTTCTCTCCCAACCTCAGTACTACCTGGTTATGCGA  150
      |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGTATAGAAGTTCTCTCCCAA-CTCAGTACTACCTGGTTATGCGA  139

seq1  CTGCTCAGGACTCATTCCTCTAAATCCTAATTTTTTTTTTCTCTGCAAAA  200
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAGGACTCATTCCTCTAAATCGTAA-TTTTTTTTTCTCTGCAAAA  188

seq1  TGAGAATACCCGGGGCTGGTAAGATGGTTCAGCGGGCAAGAGCACTGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATACCCGGGGCTGGTAAGATGGTTCAGCGGGCAAGAGCACTGACT  238

seq1  GCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCATATGGTAGCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCATATGGTAGCTCA  288

seq1  CAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCCCGCTTCTGGTGTGTCAGAAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCCCGCTTCTGGTGTGTCAGAAGACA  338

seq1  GCTACAGTGTATTTATGTATAATAATAAATAAATCTTTAAGAAAAAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGTGTATTTATGTATAATAATAAATAAATCTTTAAGAAAAAAGAG  388

seq1  AATACCCTTTCCTCTCACAAATAGCTATGAAAATTAAAGCTTAAATGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCCTTTCCTCTCACAAATAGCTATGAAAATTAAAGCTTAAATGTGC  438

seq1  CCAGCAAATGGAGGATAGGTCAACATTTGTCTGTTTAAGAACCTGGGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAAATGGAGGATAGGTCAACATTTGTCTGTTTAAGAACCTGGGTTC  488

seq1  AATTTCAGGGAAAGGGTTCATCCCACAGTACATGGCTCACAATCAATAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCAGGGAAAGGGTTCATCCCACAGTACATGGCTCACAATCAATAAT  538

seq1  CATAGATTATCTCTTTCCGTTATAACTTGCTATAGCTTTATGCTCCAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATTATCTCTTTCCGTTATAACTTGCTATAGCTTTATGCTCCAATT  588

seq1  CTCCTTTACATAAAACCAAATCAATCAGGCATAGTGATGCATTCCTTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTACATAAAACCAAATCAATCAGGCATAGTGATGCATTCCTTTGA  638

seq1  CCCCAGCACTGGGAGGCAAAGGCAGGCATTCTCTGAGTTTGAGCCTAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCACTGGGAGGCAAAGGCAGGCATTCTCTGAGTTTGAGCCTAGCC  688

seq1  TAACATATAGTACATTGGTGAGTTCCATGATAGCCAGGGCTATGTGGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATATAGTACATTGGTGAGTTCCATGATAGCCAGGGCTATGTGGACA  738

seq1  GACCTGAAAACGAACGAACAAACAAACAAACAAACAAACAGTAACAGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGAAAACGAACGAACAAACAAACAAACAAACAAACAGTAACAGGAT  788

seq1  TTGTTTGGAAATGCCCAAACTGAATCTAAGTTCTAGAAATATCCTTTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGGAAATGCCCAAACTGAATCTAAGTTCTAGAAATATCCTTTCCC  838

seq1  ACATTTGAGCACTAACTCCAAGACATATTTCAAAAGTTCTCAAAAGCTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGAGCACTAACTCCAAGACATATTTCAAAAGTTCTCAAAAGCTAG  888

seq1  GTCTTAAGACAGGCCTTATTGCTATTATTCTTAAGAAGTCAAAAGTAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAAGACAGGCCTTATTGCTATTATTCTTAAGAAGTCAAAAGTAGCT  938

seq1  CAAGACAAGGCTAAATAATGAGATGTAAGTCCTTTGGGTACCTATGAGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACAAGGCTAAATAATGAGATGTAAGTCCTTTGGGTACCTATGAGTT  988

seq1  TGTCTCATAACTAGTAAGTACTATCAATTGTATTCTAACCAAGATTATCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCATAACTAGTAAGTACTATCAATTGTATTCTAACCAAGATTATCA  1038

seq1  GATATTCCAAGTGGCAAAGAATTC  1074
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTCCAAGTGGCAAAGAATTC  1062

seq1: chr2_38542095_38543118
seq2: B6Ng01-107I21.g_65_1085

seq1  GAATTCTTATGTGGAAGGGCTGATTCTCAGCCAAGGTGTGAAAGCTGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATGTGGAAGGGCTGATTCTCAGCCAAGGTGTGAAAGCTGTAT  50

