BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115L12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 38,779,194 - 38,873,000
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNr6a1, Olfml2a, LOC624652, LOC100041071, 1700123D08Rik, Rpl35, Arpc5l, Golga1
Upstream geneDennd1a, LOC100040947, Lhx2, Nek6, Psmb7, LOC674251, Nr5a1
Downstream geneA930041I02Rik, LOC100042584, Ppp6c, Vmn2r-ps2, Ppia-ps2_560.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115L12.bB6Ng01-115L12.g
ACCDH920910DH920911
length1,1291,069
definitionDH920910|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115L12, 5' end.DH920911|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115L12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,779,194 - 38,780,325)(38,871,919 - 38,873,000)
sequence
gaattcctgaaagggtggtggtgcatcaaaaggctagcaagtctgttctg
atggaatcataaaaacatctggaggactgtaaattcagcatcaatggact
tcttcacaacacagaccaaagaccctctctctagataacgacttcacaaa
aaatagaaatgtcaccacggtggaaagttaaagaagtacttttctccgca
gaaatcaaacaatttcatttatctttggagaaaaatattcattaggaagg
aaaaaagaaaaagagcccactattccaaaggcaatttttatctcatgagc
acttcttgggtactaattaactaacataagctgtaaaacactacctagac
catgcttattttttttactgaaaaacaagctatggtacaaaaatttccta
ttatcttttgaaccaattaagctgccaaaagttcccattgttttttcggt
aaaaagaataaatttgtatcactaacttggactaaggtgaaatattagag
atatttcttagccttaacggactgattgctccttaagattcttttcagtg
tttctgaccagttaaggaaagaatgagtattaacaaataatctgattaag
agctaaaactgccactcagttctttaaaatgttccaatgaataattaata
gcaaatgcattgttctctggttttccttacaataatattctcatgtagaa
ttgaaagtgatggctgcaataaaatctgtcatctgatagtaagcacaggt
gggaacagaaactattagcaaacaggaaggcatttccaaaatacattacg
agggatacccgatagatctggagacggaatttgaaaacctgcgggtaatc
cttacatcaagaattacaacatttacaaattaataccaaaccaaatctgt
gcataaatttaaaacgccaaaaccatcacctttgctcttctacacagtgt
ctctttctaccctaactatattcctttctttccctttgtgacgtgggact
ttattgatcccaaacatgctcacattcagatcagtcccgaccggatgccc
gcactagatcccacataattacacattctttaggctcaaccgctttgaaa
catcacatttggatcactattcatatcaa
gaattcaatggaagcaggctgtccctctcctaccctcgttatttctgatg
acactacattgatatatagcactcaggcagcccagctgacttccacactt
gatagcacacatgcctccgttttagctgatagaaacttacattcattttt
acacttgatctggataagccacatcagatcccaagggaagccatttgatt
gagtttgatgaaagtgtttcactagcgagtaagccaataattggagcttt
taaagttaccatgtatctaggtaaatttatgttcttcagcttaaaggcaa
catatgcatgtacatgcatataatgtgtcatacagaaatcgaagttttgt
agcatttgccttctaagtctaaatcaggatggcattgctttggctgtggc
tcttcttacaggagtttccctttagggtgccacttcccatttagtgggga
catgaaactagagccccactgttatgtgattttacagaggaagatgtagc
ttctccaagtaggattccttcccttcctcctgtcccaggtaagaaacccc
agaggactgaacagtccacagccctccagaagcagctgcagttccagctt
tggaagccctttctacaccttaggtttctcaggcctttgagctggtatgt
ccgtctgtctatctgtctctctcacactcgagcacacagacacccctgcc
tgcaggttgtgttgtggctgtggggcccactcgtttagaatggctttcct
gctgcatgttgagctcctccagcactaggagagtgcagtagctattccaa
gtggcttcatgcactttacttccataaactttataagagacagtgtgtag
ccctttatagatgagcactggactgtgatcttactaccaatgtaaatagg
gatagtattatctaaaaactgctgtagcagaattatttgtggtgcatact
ttttgattaaagctcttcagatgcaactacagtgagtttacttgataagc
tcaaggtttgtttattttgatgtgtcaaatgtatccttcggttgtttgtg
ttgattttgttttattttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_38779194_38780325
seq2: B6Ng01-115L12.b_48_1176

seq1  GAATTCCTGAAAGGGTGGTGGTGCATCAAAAGGCTAGCAAGTCTGTTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAAAGGGTGGTGGTGCATCAAAAGGCTAGCAAGTCTGTTCTG  50

seq1  ATGGAATCATAAAAACATCTGGAGGACTGTAAATTCAGCATCAATGGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATCATAAAAACATCTGGAGGACTGTAAATTCAGCATCAATGGACT  100

