BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-125I15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 166,017,630 - 166,165,624
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC670775
Upstream geneCdh22, Slc35c2, Elmo2, Gm1008, Zfp334, 4833422F24Rik, Slc13a3, 2810408M09Rik, Slc2a10, Eya2, Prkcbp1, LOC546780, Ncoa3, Sulf2
Downstream genePpia-ps2_2197.1, BC067047, Trp53rk, Arfgef2, LOC670802, Cse1l, Stau1, LOC383774, Ddx27, AI481105, 1500012F01Rik, LOC668950, Kcnb1, Ptgis, LOC668951, B4galt5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-125I15.bB6Ng01-125I15.g
ACCDH928148DH928149
length1,122934
definitionDH928148|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125I15, 5' end.DH928149|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125I15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(166,017,630 - 166,018,744)(166,164,682 - 166,165,624)
sequence
gaattctttccgtcctgtattgccgccatctttgtcatgttaccctctga
gaccagctcagagacccctgttattcccggcttgcttgctttctcagttt
cagactgccctgtcattcctggtttgctttctttctcagtctcagactga
tgatgtcagggtctacctttcccactactggatgccggggtgtggctcag
gcctgagccccttctggctcagacatggctgtgtatttggagtcacatgg
aagttgttcactctgaaggtaccttctgggactcctctctctctctctgc
ctccaaacataactaatattaacaagtaaacaagcacagtgtgtacactc
atatgtctttgaattcctgtagtcttataatcctataaagatgaaaagcc
catgggacgagcaagcatatgcctctggctggctcagcctgctgataata
ccccctggtttgctttctacttgcggaggcttctaaaaggacactcttag
aggttgttgtgaccggtagtcgtgacggtaactgtgactgtgatagtccc
ttctacagcagtcgtacggatggaagggcggaagagcccaggaattgccc
tgagcacaaccctagttcaggtgtctccaaaactggtccttctggttgga
tcaggagaaggaacctgacagacatgagtctgtcatgttatctttgttcc
ttcctctgctgcagaggctttggaagtggccccagtgtctaaggctccga
ggactgaggcttctaagtgctctccccatccctgaagccaagggttcctt
cctgttccccaactctagagcccacagggcagctgcttttcaacagagct
ctgttgaaggtgagatagtccctgtcagttgcccaggtaggataagtagg
gaaccaagccctgttggcttgccagatggcacagtatccttgactagatc
caggcttggaatttttgtcaggtagcttgcagatggaaggctgggaactc
atatcctgcttgtccttgggtgccagtcaaccttggcatggggtgctgtc
atcaagactcactgttgttacaggaactttgcctggtgtgctacattctt
gtgagggtggttgtgtggtgtg
gaattcctggaacggctgcattgagttgaaaagtgaagttctgagatccc
cgggccccagtacatcagttcccaacctgtgagttctgatccccttgggg
gtcgaatgaccctttcatgggagtcacacgtcagatatcctgcatatcag
atatttacatcacaattcctaaaagtagtaaaattacagttatgagatag
caacgaaaataactttatggctgggaggccactacaacataaaaaactct
attaaaggttccgaggattagggaggttgagaaccactgttctagtggat
tccatgtctgtgtcatcagcctccatgctctgaagcagctcttgtaacct
cctggtccacagatagagccttcagctctgaactgtgataattctatttt
tttaaatgtatttttgatgttatttatatgagtatttgcttatgtgtatg
tacatgcagctcatatgtgcagttcccaaggcagccagaagagggcgtca
ggtcccccggaatcgaaattgcagatggttgtgagcagtcctgaggcagg
tgctgcgaattgaacctgggtcctctagaggaagaggagcggatctaact
cactgctgagccatctctccagctcctgatacttctggttataattgttg
tttgcttccttcctctaaatattacatgactgtgccaccatcacttggga
gtagagatggccacggctgggcggctttgctgactgatagagcagaccag
tatgatgctggtcaggtcaacagtaatgacaacggagctgctgacactcg
gaagccgattggggaagtagatcgcccgatcctgggtaggtcttggtttg
tggtttggggggaccctggggacgctgaacagactggtcctttcataaaa
aaatttaaaattttatttgtgactcttgcatctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_166017630_166018744
seq2: B6Ng01-125I15.b_50_1171

seq1  GAATTCTTTCCGTCCTGTATTGCCGCCATCTTTGTCATGTTACCCTCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCGTCCTGTATTGCCGCCATCTTTGTCATGTTACCCTCTGA  50

seq1  GACCAGCTCAGAGACCCCTGTTATTCCCGGCTTGCTTGCTTTCTCAGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGCTCAGAGACCCCTGTTATTCCCGGCTTGCTTGCTTTCTCAGTTT  100

