BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119M15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 65,117,475 - 65,263,111
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9330158F14Rik
Upstream geneLOC620544, LOC667291, Grb14, Cobll1, LOC383705
Downstream geneScn3a, Scn2a1, A330102K23Rik, Galnt3, LOC620893, Ttc21b, Scn1a, LOC100039486
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119M15.bB6Ng01-119M15.g
ACCDH923909DH923910
length1,143916
definitionDH923909|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119M15, 5' end.DH923910|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119M15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,261,994 - 65,263,111)(65,117,475 - 65,118,390)
sequence
gaattcagcctgtcgagctcatattctcaatcatgtgactatgttctgct
tacactagagaagttttggttggtctaagtcttctttttttgttgttttt
gtttttgttttttgttttttgttttttgtttttgtttttgtttttgtttt
gagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactttgta
gaccaggctggcctcgaactcagaaatccacctgcctctgcctcccaagt
gctgggattaaaggcatgcaccaccaccgcccggtggttggtctaattct
ttttactgtgatttacacacaagaatgatatataacctgctgtgtcattt
taaagtctggaaagaacagtagcaaatacctatatgtatttgcttttaga
atccttatcctatgaagtaggtactacaaattctctctcttgttacatgc
caataatctaaagcacagataaatgaggcatctctctcatggcaacaaat
tctcaacacacagatttaacaaagacagactgcttcagaactggtgtggc
tacaggagcccttctaaagaagatgccatcgaatgctgcaaattccacag
aaataataagtttatcccaatgcatttaattagggtcatcagcatttaca
tgtatctacatacatacatacatacatacatacatacatacatacataca
tacatacatatttacatgtatagggaggtaaggacaacttaccagtggct
acaccattgaggaatatgactttcagtctaccagcaacaaactaactgct
tacaacttctcagagaggggtgaggacttccaagccacctctttacccat
gacgaaaaggtgatccacaccccatcttgttcaggcagtcatcactgctg
tgaatgcataagtactataaccacaccacatccaaaaagacagcatcgca
caggagtctttccatcttccggttcttgtattccttctacctagtcttca
tgatgttccctgagccttgaagagggtggaatataagatcctatttaaag
gctgaacactgaacagtcacggaatctggaagcatttcggtccagttatg
atctctgcattaacatcacagctgcaaacgaacggttctctga
gaattcccttcaagaacccatttgcatactttctggctatttctatgcta
atgtgcttgcaacagaaaatgaatgttctgagtggacacaacttggaaag
agacggtaataggcatcttgacattacaggtttcttaatttgactgagaa
atttcttttcatggatgaatggttgcctcaaatagaagagttttgtatat
cttatttgggggccttagtaagtgtttctgttctcagtctatgcttatcc
ctcctcactttgcagtgcatctccccatttcttcactctttgatgaggtc
ctttcccttcgtgtcccttctctgccttccaccctgggcaaggacacagg
aaaccctaagtccaactgactatagcagccttgagtactattccctgacc
tttcattggatgccaaattctataactgctgtttaaagcctggctaccaa
gtcactctgttttcagttctggtgctaccatggtactctagctaattctt
ttgtacttcattataaatcaaccatactgactgtctcctgctttggcttc
tcctcagctatgctctgcttccagggtgaacgttctcttttctgtttcag
tttaatttttgtgggtgtatatgtgactgatgtatatgtgtgtggcattg
cacatactagtatccacagccatgatgatatgaggaggctagagacggat
gttggatgacctgctcagtttttgccttattcctttgaaagagagtctct
cattgaacacagagtttagaagtatgtagtaagatgtatattgacgttgg
aatgagaaagtggtatgggtaaatcattgtgagttctgaaagccactatg
cagatcgcatggaacctcaaaggtttggcttgggttttgttctgtctggt
tcttttatttggtttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_65261994_65263111
seq2: B6Ng01-119M15.b_72_1189 (reverse)

seq1  TCAGAGAAACGTCTGTTTGCAGCTGGTGATGGTTAATGCAGAGATTCATA  50
      |||||||| |||  |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||
seq2  TCAGAGAACCGTTCGTTTGCAGCT-GTGAT-GTTAATGCAGAGA-TCATA  47

