BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111L01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 152,903,996 - 153,003,572
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC020535, Hck, Tm9sf4
Upstream geneScrt2, Srxn1, Tcf15, LOC100043843, Csnk2a1, Tbc1d20, Rbck1, Trib3, LOC628060, Nrsn2, Sox12, Zcchc3, 6820408C15Rik, EG629114, LOC668930, 9230107O10Rik, 9230002F21Rik, EG654457, OTTMUSG00000015852, Defb29, 4930525K10Rik, Defb19, OTTMUSG00000015859, Defb36, OTTMUSG00000015862, Rem1, H13, Mcts2, Id1, LOC629170, Cox4i2, Bcl2l1, Tpx2, Mylk2, Fkhl18, Dusp15, Ttll9, Pdrg1, Xkr7
Downstream geneTspyl3, Plagl2, Pofut1, Kif3b, 2500004C02Rik, Asxl1, 8430427H17Rik, Commd7, 7530422B04Rik, Dnmt3b, LOC668932, Mapre1, EG329541, LOC100043869, Spag4l, Bpil1, Bpil3, Rya3, LOC100043870, Gm1006, EG545477, Psp, LOC100043652, 1700058C13Rik, Plunc, 2310021H06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111L01.bB6Ng01-111L01.g
ACCDH917968DH917969
length1,1801,198
definitionDH917968|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111L01, 5' end.DH917969|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111L01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(152,903,996 - 152,905,185)(153,002,364 - 153,003,572)
sequence
gaattccaggcagagggagcggcgtgtgcaaaggcccaggatggggtaag
gaaaggtgacccgagtgcccagagcaggaagggacttgaaaggttgctgg
gctttgatgagcaagacgaggtctggatagccttgagcactggtatagag
gcccaaccacctttagcctccctagggaaaggagcagaggttggtgaggc
tacttccatcctttctgtgcagcaatggctcccaggacacatttgaagcg
tgctacagtggcgcatccacaccgtctttccacggctcccactgcagcag
tatcgaccacagcagctgggccttcgagcagctacaggattacatggtca
cggtgagcatgagtgggcggcagagctccgcagcaagcatggctcagaga
tcagggaaggaggtgtgaccaggagaggccagcttagagaagcctggact
ggtgtcagcctgcactgaatgtcttgggcacctctcctgcatcttgtctt
tcatctcttcagcaacctcaagagggaggctccctcctcaccccaaatac
agagaaggaaagcaagggtcagagagataatgacatcctgccaccacaga
ggaggtcaccaaaggattgggactcaggaagctggacccatattccattt
gttttactgctgtgaacggacaccatgaccaaggcaactcttataaggac
aacatttagttggggctggcttacaggttcagaggttcagtccattatca
tcaaagcgggagcatggcagcatccaggcaggcatggtgcaggaggagct
gagagttctgaaccttcatctgaaggctgctagcagaatactgacttcca
ggcagctaggttgagggtcttaaagcccacacctacagtgacacacctac
tccaacaaggccataccttctaataatggccactccctgggctaagctat
acaaaccaccaccaccattcctgaaatgcaaaggaccagattgttggacc
ctcagtagcagtgtagattttgcagcagctgggcctgacagaatgcagaa
agaacctcagcatttttagcagagtcaagtgtgtttgcagtctgatctgt
ccccatgggtatcttcactcccacagctgcggagttagcttggtcctcct
ggaatccagcagtggcatgctctacgagac
gaattcaaaaccagtctgatctgtataggatccaagaaagcccaggaaca
tatagaaaaaccctgtctcagccctgtcccctgatcccaaacaaaacaaa
acattctatcaatgctgaagtctcatccaggttactattgtggccattgt
ttgtattctggaacagggtcttactgagtaactctggctggcctggaact
tactatgtagactgaactggactcgtgcttcatctagattgtggatcatc
ctgactctctggaagtcagtgtcctagtttcagtatgtttagagggtctc
tatgtgctcacaagtcaaggtgaaatttgtgaagagcagcggcagcaaca
gcattttctggaagcttgttagtagcacagacactcactcaggttattat
gtgctgggtctgctgagtcagagtgtacactttcacaagctgccaaaggc
taacatgcaggacaacctaacattcagggtgaactactcctgggaggatg
ggaagtacaggcctctaactctctctggccagccttaaaagtgtaccctg
acgatcaacaggaaggtggctgtcatatgcaaagaaagtattaaatctgg
ggccctaaaatatgggtggggcattgactcctactcttcagctacgcagt
tctggccaatcaacattgctgtgtcctcgtttatgccaagaaattcatgt
ggtagaagtggggttcaaatcaatatgtacccacaactgctttgttgacc
tctaagtcactactctttattcttataatatgggtgttttcctgtatata
tttttgtataccatgtgtgcctagtgacattgggaggccagaagaaagtg
tcagatcccctggaaatggagttgtgggatcactatgtcaatgctaggaa
ataaaccagtcttcttgaagagctaactgctgagctatctctctagtccc
aactattcttttgaataatgtgtgtgtgtcacatatgtatgctcgtgtat
acatgtgcaacatcagtgtctcccaattgttcccactttctttgaagaca
agatcctctgaactacagctcatggactgagctaacctagctcaagtatg
ggtgaactgctgtgctgcctacttttcatggtggtgctgggatgaatcca
ggtcctcatggcttggatgcaagcattgaccgtgactgagtacctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_152903996_152905185
seq2: B6Ng01-111L01.b_43_1222

