BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114L21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 173,526,529 - 173,683,043
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRab22a, 1700010B08Rik, Vapb, LOC620189
Upstream geneBmp7, LOC100043751, Spo11, Rae1, Rbm38, Ctcfl, EG619800, Pck1, Zbp1, Tmepai, 1700021F07Rik, 1700030G11Rik, LOC100043911
Downstream geneLOC664880, LOC100043912, LOC664901, Stx16, Npepl1, Nespas, Gnas, Th1l, Ctsz, Rpl30-ps5, Tubb1, Atp5e, Slmo2, LOC664967, LOC100043757, Edn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114L21.bB6Ng01-114L21.g
ACCDH920184DH920185
length9121,131
definitionDH920184|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114L21, 5' end.DH920185|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114L21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(173,526,529 - 173,527,438)(173,681,917 - 173,683,043)
sequence
gaattccatccactgatgccaacccagcgtctggcggcaagggcttcaaa
ctccgaagacagccatcggagccaaagcgaagctgctgctgacgacccag
ggcctgaccttgaggaagaagcaggtggtcctggaggctgcaggagagcc
gtgccctgccactggacgccacctcatgctctttatgcaaaaaggactca
gagaaccggctgttgggttctcttggaagactgcagcaggtgtctgtgtc
tgcacacttctgtcagtggactctggcgtgcaaagggaccatgcatgccc
ttggctgtttacccagctgaaaggagcgtctgacgtatggctatggatgg
taggattgaattgctggtgcctctgtggtcaggatttcatgtgttatttg
taagggaaatgagcactttcatggatataagggaaaagctgtggggatgg
tcatctccttggtcctcgtctctagtgtcagagtcgtatcagtaagatgt
gggaaatgatcacaagtagagggatgggtgttcctaggacagcttccgcc
atctctaaagcactttgccacacagtggctgccggttcaccttgggtttg
cttctgaccttgtatgtgtcagaacccacgcacattagttatggtcacct
ttctacagaagctctcatgctccaggcgatggggtacagaagctacctgg
agccagttgagttgcatgtgtctaaactgacgggcagtggcttaggagag
gagaggaaaggagaggacaaagcaaatgaatcttttggtgagattgtttt
ttgtttatggtttgttttggtttttttgttttttgcccagtttgtttttg
gtgggaaaaacatctttgagctgcctagcatattgtaaatttgtagttat
attttatgagac
gaattctcccatctcttcctctgcacctccttcagctccattggagtgcc
aggattccagccaagtacttatgtgcatttatgtgcctggctttacccag
attctgaggatccaagctcaattccttgtgcttgtgcaatgtgatggtta
cctttaacttgacgtgacctgttatctcccgggcagagaggctcagtgca
ggattatctgcattggattggcctatgaggatgtctgtggggaactgact
tctgttccctgaactggggagccctgcctactgcgagcagcactgcttct
caggcaggggatcctgagcagtataggggttgggtaaggagtgaagcaca
agccagcaggtgcacttcttctctctgctgttgcctgcccatggatgagc
tctgagcagctgttgcaacctcctacctttgcgaccgaccaccccacagt
gaggggcaggagcctggaactgtaaactcaaacaggtcccttctccctga
agtgctttctgtcagaacgcttttgggggaatcaaggtaattaattcatc
acagcaacagaaatgaaacacagtgttttacccactaagccatctctcta
gcccatgaccaacctttttaaaggcaacgtaaacacagcactgagatcag
gtgtccactgggcaggctcctagctcttcagcagttctggggtacactgg
cattcagagactttctcttctataatgccacagagagagggattgagggg
tactccctaccatgtccacagagagtctgaagtcatctcagcagccatag
taggaaataacaccctggcactgggcccaagcggtggagtcttgatggcc
ttctagcagagttttctatgtcttgagcatgtgagcaccgcagcctcctt
ccctgatctgctctaaaggctgtgtaccttctctgtggagccttacagcc
tgtgaagcacaggacctcctacaggacctgcacctttctctggggtcttc
ttggagtcagcttcaagaattaccttcctcttctagcatgaggactgaag
aacgacttctgatgccaccatccctggccccatgctcacttagcatcctt
acgaatgcctcactgcgcctgaagaaaagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_173526529_173527438
seq2: B6Ng01-114L21.b_42_953

seq1  GAATTCCATCCACTGATGCCAACCCAGCGTCTGGCGGCAAGGGCTTCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCACTGATGCCAACCCAGCGTCTGGCGGCAAGGGCTTCAAA  50

seq1  CTCCGAAGACAGCCATCGGAGCCAAAGCGAAGCTGCTGCTGACGACCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGAAGACAGCCATCGGAGCCAAAGCGAAGCTGCTGCTGACGACCCAG  100