seq1  CAGACTGCCCTGTCATTCCTGGTTTGCTTTCTTTCTCAGTCTCAGACTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGCCCTGTCATTCCTGGTTTGCTTTCTTTCTCAGTCTCAGACTGA  150

seq1  TGATGTCAGGGTCTACCTTTCCCACTACTGGATGCCGGGGTGTGGCTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCAGGGTCTACCTTTCCCACTACTGGATGCCGGGGTGTGGCTCAG  200

seq1  GCCTGAGCCCCTTCTGGCTCAGACATGGCTGTGTATTTGGAGTCACATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGCCCCTTCTGGCTCAGACATGGCTGTGTATTTGGAGTCACATGG  250

seq1  AAGTTGTTCACTCTGAAGGTACCTTCTGGGACTCCTCTCTCTCTCTCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTTCACTCTGAAGGTACCTTCTGGGACTCCTCTCTCTCTCTCTGC  300

seq1  CTCCAAACATAACTAATATTAACAAGTAAACAAGCACAGTGTGTACACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAACATAACTAATATTAACAAGTAAACAAGCACAGTGTGTACACTC  350

seq1  ATATGTCTTTGAATTCCTGTAGTCTTATAATCCTATAAAGATGAAAAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCTTTGAATTCCTGTAGTCTTATAATCCTATAAAGATGAAAAGCC  400

seq1  CATGGGACGAGCAAGCATATGCCTCTGGCTGGCTCAGCCTGCTGATAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGACGAGCAAGCATATGCCTCTGGCTGGCTCAGCCTGCTGATAATA  450

seq1  CCCCCTGGTTTGCTTTCTACTTGCGGAGGCTTCTAAAAGGACACTCTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTGGTTTGCTTTCTACTTGCGGAGGCTTCTAAAAGGACACTCTTAG  500

seq1  AGGTTGTTGTGACCGGTAGTCGTGACGGTAACTGTGACTGTGATAGTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTTGTGACCGGTAGTCGTGACGGTAACTGTGACTGTGATAGTCCC  550

seq1  TTCTACAGCAGTCGTACGGATGGAAGGGCGGAAGAGCCCAGGAATTGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAGCAGTCGTACGGATGGAAGGGCGGAAGAGCCCAGGAATTGCCC  600

seq1  TGAGCACAACCCTAGTTCAGGTGTCTCCAAAACTGGTCCTTCTGGTTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACAACCCTAGTTCAGGTGTCTCCAAAACTGGTCCTTCTGGTTGGA  650

seq1  TCAGGAGAAGGAACCTGACAGACATGAGTCTGTCATGTTATCTTTGTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGAAGGAACCTGACAGACATGAGTCTGTCATGTTATCTTTGTTCC  700

seq1  TTCCTCTGCTGCAGAGGCTTTGGAAGTGGCCCCAGTGTCTAAGGCTCCGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTGCTGCAGAGGCTTTGGAAGTGGCCCCAGTGTCTAAGGCTCCGA  750

seq1  GGACTGAGGCTTCTAAGTGCTCTCCCCATCCCTGAAGCCAAGGGTTCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGAGGCTTCTAAGTGCTCTCCCCATCCCTGAAGCCAAGGGTTCCTT  800

seq1  CCTGTTCCCCAACTCTAGAGCCCACAGGGCAGCTGCCTTTCAACAGAGCT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCTGTTCCCCAACTCTAGAGCCCACAGGGCAGCTGCTTTTCAACAGAGCT  850

seq1  CTGTTGAAGGTGAGATAGTCCCTGTCAGTTGCCCAGGTAGGATAAGTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAAGGTGAGATAGTCCCTGTCAGTTGCCCAGGTAGGATAAGTAGG  900

seq1  GAACCAAGCCCTG-TGGCTTGCCAGATGGCCACAGTATCCCTGACTAGAT  949
      ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  GAACCAAGCCCTGTTGGCTTGCCAGATGG-CACAGTATCCTTGACTAGAT  949

seq1  CCAGGCCTGGAATTTTTGTCAGGGTAGC-TGCAGATGG-AGGCTGGGAAC  997
      |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  CCAGGCTTGGAATTTTTGTCA-GGTAGCTTGCAGATGGAAGGCTGGGAAC  998

seq1  CCAT-TCCTGC-TGTCCCTGGGTGCCAGTCAGAACCTTGGCAT-GGGTGC  1044
       ||| |||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||
seq2  TCATATCCTGCTTGTCCTTGGGTGCCAGTC--AACCTTGGCATGGGGTGC  1046

seq1  TGTCCATCAGGACTCACTGTTGTTACAGGACCTTTGCCTGTGTG-GCTAC  1093
      ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||
seq2  TGT-CATCAAGACTCACTGTTGTTACAGGAACTTTGCCTG-GTGTGCTAC  1094

