BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-130J19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 127,954,268 - 128,118,865
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBcl2l11, LOC100043424
Upstream geneNcaph, 1700041B20Rik, 1810024B03Rik, LOC100043408, Ascc3l1, Ciao1, Tmem127, ENSMUSG00000074822, Stard7, Dusp2, Astl, Adra2b, A530057A03Rik, Fahd2a, Kcnip3, Prom2, Zfp661, Mrps5, Mal, LOC668892, Mall, Nphp1, 1500011K16Rik, Bub1, Acoxl
Downstream geneLOC100043729, LOC383791, LOC100043730, Gm355, Anapc1, Mertk, Tmem87b, 1600015H20Rik, Zc3h8, LOC100043735, LOC100043736, Zc3h6, LOC668894, Ttl, LOC100043738, Rpo1-2, Chchd5, LOC545461, LOC100043431, Slc20a1, A730036I17Rik, LOC671466, Ckap2l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-130J19.bB6Ng01-130J19.g
ACCDH931882DH931883
length1,2141,122
definitionDH931882|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130J19, 5' end.DH931883|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130J19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,117,639 - 128,118,865)(127,954,268 - 127,955,396)
sequence
gaattccatcattttcaggagactccagccagggctgatgaaagagtgaa
tgctttggaaggtggtgataaaggtctccgtatcggaggagaaacttggc
ttctccagtgagctaggaaagcaggaagcatcattcctatctcatggtct
gtctagagtgactgttggatctgctggccctctgatgtcacacccagatg
agggctccaagccaagggttaggtctcatacctcttactcacccatactc
tcatacctcccacagccaagagaaaatgttccctttctctagccttccac
agcagagaatatgcacctgagattattctacacccccaaaattaggaggg
aagaagtattccttctaaggaaatggggtctgggaaggcccaggagagag
tgtaaggcaaacctgtgcccagggcatggctgtaacatcaaccttcatgt
aaatccatgcacccagactcctcatgctgagcatgatcaaggcccataaa
ggttaggtaaaggtgccctaccctgggcacatgtgtgtatctggagagca
ggtacttcagagccaggtcatccaggttgttgtgtagtatttttctccaa
attaaaacagtccctcctggagggaaaaaggaggctcataagactcagga
gacccaagaaacttggaaaaggcaactccattgtgaataattgttaggga
agggagactctaaagtggaactacctatgagttgtgcagggatctcggga
tataccttttgtgagtgtccttcccccatgctggggtggactttccaatg
acatagctgcttttgagtcacccactcttcaataagtaatagcaatcaat
ttattagctcacaagcattacatgggtgatgttttctcttttatctgtgc
cgagtcctgggtggctgtgcaggggacagtgtgacaaggtttcctgtcat
acagcagaatcagcagacatgggccttcacgagtgttgtcggttgctgta
ggaatagggcttgtttgtattaaaatgtacataatttacttatgttcctc
cttgggagaaggttcctccccgacaggttatcaggcaacgaaggtcctct
tgccaaggttatgtccatgtatattagaaacaaatgaatttagagaggga
agagtgtccaagttttctcagcaatggcatgtcgtgtagctctctgtagc
ccttaaggcggtgg
gaattcttaacaaatggatgaaatgattttaaaacttaatttgctgaaga
taatcgttttgttgtcccccctccctgtttccttgcagaaaaaaagacca
aatggccaagcaaccttctgatgtaagttctgagtgtgacagagaaggtg
gacaattgcagcctgctgagaggcctccccagctcaggcctggggcccct
acctccctacagacagaaccgcaaggtaatcccgacggcgaaggggaccg
ctgcccccacggcagccctcagggcccgctggccccaccggccagccctg
gcccttttgctaccagatccccacttttcatctttgtgagaagatcttct
ctgctgtcccggtcctccagtgggtatttctcttttgacacagacaggag
cccggcacccatgagttgtgacaagtcaacacaaaccccaagtcctcctt
gccaggccttcaaccactatctcagtgcaatgggtaagccatagctgggt
aagaggcagttcatgtgtgcttgtttgaatatcggtttcaaggctgtggg
gagcatttaaagcctcatagaatcagtcaagtgattcattctatattttg
atagaaacaagatgtatggagatctcaacaattttttttttaacttgcaa
agtttgtgtcgtgaatttatggatgtacaaacatcaacttactgagttgc
aaagtttgaatctgtggccttctagccaaagtttatagccaaggtacagt
tggttttaaccactaagcttagatgttaatgtcattgtgttataaaatag
tttaataaccaccaggcatgtaaaaggaagtgattgaacaacttggtcat
ttctgaagacagcctctgcaaagatgaacagcagagccaacttagaaccc
caaagatgaatttatgccccaattctcctttaagctcattttgcttcaag
ggatttatttagtatggatggatgagattagagtgtagatttttatttct
ggggctacaggtcagttgagaattttctaaaactaatacctaactttgag
gattcctgcataaattcctcaacccgtccactccaaccttttcccagatc
agttggagaagatcttaccaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_128117639_128118865
seq2: B6Ng01-130J19.b_49_1262 (reverse)

seq1  CCACAGCCTTAAGGGCTGTACTGA-AGCTCACAGCATTTGCCATTTTTGC  49
      |||| |||||||||||  ||| || |||| |||  |  |||||   ||||
seq2  CCACCGCCTTAAGGGC--TACAGAGAGCT-ACACGACATGCCA---TTGC  44

seq1  TGAG-GAACATAGACACATCTTCAACTC-CTAAACTCATGTTGTTTCTAA  97
      ||||  ||| | ||||| |||||  ||| ||||| |||| ||||||||||
seq2  TGAGAAAACTTGGACAC-TCTTC-CCTCTCTAAATTCAT-TTGTTTCTAA  91

seq1  TTATCATGGGACATTAACCTTGGCAGGGAGAACATTCGTTGCCTGATAAC  147
      |   ||| ||||| |||||||||||  ||| || ||||||||||||||||
seq2  TATACAT-GGACA-TAACCTTGGCA-AGAGGACCTTCGTTGCCTGATAAC  138

seq1  CTTGTCGGGGAG--AACATCTCCCAAAGGAGGAACATAAAGTAAATTATG  195
      | ||||||||||  | | |||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  C-TGTCGGGGAGGAACCTTCTCCC-AAGGAGGAACAT-AAGTAAATTATG  185

seq1  TACATTATTATACAAACAAGCCCTATTCCTACAGCAACCGACAACACTCG  245
      |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTTAATACAAACAAGCCCTATTCCTACAGCAACCGACAACACTCG  235

seq1  TGAAGGCCCATGTCCTGCTGATTCTGCTGTATGGACAGGAAACCTTGTCA  295
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCCCATGT-CTGCTGATTCTGCTGTAT-GACAGGAAACCTTGTCA  283

seq1  CACTGTCCCCTGCACAGCCACCCAGGACTCGGCACAGATAAAAGAGAAAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCCCCTGCACAGCCACCCAGGACTCGGCACAGATAAAAGAGAAAA  333

seq1  CATCACCCATGTAATGCTTTGTGAGCTAATAAATTGATTGCTATTACTTA  395
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCCATGTAATGC-TTGTGAGCTAATAAATTGATTGCTATTACTTA  382

seq1  TTGAAGAGTGGGTGACTCAAAAGCAGCTATGTCATTGGAAAGTCCACCCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAGTGGGTGACTCAAAAGCAGCTATGTCATTGGAAAGTCCACCCC  432

seq1  AGCATGGGGGAAGGACACTCACAAAAGGTATATCCCGAGATCCCTGCACA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGGGGAAGGACACTCACAAAAGGTATATCCCGAGATCCCTGCACA  482

seq1  ACTCATAGGTAGTTCCACTTTAGAGTCTCCCTTCCCTAACAATTATTCAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATAGGTAGTTCCACTTTAGAGTCTCCCTTCCCTAACAATTATTCAC  532

seq1  AATGGAGTTGCCTTTTCCAAGTTTCTTGGGTCTCCTGAGTCTTATGAGCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGTTGCCTTTTCCAAGTTTCTTGGGTCTCCTGAGTCTTATGAGCC  582