seq1  GGCCTGACCTTGAGGAAGAAGCAGGTGGTCCTGGAGGCTGCAGGAGAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGACCTTGAGGAAGAAGCAGGTGGTCCTGGAGGCTGCAGGAGAGCC  150

seq1  GTGCCCTGCCACTGGACGCCACCTCATGCTCTTTATGCAAAAAGGACTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTGCCACTGGACGCCACCTCATGCTCTTTATGCAAAAAGGACTCA  200

seq1  GAGAACCGGCTGTTGGGTTCTCTTGGAAGACTGCAGCAGGTGTCTGTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCGGCTGTTGGGTTCTCTTGGAAGACTGCAGCAGGTGTCTGTGTC  250

seq1  TGCACACTTCTGTCAGTGGACTCTGGCGTGCAAAGGGACCATGCATGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACTTCTGTCAGTGGACTCTGGCGTGCAAAGGGACCATGCATGCCC  300

seq1  TTGGCTGTTTACCCAGCTGAAAGGAGCGTCTGACGTATGGCTATGGATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGTTTACCCAGCTGAAAGGAGCGTCTGACGTATGGCTATGGATGG  350

seq1  TAGGATTGAATTGCTGGTGCCTCTGTGGTCAGGATTTCATGTGTTATTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTGAATTGCTGGTGCCTCTGTGGTCAGGATTTCATGTGTTATTTG  400

seq1  TAAGGGAAATGAGCACTTTCATGGATATAAGGGAAAAGCTGTGGGGATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGAAATGAGCACTTTCATGGATATAAGGGAAAAGCTGTGGGGATGG  450

seq1  TCATCTCCTTGGTCCTCGTCTCTAGTGTCAGAGTCGTATCAGTAAGATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCCTTGGTCCTCGTCTCTAGTGTCAGAGTCGTATCAGTAAGATGT  500

seq1  GGGAAATGATCACAAGTAGAGGGATGGGTGTTCCTAGGACAGCTTCCGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATGATCACAAGTAGAGGGATGGGTGTTCCTAGGACAGCTTCCGCC  550

seq1  ATCTCTAAAGCACTTTGCCACACAGTGGCTGCCGGTTCACCTTGGGTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAAAGCACTTTGCCACACAGTGGCTGCCGGTTCACCTTGGGTTTG  600

seq1  CTTCTGACCTTGTATGTGTCAGAACCCACGCACATTAGTTATGGTCACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGACCTTGTATGTGTCAGAACCCACGCACATTAGTTATGGTCACCT  650

seq1  TTCTACAGAAGCTCTCATGCTCCAGGCGATGGGGTACAGAAGCTACCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAGAAGCTCTCATGCTCCAGGCGATGGGGTACAGAAGCTACCTGG  700

seq1  AGCCAGTTGAGTTGCATGTGTCTAAACTGACGGGCAGTGGCTTAGGAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTTGAGTTGCATGTGTCTAAACTGACGGGCAGTGGCTTAGGAGAG  750

seq1  GAGAGGAAAGGAGAGGACAAAGCAAATGAATCTTTTGGTGAGATTGTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAAAGGAGAGGACAAAGCAAATGAATCTTTTGGTGAGATTGTTTT  800

seq1  TTGTTTATGGTTTGTTTTGGTTTTTTTGTTTTTTGCCCAGTTTG-TTTTG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGTTTATGGTTTGTTTTGGTTTTTTTGTTTTTTGCCCAGTTTGTTTTTG  850

seq1  GTGGGAAAAACAACTGTGAGCTGCCTAGCATA-TGTAAATTTGTAGTCTA  898
      |||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  GTGGGAAAAACATCTTTGAGCTGCCTAGCATATTGTAAATTTGTAGT-TA  899

seq1  TA-TTTATGAGAC  910
      || ||||||||||
seq2  TATTTTATGAGAC  912

seq1: chr2_173681917_173683043
seq2: B6Ng01-114L21.g_70_1200 (reverse)

seq1  GGCTTTTCTTCCAGCGCAGTGA-GCATCGGTGAGGATGCTAAGTGAGCAT  49
      |||||||||||  ||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTCTTCAGGCGCAGTGAGGCATTCGTAAGGATGCTAAGTGAGCAT  50

seq1  GGG--CAGGGATGCTGGGCATCAG-AGTCTGTCTTCAGTCCTCATGCTAG  96
      |||  |||||||| | |||||||| ||||  |||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCAGGGATGGT-GGCATCAGAAGTCGTTCTTCAGTCCTCATGCTAG  99

seq1  GAGAGG-AGGTAATCCTTTGAAGCTGACTCC-AGAAGACCCCAGAG-AAG  143
       ||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  AAGAGGAAGGTAATTC-TTGAAGCTGACTCCAAGAAGACCCCAGAGAAAG  148