seq1  GAATTCCAGGCAGAGGGAGCGGCGTGTGCAAAGGCCCAGGATGGGGTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCAGAGGGAGCGGCGTGTGCAAAGGCCCAGGATGGGGTAAG  50

seq1  GAAAGGTGACCCGAGTGCCCAGAGCAGGAAGGGACTTGAAAGGTTGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTGACCCGAGTGCCCAGAGCAGGAAGGGACTTGAAAGGTTGCTGG  100

seq1  GCTTTGATGAGCAAGACGAGGTCTGGATAGCCTTGAGCACTGGTATAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGATGAGCAAGACGAGGTCTGGATAGCCTTGAGCACTGGTATAGAG  150

seq1  GCCCAACCACCTTTAGCCTCCCTAGGGAAAGGAGCAGAGGTTGGTGAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAACCACCTTTAGCCTCCCTAGGGAAAGGAGCAGAGGTTGGTGAGGC  200

seq1  TACTTCCATCCTTTCTGTGCAGCAATGGCTCCCAGGACACATTTGAAGCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCATCCTTTCTGTGCAGCAATGGCTCCCAGGACACATTTGAAGCG  250

seq1  TGCTACAGTGGCGCATCCACACCGTCTTTCCACGGCTCCCACTGCAGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACAGTGGCGCATCCACACCGTCTTTCCACGGCTCCCACTGCAGCAG  300

seq1  TATCGACCACAGCAGCTGGGCCTTCGAGCAGCTACAGGATTACATGGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGACCACAGCAGCTGGGCCTTCGAGCAGCTACAGGATTACATGGTCA  350

seq1  CGGTGAGCATGAGTGGGCGGCAGAGCTCCGCAGCAAGCATGGCTCAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGAGCATGAGTGGGCGGCAGAGCTCCGCAGCAAGCATGGCTCAGAGA  400

seq1  TCAGGGAAGGAGGTGTGACCAGGAGAGGCCAGCTTAGAGAAGCCTGGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGAAGGAGGTGTGACCAGGAGAGGCCAGCTTAGAGAAGCCTGGACT  450

seq1  GGTGTCAGCCTGCACTGAATGTCTTGGGCACCTCTCCTGCATCTTGTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCAGCCTGCACTGAATGTCTTGGGCACCTCTCCTGCATCTTGTCTT  500

seq1  TCATCTCTTCAGCAACCTCAAGAGGGAGGCTCCCTCCTCACCCCAAATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCTTCAGCAACCTCAAGAGGGAGGCTCCCTCCTCACCCCAAATAC  550

seq1  AGAGAAGGAAAGCAAGGGTCAGAGAGATAATGACATCCTGCCACCACAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGGAAAGCAAGGGTCAGAGAGATAATGACATCCTGCCACCACAGA  600

seq1  GGAGGTCACCAAAGGATTGGGACTCAGGAAGCTGGACCCATATTCCATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTCACCAAAGGATTGGGACTCAGGAAGCTGGACCCATATTCCATTT  650

seq1  GTTTTACTGCTGTGAACGGACACCATGACCAAGGCAACTCTTATAAGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTACTGCTGTGAACGGACACCATGACCAAGGCAACTCTTATAAGGAC  700

