BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129M08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 140,306,212 - 140,461,577
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneC130053K05Rik, LOC100043792, 5430433G21Rik, Tasp1, LOC672103, LOC269365, Esf1, 2310003L22Rik, Sel1l2, 2900006F19Rik
Downstream geneFlrt3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129M08.bB6Ng01-129M08.g
ACCDH931269DH931270
length1,1671,038
definitionDH931269|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129M08, 5' end.DH931270|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129M08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,306,212 - 140,307,377)(140,460,521 - 140,461,577)
sequence
gaattcttgatataaccttttcaattttatgaacatcgtgacaaatgaga
tacatctgagcattgattatacaactccatacgcttatcctggtaccaac
tctctggcagtcacatagtaggcagtgttcttgcagggtgcagatatcat
tgtgaagtctaggagtggaaggacaaatgaggcttgctttctgggtttac
aatttaaaacataacagcacagacatggtcgtggtagatatcatattcgc
tctgccttccctcactgttatgctttgttccacttgtcttgacttgtttt
gctttcactcagtggctcaggatatcatggagctcactcctacctcggcc
tcctgagtactatggtcacaggggtgtgctaccacatctagcttgaaccc
ttttagagctgtgcatgtgcagcgaggaaagtccagatgacagtgagtaa
gtttttgcagtctcaaccttttatatcttactagttttcatgtttccaga
aatgataagctaaggactactaatacatttatagtgcttaatttttctta
gtaaattattttctaaaagtttcttttcattcctactaacactgctttcc
ttggccactgcctgcttctatttagtgacctgaaactgatttttcaccaa
actgtatacgtttgtattataggcagagttctaaaatgttcctcaagact
gtttatatttcctccttatgtgtacagacctctagaagccactacaattt
atatacttgataactttattctcatggttagtttatattatatggcattt
agaaaagaaagataacctttctactacaccctcttagaagttgagattgt
gttagtccttggcagttttctctgtactgttggctatataaatgtgagcc
aatggataagtattgttttgaaggccaactttgtgattgtttggtgtata
tgtcaaaaagtgagtatattatcaatcacatgctatatatatatatagct
cttgcgctcaccatcctttgcctactcttttgcatgctaagattacagtg
aggatctacaggttttatttatttgagtcctgctgatcctttaaaaattg
aattcagatttgcctataattttttagagaaagggttcggtttatgcccg
aactgtcacaggaactc
gaattcacacaaaagaatcatagaagggactatgacatcgctgccccctg
tccttcatcagacaattcccagcacagtctatgaataagccactgtgtaa
gtgtgactgcattgagaaactttgctctgctgaatataactttaaatgta
tgggggctgtggggtgagaatagggcgggatgtcagaggagcttgactca
ttaaaagacacatttggaacgatgttgaatggaagactataagctttaga
aaagacacaaattttatgcatattaagtaccagttataaaggaaatggat
cagtcaaagggctcctcaaatggtggtgtcagccagagggtaatctagtc
attagaaagtacaacaaagatgtatatcctgcctggaactcacttcaatg
aatgaaagacaaatacagcaaagatgaactgaggaacccacatggtggct
tttcctaagggcataggctgtgaatgtggcttttcaaggggagaacataa
gagctgtgactactgtgtgtgccatcattctacctgtggaaagcaatctt
tttgggcatagagtggctactttttaggtttccatagccaaagtcaagca
gtggtaaatggcaatcagtctttcagttgtttgttttccaagagcttcgt
tattgccaactgggaaatagctggtagaacaggacttgagaaaggcataa
gaatagacaagaattattggggaaaatgcaccattacagagccatggaac
gctgttactcaggacaacagtctttgtgaaatttatctaatatcaacaca
tgctgctttcacctgcctctgtgcaggactcagtaagcaactcccccctc
tctgctgacacatcagaagggaaggcctttggagtaaggatcaggttatg
gatcgtgctcttcataaaaatttcataattcttcgagtgattgtaaaaaa
tcaatattttgtttcccaattttagatgactcagatatctatataagaga
acacaaatttaaagagcaataaatgtattatcactaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_140306212_140307377
seq2: B6Ng01-129M08.b_45_1211

seq1  GAATTCTTGATATAACCTTTTCAATTTTATGAACATCGTGACAAATGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGATATAACCTTTTCAATTTTATGAACATCGTGACAAATGAGA  50

seq1  TACATCTGAGCATTGATTATACAACTCCATACGCTTATCCTGGTACCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTGAGCATTGATTATACAACTCCATACGCTTATCCTGGTACCAAC  100

seq1  TCTCTGGCAGTCACATAGTAGGCAGTGTTCTTGCAGGGTGCAGATATCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGCAGTCACATAGTAGGCAGTGTTCTTGCAGGGTGCAGATATCAT  150

seq1  TGTGAAGTCTAGGAGTGGAAGGACAAATGAGGCTTGCTTTCTGGGTTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGTCTAGGAGTGGAAGGACAAATGAGGCTTGCTTTCTGGGTTTAC  200