seq1  TCTTCACAACACAGACCAAAGACCCTCTCTCTAGATAACGACTTCACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACAACACAGACCAAAGACCCTCTCTCTAGATAACGACTTCACAAA  150

seq1  AAATAGAAATGTCACCACGGTGGAAAGTTAAAGAAGTACTTTTCTCCGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAAATGTCACCACGGTGGAAAGTTAAAGAAGTACTTTTCTCCGCA  200

seq1  GAAATCAAACAATTTCATTTATCTTTGGAGAAAAATATTCATTAGGAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCAAACAATTTCATTTATCTTTGGAGAAAAATATTCATTAGGAAGG  250

seq1  AAAAAAGAAAAAGAGCCCACTATTCCAAAGGCAATTTTTATCTCATGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGAAAAAGAGCCCACTATTCCAAAGGCAATTTTTATCTCATGAGC  300

seq1  ACTTCTTGGGTACTAATTAACTAACATAAGCTGTAAAACACTACCTAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTGGGTACTAATTAACTAACATAAGCTGTAAAACACTACCTAGAC  350

seq1  CATGCTTATTTTTTTTACTGAAAAACAAGCTATGGTACAAAAATTTCCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTATTTTTTTTACTGAAAAACAAGCTATGGTACAAAAATTTCCTA  400

seq1  TTATCTTTTGAACCAATTAAGCTGCCAAAAGTTCCCATTGTTTTTTCGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTTTGAACCAATTAAGCTGCCAAAAGTTCCCATTGTTTTTTCGGT  450

seq1  AAAAAGAATAAATTTGTATCACTAACTTGGACTAAGGTGAAATATTAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAATAAATTTGTATCACTAACTTGGACTAAGGTGAAATATTAGAG  500

seq1  ATATTTCTTAGCCTTAACGGACTGATTGCTCCTTAAGATTCTTTTCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCTTAGCCTTAACGGACTGATTGCTCCTTAAGATTCTTTTCAGTG  550

seq1  TTTCTGACCAGTTAAGGAAAGAATGAGTATTAACAAATAATCTGATTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGACCAGTTAAGGAAAGAATGAGTATTAACAAATAATCTGATTAAG  600

seq1  AGCTAAAACTGCCACTCAGTTCTTTAAAATGTTCCAATGAATAATTAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAACTGCCACTCAGTTCTTTAAAATGTTCCAATGAATAATTAATA  650

seq1  GCAAATGCATTGTTCTCTGGTTTTCCTTACAATAATATTCTCATGTAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGCATTGTTCTCTGGTTTTCCTTACAATAATATTCTCATGTAGAA  700

seq1  TTGAAAGTGATGGCTGCAATAAAATCTGTCATCTGATAGTAAGCACAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGTGATGGCTGCAATAAAATCTGTCATCTGATAGTAAGCACAGGT  750

seq1  GGGAACAGAAACTATTAGCAAACAGGAAGGCATTTCCAAAATACATTACG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACAGAAACTATTAGCAAACAGGAAGGCATTTCCAAAATACATTACG  800

seq1  AGGGATACCCGATAGATCTGGAGACGGAATTTGAAAACCTGCGGGTAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATACCCGATAGATCTGGAGACGGAATTTGAAAACCTGCGGGTAATC  850

seq1  CTTACATCAAGAATTACAACATTTACAAATTAATACCAAACCAAATCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATCAAGAATTACAACATTTACAAATTAATACCAAACCAAATCTGT  900

seq1  GCATAAATTTAAAACGCCAAAACCATCACCTTTGCTCTTCTACACAGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAATTTAAAACGCCAAAACCATCACCTTTGCTCTTCTACACAGTGT  950

seq1  CTCTTTCTACCCTAACTATATTCCTTTCTTTCCCTTTGTGACGTGGGACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTACCCTAACTATATTCCTTTCTTTCCCTTTGTGACGTGGGACT  1000

seq1  TTATTGATCCCAAACATGCTCACATTCAGATCAGTCCCGACCGGATGCCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATCCCAAACATGCTCACATTCAGATCAGTCCCGACCGGATGCCC  1050

seq1  GGCCAACTAGATCCACACATAA-TACACA-TCTTTAGGGCTCACACGCTT  1098
      |    ||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||  |||||
seq2  G---CACTAGATCC-CACATAATTACACATTCTTTA-GGCTCAACCGCTT  1095

seq1  TGAAAACATCACCATTTGATCACTA-TCATATCAA  1132
      || |||||||||  || |||||||| |||||||||
seq2  TG-AAACATCACATTTGGATCACTATTCATATCAA  1129

seq1: chr2_38871919_38873000
seq2: B6Ng01-115L12.g_69_1137 (reverse)