seq1  AACATTTAGTTGGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTAGTTGGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCA  750

seq1  TCAAAGCGGGAGCATGGCAGCATCCAGGCAGGCATGGTGCAGGAGGAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCGGGAGCATGGCAGCATCCAGGCAGGCATGGTGCAGGAGGAGCT  800

seq1  GAGAGTTCTGAACCTTCATCTGAAGGCTGCTAGCAGAATACTGACTTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTCTGAACCTTCATCTGAAGGCTGCTAGCAGAATACTGACTTCCA  850

seq1  GGCAGCTAGGTTGAGGGTCTTAAAGCCCACACCTACAGTGACACACCTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCTAGGTTGAGGGTCTTAAAGCCCACACCTACAGTGACACACCTAC  900

seq1  TCCAACAAGGCCATACCTTCTAATAAT-GCCACTCCCTGGGCTAAGCTTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  TCCAACAAGGCCATACCTTCTAATAATGGCCACTCCCTGGGCTAAGC-TA  949

seq1  TACAAACCACCA-CACCATT-CTGAGATGCAAAGGACCAGA-TGTT-GAC  995
      |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| |||
seq2  TACAAACCACCACCACCATTCCTGAAATGCAAAGGACCAGATTGTTGGAC  999

seq1  CCTCCAGTAGGCAGTGGAAGATTTTGCAGGCAGGCTGGGCCTGACAGAAT  1045
      ||| ||||| ||||| | |||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  CCT-CAGTA-GCAGT-GTAGATTTTGCA-GCA-GCTGGGCCTGACAGAAT  1044

seq1  GCCAGAAAGAACCTCAGCATTTTTAGCAGAAGTCAGGTGGTGTTGCAGTC  1095
      | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||   ||||||||
seq2  G-CAGAAAGAACCTCAGCATTTTTAGCAG-AGTCAAGTGTGTTTGCAGTC  1092

seq1  TGGATCTGGTCCCCAAGGGGTATCCTTCACTCCCACAGCTGCGGAGTAAG  1145
      | ||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||
seq2  T-GATCT-GTCCCC-ATGGGTAT-CTTCACTCCCACAGCTGCGGAGTTAG  1138

seq1  CTGGGTCCTCCTGAGATCCAGCAGTTTGCATTGCTGCTACGAGAC  1190
      || ||||||||||  ||||||||| | ||| |||| |||||||||
seq2  CTTGGTCCTCCTGGAATCCAGCAG-TGGCA-TGCT-CTACGAGAC  1180

seq1: chr2_153002364_153003572
seq2: B6Ng01-111L01.g_65_1262 (reverse)

seq1  GAGAGGTGACTCAGTCA--GTCAAATGCTTGCCATTCACAAGCATGAGGA  48
      ||||||| |||||||||  ||| |||||||| ||| || |  ||||||||
seq2  GAGAGGT-ACTCAGTCACGGTC-AATGCTTG-CATCCA-AGCCATGAGGA  46

seq1  CCCTGAGTTCCATCCCCAGCACCCACATGAAAAGTGAGCAGGCACAGCAG  98
      ||  ||  | ||| |||||||||  ||||||||||  ||| |||||||||
seq2  CCTGGA--TTCAT-CCCAGCACCACCATGAAAAGTAGGCA-GCACAGCAG  92

seq1  TGCACACATACCTGAGCTAGTGTAGCTCAGTCCATGAGCTGTAGGTTCAG  148
      | ||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTCACCCATACTTGAGCTAGGTTAGCTCAGTCCATGAGCTGTA-GTTCAG  141

seq1  AGGGATCTTGTC-TCAAAGAAAAGGTGGGGAACAATTGGGAAGACACTGG  197
      | |||||||||| |||||||||  || ||||||||||||| ||||||| |
seq2  A-GGATCTTGTCTTCAAAGAAA--GT-GGGAACAATTGGG-AGACACT-G  185

seq1  ATGTTGCACATGTATACACGAGCATACATATGTGAACACACACACATTAT  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGTTGCACATGTATACACGAGCATACATATGTG-ACACACACACATTAT  234

seq1  TCAAAAGAATAGTTGGGACTAGAGAGATAGCTCAGCAGTTAGCTCTTCAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGAATAGTTGGGACTAGAGAGATAGCTCAGCAGTTAGCTCTTCAA  284