seq1  AATTTAAAACATAACAGCACAGACATGGTCGTGGTAGATATCATATTCGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAAACATAACAGCACAGACATGGTCGTGGTAGATATCATATTCGC  250

seq1  TCTGCCTTCCCTCACTGTTATGCTTTGTTCCACTTGTCTTGACTTGTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTCCCTCACTGTTATGCTTTGTTCCACTTGTCTTGACTTGTTTT  300

seq1  GCTTTCACTCAGTGGCTCAGGATATCATGGAGCTCACTCCTACCTCGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCACTCAGTGGCTCAGGATATCATGGAGCTCACTCCTACCTCGGCC  350

seq1  TCCTGAGTACTATGGTCACAGGGGTGTGCTACCACATCTAGCTTGAACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGTACTATGGTCACAGGGGTGTGCTACCACATCTAGCTTGAACCC  400

seq1  TTTTAGAGCTGTGCATGTGCAGCGAGGAAAGTCCAGATGACAGTGAGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAGCTGTGCATGTGCAGCGAGGAAAGTCCAGATGACAGTGAGTAA  450

seq1  GTTTTTGCAGTCTCAACCTTTTATATCTTACTAGTTTTCATGTTTCCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGCAGTCTCAACCTTTTATATCTTACTAGTTTTCATGTTTCCAGA  500

seq1  AATGATAAGCTAAGGACTACTAATACATTTATAGTGCTTAATTTTTCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAAGCTAAGGACTACTAATACATTTATAGTGCTTAATTTTTCTTA  550

seq1  GTAAATTATTTTCTAAAAGTTTCTTTTCATTCCTACTAACACTGCTTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTATTTTCTAAAAGTTTCTTTTCATTCCTACTAACACTGCTTTCC  600

seq1  TTGGCCACTGCCTGCTTCTATTTAGTGACCTGAAACTGATTTTTCACCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCACTGCCTGCTTCTATTTAGTGACCTGAAACTGATTTTTCACCAA  650

seq1  ACTGTATACGTTTGTATTATAGGCAGAGTTCTAAAATGTTCCTCAAGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATACGTTTGTATTATAGGCAGAGTTCTAAAATGTTCCTCAAGACT  700

seq1  GTTTATATTTCCTCCTTATGTGTACAGACCTCTAGAAGCCACTACAA-TT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTTTATATTTCCTCCTTATGTGTACAGACCTCTAGAAGCCACTACAATTT  750

seq1  ATATACTTGATAACTTTATTCTCATGGTTAGTTTATATTATATGGCATTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTTGATAACTTTATTCTCATGGTTAGTTTATATTATATGGCATTT  800

seq1  AGAAAAGAAAGATAACCTTTCTACTACACCCTCTTAGAAGTTGAGATTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGAAAGATAACCTTTCTACTACACCCTCTTAGAAGTTGAGATTGT  850

seq1  GTTAGTCCTTGGCAGTTTTCTCTGTACTGTTGGCTATATAAATGTGAGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTCCTTGGCAGTTTTCTCTGTACTGTTGGCTATATAAATGTGAGCC  900

seq1  AATGGATAAGTATTG-TTTGAAGGCCAACTTTGTGATTGTTTGGTGTATA  948
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATAAGTATTGTTTTGAAGGCCAACTTTGTGATTGTTTGGTGTATA  950

seq1  TGTCAAAAAGTGAGTATATTATCAATCACATGCTATATATATATATAGCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAAAAGTGAGTATATTATCAATCACATGCTATATATATATATAGCT  1000

seq1  CTTGCGCTCACCATCCTTTGCCTTACTCTTTTGCATGCTAAGATTACAGT  1048
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCGCTCACCATCCTTTGCC-TACTCTTTTGCATGCTAAGATTACAGT  1049

seq1  GAGAATCTACA-GTTTTATTTATTTGAGT-CTGCTGATCTTTTAAAAAAT  1096
      ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||
seq2  GAGGATCTACAGGTTTTATTTATTTGAGTCCTGCTGATCCTTT-AAAAAT  1098

seq1  TGATTTCTAGTATTTGCTTATA--TTTTTAAAGATAGGGTTTCAGTTTAT  1144
      ||| ||| || |||||| ||||  |||||| ||| |||| ||| ||||||
seq2  TGAATTC-AG-ATTTGCCTATAATTTTTTAGAGAAAGGG-TTCGGTTTAT  1145

seq1  AGCCCAGACTGT-ACAGGAACTC  1166
       ||||  ||||| ||||||||||
seq2  -GCCCGAACTGTCACAGGAACTC  1167

seq1: chr2_140460521_140461577
seq2: B6Ng01-129M08.g_68_1105 (reverse)

