BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110J04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 74,383,681 - 74,415,005
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLnp
Upstream geneChrna1, Chn1, Atf2, Atp5g3, LOC667729, LOC100040172
Downstream geneLOC100040519, Evx2, Hoxd13, Hoxd12, Hoxd11, Hoxd10, Hoxd9, Hoxd8, 1700109F18Rik, Hoxd3, Hoxd4, LOC667804, Hoxd1, Mtx2, LOC667817, A330043C09Rik, LOC667739, LOC545423, LOC100040324
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110J04.bB6Ng01-110J04.g
ACCDH917155DH917156
length1,1701,027
definitionDH917155|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110J04, 5' end.DH917156|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110J04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,413,796 - 74,415,005)(74,383,681 - 74,384,708)
sequence
gaattcaagaaaaacacttaggtctgagtgtgaataacagtggaaaacat
catcagtatggtagagggctggagagcttgggggcactcagatgacccat
atggtgggtcacagccatctgtaactctaacacccacttctgacttccct
gggcacaaggcacacacatggtgcacatacatgcaagcacaatactcata
cacatgaaaataaatcttaaccccccacatttagatgcactcagccctta
aggtcatacatgctaagtcccattgtgatatcagagctggaaagagactg
cacttgtttggggacaagctgcctgaggaagggagtgatttatgcttcag
aaggaaatgctagagtcaagaaagtgagatggattagaaaatggcaataa
gtacatcaagaaaaacaattatgggtaatgactatgttatcaggtactag
ggtaagtcaggacagagttaagcctttcaacaccctagaggattctatct
gtcttttgcaaataaggaaattgagaaacagggatatttaatgttttggc
tccttttttttttttttttttacagtaagtgatggtcagtcagaattgga
gtaaaggaaaggacagcagcaatgggtgtgattgagaaatgaactcagta
ctatagaaaatagccaatcttcctgtgttttacatctgttaaaaaatact
atcatatgtacattatagtaaatcagctttaatactactagaatgtgata
gaaaaatttctgaagcagtaagaatcgattgttgctatgcttatgagagc
atggatttaatgactatgacttatatctcagagggtaaatgtaaagcaca
actttcttgcttcaggagcctggaggctaaatcattgtttttaacagcaa
aacattttccaaataaataactgacataaataggtattcattatgattac
gagcatatttcatatgctcatttaaaaatatatgcagtaaagactatttt
agctagtgatctaaagtctacgaaaccctaggattagcagccattagctt
tctcaatgcaatgtaagcactcgattattgtagatgggctacctgatgca
tcatgcataaacctgttctcttgtttaactcaatttcattttagtagctg
cttacctcattgaaggttca
gaattctctctaagactatctagaagcagcacaagtatccaaagcaaatg
aaaatatcagcaatttttctataattatgatttggtgtcagaagaaaatt
ttcatttggttcttcaaagtgtctaagtaacacttaaattctcaaaatag
gcctggtgagatggctcagcgggtaagagcactgactgctcttccgaagg
tcctgagttcaaatcccagcaaccacatggtagctcacaaccacttgtaa
tgagacttgacaccctcttctggtgtgtctgacatcagctacagtgtact
tatgtataataatcaataaatctttttttaaaaattctcaaaataactta
ttttaactaaatgataaaatacctaagaatgttttttaaattaataaccc
cagcttcctataagtagcacattacaaaacatattggccagcagtattac
ttattcaaaagatttcttaacacactattaaatgattcctacagtcaagc
taattagccatatccattataccagttcttctgtctgtggagagaataca
taaaacccagtctttctaagtttcaagtacacaatacagcattgctaact
ctagtcaccatactgtactgtccaggcatcttattcacctttataactac
aattctgtgtcctttgaccaatacctccctattgctctcttaaaccctat
atcttgggaaacaatttcacactctgcttctatgaatttattatctttta
agaattagtactatatacacaaaattgtttgggactggagaaatggctca
gcagttaagaacactgtcttatcttccagaggtcctgagttcaattccca
gtaaacatatgatggctcacaaccatctgtaatgggatctgaagccctct
tctggcatgcaggtgtacatgtaagtaaaacataaataaatttttttaaa
tgtttcacatataacagaagtttttctatgattgcttaacagatttaaaa
ctatactgattatgaaatgggaatttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_74413796_74415005
seq2: B6Ng01-110J04.b_44_1213 (reverse)

seq1  TGAACCTTCTCAAATAGTAGGTAAGCAAAGCTACTAAAATAGAAAATGAG  50
      |||||||||   |||   ||||||||  |||||||||||| |||| ||||
seq2  TGAACCTTC---AAT--GAGGTAAGC--AGCTACTAAAAT-GAAATTGAG  42

