BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122K23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 152,838,666 - 152,996,824
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdrg1, Xkr7, BC020535, Hck, Tm9sf4
Upstream geneScrt2, Srxn1, Tcf15, LOC100043843, Csnk2a1, Tbc1d20, Rbck1, Trib3, LOC628060, Nrsn2, Sox12, Zcchc3, 6820408C15Rik, EG629114, LOC668930, 9230107O10Rik, 9230002F21Rik, EG654457, OTTMUSG00000015852, Defb29, 4930525K10Rik, Defb19, OTTMUSG00000015859, Defb36, OTTMUSG00000015862, Rem1, H13, Mcts2, Id1, LOC629170, Cox4i2, Bcl2l1, Tpx2, Mylk2, Fkhl18, Dusp15, Ttll9
Downstream geneTspyl3, Plagl2, Pofut1, Kif3b, 2500004C02Rik, Asxl1, 8430427H17Rik, Commd7, 7530422B04Rik, Dnmt3b, LOC668932, Mapre1, EG329541, LOC100043869, Spag4l, Bpil1, Bpil3, Rya3, LOC100043870, Gm1006, EG545477, Psp, LOC100043652, 1700058C13Rik, Plunc, 2310021H06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122K23.bB6Ng01-122K23.g
ACCDH926046DH926047
length1,095977
definitionDH926046|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122K23, 5' end.DH926047|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122K23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(152,995,723 - 152,996,824)(152,838,666 - 152,839,556)
sequence
gaattcaaagccaacctgtacaacttcgtgagactcttgtctcaaaatag
taaacagaagtctgggtgtggcgctaaaacaccggctctgtgctcacagg
attccaagcatctcctcagggggcttgggaacacaccctcaggtcgggga
ggactaccgtagttcaaaactgaaaactcaatcgttagtgaaagtggaaa
aaagagatgcagttttttttccataacatgggacactgtcagcatgagaa
gagaactatcaatgtctgtcacaggaaggagtggcccagggacactacac
acagatgcacaaagcctaattaacacccaactccctttccacagaacacc
cagcaaaggacatctacagagacggaaactactgatggtttggccatggg
aacaaaggccgatttcatcactctcttgaccaatgtgagggaacttgggg
gtaacagaactgttctataacactgtgtcactgtggtgacaagggcacaa
gtttatatatagctaaaggtcactgcactgtgcattcacaatgatttgta
ataggaaaatatagattaaatgactgaagaaaaaggaagtagttggttcg
ggtagcagtggatgggtgtggcaacgtgatggtaaccagtgaagctggtg
agaatggatggtgaaaagggactgtggctgcatgctatcttctacactgg
cccatgctgaaattattataacgagctgggcttttatttttgtttgtttt
gagacagggctttaccatgtagtattggcttgcctggagctccctatgta
gaccaggctggtcttaaactcatagagatccacccacctttgtacacccc
ccaaccccagtgctgcgattaaggggcatgtgccaccacacccaacctac
aaccaggtttccaaagaaggacttttataggtataaaataatacatagag
gtaggtttctaaatcaaaaccaatttatcctgatacatagattagggcag
caagtacgtattttagctttctgggattttttttttttggttttgttttt
ttaattgtatgtgtggttgtggaggtcagaagaatactctgtaga
gaattctgaggacttttgagaaggtgaaacattgctagggccatgagagg
cagggttgttggtcacagttttttaagtagacatatgcaaagaaataaca
agaagaaattagatatcctgaagatgaagatcaaacttgccccaaggact
caatgcccctaatcagcaggaagtggtctaatgagaacgctgcccccttt
ccaaccccagactttattcagggagcgttttcctttcccctctatccctt
tttctctcttatcaaatgttagggggttgaaaaggtggaagaaaaggggt
gaaaggtggaagagagaagaacccatagaatagcaaaaggacaagctatt
taaaaaccaaccaaccaaccaaagttgtttcaagtgctagggagcatcag
aggacaggttcattatggggatgtgacatcgtggatatgacatccaggcg
agacctgaggaaagcgaggacatgtcacccacaaacatgtgggaaaacag
agccaggcaaacaacaaagggaccagtgagtgcgtggggtgtgtggggct
ggatcatgtggagtctcgaaacagctctgggtttcattcaggtgagataa
gccaatggaagccctacatgtcagtgccctttcactgtggccggaatgct
gcccacctttccagaaatgcttcatgttgtccccttagtgggacatggca
tggcttgacttgctcatgccaccagccacagcagccacctgggcctcatc
tactgagccccatctcttccctccaagacagtctcgacacccacccaggg
ccaactccatctttagctttctcacaatttttcagttatgtgtttgtgct
gctttcctcgtggtggaacataaagggcagaactattgctttttatgtgc
ggtgagcactctcttgcatctgccatcagttgagtgagaagctaatgggc
ctgtcactgaagtggagcatctaaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_152995723_152996824
seq2: B6Ng01-122K23.b_48_1142 (reverse)

seq1  TCTACAGAGTTATTC-TCTGACCTCCACAAACACACATTAACAATTTAAA  49
      ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||  |||||| |||
seq2  TCTACAGAG-TATTCTTCTGACCTCCACAACCACACAT--ACAATTAAAA  47

seq1  AAACAAAACCAAAAAAAAAAAATCCCCAGAAAGCTAAAATAACGTACTTG  99
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| 
seq2  AAACAAAACCAAAAAAAAAAAAT-CCCAGAAAGCTAAAAT-ACGTACTT-  94

seq1  GCTGCCCCTAATCTATGTATCAGGATAAATTGGTTTTGATTTAGAAAACC  149
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCTG-CCCTAATCTATGTATCAGGATAAATTGGTTTTGATTTAG-AAACC  142

seq1  TACCTCTATGTATTATTTTATACCTATAAAAGTCCTTCTTTGGAAACCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTATGTATTATTTTATACCTATAAAAGTCCTTCTTTGGAAACCTG  192

seq1  GTTGTAGGTTGGGTGTGGTGGCACATGCCCCTTAATCGCAGCACTGGGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAGGTTGGGTGTGGTGGCACATGCCCCTTAATCGCAGCACTGGGGT  242

seq1  TGGGGGGTGTACAAAGGTGGGTGGATCTCTATGAGTTTAAGACCAGCCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGGTGTACAAAGGTGGGTGGATCTCTATGAGTTTAAGACCAGCCTG  292

seq1  GTCTACATAGGGAGCTCCAGGCAAGCCAATACTACATGGTAAAGCCCTGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACATAGGGAGCTCCAGGCAAGCCAATACTACATGGTAAAGCCCTGT  342

seq1  CTCAAAACAAACAAAAATAAAAGCCCAGCTCGTTATAATAATTTCAGCAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAACAAACAAAAATAAAAGCCCAGCTCGTTATAATAATTTCAGCAT  392

seq1  GGGCCAGTGTAGAAGATAGCATGCAGCCACAGTCCCTTTTCACCATCCAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAGTGTAGAAGATAGCATGCAGCCACAGTCCCTTTTCACCATCCAT  442

seq1  TCTCACCAGCTTCACTGGTTACCATCACGTTGCCACACCCATCCACTGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCAGCTTCACTGGTTACCATCACGTTGCCACACCCATCCACTGCT  492

seq1  ACCCGAACCAACTACTTCCTTTTTCTTCAGTCATTTAATCTATATTTTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGAACCAACTACTTCCTTTTTCTTCAGTCATTTAATCTATATTTTCC  542

seq1  TATTACAAATCATTGTGAATGCACAGTGCAGTGACCTTTAGCTATATATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACAAATCATTGTGAATGCACAGTGCAGTGACCTTTAGCTATATATA  592

seq1  AACTTGTGCCCTTGTCACCACAGTGACACAGTGTTATAGAACAGTTCTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTGCCCTTGTCACCACAGTGACACAGTGTTATAGAACAGTTCTGT  642

seq1  TACCCCCAAGTTCCCTCACATTGGTCAAGAGAGTGATGAAATCGGCCTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCCAAGTTCCCTCACATTGGTCAAGAGAGTGATGAAATCGGCCTTT  692

seq1  GTTCCCATGGCCAAACCATCAGTAGTTTCCGTCTCTGTAGATGTCCTTTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCATGGCCAAACCATCAGTAGTTTCCGTCTCTGTAGATGTCCTTTG  742

seq1  CTGGGTGTTCTGTGGAAAGGGAGTTGGGTGTTAATTAGGCTTTGTGCATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGTTCTGTGGAAAGGGAGTTGGGTGTTAATTAGGCTTTGTGCATC  792

seq1  TGTGTGTAGTGTCCCTGGGCCACTCCTTCCTGTGACAGACATTGATAGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTAGTGTCCCTGGGCCACTCCTTCCTGTGACAGACATTGATAGTT  842

seq1  CTCTTCTCATGCTGACAGTGTCCCATGTTATGGAAAAAAAACTGCATCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTCATGCTGACAGTGTCCCATGTTATGGAAAAAAAACTGCATCTC  892

seq1  TTTTTTCCACTTTCACTAACGATTGAGTTTTCAGTTTTGAACTACGGTAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCCACTTTCACTAACGATTGAGTTTTCAGTTTTGAACTACGGTAG  942

seq1  TCCTCCCCGACCTGAGGGTGTGTTCCCAAGCCCCCTGAGGAGATGCTTGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCCGACCTGAGGGTGTGTTCCCAAGCCCCCTGAGGAGATGCTTGG  992