seq1  ATTAGTGATAATACATTTTATATGGCTCTTTTAAATTTGTTGTTCTCTTT  50
      |||||||||||||||||   ||| |||| |||||||||| ||||||| ||
seq2  ATTAGTGATAATACATT---TATTGCTC-TTTAAATTTG-TGTTCTC-TT  44

seq1  ATATTAAGAATTATCTTGAAGGTCATCTTAAAATTGGGAAACAAAAATAT  100
      ||||  |||  |||| |||  |||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  ATAT--AGA--TATC-TGA--GTCATC-TAAAATTGGGAAAC-AAAATAT  85

seq1  TGATTTTTTTTACATTCACTCGAAGATTATTAAAATTTTTATGAAGAGCA  150
      |||  ||||||||| ||||||||||| |  | ||||||||||||||||||
seq2  TGA--TTTTTTACAATCACTCGAAGAATTATGAAATTTTTATGAAGAGCA  133

seq1  CGATCCATAACCTGATCCTTACTCCAAAGGCCTTTCCTTCTGATGTGTCA  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CGATCCATAACCTGATCCTTACTCCAAAGGCCTTCCCTTCTGATGTGTCA  183

seq1  GCAGAGAGGGGGGGAGTTGCTTACTGAGTCCTGCACAGAGGCAGGTGAAA  250
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGA-GGGGGGAGTTGCTTACTGAGTCCTGCACAGAGGCAGGTGAAA  232

seq1  GCAGCATGTGTTGATATTAAGATAAATTTCACAAAGACTGTTGTCCTGAG  300
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATGTGTTGATATT-AGATAAATTTCACAAAGACTGTTGTCCTGAG  281

seq1  TAACAGCGTTCCATGGCTCTGTAATGGTGCATTTTCCCCAATAATTCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCGTTCCATGGCTCTGTAATGGTGCATTTTCCCCAATAATTCTTG  331

seq1  TCTATTCTTATGCCTTTCTCAAGTCCTGTTCTACCAGCTATTTCCCAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCTTATGCCTTTCTCAAGTCCTGTTCTACCAGCTATTTCCCAGTT  381

seq1  GGCAATAACGAAGCTCTTGGAAAACAAACAACTGAAAGACTGATTGCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATAACGAAGCTCTTGGAAAACAAACAACTGAAAGACTGATTGCCAT  431

seq1  TTACCACTGCTTGACTTTGGCTATGGAAACCTAAAAAGTAGCCACTCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCACTGCTTGACTTTGGCTATGGAAACCTAAAAAGTAGCCACTCTAT  481

seq1  GCCCAAAAAGATTGCTTTCCACAGGTAGAATGATGGCACACACAGTAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAAAAGATTGCTTTCCACAGGTAGAATGATGGCACACACAGTAGTC  531

seq1  ACAGCTCTTATGTTCTCCCCTTGAAAAGCCACATTCACAGCCTATGCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTCTTATGTTCTCCCCTTGAAAAGCCACATTCACAGCCTATGCCCT  581

seq1  TAGGAAAAGCCACCATGTGGGTTCCTCAGTTCATCTTTGCTGTATTTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAAGCCACCATGTGGGTTCCTCAGTTCATCTTTGCTGTATTTGTC  631

seq1  TTTCATTCATTGAAGTGAGTTCCAGGCAGGATATACATCTTTGTTGTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTCATTGAAGTGAGTTCCAGGCAGGATATACATCTTTGTTGTACT  681

seq1  TTCTAATGACTAGATTACCCTCTGGCTGACACCACCATTTGAGGAGCCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATGACTAGATTACCCTCTGGCTGACACCACCATTTGAGGAGCCCT  731

seq1  TTGACTGATCCATTTCCTTTATAACTGGTACTTAATATGCATAAAATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGATCCATTTCCTTTATAACTGGTACTTAATATGCATAAAATTTG  781

seq1  TGTCTTTTCTAAAGCTTATAGTCTTCCATTCAACATCGTTCCAAATGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTTCTAAAGCTTATAGTCTTCCATTCAACATCGTTCCAAATGTGT  831

seq1  CTTTTAATGAGTCAAGCTCCTCTGACATCCCGCCCTATTCTCACCCCACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAATGAGTCAAGCTCCTCTGACATCCCGCCCTATTCTCACCCCACA  881

seq1  GCCCCCATACATTTAAAGTTATATTCAGCAGAGCAAAGTTTCTCAATGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCATACATTTAAAGTTATATTCAGCAGAGCAAAGTTTCTCAATGCA  931

seq1  GTCACACTTACACAGTGGCTTATTCATAGACTGTGCTGGGAATTGTCTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACACTTACACAGTGGCTTATTCATAGACTGTGCTGGGAATTGTCTGA  981

seq1  TGAAGGACAGGGGGCAGCGATGTCATAGTCCCTTCTATGATTCTTTTGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGACAGGGGGCAGCGATGTCATAGTCCCTTCTATGATTCTTTTGTG  1031

seq1  TGAATTC  1057
      |||||||
seq2  TGAATTC  1038