seq1  TCCTTTTTCCCTCCAGGAGGGACTGTTTTAATTTGGAGAAAAATACTACA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTTCCCTCCAGGAGGGACTGTTTTAATTTGGAGAAAAATACTACA  632

seq1  CAACAACCTGGATGACCTGGCTCTGAAGTACCTGCTCTCCAGATACACAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACCTGGATGACCTGGCTCTGAAGTACCTGCTCTCCAGATACACAC  682

seq1  ATGTGCCCAGGGTAGGGCACCTTTACCTAACCTTTATGGGCCTTGATCAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCCAGGGTAGGGCACCTTTACCTAACCTTTATGGGCCTTGATCAT  732

seq1  GCTCAGCATGAGGAGTCTGGGTGCATGGATTTACATGAAGGTTGATGTTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCATGAGGAGTCTGGGTGCATGGATTTACATGAAGGTTGATGTTA  782

seq1  CAGCCATGCCCTGGGCACAGGTTTGCCTTACACTCTCTCCTGGGCCTTCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATGCCCTGGGCACAGGTTTGCCTTACACTCTCTCCTGGGCCTTCC  832

seq1  CAGACCCCATTTCCTTAGAAGGAATACTTCTTCCCTCCTAATTTTGGGGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCCCATTTCCTTAGAAGGAATACTTCTTCCCTCCTAATTTTGGGGG  882

seq1  TGTAGAATAATCTCAGGTGCATATTCTCTGCTGTGGAAGGCTAGAGAAAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAATAATCTCAGGTGCATATTCTCTGCTGTGGAAGGCTAGAGAAAG  932

seq1  GGAACATTTTCTCTTGGCTGTGGGAGGTATGAGAGTATGGGTGAGTAAGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATTTTCTCTTGGCTGTGGGAGGTATGAGAGTATGGGTGAGTAAGA  982

seq1  GGTATGAGACCTAACCCTTGGCTTGGAGCCCTCATCTGGGTGTGACATCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGAGACCTAACCCTTGGCTTGGAGCCCTCATCTGGGTGTGACATCA  1032

seq1  GAGGGCCAGCAGATCCAACAGTCACTCTAGACAGACCATGAGATAGGAAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCCAGCAGATCCAACAGTCACTCTAGACAGACCATGAGATAGGAAT  1082

seq1  GATGCTTCCTGCTTTCCTAGCTCACTGGAGAAGCCAAGTTTCTCCTCCGA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTCCTGCTTTCCTAGCTCACTGGAGAAGCCAAGTTTCTCCTCCGA  1132

seq1  TACGGAGACCTTTATCACCACCTTCCAAAGCATTCACTCTTTCATCAGCC  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGAGACCTTTATCACCACCTTCCAAAGCATTCACTCTTTCATCAGCC  1182

seq1  CTGGCTGGAGTCTCCTGAAAATGATGGAATTC  1227
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGGAGTCTCCTGAAAATGATGGAATTC  1214

seq1: chr2_127954268_127955396
seq2: B6Ng01-130J19.g_68_1189

seq1  GAATTCTTAACAAATGGATGAAATGATTTTAAAACTTAATTTGCTGAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAACAAATGGATGAAATGATTTTAAAACTTAATTTGCTGAAGA  50

seq1  TAATCGTTTTGTTGTCCCCCCTCCCTGTTTCCTTGCAGAAAAAAAGACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCGTTTTGTTGTCCCCCCTCCCTGTTTCCTTGCAGAAAAAAAGACCA  100

seq1  AATGGCCAAGCAACCTTCTGATGTAAGTTCTGAGTGTGACAGAGAAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCCAAGCAACCTTCTGATGTAAGTTCTGAGTGTGACAGAGAAGGTG  150

seq1  GACAATTGCAGCCTGCTGAGAGGCCTCCCCAGCTCAGGCCTGGGGCCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATTGCAGCCTGCTGAGAGGCCTCCCCAGCTCAGGCCTGGGGCCCCT  200

seq1  ACCTCCCTACAGACAGAACCGCAAGGTAATCCCGACGGCGAAGGGGACCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCTACAGACAGAACCGCAAGGTAATCCCGACGGCGAAGGGGACCG  250