seq1  GCAAAGGGGTGTCATTGTGAGAGGCAGGACAATGTGAGGGCTGGTAAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGGGGTGTCATTGTGAGAGGCAGGACAATGTGAGGGCTGGTAAGAG  100

seq1  ATGGGTCAGGAGGGGACATGGGACCGGACTGTTCTGACTCCAAAGTTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTCAGGAGGGGACATGGGACCGGACTGTTCTGACTCCAAAGTTGCT  150

seq1  ATAGGAGACCCCAGTTTTATTGTAGGGAGTGTGAGGCATGGGTGATGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGACCCCAGTTTTATTGTAGGGAGTGTGAGGCATGGGTGATGTCA  200

seq1  AGCTTGGGGTGGTGGGGTCCAGAAAGATGCCTTTGTTTGCTGGTGTGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGGGTGGTGGGGTCCAGAAAGATGCCTTTGTTTGCTGGTGTGCAG  250

seq1  TATGAAAAGGAGACTCATGGAGAAGGCAATGCTGAGGTGCAGAAGGGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAAGGAGACTCATGGAGAAGGCAATGCTGAGGTGCAGAAGGGACA  300

seq1  GGCTGGCTCTGGGTTTAGTGTTAGGATGTCAATCCATTATGCCTGGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCTCTGGGTTTAGTGTTAGGATGTCAATCCATTATGCCTGGAGAC  350

seq1  CAGAGGCCCAAAGGCTGGAAGACCTAGGAGTCCAATGCCCTCTGCTCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCCCAAAGGCTGGAAGACCTAGGAGTCCAATGCCCTCTGCTCTTG  400

seq1  GCCTTGGGCTTGAACAGAAAGCTGCCTTTTATGCTGTCACATGGTGTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGGCTTGAACAGAAAGCTGCCTTTTATGCTGTCACATGGTGTCTG  450

seq1  AGTAAGTTCCAGGCTCTAGTTCTAGGCTCAGTTCAAGTCTGACCTTTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTTCCAGGCTCTAGTTCTAGGCTCAGTTCAAGTCTGACCTTTTGG  500

seq1  ACAGCACTATCTTGGGACCAAATACAGCACTATCTTGGTACTTTGTGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACTATCTTGGGACCAAATACAGCACTATCTTGGTACTTTGTGAGT  550

seq1  GCCAAGGCCCTGCTGGTCCCGACACATGTGGAGAGGAGTCAGCTCTGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCCCTGCTGGTCCCGACACATGTGGAGAGGAGTCAGCTCTGCCC  600

seq1  TAGCCCTGAATGCTGAGCCCTTCACACTCAATCTCTGAAGGAAATAAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTGAATGCTGAGCCCTTCACACTCAATCTCTGAAGGAAATAAGAG  650

seq1  ACTTTATGGGCCGCAGAGTAAAGGGCTAGCGGGAGGGCAAGGCAGGCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATGGGCCGCAGAGTAAAGGGCTAGCGGGAGGGCAAGGCAGGCTTT  700

seq1  GAGTCCTTCTGCCTCTTGACGTCCCTCAGTGTATCTACTGAATGTGGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCTTCTGCCTCTTGACGTCCCTCAGTGTATCTACTGAATGTGGTCC  750

seq1  TGGGCTCTTGATCCAAGGAAAGTGGGAGGTCAGACCACAGAGCAGGTGGG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGGGCTCTTGATCCAAGGAAAGTGGGAGGTCAGACCACAGAGCA-GTGGG  799

seq1  TGTTCCTTCTTAGTGATACGAGGCCTGTCCACAGGGCCCATACATCTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTTCTTAGTGATACGAGGCCTGTCCACAGGGCCCATACATCTTCC  849

seq1  TTGTCTACGCTGCTTACAATGGAGAGGTGAGTATGGTGAGCATACTGTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTACGCTGCTTACAATGGAGAGGTGAGTATGGTGAGCATACTGTGG  899

seq1  GGGGAAAAAAACCAAGGGAGGGTAGACTGGGGTCCCTACTCCTACTTCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |
seq2  GGGGAAAAAAACCAAGGGAGGGTAGACTGGGGTCCTTACTTCTACTTCCC  949

seq1  ACAGAGTCAAGGGTGGACCCACC-TGTTGGGCTCTAGGGAAGGTCAAGGC  999
       |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  CCAGAGTCAAGGGTGGACCCACCTTGTTGGGCTCTAGGGAA-GTCAA-GC  997

seq1  CTGACCTGTGCTCCCCCACAGGTGC  1024
      ||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGACCTGTGCTCCCCC-CAGGTGC  1021