seq1  ACTGGACCGAAATGCTT-CAGAATCCGTGACTGTTCAGTGTTCAGCC-TT  98
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTGGACCGAAATGCTTCCAGATTCCGTGACTGTTCAGTGTTCAGCCTTT  97

seq1  AAATAGGAATCTTATA-TCCACCTCTTTCAAGGCTCAGGGAACATCATGA  147
      ||||||| |||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAATAGG-ATCTTATATTCCACCCTCTTCAAGGCTCAGGGAACATCATG-  145

seq1  AAGACTAGGTAGAAGGAATACAAGAACCGGAAGATGGAAAGACTCCTGTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTAGGTAGAAGGAATACAAGAACCGGAAGATGGAAAGACTCCTGTG  195

seq1  CGATGCTGTC-TTTTGGATGTGGTGTGGTTATAGTACTTATGCATTCACA  246
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGCTGTCTTTTTGGATGTGGTGTGGTTATAGTACTTATGCATTCACA  245

seq1  GCAGTGATGACTGCCTGAACAAGATGGGGTGTGGATCACCTTTTCGTCAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGATGACTGCCTGAACAAGATGGGGTGTGGATCACCTTTTCGTCAT  295

seq1  GGGTAAAGAGGTGGCTTGGAAGTCCTCACCCCTCTCTGAGAAGTTGTAAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAAGAGGTGGCTTGGAAGTCCTCACCCCTCTCTGAGAAGTTGTAAG  345

seq1  CAGTTAG-TTGTTGCTGGTAGACTGAAAGTCATATTCCTCAATGGTGTAG  395
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGTTTGTTGCTGGTAGACTGAAAGTCATATTCCTCAATGGTGTAG  395

seq1  CCACTGGTAAGTTGTCCTTACCTCCCTATACATGTAAATATGTATGTATG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGTAAGTTGTCCTTACCTCCCTATACATGTAAATATGTATGTATG  445

seq1  TATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTAGATACATG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTAGATACATG  495

seq1  TAAATGCTGATGACCCTAATTAAATGCATTGGGATAAACTTATTATTTCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCTGATGACCCTAATTAAATGCATTGGGATAAACTTATTATTTCT  545

seq1  GTGGAATTTGCAGCATTCGATGGCATCTTCTTTAGAAGGGCTCCTGTAGC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAATTTGCAGCATTCGATGGCATCTTCTTTAGAAGGGCTCCTGTAGC  595

seq1  CACACCAGTTCTGAAGCAGTCTGTCTTTGTTAAATCTGTGTGTTGAGAAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCAGTTCTGAAGCAGTCTGTCTTTGTTAAATCTGTGTGTTGAGAAT  645

seq1  TTGTTGCCATGAGAGAGATGCCTCATTTATCTGTGCTTTAGATTATTGGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCCATGAGAGAGATGCCTCATTTATCTGTGCTTTAGATTATTGGC  695

seq1  ATGTAACAAGAGAGAGAATTTGTAGTACCTACTTCATAGGATAAGGATTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACAAGAGAGAGAATTTGTAGTACCTACTTCATAGGATAAGGATTC  745

seq1  TAAAAGCAAATACATATAGGTATTTGCTACTGTTCTTTCCAGACTTTAAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCAAATACATATAGGTATTTGCTACTGTTCTTTCCAGACTTTAAA  795

seq1  ATGACACAGCAGGTTATATATCATTCTTGTGTGTAAATCACAGTAAAAAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACACAGCAGGTTATATATCATTCTTGTGTGTAAATCACAGTAAAAAG  845

seq1  AATTAGACCAACCACCGGGCGGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGACCAACCACCGGGCGGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCAC  895

seq1  TTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTA  945

seq1  CAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAA  995

seq1  AACAAAAACAAAAACAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAAACAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAACAAAAACAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAAACAA  1045

seq1  AAACAACAAAAAAAGAAGACTTAGACCAACCAAAACTTCTCTAGTGTAAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACAAAAAAAGAAGACTTAGACCAACCAAAACTTCTCTAGTGTAAG  1095

seq1  CAGAACATAGTCACATGATTGAG  1118
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACATAGTCACATGATTGAG  1118

seq1: chr2_65117475_65118390
seq2: B6Ng01-119M15.g_68_979

seq1  GAATTCCCTTCAAGAACCCATTTGCATACTTTCTGGCTATTTCTATGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTCAAGAACCCATTTGCATACTTTCTGGCTATTTCTATGCTA  50

seq1  ATGTGCTTGCAACAGAAAATGAATGTTCTGAGTGGACACAACTTGGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTTGCAACAGAAAATGAATGTTCTGAGTGGACACAACTTGGAAAG  100

seq1  AGACGGTAATAGGCATCTTGACATTACAGGTTTCTTAATTTGACTGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGGTAATAGGCATCTTGACATTACAGGTTTCTTAATTTGACTGAGAA  150

seq1  ATTTCTTTTCATGGATGAATGGTTGCCTCAAATAGAAGAGTTTTGTATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTTCATGGATGAATGGTTGCCTCAAATAGAAGAGTTTTGTATAT  200

seq1  CTTATTTGGGGGCCTTAGTAAGTGTTTCTGTTCTCAGTCTATGCTTATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTGGGGGCCTTAGTAAGTGTTTCTGTTCTCAGTCTATGCTTATCC  250

seq1  CTCCTCACTTTGCAGTGCATCTCCCCATTTCTTCACTCTTTGATGAGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCACTTTGCAGTGCATCTCCCCATTTCTTCACTCTTTGATGAGGTC  300

seq1  CTTTCCCTTCGTGTCCCTTCTCTGCCTTCCACCCTGGGCAAGGACACAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCTTCGTGTCCCTTCTCTGCCTTCCACCCTGGGCAAGGACACAGG  350

seq1  AAACCCTAAGTCCAACTGACTATAGCAGCCTTGAGTACTATTCCCTGACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTAAGTCCAACTGACTATAGCAGCCTTGAGTACTATTCCCTGACC  400

seq1  TTTCATTGGATGCCAAATTCTATAACTGCTGTTTAAAGCCTGGCTACCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTGGATGCCAAATTCTATAACTGCTGTTTAAAGCCTGGCTACCAA  450

seq1  GTCACTCTGTTTTCAGTTCTGGTGCTACCATGGTACTCTAGCTAATTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTCTGTTTTCAGTTCTGGTGCTACCATGGTACTCTAGCTAATTCTT  500

seq1  TTGTACTTCATTATAAATCAACCATACTGACTGTCTCCTGCTTTGGCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTTCATTATAAATCAACCATACTGACTGTCTCCTGCTTTGGCTTC  550

seq1  TCCTCAGCTATGCTCTGCTTCCAGGGTGAACGTTCTCTTTTCTGTTTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGCTATGCTCTGCTTCCAGGGTGAACGTTCTCTTTTCTGTTTCAG  600

seq1  TTTAATTTTTGTGGGTGTATATGTGACTGATGTATATGTGTGTGGCATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTTTGTGGGTGTATATGTGACTGATGTATATGTGTGTGGCATTG  650

seq1  CACATACTAGTATCCACAGCCATGATGATATGAGGAGGCTAGAGACGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACTAGTATCCACAGCCATGATGATATGAGGAGGCTAGAGACGGAT  700

seq1  GTTGGATGACCTGCTCAGTTTTTGCCTTATTCCTTTGAAAGAGAGTCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGATGACCTGCTCAGTTTTTGCCTTATTCCTTTGAAAGAGAGTCTCT  750

seq1  CATTGAACACAGAGTTTAGAAGTATGTAGTAAGATGTATATTGACGTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAACACAGAGTTTAGAAGTATGTAGTAAGATGTATATTGACGTTGG  800

seq1  AATGAGAAAGTGGTATGGGTAAATCATTGTGAGTTCTGAAAGCCACTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAAAGTGGTATGGGTAAATCATTGTGAGTTCTGAAAGCCACTATG  850

seq1  CAGATCGCATGGAACCTCAAAGGTTTGGCTTGGGTTTTTGTTCTGTTCTG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  CAGATCGCATGGAACCTCAAAGGTTTGGCTTGGG-TTTTGTTCTG-TCTG  898

seq1  GTTTCTTTTATTTTGG  916
      | ||||||||||| | 
seq2  G-TTCTTTTATTTGG-  912