BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121O24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 9,249,694 - 9,392,394
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040710
Upstream genenone
Downstream geneLOC100040548, LOC100040566, Gata3, LOC100040768, 4930412O13Rik, Taf3, Atp5c1, Kin, Itih2, Itih5, Sfmbt2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121O24.bB6Ng01-121O24.g
ACCDH925493DH925494
length1,134681
definitionDH925493|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121O24, 5' end.DH925494|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121O24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,249,694 - 9,250,837)(9,391,714 - 9,392,394)
sequence
gaattcaacaactaaccatgtgagagacaacccatcactattcacaggct
ccaaacacactcaggactcaaggctccggaggttctttttcctcatcagt
ccatcattgtgaggccgtgctcctcagataggcacatcaaatacttaact
cttctcaggaacaagtaacaggtcattggccaccctcattacccattatt
tggaaccttaaaatggccaccttccttctgtccgtcacagaagtaccaca
gcctgaggtgtaggctacaagcaggacatacccacattgaacctagagtt
caaaagcttctcttagatcctttcgccatgctgcaaagcattgacttcgg
tgacaataaaagagaagtggcttcacatctgatgtttgagcaaactggat
ctgagcaggaaagcactgtagtgccagtcaggaagaagtgtgatgacatc
atttgttttatctgataaggttttaaggacatggacttgcacaacagagc
atcttagttctttggaaaacattttggaatcaccaattagcctgggaata
ttagtcatcactgactaataatcaccccgaaagagacaaatgctctggct
atagatgagtcagcaggctgggtaacagacaagcaggaaagccacctggc
tctctcacctcctttgctacaagcctctcctagatgaggaacatgctggt
atacatagacccaaactctcaggatcccacccatcattcagggtcccacc
aatcactcacgatcctaccaatctctcagtatccccactcatttatgacc
taggaagtttgtttttgcaatatacctagattatgaaatctaccttatta
tagcagcaactataatactattgtgaaaattcgtattttcttgtctctat
tttgtctacttttgctgtggctagtatgtaagactataatcctctggatt
ttgaaaaagtctatagtgtgccttacataattataattataaagtttaaa
tatttaataacttatcatgaatatttatgccacaatatacttgtaaatgt
acagtagagtgcagttgatagctcagtttataaggtgcaggtcacaaaaa
taccagactgagttgattcccaaaaaccagacag

gaattcttgacaaggaccagtgtctcagactcttgggaaccggcaaagct
tccctccaggggaggcttagaagcttggtgggcaaagccttctggtacaa
ctataggtgttttcaaaggattgctcagtgtgtgcaaaaactagacacta
cctcttcctcctgaaggatgatggacttaagactgctccactacagagac
ctcctactgagaccagctatctgccttctggtgctgtgtgtaataaagat
gctgaggttccaagttggtgcctagtcagtattacttcataagaccaagc
atggcccatgtgacccagactttccttatgtgtgtctgtcctttcttcac
tgccttgtcacatcagtcaaggatcaagcaatacctgacatgtaagggaa
tacagagacataaaagaggtttttcaggtgaactgggttatagagtccca
gagcagggaaacacagaagtcccatttgaagtttccatttcatgtatttc
ctggtttggcttttggggggcagggttactcacctttcccccaagaatgc
tatttttactgggctgttgggtcaaagtcatggcataaaccatgttggag
acgagttatctcaagtaatagctcaatttagtcgttttcatggtgtttcc
atggcaacacatagtgtttgtgtatgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_9249694_9250837
seq2: B6Ng01-121O24.b_50_1183

seq1  GAATTCAACAACTAACCATGTGAGAGACAACCCATCACTATTCACAGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAACTAACCATGTGAGAGACAACCCATCACTATTCACAGGCT  50

seq1  CCAAACACACTCAGGACTCAAGGCTCCGGAGGTTCTTTTTCCTCATCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACACACTCAGGACTCAAGGCTCCGGAGGTTCTTTTTCCTCATCAGT  100

