BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-124C20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 49,568,352 - 49,705,786
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKif5c, 2310010M24Rik
Upstream geneLOC383692, Acvr2a, Orc4l, LOC100041508, Mbd5, LOC100042719, LOC666709, LOC435666, Epc2
Downstream geneLypd6, 2010311D03Rik, LOC666781
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-124C20.bB6Ng01-124C20.g
ACCDH927151DH927152
length9831,035
definitionDH927151|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124C20, 5' end.DH927152|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124C20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,568,352 - 49,569,337)(49,704,745 - 49,705,786)
sequence
gaattctacataaatctttaagctacataatttggggaaagtaaggcata
gtttctggtatatcacagacctacaataaatgcatattacacaattgtgc
gcctaacatggaatctgggcatccgggtgagacctgtgctttgaatgtaa
agggaactttcagtcactgtcaatacatgtatggtaatagtctatgctgc
acaccaagaaaacaaagtgtgtgtccagagattttatagcaggcagttaa
cctctttgagaagccaccgagggcttccttgaataaacaatatagagaat
tgactggagagatcagttagctgggtgaaacaggagatttaaggtgagct
ccagcttcctgtggggggaactgaattgactggggaactgagggtgagag
cggaagaccagtgtagggtgtgggctggggaagcagtggtcttgggtgaa
cttggcaggtagtataggaattgttcttcaagtaatgagaagccactcag
ctatagaacacttcagaagagtggcgttttaaggtctcttagttgtgctg
gagaaaggactggggtaggcagaagaaggtgtggtagaggcagggagaag
gcagttaaactgaaaaataggaggtagaatggaatgaattggattggcat
tgaaacagaaatttgcagggtttggtgaggactaaccatgcagggaaggc
ggtgtcaaggtggttctgaggcttttgtcttggctaagttggctcataga
cagaactgttcccttagactagaaatacaggaacagagccggcctgggga
gcagagcaggaaagagaaagcctggggtgaccagaaagcatccacaggag
ggtcctgcgagaagttgttctggggctcttcagaactgcaagagggaact
tgagtattactgatctttcctgtggtgaagcatagtagaggctaggctcc
tataggtgatagagtggagaagggaagagagga
gaattccatgcagtagctgttaattcagaagtcagtgtatgagagaagta
ctaagtaagggccttggctggtatcaggttgagcccttgaagtctggtcc
tcagcttccctttcctgtctactgagcttttgaacagaaagagagaaaga
tagcaattcctatgtcaagatgagagagacataaccaaatctcccagtgc
tccaccagcttctagtctatgtcagaaatgagcaagtgagtttggcataa
aactccatatctgtttctcaatgccttatgtggcccttgacatagtgcag
atgacttggttactaggaagggggtcactcagctcactccagaaagtcac
ttcagctcactccgttgtcacacaagttcctgcaagagtgtgtggctggg
cctcccagaaatatgttgtcatgggaagagcagaagaaaaaaaatatcta
catttttattcctctatcaatcagcttgcagaaatccccatatccatttt
ttagccactagaaaatatggtgagtctaagatggaattatatgcatgaag
agagtgtacgtttggatcttttcaaggctaatagtttgcaacgtatttca
cttaatagaatttccctggactgtaagaactcattcttatactgctcact
taaccaggacagaaaatttcacgggagagactcttcccatgtgactgttg
ttcatttttttttcactgcttcatcatagaatcctgaatccagaaattga
ccttgaatcttttattttatgtgcattggtgttttgtctggatgtgtgtc
tatgtacggtgtcacattccctggaactggagttccagacagaccaactg
tcatgtggttgctgggatttgaacccagttcctctggagagcagccagta
ctcttaaccactgaggcatctctccactcctgacctgattttttttttta
atcacattggcccatcatcaactcctataatgattacgtgccacaatacc
accaagagcatttgttgttgtgtgaaaacttttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_49568352_49569337
seq2: B6Ng01-124C20.b_45_1027

seq1  GAATTCTACATAAATCTTTAAGCTACATAATTTGGGGAAAGTAAGGCATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACATAAATCTTTAAGCTACATAATTTGGGGAAAGTAAGGCATA  50

seq1  GTTTCTGGTATATCACAGACCTACAATAAATGCATATTACACAATTGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGGTATATCACAGACCTACAATAAATGCATATTACACAATTGTGC  100

seq1  GCCTAACATGGAATCTGGGCATCCGGGTGAGACCTGTGCTTTGAATGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAACATGGAATCTGGGCATCCGGGTGAGACCTGTGCTTTGAATGTAA  150