seq1  AATCCTGTGAGCACAGAGCCGGTGTTTTAGCGCCACACCCAGACTTCTGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGTGAGCACAGAGCCGGTGTTTTAGCGCCACACCCAGACTTCTGT  1042

seq1  TTACTATTTTGAGACAAGAGTCTCACGAAGTTGTACAGGTTGGCTTTGAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTATTTTGAGACAAGAGTCTCACGAAGTTGTACAGGTTGGCTTTGAA  1092

seq1  TTC  1102
      |||
seq2  TTC  1095

seq1: chr2_152838666_152839556
seq2: B6Ng01-122K23.g_143_1043

seq1  GTAGACATATGCAAAGAAATAACAAGAAGAAATTAGATATCCTGAAGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACATATGCAAAGAAATAACAAGAAGAAATTAGATATCCTGAAGATG  50

seq1  AAGATCAAACTTGCCCCAAGGACTCAATGCCCCTAATCAGCAGGAAGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAAACTTGCCCCAAGGACTCAATGCCCCTAATCAGCAGGAAGTGG  100

seq1  TCTAATGAGAACGCTGCCCCCTTTCCAACCCCAGACTTTATTCAGGGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGAGAACGCTGCCCCCTTTCCAACCCCAGACTTTATTCAGGGAGC  150

seq1  GTTTTCCTTTCCCCTCTATCCCTTTTTCTCTCTTATCAAATGTTAGGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCTTTCCCCTCTATCCCTTTTTCTCTCTTATCAAATGTTAGGGGG  200

seq1  TTGAAAAGGTGGAAGAAAAGGGGTGAAAGGTGGAAGAGAGAAGAACCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAGGTGGAAGAAAAGGGGTGAAAGGTGGAAGAGAGAAGAACCCAT  250

seq1  AGAATAGCAAAAGGACAAGCTATTTAAAAACCAACCAACCAACCAAAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGCAAAAGGACAAGCTATTTAAAAACCAACCAACCAACCAAAGTT  300

seq1  GTTTCAAGTGCTAGGGAGCATCAGAGGACAGGTTCATTATGGGGATGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAAGTGCTAGGGAGCATCAGAGGACAGGTTCATTATGGGGATGTGA  350

seq1  CATCGTGGATATGACATCCAGGCGAGACCTGAGGAAAGCGAGGACATGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGTGGATATGACATCCAGGCGAGACCTGAGGAAAGCGAGGACATGTC  400

seq1  ACCCACAAACATGTGGGAAAACAGAGCCAGGCAAACAACAAAGGGACCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAAACATGTGGGAAAACAGAGCCAGGCAAACAACAAAGGGACCAG  450

seq1  TGAGTGCGTGGGGTGTGTGGGGCTGGATCATGTGGAGTCTCGAAACAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCGTGGGGTGTGTGGGGCTGGATCATGTGGAGTCTCGAAACAGCT  500

seq1  CTGGGTTTCATTCAGGTGAGATAAGCCAATGGAAGCCCTACATGTCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTTCATTCAGGTGAGATAAGCCAATGGAAGCCCTACATGTCAGTG  550

seq1  CCC-TTCACTGTGGCCGGAATGCTGCCCACCTTTCCAGAAATGCTTCATG  599
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCACTGTGGCCGGAATGCTGCCCACCTTTCCAGAAATGCTTCATG  600

seq1  TTGTCCCCTTAGTGGGACATGGCATGGCTTGACTTGCTCATGCCACCAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCCTTAGTGGGACATGGCATGGCTTGACTTGCTCATGCCACCAGC  650

seq1  CACAGCAGCCACCT-GGCCTCATCTACTGAGCCCCATCTCTTCCCTCCAA  698
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAGCCACCTGGGCCTCATCTACTGAGCCCCATCTCTTCCCTCCAA  700

seq1  GACAGTCTCGACACCCACCCATGGCCAACTCCATCTTTAGCTTTCTCACA  748
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTCTCGACACCCACCCAGGGCCAACTCCATCTTTAGCTTTCTCACA  750

seq1  A-TTTTCAGTTATGTGTTTGTGCTGCTTTCCTCGT-GTGGAACAT-AAGG  795
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  ATTTTTCAGTTATGTGTTTGTGCTGCTTTCCTCGTGGTGGAACATAAAGG  800

seq1  GCAGAACTATTGC-TTTTATGTGCGGTGAGCACTCTC-TGCATCTGCCAT  843
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCAGAACTATTGCTTTTTATGTGCGGTGAGCACTCTCTTGCATCTGCCAT  850

seq1  CAG-TGAGTGAGGAGCTAAT-GGCCTGTCACTGAAGT-GAGCATCTAAAA  890
      ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAGTTGAGTGAGAAGCTAATGGGCCTGTCACTGAAGTGGAGCATCTAAAA  900

seq1  T  891
      |
seq2  T  901