seq1  AAAAAAAAAACAAAAACCAACAACCAAAACAAAACCCCGAAGGATTACAT  50
      ||||| ||||||||    | ||||  ||||||    |||||||| |||||
seq2  AAAAATAAAACAAA----ATCAACACAAACAA----CCGAAGGA-TACAT  41

seq1  TTGACACATCAAAATAAACATACCTTGAGCTTTATCAAGTAAAACTCACT  100
      |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  TTGACACATCAAAATAAACAAACCTTGAGC-TTATCAAGT-AAACTCACT  89

seq1  GTAGTTGCATCTTGAAGAGCTTTAATCAAAAAGTATTGCACCACAAATAA  150
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTAGTTGCATC-TGAAGAGCTTTAATCAAAAAGTA-TGCACCACAAATAA  137

seq1  TTCTGCTACAGCAGTTTTTAGATAATACTATCCCTATTTACATTGGTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTACAGCAGTTTTTAGATAATACTATCCCTATTTACATTGGTAGT  187

seq1  AAGATCACAGTCCAGTGCTCATCTATAAAGGGCTACACACTGTCTCTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCACAGTCCAGTGCTCATCTATAAAGGGCTACACACTGTCTCTTAT  237

seq1  AAAGTTTATGGAAGTAAAGTGCATGAAGCCACTTGGAATAGCTACTGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTATGGAAGTAAAGTGCATGAAGCCACTTGGAATAGCTACTGCAC  287

seq1  TCTCCTAGTGCTGGAGGAGCTCAACATGCAGCAGGAAAGCCATTCTAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTAGTGCTGGAGGAGCTCAACATGCAGCAGGAAAGCCATTCTAAAC  337

seq1  GAGTGGGCCCCACAGCCACAACACAACCTGCAGGCAGGGGTGTCTGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGGCCCCACAGCCACAACACAACCTGCAGGCAGGGGTGTCTGTGTG  387

seq1  CTCGAGTGTGAGAGAGACAGATAGACAGACGGACATACCAGCTCAAAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAGTGTGAGAGAGACAGATAGACAGACGGACATACCAGCTCAAAGGC  437

seq1  CTGAGAAACCTAAGGTGTAGAAAGGGCTTCCAAAGCTGGAACTGCAGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAACCTAAGGTGTAGAAAGGGCTTCCAAAGCTGGAACTGCAGCTG  487

seq1  CTTCTGGAGGGCTGTGGACTGTTCAGTCCTCTGGGGTTTCTTACCTGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGAGGGCTGTGGACTGTTCAGTCCTCTGGGGTTTCTTACCTGGGA  537

seq1  CAGGAGGAAGGGAAGGAATCCTACTTGGAGAAGCTACATCTTCCTCTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGAAGGGAAGGAATCCTACTTGGAGAAGCTACATCTTCCTCTGTA  587

seq1  AAATCACATAACAGTGGGGCTCTAGTTTCATGTCCCCACTAAATGGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACATAACAGTGGGGCTCTAGTTTCATGTCCCCACTAAATGGGAAG  637

seq1  TGGCACCCTAAAGGGAAACTCCTGTAAGAAGAGCCACAGCCAAAGCAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCCTAAAGGGAAACTCCTGTAAGAAGAGCCACAGCCAAAGCAATG  687

seq1  CCATCCTGATTTAGACTTAGAAGGCAAATGCTACAAAACTTCGATTTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTGATTTAGACTTAGAAGGCAAATGCTACAAAACTTCGATTTCTG  737

seq1  TATGACACATTATATGCATGTACATGCATATGTTGCCTTTAAGCTGAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACACATTATATGCATGTACATGCATATGTTGCCTTTAAGCTGAAGA  787

seq1  ACATAAATTTACCTAGATACATGGTAACTTTAAAAGCTCCAATTATTGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAATTTACCTAGATACATGGTAACTTTAAAAGCTCCAATTATTGGC  837

seq1  TTACTCGCTAGTGAAACACTTTCATCAAACTCAATCAAATGGCTTCCCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCGCTAGTGAAACACTTTCATCAAACTCAATCAAATGGCTTCCCTT  887

seq1  GGGATCTGATGTGGCTTATCCAGATCAAGTGTAAAAATGAATGTAAGTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCTGATGTGGCTTATCCAGATCAAGTGTAAAAATGAATGTAAGTTT  937

seq1  CTATCAGCTAAAACGGAGGCATGTGTGCTATCAAGTGTGGAAGTCAGCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGCTAAAACGGAGGCATGTGTGCTATCAAGTGTGGAAGTCAGCTG  987

seq1  GGCTGCCTGAGTGCTATATATCAATGTAGTGTCATCAGAAATAACGAGGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCCTGAGTGCTATATATCAATGTAGTGTCATCAGAAATAACGAGGG  1037

seq1  TAGGAGAGGGACAGCCTGCTTCCATTGAATTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGAGGGACAGCCTGCTTCCATTGAATTC  1069