BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119A20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 34,803,373 - 34,877,616
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTraf1, Hc
Upstream genePbx3, LOC665948, Mapkap1, LOC623448, LOC623269, Gapvd1, Hspa5, Rabepk, Fbxw2, EG623370, Psmd5, D730039F16Rik, Phf19
Downstream geneAI182371, Rab14, Gsn, Stom, LOC654354, 4930568D16Rik, 4930402F06Rik, Ggta1, LOC666042, LOC100042194, Dab2ip, Ttll11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119A20.bB6Ng01-119A20.g
ACCDH923365DH923366
length1,1751,081
definitionDH923365|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119A20, 5' end.DH923366|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119A20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,803,373 - 34,804,568)(34,876,526 - 34,877,616)
sequence
gaattctatagcaatgacaacccgtcagcgatggaatgcgcagccaggga
gtgagccctggagggaaagttcccagtgaattcaaagcggaagacttgat
ttgcactggatactggggctttggtttttaacccaagcctctgactcagg
gtcttgataataggtcctggtacacaggggagttggtcttggatggaggc
tacttcattgagagggatgagtggcaagaaggctggatggcataggggct
ccctgagctgactctgaaaacatgcccatctcactcaccctctgctccaa
gctcaggatgtgctctcggtccaactggctctggtggatggaggcggcca
gtgccaggtgggaagcctccacttccttgttgaggacagcaacaatgttt
gcaaacacacgcagcttctcctccagctgagccagcagcttctccttcac
caagtgctgcagggccagttcttcctggctctcacagcaaggtgcccggt
agcagtctacctccaggtcccctgtcgcttccacagctgcctgaagctgc
agctctgacaggttccgctccagtgccatgggtgcagaccctaggttgga
gcctggtgaggatttccactcctttaagaccgccagcagcaggtacaggt
gggaggactgggaggtagcctcatgctcctgcatggattgtgggctcccc
tgatgacagagtgagggcctttagtaaatagccaagtagaaggagacctt
ggggaccagcaaggagagatggaccaaaagccaccaagcaaaaccagata
cactatcccagcaaaggggaagtagctgtctgtatatggtagaggtggag
tggagctatatgcaggactatagtccttagatatgcccaagggagcatca
tacatcccagtcttcagtgtaaccatcctgccctgcccttcagcataatg
acaattcagaccatggagagggtgttgcgtgggggacacttgagtgacgc
ttcaacaagagcttattaagcaagggcatttagaccacttcccatagtgc
acatgatgtaatggtggatttgtgcttggtagctcatagcaagagccacc
agaggagttggagagttgagagaaacagggttgggacatgggagagattg
acataccattcttaccttgaaggaa
gaattctttaaaatggtgataaagatgctgaagcatcgccctccacgaga
gacgccttctgaagtggacgtggtggggaggactcagttccatttaaggg
ctgatcaccaggagtttgcccatgctccagtgagtgcataagcaacacaa
attatacgttttttctttctcttttttctgtttttggggggcctgggggt
ggggagagggtctcaaaaggtgggagagttgaactgtgaggactgaaaag
aagtgcactcagggttcatgatgtgaaattcccaaacagtcaataaaatt
atgaaaagagagtaaatgttttctgttagtctagtctagtgggtatatat
ttattcttataaataatagtaggcacagcagaaattccactctaaataaa
tcacaatcattttgacaaatcaaaaaaattggaaaactagaatactgacc
attttattatccctatatcaacatacttttatacaatcatttctacttta
aacactggaattttaattcggctcacttgtacgatgtcttcggcttccat
tatatcaaaacaagtcatcatgacagctcagggccagccctgtttgttcc
ctctcctcttaagtataagttatgttgtcctgtgccctgtgacctcattc
actgaagttatatagagaatctgggttctattatgtttctctgttggggt
ttgtttacatattttagcaggcaattacctagatatcatcccaaactcta
aaatctctgttcagttttttttcagcctgagctgaaagagactgttctgt
gtgtcgttcaaggttcagcagggttgagtaaaggaatatatgcagaactc
agagtgccttcagtttccagctgtggtgaccctcctcgtgctctgtcctt
tgggtcctcaagccatctaggtgggaggtttctgctggatacacttatgg
agccaccctcagttttaaaagaggctgttgttgcttacatgtgctgtcta
gggttcacagttgtttgcctcttggcaatccaattcactcttgtgaatgt
ggctttttctcatatcgctcatcagttaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_34803373_34804568
seq2: B6Ng01-119A20.b_46_1220

seq1  GAATTCTATAGCAATGACAACCCGTCAGCGATGGAATGCGCAGCCAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATAGCAATGACAACCCGTCAGCGATGGAATGCGCAGCCAGGGA  50

seq1  GTGAGCCCTGGAGGGAAAGTTCCCAGTGAATTCAAAGCGGAAGACTTGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCCTGGAGGGAAAGTTCCCAGTGAATTCAAAGCGGAAGACTTGAT  100

seq1  TTGCACTGGATACTGGGGCTTTGGTTTTTAACCCAAGCCTCTGACTCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACTGGATACTGGGGCTTTGGTTTTTAACCCAAGCCTCTGACTCAGG  150

seq1  GTCTTGATAATAGGTCCTGGTACACAGGGGAGTTGGTCTTGGATGGAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGATAATAGGTCCTGGTACACAGGGGAGTTGGTCTTGGATGGAGGC  200

seq1  TACTTCATTGAGAGGGATGAGTGGCAAGAAGGCTGGATGGCATAGGGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCATTGAGAGGGATGAGTGGCAAGAAGGCTGGATGGCATAGGGGCT  250

seq1  CCCTGAGCTGACTCTGAAAACATGCCCATCTCACTCACCCTCTGCTCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGCTGACTCTGAAAACATGCCCATCTCACTCACCCTCTGCTCCAA  300

seq1  GCTCAGGATGTGCTCTCGGTCCAACTGGCTCTGGTGGATGGAGGCGGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGATGTGCTCTCGGTCCAACTGGCTCTGGTGGATGGAGGCGGCCA  350

seq1  GTGCCAGGTGGGAAGCCTCCACTTCCTTGTTGAGGACAGCAACAATGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAGGTGGGAAGCCTCCACTTCCTTGTTGAGGACAGCAACAATGTTT  400

seq1  GCAAACACACGCAGCTTCTCCTCCAGCTGAGCCAGCAGCTTCTCCTTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACACACGCAGCTTCTCCTCCAGCTGAGCCAGCAGCTTCTCCTTCAC  450

seq1  CAAGTGCTGCAGGGCCAGTTCTTCCTGGCTCTCACAGCAAGGTGCCCGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCTGCAGGGCCAGTTCTTCCTGGCTCTCACAGCAAGGTGCCCGGT  500

seq1  AGCAGTCTACCTCCAGGTCCCCTGTCGCTTCCACAGCTGCCTGAAGCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCTACCTCCAGGTCCCCTGTCGCTTCCACAGCTGCCTGAAGCTGC  550

seq1  AGCTCTGACAGGTTCCGCTCCAGTGCCATGGGTGCAGACCCTAGGTTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGACAGGTTCCGCTCCAGTGCCATGGGTGCAGACCCTAGGTTGGA  600

seq1  GCCTGGTGAGGATTTCCACTCCTTTAAGACCGCCAGCAGCAGGTACAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTGAGGATTTCCACTCCTTTAAGACCGCCAGCAGCAGGTACAGGT  650

seq1  GGGAGGACTGGGAGGTAGCCTCATGCTCCTGCATGGATTGTGGGCTCCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGACTGGGAGGTAGCCTCATGCTCCTGCATGGATTGTGGGCTCCCC  700