seq1  TTATAAACAAGAG-ACAGTGTTTATGGCAATGAATGCATCAGGTAGCCCA  99
      |  |||||||||| |||| |||||||   ||| |||||||||||||||||
seq2  T--TAAACAAGAGAACAG-GTTTATG--CATG-ATGCATCAGGTAGCCCA  86

seq1  ATCCCTACCAGATTAAATCTGAGTGCTTACATTTGCATTTGAGAAAAGCT  149
          |||| |     |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||
seq2  ---TCTACAA----TAATC-GAGTGCTTACA-TTGCA-TTGAG-AAAGCT  125

seq1  AAATGGCTTGCTAAATTCCTAGGGTTTCCGTTAGAACTTTTAGATCAACT  199
       |||||| ||||||  ||||||||||||   ||||   |||||||| |||
seq2  -AATGGC-TGCTAA--TCCTAGGGTTTC--GTAGA--CTTTAGATC-ACT  166

seq1  AGCCTAAAATAGTCTTTACTGCATATTATTTTTTAAATGAGCATATGAAA  249
      || |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  AG-CTAAAATAGTCTTTACTGCATAT--ATTTTTAAATGAGCATATGAAA  213

seq1  TATGCTCGTAATTCATAATGAATACCTATTTTATGTCAGTTATTTATTTG  299
      ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTCGTAA-TCATAATGAATACCTA-TTTATGTCAGTTATTTATTTG  261

seq1  GAAAATGTTTTGCTGTTAAAAAACAATGATTTAGCCTCCAGGCTCCCTGA  349
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAAAATGTTTTGCTGTT-AAAAACAATGATTTAGCCTCCAGGCT-CCTGA  309

seq1  AGCAAG-AAGTTGTGCTTTTACATTTACCCTCTGAGATATAAGTCATAGT  398
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAAAGTTGTGC-TTTACATTTACCCTCTGAGATATAAGTCATAGT  358

seq1  CATTAAATCCATGCTCTCATAAGCATAGCAACAATCGATTCTTACTGCTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAATCCATGCTCTCATAAGCATAGCAACAATCGATTCTTACTGCTT  408

seq1  CAGAAATTTTTCTATCACATTCTAGTAGTATTAAAGCTGATTTACTATAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATTTTTCTATCACATTCTAGTAGTATTAAAGCTGATTTACTATAA  458

seq1  TGTACATATGATAGTATTTTTTAACAGATGTAAAACACAGGAAGATTGGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATATGATAGTATTTTTTAACAGATGTAAAACACAGGAAGATTGGC  508

seq1  TATTTTCTATAGTACTGAGTTCATTTCTCAATCACACCCATTGCTGCTGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTATAGTACTGAGTTCATTTCTCAATCACACCCATTGCTGCTGT  558

seq1  CCTTTCCTTTACTCCAATTCTGACTGACCATCACTTACTGTAAAAAAAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTTTACTCCAATTCTGACTGACCATCACTTACTGTAAAAAAAAA  608

seq1  AAAAAAAAAGGAGCCAAAACATTAAATATCCCTGTTTCTCAATTTCCTTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGGAGCCAAAACATTAAATATCCCTGTTTCTCAATTTCCTTA  658

seq1  TTTGCAAAAGACAGATAGAATCCTCTAGGGTGTTGAAAGGCTTAACTCTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAAAGACAGATAGAATCCTCTAGGGTGTTGAAAGGCTTAACTCTG  708

seq1  TCCTGACTTACCCTAGTACCTGATAACATAGTCATTACCCATAATTGTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACTTACCCTAGTACCTGATAACATAGTCATTACCCATAATTGTTT  758

seq1  TTCTTGATGTACTTATTGCCATTTTCTAATCCATCTCACTTTCTTGACTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGATGTACTTATTGCCATTTTCTAATCCATCTCACTTTCTTGACTC  808

seq1  TAGCATTTCCTTCTGAAGCATAAATCACTCCCTTCCTCAGGCAGCTTGTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTTCCTTCTGAAGCATAAATCACTCCCTTCCTCAGGCAGCTTGTC  858

seq1  CCCAAACAAGTGCAGTCTCTTTCCAGCTCTGATATCACAATGGGACTTAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACAAGTGCAGTCTCTTTCCAGCTCTGATATCACAATGGGACTTAG  908

seq1  CATGTATGACCTTAAGGGCTGAGTGCATCTAAATGTGGGGGGTTAAGATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATGACCTTAAGGGCTGAGTGCATCTAAATGTGGGGGGTTAAGATT  958

seq1  TATTTTCATGTGTATGAGTATTGTGCTTGCATGTATGTGCACCATGTGTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCATGTGTATGAGTATTGTGCTTGCATGTATGTGCACCATGTGTG  1008

seq1  TGCCTTGTGCCCAGGGAAGTCAGAAGTGGGTGTTAGAGTTACAGATGGCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGTGCCCAGGGAAGTCAGAAGTGGGTGTTAGAGTTACAGATGGCT  1058

