BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-113O05
Chromosome2 (Build37)
Map Location 108,878,952 - 109,011,202
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMett5d1
Upstream geneLOC100043078, LOC668790, LOC623003, LOC100043423, LOC623031
Downstream geneKif18a, Bdnf, LOC100043427, Lin7c, Lgr4, Ccdc34
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-113O05.bB6Ng01-113O05.g
ACCDH919562DH919563
length1,146671
definitionDH919562|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113O05, 5' end.DH919563|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113O05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,010,025 - 109,011,202)(108,878,952 - 108,879,622)
sequence
gaattctcaaaagaggaatctctaatgggcaagaagaacttacagaaatg
ttcaacatccttagtcatcagggaaatgcaaattaaaactactcttgaga
ttccatcttacacctgtcagaatggttaagatcaaaaactcaagtgacag
ctcatggtgacaaggatgtagaacaagaggaatgctcctccattgctggt
gggagtgcaaacttgtccaactactttggaaatcaatttgatggtttctc
agaaaattgggaatagttctacctcaagatccaactatactactctaggc
atgtactccaaatatgcccactataccacaaggacattcggtggaccatg
ttctattttgatttttaaataattgcacaaatattacaattttgttaatt
gtttgtaatgacaacacccatattcgcattttcattaactggagagaagg
accataggatctgctctctgcttttttcagagttttcagctgggaaggct
caaggttttgtaaggctgttctcactaaagtggtgctaagccatcacagg
acataattccagagaacttacccttacaagacttgattggctgtactgcc
tcagttctttctattgttttcatggttcttactacttgagtaatgatcat
attttaagtttctcttattgagtaaatactttatcttttggaagataatt
atactagatatactttatgacctaactgacactatggtctccttaattac
actattacactatcatctccttaacttgttgtctccttaaaaagtttata
agtagagtacttaggtgtctgtagaagtttcagataactagagttagtca
tcatggtttcttttgtgtgaaaatattctcttagcaacaaagaatgtttg
ctgaagttaaaatcatcatagagagattaccttaaaagcagatgtgtggt
tgctgaattctgtcattaagttctgttgtatttatactgattgagaaatg
gtatattataaatatatcatttgaggactgagagatggttcaccgtaaag
agtcatgttctaagatgaacccaattccgccccagctataccatcatggt
ccagctatcctaaactagataaaagcatgcaacctctgattctgat
gaattccaaatttaagtaaaaatggtaaaagtaagcaaaaccccaggact
gatctctgtgtgcttcctgccttttaatacaatgtgagcagtcatgtcac
actctcactgtaacagctagagctactctcaccaacatcccttccccaca
atgatggatagcactttcaaatcatccaccaaaacaaacccttctttcta
ttatttgattttgttaggtatttcatcataccaataagaaaataaatcaa
tgatatgcatattcctacacatatatgcatagatatatacatatatgtaa
caaatgtatggatgaaaaggagctacattatttgggagagaaagtgtagc
tgtctcttgtgagactatgccggggcctagcaaacacagaagtggatgct
cacagtcagctaatggatggatcacagggctcccaatggaggagctagag
aaagtacccaaggagctaaagggatctgcaaccctataggtggaacaaca
ttatgaactaaccagtaccccggagctcttgactctagctgcatatgtat
caaaagatggtctagtcggccatcactggaaagagaggcccattggacat
gcaaactttatatgccccagtacaggggaacgccagggccaaaaaggggg
agtggatgggtaggggagtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_109010025_109011202
seq2: B6Ng01-113O05.b_47_1192 (reverse)

seq1  ATCAGAAGAAGGTATTGCATGCTTTTATATCTAGATTTAGGGATAGCTGT  50
      |||||||  ||   |||||||||||  ||||||| |||| |||||||  |
seq2  ATCAGAATCAGAGGTTGCATGCTTT--TATCTAG-TTTA-GGATAGC--T  44

seq1  GAACCATGATGTGTAT-GCTGGGGGCAGAATTTGGGTCATCTATAAGAAC  99
      | ||||||||| |||| ||| ||||| ||||| || |||||  | |||||
seq2  GGACCATGATG-GTATAGCT-GGGGCGGAATTGGGTTCATC--TTAGAAC  90

seq1  AATGACTACTCTTAACTGTTGAACCATCTCTCAAGTCCCTCAAATGATAT  149
       |||   |||||| || | ||||||||||||| ||| |||||||||||||
seq2  -ATG---ACTCTTTAC-GGTGAACCATCTCTC-AGT-CCTCAAATGATAT  133

seq1  AATTTTATAATAATACCATATTCTCAAATCAGGTATAAATACAACAGGAA  199
      |  |||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||
seq2  A--TTTATAAT-ATACCAT-TTCTC-AATCA-GTATAAATACAACA-GAA  176

seq1  CTTAAATGACAGAAATACAGGCAAACAACACATCTGCTTTTTAAGGTAAT  249
      ||| |||||||| ||| |||   ||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  CTT-AATGACAG-AATTCAG--CAACCACACATCTGC-TTTTAAGGTAAT  221

seq1  CTTCTACTATGATGATTTTAACTTCAGCAAACATTTCTTTTGTTGCTAAG  299
      | ||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  C-TCT-CTATGATGATTTTAACTTCAGCAAACATT--CTTTGTTGCTAAG  267

seq1  AGAATATTTTCACACAAAAGAAACCATGATGACTAACTCTAGTTATCTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATTTTCACACAAAAGAAACCATGATGACTAACTCTAGTTATCTGA  317