seq1  CCATCATTGTGAGGCCGTGCTCCTCAGATAGGCACATCAAATACTTAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATTGTGAGGCCGTGCTCCTCAGATAGGCACATCAAATACTTAACT  150

seq1  CTTCTCAGGAACAAGTAACAGGTCATTGGCCACCCTCATTACCCATTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGGAACAAGTAACAGGTCATTGGCCACCCTCATTACCCATTATT  200

seq1  TGGAACCTTAAAATGGCCACCTTCCTTCTGTCCGTCACAGAAGTACCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACCTTAAAATGGCCACCTTCCTTCTGTCCGTCACAGAAGTACCACA  250

seq1  GCCTGAGGTGTAGGCTACAAGCAGGACATACCCACATTGAACCTAGAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGGTGTAGGCTACAAGCAGGACATACCCACATTGAACCTAGAGTT  300

seq1  CAAAAGCTTCTCTTAGATCCTTTCGCCATGCTGCAAAGCATTGACTTCGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCTTCTCTTAGATCCTTTCGCCATGCTGCAAAGCATTGACTTCGG  350

seq1  TGACAATAAAAGAGAAGTGGCTTCACATCTGATGTTTGAGCAAACTGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATAAAAGAGAAGTGGCTTCACATCTGATGTTTGAGCAAACTGGAT  400

seq1  CTGAGCAGGAAAGCACTGTAGTGCCAGTCAGGAAGAAGTGTGATGACATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCAGGAAAGCACTGTAGTGCCAGTCAGGAAGAAGTGTGATGACATC  450

seq1  ATTTGTTTTATCTGATAAGGTTTTAAGGACATGGACTTGCACAACAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTTATCTGATAAGGTTTTAAGGACATGGACTTGCACAACAGAGC  500

seq1  ATCTTAGTTCTTTGGAAAACATTTTGGAATCACCAATTAGCCTGGGAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGTTCTTTGGAAAACATTTTGGAATCACCAATTAGCCTGGGAATA  550

seq1  TTAGTCATCACTGACTAATAATCACCCCGAAAGAGACAAATGCTCTGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCATCACTGACTAATAATCACCCCGAAAGAGACAAATGCTCTGGCT  600

seq1  ATAGATGAGTCAGCAGGCTGGGTAACAGACAAGCAGGAAAGCCACCTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGAGTCAGCAGGCTGGGTAACAGACAAGCAGGAAAGCCACCTGGC  650

seq1  TCTCTCACCTCCTTTGCTACAAGCCTCTCCTAGATGAGGAACATGCTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCACCTCCTTTGCTACAAGCCTCTCCTAGATGAGGAACATGCTGGT  700

seq1  ATACATAGACCCAAACTCTCAGGATCCCACCCATCATTCAGGGTCCCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAGACCCAAACTCTCAGGATCCCACCCATCATTCAGGGTCCCACC  750

seq1  AATCACTCAGGATCCTACCAATCTCTCAGTATCCCCACTCATTTATGACC  800
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTCACGATCCTACCAATCTCTCAGTATCCCCACTCATTTATGACC  800

seq1  TAGGAAGTTTGTTTTTGCAATATACCTAGATTATGAAATCTACCTTATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGTTTGTTTTTGCAATATACCTAGATTATGAAATCTACCTTATTA  850

seq1  TAGCAGCAACTATAATACTATTGTGAAAATTCGTATTTTCTTGTCTCTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGCAACTATAATACTATTGTGAAAATTCGTATTTTCTTGTCTCTAT  900

seq1  TTTGTCTACTTTTGCTGTGGCTAGTATGTAAGACTATAATCCTCTGGATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTACTTTTGCTGTGGCTAGTATGTAAGACTATAATCCTCTGGATT  950

seq1  TTGAAAAAGTCTATAGTGTGCCTTACATAATTATAATTTATAAAGTTTAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  TTGAAAAAGTCTATAGTGTGCCTTACATAATTATAA-TTATAAAGTTT-A  998