seq1  AT--CTGTGAGG-----TGTGTGTGTGTG  1115
      ||   |||||||     |||||| |||||
seq2  ATTCTTGTGAGGGTGGTTGTGTG-GTGTG  1122

seq1: chr2_166164682_166165624
seq2: B6Ng01-125I15.g_67_1000 (reverse)

seq1  CAGATGCATGAAGTCACAAATAAAATATTTTAAAAATCTTTTTACTGAAA  50
      |||||||| | ||||||||||||||| ||    |||| |||||| |||||
seq2  CAGATGCAAG-AGTCACAAATAAAATTTT----AAATTTTTTTA-TGAAA  44

seq1  AGGACAGTCTGTCTCAGCGTCCCCAGGGTTCCCCCCAAACCACAAACCCA  100
       |  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  GGACCAGTCTGT-TCAGCGTCCCCAGGG-TCCCCCCAAACCACAAA-CCA  91

seq1  AGACCTACCAAGGATCGGGCGATCTTCCTTCCCCATCGGCTTCCGAGTGT  150
      ||||||||| ||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||
seq2  AGACCTACCCAGGATCGGGCGATCTACTTCCCCAATCGGCTTCCGAGTGT  141

seq1  CAGCAGCTCCGTTGTCCTTACTGTTGACCTGACCAGCATCATACTGGTCT  200
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCTCCGTTGTCATTACTGTTGACCTGACCAGCATCATACTGGTCT  191

seq1  GCTCTATCAGTCAGCAAAGCCGCCCAGCCGTGGCCATCTCTACTCCCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTATCAGTCAGCAAAGCCGCCCAGCCGTGGCCATCTCTACTCCCAAG  241

seq1  TGATGGTGGCACAGTCATGTAATATTTAGAGGAAGGAAGCAAACAACAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTGGCACAGTCATGTAATATTTAGAGGAAGGAAGCAAACAACAAT  291

seq1  TATAACCAGAAGTATCAGGAGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTGAGTTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACCAGAAGTATCAGGAGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTGAGTTAGA  341

seq1  TCCGCTCCTCTTCCTCTAGAGGACCCAGGTTCAATTCGCAGCACCTGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGCTCCTCTTCCTCTAGAGGACCCAGGTTCAATTCGCAGCACCTGCCT  391

seq1  CAGGACTGCTCACAACCATCTGCAATTTCGATTCCGGGGGACCTGACGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTGCTCACAACCATCTGCAATTTCGATTCCGGGGGACCTGACGCC  441

seq1  CTCTTCTGGCTGCCTTGGGAACTGCACATATGAGCTGCATGTACATACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTGGCTGCCTTGGGAACTGCACATATGAGCTGCATGTACATACAC  491

seq1  ATAAGCAAATACTCATATAAATAACATCAAAAATACATTTAAAAAAATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCAAATACTCATATAAATAACATCAAAAATACATTTAAAAAAATAG  541

seq1  AATTATCACAGTTCAGAGCTGAAGGCTCTATCTGTGGACCAGGAGGTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATCACAGTTCAGAGCTGAAGGCTCTATCTGTGGACCAGGAGGTTAC  591

seq1  AAGAGCTGCTTCAGAGCATGGAGGCTGATGACACAGACATGGAATCCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTGCTTCAGAGCATGGAGGCTGATGACACAGACATGGAATCCACT  641

seq1  AGAACAGTGGTTCTCAACCTCCCTAATCCTCGGAACCTTTAATAGAGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGTGGTTCTCAACCTCCCTAATCCTCGGAACCTTTAATAGAGTTT  691

seq1  TTTATGTTGTAGTGGCCTCCCAGCCATAAAGTTATTTTCGTTGCTATCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTTGTAGTGGCCTCCCAGCCATAAAGTTATTTTCGTTGCTATCTC  741

seq1  ATAACTGTAATTTTACTACTTTTAGGAATTGTGATGTAAATATCTGATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTGTAATTTTACTACTTTTAGGAATTGTGATGTAAATATCTGATAT  791

seq1  GCAGGATATCTGACGTGTGACTCCCATGAAAGGGTCATTCGACCCCCAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATATCTGACGTGTGACTCCCATGAAAGGGTCATTCGACCCCCAAG  841

seq1  GGGATCAGAACTCACAGGTTGGGAACTGATGTACTGGGGCCCGGGGATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCAGAACTCACAGGTTGGGAACTGATGTACTGGGGCCCGGGGATCT  891

seq1  CAGAACTTCACTTTTCAACTCAATGCAGCCGTTCCAGGAATTC  943
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTTCACTTTTCAACTCAATGCAGCCGTTCCAGGAATTC  934