seq1  AACTTCTACAGACACCTAAGTACTCTACTTATAAACTTTTTAAGGAGACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTACAGACACCTAAGTACTCTACTTATAAACTTTTTAAGGAGACA  367

seq1  ACAAGTTAAGGAGATGATAGTGTAATAGTGTAATTAAGGAGACCATAGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTAAGGAGATGATAGTGTAATAGTGTAATTAAGGAGACCATAGTG  417

seq1  TCAGTTAGGTCATAAAGTATATCTAGTATAATTATCTTCCAAAAGATAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTAGGTCATAAAGTATATCTAGTATAATTATCTTCCAAAAGATAAA  467

seq1  GTATTTACTCAATAAGAGAAACTTAAAATATGATCATTACTCAAGTAGTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTACTCAATAAGAGAAACTTAAAATATGATCATTACTCAAGTAGTA  517

seq1  AGAACCATGAAAACAATAGAAAGAACTGAGGCAGTACAGCCAATCAAGTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCATGAAAACAATAGAAAGAACTGAGGCAGTACAGCCAATCAAGTC  567

seq1  TTGTAAGGGTAAGTTCTCTGGAATTATGTCCTGTGATGGCTTAGCACCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGGGTAAGTTCTCTGGAATTATGTCCTGTGATGGCTTAGCACCAC  617

seq1  TTTAGTGAGAACAGCCTTACAAAACCTTGAGCCTTCCCAGCTGAAAACTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGAGAACAGCCTTACAAAACCTTGAGCCTTCCCAGCTGAAAACTC  667

seq1  TGAAAAAAGCAGAGAGCAGATCCTATGGTCCTTCTCTCCAGTTAATGAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAAGCAGAGAGCAGATCCTATGGTCCTTCTCTCCAGTTAATGAAA  717

seq1  ATGCGAATATGGGTGTTGTCATTACAAACAATTAACAAAATTGTAATATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGAATATGGGTGTTGTCATTACAAACAATTAACAAAATTGTAATATT  767

seq1  TGTGCAATTATTTAAAAATCAAAATAGAACATGGTCCACCGAATGTCCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAATTATTTAAAAATCAAAATAGAACATGGTCCACCGAATGTCCTT  817

seq1  GTGGTATAGTGGGCATATTTGGAGTACATGCCTAGAGTAGTATAGTTGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATAGTGGGCATATTTGGAGTACATGCCTAGAGTAGTATAGTTGGA  867

seq1  TCTTGAGGTAGAACTATTCCCAATTTTCTGAGAAACCATCAAATTGATTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGGTAGAACTATTCCCAATTTTCTGAGAAACCATCAAATTGATTT  917

seq1  CCAAAGTAGTTGGACAAGTTTGCACTCCCACCAGCAATGGAGGAGCATTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTAGTTGGACAAGTTTGCACTCCCACCAGCAATGGAGGAGCATTC  967

seq1  CTCTTGTTCTACATCCTTGTCACCATGAGCTGTCACTTGAGTTTTTGATC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTTCTACATCCTTGTCACCATGAGCTGTCACTTGAGTTTTTGATC  1017

seq1  TTAACCATTCTGACAGGTGTAAGATGGAATCTCAAGAGTAGTTTTAATTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCATTCTGACAGGTGTAAGATGGAATCTCAAGAGTAGTTTTAATTT  1067

seq1  GCATTTCCCTGATGACTAAGGATGTTGAACATTTCTGTAAGTTCTTCTTG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCCCTGATGACTAAGGATGTTGAACATTTCTGTAAGTTCTTCTTG  1117

seq1  CCCATTAGAGATTCCTCTTTTGAGAATTC  1178
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTAGAGATTCCTCTTTTGAGAATTC  1146

seq1: chr2_108878952_108879622
seq2: B6Ng01-113O05.g_68_738

seq1  GAATTCCAAATTTAAGTAAAAATGGTAAAAGTAAGCAAAACCCCAGGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATTTAAGTAAAAATGGTAAAAGTAAGCAAAACCCCAGGACT  50

seq1  GATCTCTGTGTGCTTCCTGCCTTTTAATACAATGTGAGCAGTCATGTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTGTGTGCTTCCTGCCTTTTAATACAATGTGAGCAGTCATGTCAC  100

seq1  ACTCTCACTGTAACAGCTAGAGCTACTCTCACCAACATCCCTTCCCCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCACTGTAACAGCTAGAGCTACTCTCACCAACATCCCTTCCCCACA  150

seq1  ATGATGGATAGCACTTTCAAATCATCCACCAAAACAAACCCTTCTTTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGATAGCACTTTCAAATCATCCACCAAAACAAACCCTTCTTTCTA  200

seq1  TTATTTGATTTTGTTAGGTATTTCATCATACCAATAAGAAAATAAATCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGATTTTGTTAGGTATTTCATCATACCAATAAGAAAATAAATCAA  250

seq1  TGATATGCATATTCCTACACATATATGCATAGATATATACATATATGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGCATATTCCTACACATATATGCATAGATATATACATATATGTAA  300

seq1  CAAATGTATGGATGAAAAGGAGCTACATTATTTGGGAGAGAAAGTGTAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTATGGATGAAAAGGAGCTACATTATTTGGGAGAGAAAGTGTAGC  350

seq1  TGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCT  400

seq1  CACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCCCAATGGAGGAGCTAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCCCAATGGAGGAGCTAGAG  450

seq1  AAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACA  500

seq1  TTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTAT  550

seq1  CAAAAGATGGTCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGATGGTCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACAT  600

seq1  GCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGGGGG  650

seq1  AGTGGATGGGTAGGGGAGTGG  671
      |||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATGGGTAGGGGAGTGG  671