BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128C13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 20,684,203 - 20,848,564
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEtl4, Arhgap21
Upstream geneLOC100041302, LOC433406, LOC654360, LOC667609
Downstream geneLOC433408, LOC675912, C130046B21Rik, 4933434I06Rik, Thnsl1, Gpr158
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128C13.bB6Ng01-128C13.g
ACCDH930085DH930086
length1,1501,158
definitionDH930085|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128C13, 5' end.DH930086|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,847,386 - 20,848,564)(20,684,203 - 20,685,360)
sequence
gaattcaggtcactgtgcatgtgtggcaaacactttgcctgttaagtcat
cttgtcagcctcactttcacttttaggaagccaaatcacactgtcgctgt
tatgaagataggtagtttgccacaaggagaaccaaggaagataggagcgc
ctaattgaaatatgtccttaccaccaatgaaacagctcagagagtatgcc
cagaaaatagtctgaggaggcactgttggttgtgagaagtacgtgtgagg
tgatacctcttgtcgttctgtgacacggtaataagtgtgtaagtctaaaa
gttaaggagagaaaacttgaacacgtacccgcagcagagctagtctgctt
gtgcagcacttctgagggctctcaagcttgctacatttgtggttactttt
gttattatataaatttgaattattatagtgaggatttaggaatctatctt
tgaaaagttgggatctaaactttgaagagaaagagggagcagagatatac
ctaggaagagagaaaaggcagctgcttaggtgctaggtaccctgagaagc
agagacctggatggaagggcagccatgagcccacatcatgcagtagttta
agtacagagactttggatatgggaccacagcaaggcagcttctgagatga
gttgtgagagaggtgctgcaaacgaatatccacctgcatgatgaactaaa
gctggagctgttagtgaaaatactgagcacagaggccccaggagctgaag
gagtttgcagccccataggaagaacaacaatatcaatcaaccagaccccc
cagagctcccagggactaaactaccaaccaaagagtacacatggatgctc
cagccacatatgtagcatatgttagcagaggatgtccttgtgggatgtca
atgagagaggcccttggtcttgtgaaggttctgtgctccattgtagggag
tgccaggacaggatgtggggttttcgaggaaatgagaaaatttgaaaagt
aagaaaatatctacacacaaaagtgtatttaaaaaaaaaaaaggagttga
ggaatattggtaatttctggtgctttgataaactacacgactaaacagct
tacaaagatggtttattttggctttgtgaaggctaagatgttccatcatg

gaattcactttgtagaccaggctggctcgaactcagaaatccgcctgcct
ctgcctcctgagtgctgggactaaaggtgtgcgccaccacacccagcctg
ctattcatatcttatatggagagaaatattctcacagtaagttaagatgc
tcagagtcccccagccaatggcagtcagccttcctaacctcctcactcca
gtattagttctatcacaacaaggtacattaagttcacctcgtacacacac
ttgttaagattcctactgagatctaactaggggccagtgagagctctcag
tggataaagttacttggacaagcctgttgattacaatcctcaggccccca
cataaagctagaaagagagaactgactgcagagtgttctgtgacctgcga
ctgcatgctaagtcatatgcactcctcgagttcccaacacatacatcatg
atgatgataagtttaagatgtaactaaccaagatgaattccctagagtag
actcagtgtacaaaaaggagaaagattttggggacaaacactatgttgtc
tcttactactaggctcagcaataaactgaatctgactactcatcgggtgt
gtagcgtacccagttttccaggtcttgtggctctcgtgtgaatgaggacc
tacctgcagtccccagcactagatcacctccatcctgagtctgcatctca
gggcctttactaaagatccttcctagcttttaggtcaccccggtgctgtg
tagttgctgagactctagatggaggcagaaaagatggtcctttataccat
tcttctcagagactagttcagctgaggactataaggcttactcttcacca
gacagtggactaagcagttacaggtgctgacttcctgtcgagtagtctgc
cgggtagcaccaatacccattagataagcaaattcagagagaacacagtt
aagttacttgcttgcttgaatcatgaaaatggcttccaggttctggccta
aataatgaagtgaccttggcctcacttcatcagtgaatattgaccttggc
taaatcaaatggaggaagaacagaaagtcagtgtggggagtgaggtgaaa
taatgacttgggtctgctatgaaaaggctggtgtggattgtaagctccat
tggtatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_20847386_20848564
seq2: B6Ng01-128C13.b_49_1198 (reverse)

seq1  CATGATGGACTACTCTTAGCCCTCTACAACAAAAGCCAAAATAAAACCAT  50
      |||||||||  | |||||||| ||    || ||||||||||| |||||||
seq2  CATGATGGAACA-TCTTAGCCTTC----AC-AAAGCCAAAAT-AAACCAT  43

seq1  TCTTTTGTAAGCTGTTTTAGTCGTGGTAGTTTATCACAGCAACAGAAAAT  100
         ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||
seq2  --CTTTGTAAGCTG-TTTAGTCGT-GTAGTTTATCAAAGCACCAG-AAAT  88

seq1  TAACAAATATATCCCTCAACCTCTTTTTTTTTTTTTTAATTACAACTTTT  150
      || ||   |||| |||||||  |  |||||||||||||| ||| ||||||
seq2  TACCA---ATATTCCTCAACTCC--TTTTTTTTTTTTAAATAC-ACTTTT  132

seq1  TTGTTGTTGTTAGATATTTTCTTTACTTTTCAAATTTTCCTCATTTCCCC  200
       |||      ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  
seq2  GTGT-----GTAGATATTTTC-TTACTTTTCAAATTTT-CTCATTTCC--  173

seq1  TCCGAAAACCCCACATCCTGTCCTGGCACTCCCCTACAATGGAGCACAGA  250
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  -TCGAAAACCCCACATCCTGTCCTGGCACT-CCCTACAATGGAGCACAGA  221

seq1  ACCTTCACAAGACCAAGGGCCTCTCTCATTGACATCCCACAAGGACATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCACAAGACCAAGGGCCTCTCTCATTGACATCCCACAAGGACATCC  271

seq1  TCTGCTAACATATGCTACATATGTGGCTGGAGCATCCATGTGTACTCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTAACATATGCTACATATGTGGCTGGAGCATCCATGTGTACTCTTT  321

seq1  GGTTGGTAGTTTAGTCCCTGGGAGCTCTGGGGGGTCTGGTTGATTGATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGTAGTTTAGTCCCTGGGAGCTCTGGGGGGTCTGGTTGATTGATAT  371

seq1  TGTTGTTCTTCCTATGGGGCTGCAAACTCCTTCAGCTCCTGGGGCCTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTCTTCCTATGGGGCTGCAAACTCCTTCAGCTCCTGGGGCCTCTG  421

seq1  TGCTCAGTATTTTCACTAACAGCTCCAGCTTTAGTTCATCATGCAGGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGTATTTTCACTAACAGCTCCAGCTTTAGTTCATCATGCAGGTGG  471

seq1  ATATTCGTTTGCAGCACCTCTCTCACAACTCATCTCAGAAGCTGCCTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCGTTTGCAGCACCTCTCTCACAACTCATCTCAGAAGCTGCCTTGC  521

seq1  TGTGGTCCCATATCCAAAGTCTCTGTACTTAAACTACTGCATGATGTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCCCATATCCAAAGTCTCTGTACTTAAACTACTGCATGATGTGGG  571

seq1  CTCATGGCTGCCCTTCCATCCAGGTCTCTGCTTCTCAGGGTACCTAGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGCTGCCCTTCCATCCAGGTCTCTGCTTCTCAGGGTACCTAGCAC  621

seq1  CTAAGCAGCTGCCTTTTCTCTCTTCCTAGGTATATCTCTGCTCCCTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCAGCTGCCTTTTCTCTCTTCCTAGGTATATCTCTGCTCCCTCTTT  671

seq1  CTCTTCAAAGTTTAGATCCCAACTTTTCAAAGATAGATTCCTAAATCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAAAGTTTAGATCCCAACTTTTCAAAGATAGATTCCTAAATCCTC  721

seq1  ACTATAATAATTCAAATTTATATAATAACAAAAGTAACCACAAATGTAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAATAATTCAAATTTATATAATAACAAAAGTAACCACAAATGTAGC  771

seq1  AAGCTTGAGAGCCCTCAGAAGTGCTGCACAAGCAGACTAGCTCTGCTGCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTGAGAGCCCTCAGAAGTGCTGCACAAGCAGACTAGCTCTGCTGCG  821

seq1  GGTACGTGTTCAAGTTTTCTCTCCTTAACTTTTAGACTTACACACTTATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACGTGTTCAAGTTTTCTCTCCTTAACTTTTAGACTTACACACTTATT  871

seq1  ACCGTGTCACAGAACGACAAGAGGTATCACCTCACACGTACTTCTCACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTGTCACAGAACGACAAGAGGTATCACCTCACACGTACTTCTCACAA  921

seq1  CCAACAGTGCCTCCTCAGACTATTTTCTGGGCATACTCTCTGAGCTGTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAGTGCCTCCTCAGACTATTTTCTGGGCATACTCTCTGAGCTGTTT  971

seq1  CATTGGTGGTAAGGACATATTTCAATTAGGCGCTCCTATCTTCCTTGGTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGTGGTAAGGACATATTTCAATTAGGCGCTCCTATCTTCCTTGGTT  1021

seq1  CTCCTTGTGGCAAACTACCTATCTTCATAACAGCGACAGTGTGATTTGGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGTGGCAAACTACCTATCTTCATAACAGCGACAGTGTGATTTGGC  1071

seq1  TTCCTAAAAGTGAAAGTGAGGCTGACAAGATGACTTAACAGGCAAAGTGT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAAAGTGAAAGTGAGGCTGACAAGATGACTTAACAGGCAAAGTGT  1121

seq1  TTGCCACACATGCACAGTGACCTGAATTC  1179
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACACATGCACAGTGACCTGAATTC  1150

seq1: chr2_20684203_20685360
seq2: B6Ng01-128C13.g_69_1226

seq1  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCT  50

seq1  CTGCCTCCTGAGTGCTGGGACTAAAGGTGTGCGCCACCACACCCAGCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCCTGAGTGCTGGGACTAAAGGTGTGCGCCACCACACCCAGCCTG  100

seq1  CTATTCATATCTTATATGGAGAGAAATATTCTCACAGTAAGTTAAGATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCATATCTTATATGGAGAGAAATATTCTCACAGTAAGTTAAGATGC  150

seq1  TCAGAGTCCCCCAGCCAATGGCAGTCAGCCTTCCTAACCTCCTCACTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCCCCCAGCCAATGGCAGTCAGCCTTCCTAACCTCCTCACTCCA  200

seq1  GTATTAGTTCTATCACAACAAGGTACATTAAGTTCACCTCGTACACACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAGTTCTATCACAACAAGGTACATTAAGTTCACCTCGTACACACAC  250

seq1  TTGTTAAGATTCCTACTGAGATCTAACTAGGGGCCAGTGAGAGCTCTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAAGATTCCTACTGAGATCTAACTAGGGGCCAGTGAGAGCTCTCAG  300

seq1  TGGATAAAGTTACTTGGACAAGCCTGTTGATTACAATCCTCAGGCCCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAAAGTTACTTGGACAAGCCTGTTGATTACAATCCTCAGGCCCCCA  350