seq1  CTGCCCCCACGGCAGCCCTCAGGGCCCGCTGGCCCCACCGGCCAGCCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCCACGGCAGCCCTCAGGGCCCGCTGGCCCCACCGGCCAGCCCTG  300

seq1  GCCCTTTTGCTACCAGATCCCCACTTTTCATCTTTGTGAGAAGATCTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTTGCTACCAGATCCCCACTTTTCATCTTTGTGAGAAGATCTTCT  350

seq1  CTGCTGTCCCGGTCCTCCAGTGGGTATTTCTCTTTTGACACAGACAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTCCCGGTCCTCCAGTGGGTATTTCTCTTTTGACACAGACAGGAG  400

seq1  CCCGGCACCCATGAGTTGTGACAAGTCAACACAAACCCCAAGTCCTCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGCACCCATGAGTTGTGACAAGTCAACACAAACCCCAAGTCCTCCTT  450

seq1  GCCAGGCCTTCAACCACTATCTCAGTGCAATGGGTAAGCCATAGCTGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGCCTTCAACCACTATCTCAGTGCAATGGGTAAGCCATAGCTGGGT  500

seq1  AAGAGGCAGTTCATGTGTGCTTGTTTGAATATCGGTTTCAAGGCTGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGCAGTTCATGTGTGCTTGTTTGAATATCGGTTTCAAGGCTGTGGG  550

seq1  GAGCATTTAAAGCCTCATAGAATCAGTCAAGTGATTCATTCTATATTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTTAAAGCCTCATAGAATCAGTCAAGTGATTCATTCTATATTTTG  600

seq1  ATAGAAACAAGATGTATGGAGATCTCAACAA-TTTTTTTTTAACTTGCAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAACAAGATGTATGGAGATCTCAACAATTTTTTTTTTAACTTGCAA  650

seq1  AGTTTGTGTCGTGAATTTATGGATGTACAAACATCAACTTACTGAGTTGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGTGTCGTGAATTTATGGATGTACAAACATCAACTTACTGAGTTGC  700

seq1  AAAGTTTGAATCTGTGGCCTTCTAGCCAAAGTTTATAGCCAAGGTACAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTGAATCTGTGGCCTTCTAGCCAAAGTTTATAGCCAAGGTACAGT  750

seq1  TGGTTTTAACCACTAAGCTTAGATGTTAATGTCATTGTGTTATAAAATAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTAACCACTAAGCTTAGATGTTAATGTCATTGTGTTATAAAATAG  800

seq1  TTTAATAACCACCAGGCATGTAAAAGGAAGTGATTGAACAACTTGGTCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAACCACCAGGCATGTAAAAGGAAGTGATTGAACAACTTGGTCAT  850

seq1  TTCTGAAGACAGCCTCTGCAAAGATGAACAGCAGAGCCAACTTAGAACCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAGACAGCCTCTGCAAAGATGAACAGCAGAGCCAACTTAGAACCC  900

seq1  CAAAGATGAATTTATGCCCCAATTCTCCTTTAAGCTCATTTTTGCTTCAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAAAGATGAATTTATGCCCCAATTCTCCTTTAAGCTCA-TTTTGCTTCAA  949

seq1  GGGATTTAATTTAGTATGGATGGATGAGATTAGAGTGTAGATTTTTATTT  999
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTT-ATTTAGTATGGATGGATGAGATTAGAGTGTAGATTTTTATTT  998

seq1  CTGGGGCTACA-GTCAGTTGTAGAATTTTCTAAAAACTATATTCTTAATT  1048
      ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| || | ||| |
seq2  CTGGGGCTACAGGTCAGTTG-AGAATTTTCT-AAAACTA-ATACCTAACT  1045

seq1  TTGAGATTTCATGCATAAAATTTCCTCAAACTCGTCCACTTCCACAACTT  1098
      |||||  ||| ||||||||  |||||| ||| |||||||| | ||  |||
seq2  TTGAGGATTCCTGCATAAA--TTCCTC-AACCCGTCCACTCCAAC--CTT  1090

seq1  TTCCCAGATCAGTTGGAGA--ATCTTAACCAAG  1129
      |||||||||||||||||||  ||||| ||||||
seq2  TTCCCAGATCAGTTGGAGAAGATCTT-ACCAAG  1122