seq1  AATATTTAATAAC-TATCATGAATATTTATGCCACAATATACTTGTAAAT  1049
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTAATAACTTATCATGAATATTTATGCCACAATATACTTGTAAAT  1048

seq1  GTAACAGTAGAGTTGCCAGGTTGATAGCTCAGTGTATAAAGTGCCAGTCA  1099
      || ||||||||| |||   |||||||||||||| ||||| ||||  ||||
seq2  GT-ACAGTAGAG-TGC--AGTTGATAGCTCAGTTTATAAGGTGCAGGTCA  1094

seq1  CAAAAATACAAGGACCTGAGTTTGATCCCCAAAAAACACAGACAG  1144
      ||||||||| ||   ||||| ||||| ||||||||   |||||||
seq2  CAAAAATACCAG--ACTGAG-TTGATTCCCAAAAA--CCAGACAG  1134


seq1: chr2_9391714_9392394
seq2: B6Ng01-121O24.g_68_748 (reverse)

seq1  ACACACATACACAAACACTATGTGTTGCCATGGAAACACCATGAAAACGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATACACAAACACTATGTGTTGCCATGGAAACACCATGAAAACGA  50

seq1  CTAAATTGAGCTATTACTTGAGATAACTCGTCTCCAACATGGTTTATGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTGAGCTATTACTTGAGATAACTCGTCTCCAACATGGTTTATGCC  100

seq1  ATGACTTTGACCCAACAGCCCAGTAAAAATAGCATTCTTGGGGGAAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTTGACCCAACAGCCCAGTAAAAATAGCATTCTTGGGGGAAAGGT  150

seq1  GAGTAACCCTGCCCCCCAAAAGCCAAACCAGGAAATACATGAAATGGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAACCCTGCCCCCCAAAAGCCAAACCAGGAAATACATGAAATGGAAA  200

seq1  CTTCAAATGGGACTTCTGTGTTTCCCTGCTCTGGGACTCTATAACCCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAATGGGACTTCTGTGTTTCCCTGCTCTGGGACTCTATAACCCAGT  250

seq1  TCACCTGAAAAACCTCTTTTATGTCTCTGTATTCCCTTACATGTCAGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGAAAAACCTCTTTTATGTCTCTGTATTCCCTTACATGTCAGGTA  300

seq1  TTGCTTGATCCTTGACTGATGTGACAAGGCAGTGAAGAAAGGACAGACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGATCCTTGACTGATGTGACAAGGCAGTGAAGAAAGGACAGACAC  350

seq1  ACATAAGGAAAGTCTGGGTCACATGGGCCATGCTTGGTCTTATGAAGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGGAAAGTCTGGGTCACATGGGCCATGCTTGGTCTTATGAAGTAA  400

seq1  TACTGACTAGGCACCAACTTGGAACCTCAGCATCTTTATTACACACAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACTAGGCACCAACTTGGAACCTCAGCATCTTTATTACACACAGCA  450

seq1  CCAGAAGGCAGATAGCTGGTCTCAGTAGGAGGTCTCTGTAGTGGAGCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGGCAGATAGCTGGTCTCAGTAGGAGGTCTCTGTAGTGGAGCAGT  500

seq1  CTTAAGTCCATCATCCTTCAGGAGGAAGAGGTAGTGTCTAGTTTTTGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTCCATCATCCTTCAGGAGGAAGAGGTAGTGTCTAGTTTTTGCAC  550

seq1  ACACTGAGCAATCCTTTGAAAACACCTATAGTTGTACCAGAAGGCTTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAGCAATCCTTTGAAAACACCTATAGTTGTACCAGAAGGCTTTGC  600

seq1  CCACCAAGCTTCTAAGCCTCCCCTGGAGGGAAGCTTTGCCGGTTCCCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAAGCTTCTAAGCCTCCCCTGGAGGGAAGCTTTGCCGGTTCCCAAG  650

seq1  AGTCTGAGACACTGGTCCTTGTCAAGAATTC  681
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGAGACACTGGTCCTTGTCAAGAATTC  681


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |