BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111K18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 161,704,387 - 161,875,399
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprt
Upstream geneLpin3, Emilin3, Chd6, LOC100043693, LOC100043694, LOC383769, LOC629655, LOC383770
Downstream geneLOC100043895, LOC100043896, LOC100043696, LOC497655, LOC668947, Sfrs6, L3mbtl, LOC241765, Sgk2, Ift52
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111K18.bB6Ng01-111K18.g
ACCDH917954DH917955
length8131,071
definitionDH917954|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111K18, 5' end.DH917955|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111K18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(161,704,387 - 161,705,195)(161,874,311 - 161,875,399)
sequence
gaattcagaagggagtcgggatggcatgaaggtattacaccaggagctgg
ttccagattgaattctaaattaaggagatgtgcatgtctctgatggaaga
ggatgaatctggacaaagaaacaaggatgaacagataatgtggaaaaaga
aagtcaaaagaggcacttctcttatccatagctctttatcacttacctct
ctagctcttctgtttgacttaggggagggtgggggaaagtcgactggcat
cacacaggtgtcatgcattcctgagtatcactaggagccactaagaatat
tctacttgttggggaaacattgatgaatataagttttatttgaagtttag
tcacacacacacacacacacacacacacacacacacagtagtttaatgca
agttagtcattgcaatggcatattttctctggaatgcaaaatctgattga
agaaggtggtaggcaacctaatttccagtactgggaatcaaaccaagaac
ctcatggatgctaggcaagcactctgccacaaagcttcagaaatctttta
ttctatcctttgcctttatgagtttgggttttattacatacacaaaaaat
catatttgtttgaagggatatatatgttaaatttgttcaattgtggtagt
cacttcacaatacaaacatacacacacatataatatgatatatgtgtgat
atatataatatgtaatatattaaacctaaaccagatctgagaatatatat
atatatgtatatatgtatatgtatataatatgtacatattatatgtgtgt
gtatgtgtgtata
gaattccctactcaatctgtgctcattgatttgcctcaatgtctctaatc
tctccccccacacacacacacccatgctgggtctacagacaggcagacac
taccatatccatctggcttctacgtgggtgcaggggatccaaactcagag
gtcttcatgcttgcacagcaggttgtttattgactaagccttctccccag
tcctgattccgcacttctcaggagtacataattttcagacttggactaga
gggttgactgtcactgtgtcctggaagcacagtgagtcttacagctgaga
ccctgcctcgtgtatctctagacagacccaggatcaagtggctcccagcc
tctcctggctgacatgaagtgacttactcttcccactctgagctttagct
tcttctcttctaaatgaaagagctggcataagagacctcatgaacaacct
cttgagggtttcggtgttaaggctacgtgaggctgtggcagatgggctct
gctttacagctccatagtgtcctgcttcctcctgggaatctgcatatgta
tgtgcatatttgtgtatatacacatgtatagacacagcatatcccagctc
tgaaaggattgtttctttagccacattccctgcttcctggccacactaga
gactccctttggccagcgccttttgaacttgactccttcatgtctggttc
catgctcttgatcttcctttttggccaatcatcgggactcccctcgccct
tcctagtggccacagcatccagagagagcaatccaggccagccactgtta
acccagtaaagccacgctcatgtctattgtataaagaatgcagctttgtt
tattaactactttctggggctggcctcccccccctgtaccccccccagac
tgttagtctactgatttctaatgctgctgatctgaacattatggtagagt
ttattgcagtttattcctttcatttactgcacatcatcttggtcatgcat
tttcacagatttaccaaatatatcctaatggcctgtctttctcatcagta
ctagggcagaatgacatcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_161704387_161705195
seq2: B6Ng01-111K18.b_50_862

seq1  GAATTCAGAAGGGAGTCGGGATGGCATGAAGGTATTACACCAGGAGCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAGGGAGTCGGGATGGCATGAAGGTATTACACCAGGAGCTGG  50

seq1  TTCCAGATTGAATTCTAAATTAAGGAGATGTGCATGTCTCTGATGGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGATTGAATTCTAAATTAAGGAGATGTGCATGTCTCTGATGGAAGA  100

seq1  GGATGAATCTGGACAAAGAAACAAGGATGAACAGATAATGTGGAAAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAATCTGGACAAAGAAACAAGGATGAACAGATAATGTGGAAAAAGA  150

seq1  AAGTCAAAAGAGGCACTTCTCTTATCCATAGCTCTTTATCACTTACCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAAAAGAGGCACTTCTCTTATCCATAGCTCTTTATCACTTACCTCT  200

seq1  CTAGCTCTTCTGTTTGACTTAGGGGAGGGTGGGGGAAAGTCGACTGGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTCTTCTGTTTGACTTAGGGGAGGGTGGGGGAAAGTCGACTGGCAT  250

seq1  CACACAGGTGTCATGCATTCCTGAGTATCACTAGGAGCCACTAAGAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGGTGTCATGCATTCCTGAGTATCACTAGGAGCCACTAAGAATAT  300

seq1  TCTACTTGTTGGGGAAACATTGATGAATATAAGTTTTATTTGAAGTTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTGTTGGGGAAACATTGATGAATATAAGTTTTATTTGAAGTTTAG  350

seq1  TCACACACACACACACACACACACACACACACACACAGTAGTTTAATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACACACACACACACACACACACACACACACACAGTAGTTTAATGCA  400

seq1  AGTTAGTCATTGCAATGGCATATTTTCTCTGGAATGCAAAATCTGATTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGTCATTGCAATGGCATATTTTCTCTGGAATGCAAAATCTGATTGA  450

seq1  AGAAGGTGGTAGGCAACCTAATTTCCAGTACTGGGAATCAAACCAAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTGGTAGGCAACCTAATTTCCAGTACTGGGAATCAAACCAAGAAC  500

seq1  CTCATGGATGCTAGGCAAGCACTCTGCCACAAAGCTTCAGAAATCTTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGATGCTAGGCAAGCACTCTGCCACAAAGCTTCAGAAATCTTTTA  550

seq1  TTCTATCCTTTGCCTTTATGAGTTTGGGTTTTATTACATACACAAAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCCTTTGCCTTTATGAGTTTGGGTTTTATTACATACACAAAAAAT  600

seq1  CATATTTGTTTGAAGGGATATATATGTT-AATTTGTTCAATTGTGGTAGT  649
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTGTTTGAAGGGATATATATGTTAAATTTGTTCAATTGTGGTAGT  650

seq1  CACTTCACAATACAAACATACACACACATATAATATGATATATGTGTGAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCACAATACAAACATACACACACATATAATATGATATATGTGTGAT  700

seq1  ATATATAATATGTAATATATTAAACCT-AACCAGATCTGAGAATATATAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAATATGTAATATATTAAACCTAAACCAGATCTGAGAATATATAT  750

seq1  ATATATGTATATATGTATATGTATAT-ATATGTACATA-TATATGTGTGT  796
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  ATATATGTATATATGTATATGTATATAATATGTACATATTATATGTGTGT  800

seq1  GTATGTGTATATA  809
      |||||||| ||||
seq2  GTATGTGTGTATA  813

seq1: chr2_161874311_161875399
seq2: B6Ng01-111K18.g_69_1139 (reverse)

seq1  GCTGATGTCCAATTCCTGCCCTAGTACTGGATGAGAAAGACAGGCCATTA  50
      |||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATGTC--ATT-CTGCCCTAGTACT-GATGAGAAAGACAGGCCATTA  46

seq1  GGATATATTGTGGTAAATTCTGTGATAAATGCATGACCAAGAATGATGTG  100
      ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| 
seq2  GGATATATT-TGGTAAA-TCTGTGA-AAATGCATGACCAAG-ATGATGT-  91

seq1  GCAGTAAAATGGAAAGGAATAAAACTGGCAATAAACTCTACCATAATGTT  150
      ||||||||   ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAAA--TGAAAGGAAT-AAACT-GCAATAAACTCTACCATAATGTT  137

seq1  CAGATCAAGCAGCATTTTAGAAATCAGTAGACTTAACAGTCTGGGGGGGG  200
      |||||| |||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGATC-AGCAGCA--TTAGAAATCAGTAGAC-TAACAGTCTGGGGGGGG  183