seq1  GAAGACTGGTTTATTTCCTAGCATTGACATAGTGAT-CCACAACTCCATT  346
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAAGACTGGTTTATTTCCTAGCATTGACATAGTGATCCCACAACTCCATT  334

seq1  TCCAGGGGATCTGACACTTTCTTCTGGCCT-CCAATGTCACTAGGCACAC  395
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGGATCTGACACTTTCTTCTGGCCTCCCAATGTCACTAGGCACAC  384

seq1  ATGGTATACAAAAATATATACAGGAAAACACCCATATTATAAGAATAAAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATACAAAAATATATACAGGAAAACACCCATATTATAAGAATAAAG  434

seq1  AGTAGTGACTTAGAGGTCAACAAAGCAGTTGTGGGTACATATTGATTTGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTGACTTAGAGGTCAACAAAGCAGTTGTGGGTACATATTGATTTGA  484

seq1  ACCCCACTTCTACCACATGAATTTCTTGGCATAAACGAGGACACAGCAAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACTTCTACCACATGAATTTCTTGGCATAAACGAGGACACAGCAAT  534

seq1  GTTGATTGGCCAGAACTGCGTAGCTGAAGAGTAGGAGTCAATGCCCCACC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTGGCCAGAACTGCGTAGCTGAAGAGTAGGAGTCAATGCCCCACC  584

seq1  CATATTTTAGGGCCCCAGATTTAATACTTTCTTTGCATATGACAGCCACC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTTAGGGCCCCAGATTTAATACTTTCTTTGCATATGACAGCCACC  634

seq1  TTCCTGTTGATCGTCAGGGTACACTTTTAAGGCTGGCCAGAGAGAGTTAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTTGATCGTCAGGGTACACTTTTAAGGCTGGCCAGAGAGAGTTAG  684

seq1  AGGCCTGTACTTCCCATCCTCCCAGGAGTAGTTCACCCTGAATGTTAGGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTGTACTTCCCATCCTCCCAGGAGTAGTTCACCCTGAATGTTAGGT  734

seq1  TGTCCTGCATGTTAGCCTTTGGCAGCTTGTGAAAGTGTACACTCTGACTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGCATGTTAGCCTTTGGCAGCTTGTGAAAGTGTACACTCTGACTC  784

seq1  AGCAGACCCAGCACATAATAACCTGAGTGAGTGTCTGTGCTACTAACAAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACCCAGCACATAATAACCTGAGTGAGTGTCTGTGCTACTAACAAG  834

seq1  CTTCCAGAAAATGCTGTTGCTGCCGCTGCTCTTCACAAATTTCACCTTGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGAAAATGCTGTTGCTGCCGCTGCTCTTCACAAATTTCACCTTGA  884

seq1  CTTGTGAGCACATAGAGACCCTCTAAACATACTGAAACTAGGACACTGAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAGCACATAGAGACCCTCTAAACATACTGAAACTAGGACACTGAC  934

seq1  TTCCAGAGAGTCAGGATGATCCACAATCTAGATGAAGCACGAGTCCAGTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGAGTCAGGATGATCCACAATCTAGATGAAGCACGAGTCCAGTT  984

seq1  CAGTCTACATAGTAAGTTCCAGGCCAGCCAGAGTTACTCAGTAAGACCCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTACATAGTAAGTTCCAGGCCAGCCAGAGTTACTCAGTAAGACCCT  1034

seq1  GTTCCAGAATACAAACAATGGCCACAATAGTAACCTGGATGAGACTTCAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGAATACAAACAATGGCCACAATAGTAACCTGGATGAGACTTCAG  1084

seq1  CATTGATAGAATGTTTTGTTTTGTTTGGGATCAGGGGACAGGGCTGAGAC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGATAGAATGTTTTGTTTTGTTTGGGATCAGGGGACAGGGCTGAGAC  1134

seq1  AGGGTTTTTCTATATGTTCCTGGGCTTTCTTGGATCCTATACAGATCAGA  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTTTCTATATGTTCCTGGGCTTTCTTGGATCCTATACAGATCAGA  1184

seq1  CTGGTTTTGAATTC  1209
      ||||||||||||||
seq2  CTGGTTTTGAATTC  1198