seq1  GTGCAGGTCCCTGTAGGAGGTCCTGTGCTTCACAGGCTGTAAGGCCTCCA  193
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTGCAGGT-CCTGTAGGAGGTCCTGTGCTTCACAGGCTGTAAGG-CTCCA  196

seq1  CAGAGAAGGTACACAGCCTTTAGAGCAGATCAGGGAAGGAGGCTGCGGTG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAGGTACACAGCCTTTAGAGCAGATCAGGGAAGGAGGCTGCGGTG  246

seq1  CTCACATGCTCAAGACATAGAAAACTCTGCTAGAAGGCCATCAAGACTCC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATGCTCAAGACATAGAAAACTCTGCTAGAAGGCCATCAAGACTCC  296

seq1  ACCGCTTGGGCCCAGTGCCAGGGTGTTATTTCCTACTATGGCTGCTGAGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCTTGGGCCCAGTGCCAGGGTGTTATTTCCTACTATGGCTGCTGAGA  346

seq1  TGACTTCAGACTCTCTGTGGACATGGTAGGGAGTA-CCCTCAATCCCTCT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGACTTCAGACTCTCTGTGGACATGGTAGGGAGTACCCCTCAATCCCTCT  396

seq1  CTCTGTGGCATTATAGAAGAGAAAGTCTCTGAATGCCAGTGTACCCCAGA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGGCATTATAGAAGAGAAAGTCTCTGAATGCCAGTGTACCCCAGA  446

seq1  ACTGCTGAAGAGCTAGGAGCCTGCCCAGTGGACACCTGATCTCAGTGCTG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGAAGAGCTAGGAGCCTGCCCAGTGGACACCTGATCTCAGTGCTG  496

seq1  TGTTTACGTTGCCTTTAAAAAGGTTGGTCATGGGCTAGAGAGATGGCTTA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACGTTGCCTTTAAAAAGGTTGGTCATGGGCTAGAGAGATGGCTTA  546

seq1  GTGGGTAAAACACTGTGTTTCATTTCTGTTGCTGTGATGAATTAATTACC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTAAAACACTGTGTTTCATTTCTGTTGCTGTGATGAATTAATTACC  596

seq1  TTGATTCCCCCAAAAGCGTTCTGACAGAAAGCACTTCAGGGAGAAGGGAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCCCCCAAAAGCGTTCTGACAGAAAGCACTTCAGGGAGAAGGGAC  646

seq1  CTGTTTGAGTTTACAGTTCCAGGCTCCTGCCCCTCACTGTGGGGTGGTCG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGAGTTTACAGTTCCAGGCTCCTGCCCCTCACTGTGGGGTGGTCG  696

seq1  GTCGCAAAGGTAGGAGGTTGCAACAGCTGCTCAGAGCTCATCCATGGGCA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGCAAAGGTAGGAGGTTGCAACAGCTGCTCAGAGCTCATCCATGGGCA  746

seq1  GGCAACAGCAGAGAGAAGAAGTGCACCTGCTGGCTTGTGCTTCACTCCTT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACAGCAGAGAGAAGAAGTGCACCTGCTGGCTTGTGCTTCACTCCTT  796

seq1  ACCCAACCCCTATACTGCTCAGGATCCCCTGCCTGAGAAGCAGTGCTGCT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAACCCCTATACTGCTCAGGATCCCCTGCCTGAGAAGCAGTGCTGCT  846

seq1  CGCAGTAGGCAGGGCTCCCCAGTTCAGGGAACAGAAGTCAGTTCCCCACA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGTAGGCAGGGCTCCCCAGTTCAGGGAACAGAAGTCAGTTCCCCACA  896

seq1  GACATCCTCATAGGCCAATCCAATGCAGATAATCCTGCACTGAGCCTCTC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCCTCATAGGCCAATCCAATGCAGATAATCCTGCACTGAGCCTCTC  946

seq1  TGCCCGGGAGATAACAGGTCACGTCAAGTTAAAGGTAACCATCACATTGC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCGGGAGATAACAGGTCACGTCAAGTTAAAGGTAACCATCACATTGC  996

seq1  ACAAGCACAAGGAATTGAGCTTGGATCCTCAGAATCTGGGTAAAGCCAGG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCACAAGGAATTGAGCTTGGATCCTCAGAATCTGGGTAAAGCCAGG  1046

seq1  CACATAAATGCACATAAGTACTTGGCTGGAATCCTGGCACTCCAATGGAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAAATGCACATAAGTACTTGGCTGGAATCCTGGCACTCCAATGGAG  1096

seq1  CTGAAGGAGGTGCAGAGGAAGAGATGGGAGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGAGGTGCAGAGGAAGAGATGGGAGAATTC  1131