seq1  TACAGGGTGGGGGAGGCCAGCACCAAGAAAGTAGTTAATAAACAAAGCTG  250
      ||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGG-GGGGGAGGCCAGC-CCCAGAAAGTAGTTAATAAACAAAGCTG  231

seq1  CATTCTTTATACAATAGACATGAGCGTGGCTTTACTGGGTTAACAGTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTTATACAATAGACATGAGCGTGGCTTTACTGGGTTAACAGTGGC  281

seq1  T-GCCTGGATTGCTCTCTCTGGATGCTGTGGCCACTAGGAAGGGCGAGGG  349
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGGATTGCTCTCTCTGGATGCTGTGGCCACTAGGAAGGGCGAGGG  331

seq1  GAGTCCCGATGATTGGCCAAAAAGGAAGATCAAGAGCATGGAACCAGACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCGATGATTGGCCAAAAAGGAAGATCAAGAGCATGGAACCAGACA  381

seq1  TGAAGGAGTCAAGTTCAAAAGGCGCTGGCCAAAGGGAGTCTCTAGTGTGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGAGTCAAGTTCAAAAGGCGCTGGCCAAAGGGAGTCTCTAGTGTGG  431

seq1  CCAGGAAGCAGGGAATGTGGCTAAAGAAACAATCCTTTCAGAGCTGGGAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGCAGGGAATGTGGCTAAAGAAACAATCCTTTCAGAGCTGGGAT  481

seq1  ATGCTGTGTCTATACATGTGTATATACACAAATATGCACATACATATGCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTGTCTATACATGTGTATATACACAAATATGCACATACATATGCA  531

seq1  GATTCCCAGGAGGAAGCAGGACACTATGGAGCTGTAAAGCAGAGCCCATC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCCAGGAGGAAGCAGGACACTATGGAGCTGTAAAGCAGAGCCCATC  581

seq1  TGCCACAGCCTCACGTAGCCTTAACACCGAAACCCTCAAGAGGTTGTTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAGCCTCACGTAGCCTTAACACCGAAACCCTCAAGAGGTTGTTCA  631

seq1  TGAGGTCTCTTATGCCAGCTCTTTCATTTAGAAGAGAAGAAGCTAAAGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCTCTTATGCCAGCTCTTTCATTTAGAAGAGAAGAAGCTAAAGCT  681

seq1  CAGAGTGGGAAGAGTAAGTCACTTCATGTCAGCCAGGAGAGGCTGGGAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGGGAAGAGTAAGTCACTTCATGTCAGCCAGGAGAGGCTGGGAGC  731

seq1  CACTTGATCCTGGGTCTGTCTAGAGATACACGAGGCAGGGTCTCAGCTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGATCCTGGGTCTGTCTAGAGATACACGAGGCAGGGTCTCAGCTGT  781

seq1  AAGACTCACTGTGCTTCCAGGACACAGTGACAGTCAACCCTCTAGTCCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCACTGTGCTTCCAGGACACAGTGACAGTCAACCCTCTAGTCCAA  831

seq1  GTCTGAAAATTATGTACTCCTGAGAAGTGCGGAATCAGGACTGGGGAGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAAAATTATGTACTCCTGAGAAGTGCGGAATCAGGACTGGGGAGAA  881

seq1  GGCTTAGTCAATAAACAACCTGCTGTGCAAGCATGAAGACCTCTGAGTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAGTCAATAAACAACCTGCTGTGCAAGCATGAAGACCTCTGAGTTT  931

seq1  GGATCCCCTGCACCCACGTAGAAGCCAGATGGATATGGTAGTGTCTGCCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCCCTGCACCCACGTAGAAGCCAGATGGATATGGTAGTGTCTGCCT  981

seq1  GTCTGTAGACCCAGCATGGGTGTGTGTGTGTGGGGGGAGAGATTAGAGAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTAGACCCAGCATGGGTGTGTGTGTGTGGGGGGAGAGATTAGAGAC  1031

seq1  ATTGAGGCAAATCAATGAGCACAGATTGAGTAGGGAATTC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGGCAAATCAATGAGCACAGATTGAGTAGGGAATTC  1071