seq1  GTGACCCACCATATGGGTCATCTGAGTGCCCCCAAGCTCTCCAGCCCTCT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCCACCATATGGGTCATCTGAGTGCCCCCAAGCTCTCCAGCCCTCT  1108

seq1  ACCATACTGATGATGTTTTCCACTGTTATTCACACTCAGACCTAAGTGTT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACTGATGATGTTTTCCACTGTTATTCACACTCAGACCTAAGTGTT  1158

seq1  TTTCTTGAATTC  1210
      ||||||||||||
seq2  TTTCTTGAATTC  1170

seq1: chr2_74383681_74384708
seq2: B6Ng01-110J04.g_66_1092

seq1  GAATTCTCTCTAAGACTATCTAGAAGCAGCACAAGTATCCAAAGCAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTAAGACTATCTAGAAGCAGCACAAGTATCCAAAGCAAATG  50

seq1  AAAATATCAGCAATTTTTCTATAATTATGATTTGGTGTCAGAAGAAAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATCAGCAATTTTTCTATAATTATGATTTGGTGTCAGAAGAAAATT  100

seq1  TTCATTTGGTTCTTCAAAGTGTCTAAGTAACACTTAAATTCTCAAAATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTGGTTCTTCAAAGTGTCTAAGTAACACTTAAATTCTCAAAATAG  150

seq1  GCCTGGTGAGATGGCTCAGCGGGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCGAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTGAGATGGCTCAGCGGGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCGAAGG  200

seq1  TCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTAGCTCACAACCACTTGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTAGCTCACAACCACTTGTAA  250

seq1  TGAGACTTGACACCCTCTTCTGGTGTGTCTGACATCAGCTACAGTGTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTTGACACCCTCTTCTGGTGTGTCTGACATCAGCTACAGTGTACT  300

seq1  TATGTATAATAATCAATAAATCTTTTTTTAAAAATTCTCAAAATAACTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATAATAATCAATAAATCTTTTTTTAAAAATTCTCAAAATAACTTA  350

seq1  TTTTAACTAAATGATAAAATACCTAAGAATGTTTTTTAAATTAATAACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACTAAATGATAAAATACCTAAGAATGTTTTTTAAATTAATAACCC  400

seq1  CAGCTTCCTATAAGTAGCACATTACAAAACATATTGGCCAGCAGTATTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCCTATAAGTAGCACATTACAAAACATATTGGCCAGCAGTATTAC  450

seq1  TTATTCAAAAGATTTCTTAACACACTATTAAATGATTCCTACAGTCAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAAAAGATTTCTTAACACACTATTAAATGATTCCTACAGTCAAGC  500

seq1  TAATTAGCCATATCCATTATACCAGTTCTTCTGTCTGTGGAGAGAATACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGCCATATCCATTATACCAGTTCTTCTGTCTGTGGAGAGAATACA  550

seq1  TAAAACCCAGTCTTTCTAAGTTTCAAGTACACAATACAGCATTGCTAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCCAGTCTTTCTAAGTTTCAAGTACACAATACAGCATTGCTAACT  600

seq1  CTAGTCACCATACTGTACTGTCCAGGCATCTTATTCACCTTTATAACTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCACCATACTGTACTGTCCAGGCATCTTATTCACCTTTATAACTAC  650

seq1  AATTCTGTGTCCTTTGACCAATACCTCCCTATTGCTCTCTTAAACCCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGTGTCCTTTGACCAATACCTCCCTATTGCTCTCTTAAACCCTAT  700

seq1  ATCTTGGGAAACAATTTCACACTCTGCTTCTATGAATTTATTATCTTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGGAAACAATTTCACACTCTGCTTCTATGAATTTATTATCTTTTA  750

seq1  AGAATTAGTACTATATACACAAAATTGTTTGGGACTGGAGAAATGGCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAGTACTATATACACAAAATTGTTTGGGACTGGAGAAATGGCTCA  800

seq1  GCAGTTAAGAACACTGTCTTATCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTAAGAACACTGTCTTATCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCA  850

seq1  GTAAACATATGATGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGAAGCCCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACATATGATGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGAAGCCCTCT  900

seq1  TCTGGCATGCAGGTGTACATGTAAGTAAAACATAAATAAATTTTTTTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCATGCAGGTGTACATGTAAGTAAAACATAAATAAATTTTTTTAAA  950

seq1  TGTTTCACATATAACAGAAGTTTTTCTATGATTGCTTAACAGATTTAAAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTTTCACATATAACAGAAGTTTTTCTATGATTGCTTAACAGATTT-AAA  999

seq1  ACTATACTGATTATGAAATGGGAATTTC  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATACTGATTATGAAATGGGAATTTC  1027