seq1  CATAAAGCTAGAAAGAGAGAACTGACTGCAGAGTGTTCTGTGACCTGCGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGCTAGAAAGAGAGAACTGACTGCAGAGTGTTCTGTGACCTGCGA  400

seq1  CTGCATGCTAAGTCATATGCACTCCTCGAGTTCCCAACACATACATCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGCTAAGTCATATGCACTCCTCGAGTTCCCAACACATACATCATG  450

seq1  ATGATGATAAGTTTAAGATGTAACTAACCAAGATGAATTCCCTAGAGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGATAAGTTTAAGATGTAACTAACCAAGATGAATTCCCTAGAGTAG  500

seq1  ACTCAGTGTACAAAAAGGAGAAAGATTTTGGGGACAAACACTATGTTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTGTACAAAAAGGAGAAAGATTTTGGGGACAAACACTATGTTGTC  550

seq1  TCTTACTACTAGGCTCAGCAATAAACTGAATCTGACTACTCATCGGGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTACTAGGCTCAGCAATAAACTGAATCTGACTACTCATCGGGTGT  600

seq1  GTAGCGTACCCAG-TTTCCAGGTCTTGTGGCTCTCGTGTGAATGAGGACC  649
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCGTACCCAGTTTTCCAGGTCTTGTGGCTCTCGTGTGAATGAGGACC  650

seq1  TACCTGCAGTCCCCAGCACTAGATCACCTCCATCCTGAGTCTGCATCTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGCAGTCCCCAGCACTAGATCACCTCCATCCTGAGTCTGCATCTCA  700

seq1  GGGCCTTTACTAAAGATCCTTCCTAGCTTTTAGGTCACCCCGGTGCTGTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTTACTAAAGATCCTTCCTAGCTTTTAGGTCACCCCGGTGCTGTG  750

seq1  TAGTTGCTGAGACTCTAGATGGAGGCAGAAAAGATGGTCCTTTATACCAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGCTGAGACTCTAGATGGAGGCAGAAAAGATGGTCCTTTATACCAT  800

seq1  TCTTCTCAGAGAACTAGTTCAGCTGAGGACTATAAGGCTTACTCTTCACC  849
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCAGAG-ACTAGTTCAGCTGAGGACTATAAGGCTTACTCTTCACC  849

seq1  AGACAGTGGACTAAGCAGTTACAGGTGCTGACTTCCTGTCGAGTAGTCTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTGGACTAAGCAGTTACAGGTGCTGACTTCCTGTCGAGTAGTCTG  899

seq1  CCGGGTAGCACCAATACCCATTAGATAAGCAAATACAGAGAGAACACAGT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCGGGTAGCACCAATACCCATTAGATAAGCAAATTCAGAGAGAACACAGT  949

seq1  TAAGTTACTTGCTTGCTTGAATCATGAAAATGGCTTCCAGGTTCTGGCCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTACTTGCTTGCTTGAATCATGAAAATGGCTTCCAGGTTCTGGCCT  999

seq1  AAATAATGAAGTGACCTTGG-CTCACTTCATTCAGTGAATATTGACCTTG  1048
      |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAATAATGAAGTGACCTTGGCCTCACTTCA-TCAGTGAATATTGACCTTG  1048

seq1  GCTAAAATCAAATGGAGAAAG-ACAGAAAG-CAGTGTGGGGAGTTGAGTG  1096
      ||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||  
seq2  GCT-AAATCAAATGGAGGAAGAACAGAAAGTCAGTGTGGGGAG-TGAGGT  1096

seq1  GAAATAATGAGTTGGGTCTGCTTATAGAAAAGGCTGGTGGTGA-TGTGAG  1145
      |||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||  || ||| ||
seq2  GAAATAATGACTTGGGTCTGC-TAT-GAAAAGGCTGGTGTGGATTGTAAG  1144

seq1  -GCCATTGGTATGT  1158
        ||||||||||||
seq2  CTCCATTGGTATGT  1158