seq1  AGGGAACTTTCAGTCACTGTCAATACATGTATGGTAATAGTCTATGCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACTTTCAGTCACTGTCAATACATGTATGGTAATAGTCTATGCTGC  200

seq1  ACACCAAGAAAACAAAGTGTGTGTCCAGAGATTTTATAGCAGGCAGTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAGAAAACAAAGTGTGTGTCCAGAGATTTTATAGCAGGCAGTTAA  250

seq1  CCTCTTTGAGAAGCCACCGAGGGCTTCCTTGAATAAACAATATAGAGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTGAGAAGCCACCGAGGGCTTCCTTGAATAAACAATATAGAGAAT  300

seq1  TGACTGGAGAGATCAGTTAGCTGGGTGAAACAGGAGATTTAAGGTGAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGAGAGATCAGTTAGCTGGGTGAAACAGGAGATTTAAGGTGAGCT  350

seq1  CCAGCTTCCTGTGGGGGGAACTGAATTGACTGGGGAACTGAGGGTGAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTCCTGTGGGGGGAACTGAATTGACTGGGGAACTGAGGGTGAGAG  400

seq1  CGGAAGACCAGTGTAGGGTGTGGGCTGGGGAAGCAGTGGTCTTGGGTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAAGACCAGTGTAGGGTGTGGGCTGGGGAAGCAGTGGTCTTGGGTGAA  450

seq1  CTTGGCAGGTAGTATAGGAATTGTTCTTCAAGTAATGAGAAGCCACTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCAGGTAGTATAGGAATTGTTCTTCAAGTAATGAGAAGCCACTCAG  500

seq1  CTATAGAACACTTCAGAAGAGTGGCGTTTTAAGGTCTCTTAGTTGTGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGAACACTTCAGAAGAGTGGCGTTTTAAGGTCTCTTAGTTGTGCTG  550

seq1  GAGAAAGGACTGGGGTAGGCAGAAGAAGGTGTGGTAGAGGCAGGGAGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGGACTGGGGTAGGCAGAAGAAGGTGTGGTAGAGGCAGGGAGAAG  600

seq1  GCAGTTAAACTGAAAAATAGGAGGTAGAATGGAATGAATTGGATTGGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTAAACTGAAAAATAGGAGGTAGAATGGAATGAATTGGATTGGCAT  650

seq1  TGAAACAGAAATTTGCAGGGTTTGGTGAGGACTAACCATGCAGGGAAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACAGAAATTTGCAGGGTTTGGTGAGGACTAACCATGCAGGGAAGGC  700

seq1  GGTGTCAAGGTGGTTCTGAGGCTTTTGTCTTGGCTAAGTTGGCTCATAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCAAGGTGGTTCTGAGGCTTTTGTCTTGGCTAAGTTGGCTCATAGA  750

seq1  CAGAACTGTTCCCTTAGACTAGAAATACAGGAACAGAGCCGGCCTGGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTGTTCCCTTAGACTAGAAATACAGGAACAGAGCCGGCCTGGGGA  800

seq1  GCAGAGCAGGAAAGAGAAAGCCTGGGGTGACCAGAAAGCATCCACAGGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCAGGAAAGAGAAAGCCTGGGGTGACCAGAAAGCATCCACAGGAG  850

seq1  GGTCCTGCGAGAAGGTTGTTCTGGGGCTCTTCAGAACTGCAAGAGGGAAC  900
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGCGAGAA-GTTGTTCTGGGGCTCTTCAGAACTGCAAGAGGGAAC  899

seq1  TTGAGTATTACTGATCTTTCCTGTGGTTGAAGGCATAGGTAGAGGCAAGG  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||
seq2  TTGAGTATTACTGATCTTTCCTGTGG-TGAA-GCATA-GTAGAGGCTAGG  946

seq1  CTCCTATAGGTGATAGAGTGGAG-AGGGAAGAGAGGA  986
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCCTATAGGTGATAGAGTGGAGAAGGGAAGAGAGGA  983

seq1: chr2_49704745_49705786
seq2: B6Ng01-124C20.g_67_1101 (reverse)

seq1  TTAAAGGTTTTCACACAACCCACCAATGCTCTTTGGTGGTATTGT-GCAC  49
      ||||| |||||||||||| | || ||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  TTAAAAGTTTTCACACAA-CAACAAATGCTC-TTGGTGGTATTGTGGCAC  48

seq1  GT-ATCATTTATTAGGGAGTTGGATGATTGGCCAATGTGATTTAAAAAAA  98
      || |||| ||||   |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  GTAATCA-TTAT--AGGAGTT-GATGATGGGCCAATGTGA-TTAAAAAAA  93

seq1  AAAATCAAGGTCAGGAGTTGGAGAGATGCCTCAGTGGTTAAGAGTACTGG  148
      |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATC-AGGTCAGGAG-TGGAGAGATGCCTCAGTGGTTAAGAGTACTGG  141

seq1  CTGCTCTTCCAGAGGACCTGGGTTCAAATCCCAGCAACCACATGACAGTT  198
      |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTGCTC-TCCAGAGGAACTGGGTTCAAATCCCAGCAACCACATGACAG-T  189

seq1  TGGTCTGTCTGGAACTCCAGTTCCAGGGAATGTGACACCGTACATAGACA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTGTCTGGAACTCCAGTTCCAGGGAATGTGACACCGTACATAGACA  239

seq1  CACATCCAGACAAAACACCAATGCACATAAAAT-AAAGATTCAAGGTCAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CACATCCAGACAAAACACCAATGCACATAAAATAAAAGATTCAAGGTCAA  289

seq1  TTTCTGGATTCAGGATTCTATGATGAAGCAGTG-AAAAAAAATGAACAAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGATTCAGGATTCTATGATGAAGCAGTGAAAAAAAAATGAACAAC  339

seq1  AGTCACATGGGAAGAGTCTCTCCCGTGAAATTTTCTGTCCTGGTTAAGTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACATGGGAAGAGTCTCTCCCGTGAAATTTTCTGTCCTGGTTAAGTG  389

seq1  AGCAGTATAAGAATGAGTTCTTACAGTCCAGGGAAATTCTATTAAGTGAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTATAAGAATGAGTTCTTACAGTCCAGGGAAATTCTATTAAGTGAA  439

seq1  ATACGTTGCAAACTATTAGCCTTGAAAAGATCCAAACGTACACTCTCTTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGTTGCAAACTATTAGCCTTGAAAAGATCCAAACGTACACTCTCTTC  489

seq1  ATGCATATAATTCCATCTTAGACTCACCATATTTTCTAGTGGCTAAAAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATAATTCCATCTTAGACTCACCATATTTTCTAGTGGCTAAAAAA  539

seq1  TGGATATGGGGATTTCTGCAAGCTGATTGATAGAGGAATAAAAATGTAGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATGGGGATTTCTGCAAGCTGATTGATAGAGGAATAAAAATGTAGA  589

seq1  TATTTTTTTTCTTCTGCTCTTCCCATGACAACATATTTCTGGGAGGCCCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTTTTCTTCTGCTCTTCCCATGACAACATATTTCTGGGAGGCCCA  639

seq1  GCCACACACTCTTGCAGGAACTTGTGTGACAACGGAGTGAGCTGAAGTGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACACTCTTGCAGGAACTTGTGTGACAACGGAGTGAGCTGAAGTGA  689

seq1  CTTTCTGGAGTGAGCTGAGTGACCCCCTTCCTAGTAACCAAGTCATCTGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGGAGTGAGCTGAGTGACCCCCTTCCTAGTAACCAAGTCATCTGC  739

seq1  ACTATGTCAAGGGCCACATAAGGCATTGAGAAACAGATATGGAGTTTTAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTCAAGGGCCACATAAGGCATTGAGAAACAGATATGGAGTTTTAT  789

seq1  GCCAAACTCACTTGCTCATTTCTGACATAGACTAGAAGCTGGTGGAGCAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAACTCACTTGCTCATTTCTGACATAGACTAGAAGCTGGTGGAGCAC  839

seq1  TGGGAGATTTGGTTATGTCTCTCTCATCTTGACATAGGAATTGCTATCTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGATTTGGTTATGTCTCTCTCATCTTGACATAGGAATTGCTATCTT  889

seq1  TCTCTCTTTCTGTTCAAAAGCTCAGTAGACAGGAAAGGGAAGCTGAGGAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTTCTGTTCAAAAGCTCAGTAGACAGGAAAGGGAAGCTGAGGAC  939

seq1  CAGACTTCAAGGGCTCAACCTGATACCAGCCAAGGCCCTTACTTAGTACT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTCAAGGGCTCAACCTGATACCAGCCAAGGCCCTTACTTAGTACT  989

seq1  TCTCTCATACACTGACTTCTGAATTAACAGCTACTGCATGGAATTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCATACACTGACTTCTGAATTAACAGCTACTGCATGGAATTC  1035