seq1  TGATGACAGAGTGAGGGCCTTTAGTAAATAGCCAAGTAGAAGGAGACCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACAGAGTGAGGGCCTTTAGTAAATAGCCAAGTAGAAGGAGACCTT  750

seq1  GGGGACCAGCAAGGAGAGATGGACCAAAAGCCACCAAGCAAAACCAGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACCAGCAAGGAGAGATGGACCAAAAGCCACCAAGCAAAACCAGATA  800

seq1  CACTATCCCAGCAAAGGGGAAGTAGCTGTCTGTATATGGTAGAGGTGGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATCCCAGCAAAGGGGAAGTAGCTGTCTGTATATGGTAGAGGTGGAG  850

seq1  TGGAGCTATATGCAGGACTATAGTCCTTAGATATGCCCAAGGGAGCATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTATATGCAGGACTATAGTCCTTAGATATGCCCAAGGGAGCATCA  900

seq1  TACATCCCAGTCTTCAGTGTAACCATCCTGCCCTGCCCTTCAGCATAATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCCCAGTCTTCAGTGTAACCATCCTGCCCTGCCCTTCAGCATAATG  950

seq1  ACAATTCAGGACCATGGAGAGGGGTGTTGCGTGGGGGACACTTGAGTGAC  1000
      |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTCA-GACCATGGAGA-GGGTGTTGCGTGGGGGACACTTGAGTGAC  998

seq1  GCTTCAACAAGAGCTTAATTAAGCAAGGGCATTAAGAACCACTTCCCATA  1050
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||
seq2  GCTTCAACAAGAGCTT-ATTAAGCAAGGGCATTTAG-ACCACTTCCCATA  1046

seq1  GTGCAACAATGATGTAATGGTGGAATTTGTTGCTTGGTAGCTCATTAGCA  1100
      |||||   ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
seq2  GTGCA--CATGATGTAATGGTGG-ATTTG-TGCTTGGTAGCTCA-TAGCA  1091

seq1  AAGGAGCCACCCAGAAGGGAAGGTTTGGAGAG-TGAGAGACACAGGGTCT  1149
      |  ||||||||    || | ||  |||||||| ||||||| ||||||| |
seq2  A--GAGCCACC----AGAGGAG--TTGGAGAGTTGAGAGAAACAGGGT-T  1132

seq1  GGGACCATGGAGAGATTTGACATTACCAATCTCTTACCTTGAAGGAA  1196
      |||||   ||||||| |||||| |||||   ||||||||||||||||
seq2  GGGACATGGGAGAGA-TTGACA-TACCA--TTCTTACCTTGAAGGAA  1175

seq1: chr2_34876526_34877616
seq2: B6Ng01-119A20.g_64_1144 (reverse)

seq1  TTTTAAACTGATGGAGCGATATGGAGAAAAAGCCACATTCAACAAGAGTT  50
       ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  -TTTTAACTGAT-GAGCGATAT-GAGAAAAAGCCACATTC-ACAAGAG-T  45

seq1  GAATTGGGATTGCCAAGAGGCCAAGACCAACTGTGAACCCTAGACAGCAC  100
      ||||| ||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||
seq2  GAATT-GGATTGCCAAGAGGCAAA---CAACTGTGAACCCTAGACAGCAC  91

seq1  ATGTAAGCAAACAACAGCCTCTTTTTAAAACTGAGGGTGGCTCCATTAGT  150
      |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATGTAAGC-AACAACAGCCTC-TTTTAAAACTGAGGGTGGCTCCATAAGT  139

seq1  GGTATCCAGCAGAAACCTCCCACCTAGATGGCTTGAGGACCCAAAGGACA  200
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GTATCCAGCAGAAACCTCCCACCTAGATGGCTTGAGGACCCAAAGGACA  188

seq1  GAGCACGAGGAGGGTCACCACAGCTGGAAACTGAAGGCACTCTGAGTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACGAGGAGGGTCACCACAGCTGGAAACTGAAGGCACTCTGAGTTCT  238

seq1  GCATATATTCC-TTACTCAACCCTGCTGAACCTTGAACGACACACAGAAC  299
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATATTCCTTTACTCAACCCTGCTGAACCTTGAACGACACACAGAAC  288

seq1  AGTCTCTTTCAGCTCAGGCTG-AAAAAAACTGAACAGAGATTTTAGAGTT  348
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTTTCAGCTCAGGCTGAAAAAAAACTGAACAGAGATTTTAGAGTT  338

seq1  TGGGATGATATCTAGGTAATTGCCTGCTAAAATATGTAAACAAACCCCAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGATATCTAGGTAATTGCCTGCTAAAATATGTAAACAAACCCCAA  388

seq1  CAGAGAAACATAATAGAACCCAGATTCTCTATATAACTTCAGTGAATGAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAACATAATAGAACCCAGATTCTCTATATAACTTCAGTGAATGAG  438

seq1  GTCACAGGGCACAGGACAACATAACTTATACTTAAGAGGAGAGGGAACAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGGGCACAGGACAACATAACTTATACTTAAGAGGAGAGGGAACAA  488

seq1  ACAGGGCTGGCCCTGAGCTGTCATGATGACTTGTTTTGATATAATGGAAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCTGGCCCTGAGCTGTCATGATGACTTGTTTTGATATAATGGAAG  538

seq1  CCGAAGACATCGTACAAGTGAGCCGAATTAAAATTCCAGTGTTTAAAGTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAGACATCGTACAAGTGAGCCGAATTAAAATTCCAGTGTTTAAAGTA  588

seq1  GAAATGATTGTATAAAAGTATGTTGATATAGGGATAATAAAATGGTCAGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGATTGTATAAAAGTATGTTGATATAGGGATAATAAAATGGTCAGT  638

seq1  ATTCTAGTTTTCCAATTTTTTTGATTTGTCAAAATGATTGTGATTTATTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGTTTTCCAATTTTTTTGATTTGTCAAAATGATTGTGATTTATTT  688

seq1  AGAGTGGAATTTCTGCTGTGCCTACTATTATTTATAAGAATAAATATATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGAATTTCTGCTGTGCCTACTATTATTTATAAGAATAAATATATA  738

seq1  CCCACTAGACTAGACTAACAGAAAACATTTACTCTCTTTTCATAATTTTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTAGACTAGACTAACAGAAAACATTTACTCTCTTTTCATAATTTTA  788

seq1  TTGACTGTTTGGGAATTTCACATCATGAACCCTGAGTGCACTTCTTTTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGTTTGGGAATTTCACATCATGAACCCTGAGTGCACTTCTTTTCA  838

seq1  GTCCTCACAGTTCAACTCTCCCACCTTTTGAGACCCTCTCCCCACCCCCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCACAGTTCAACTCTCCCACCTTTTGAGACCCTCTCCCCACCCCCA  888

seq1  GGCCCCCCAAAAACAGAAAAAAGAGAAAGAAAAAACGTATAATTTGTGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCCCAAAAACAGAAAAAAGAGAAAGAAAAAACGTATAATTTGTGTT  938

seq1  GCTTATGCACTCACTGGAGCATGGGCAAACTCCTGGTGATCAGCCCTTAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATGCACTCACTGGAGCATGGGCAAACTCCTGGTGATCAGCCCTTAA  988

seq1  ATGGAACTGAGTCCTCCCCACCACGTCCACTTCAGAAGGCGTCTCTCGTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACTGAGTCCTCCCCACCACGTCCACTTCAGAAGGCGTCTCTCGTG  1038

seq1  GAGGGCGATGCTTCAGCATCTTTATCACCATTTTAAAGAATTC  1091
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCGATGCTTCAGCATCTTTATCACCATTTTAAAGAATTC  1081