BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-131J03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 105,010,280 - 105,200,070
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWt1, 0610012H03Rik
Upstream geneD430041D05Rik, LOC100043349, Hipk3, LOC383735, LOC668733, Cstf3, Tcp11l1, EG622282, OTTMUSG00000014964, Depdc7, Qser1, LOC100042995, 2310047K21Rik, LOC668744, Prrg4, Ccdc73, Ga17, 2210415I11Rik, LOC622356
Downstream geneRcn1, Pax6os1, LOC100043391, Pax6, Elp4, LOC100043394, Immp1l, LOC100043402, Dph4, LOC668765, Dcdc5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-131J03.bB6Ng01-131J03.g
ACCDH932594DH932595
length1,065836
definitionDH932594|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131J03, 5' end.DH932595|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131J03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,010,280 - 105,011,353)(105,199,235 - 105,200,070)
sequence
gaattcacttagagagtggctatgtctggctatctttatatgataaatga
taatgtttttcagagaaagggtcaatgagcattgggtaggcaagggatgg
gcagggaatgtccaggagattcagaacaaaggttcaaagaaaggctcatc
ccttctgtcctcagtgtgccactgtccccagtgtgcccctgtccccagtg
tgtcactgtccccagtgtgccactgtccccagtgtgccactgtccccagt
gtgccactgtccccagtgtgctgtattaccaattgaacaatcaccctcac
agcatgatcagaaattcaagatattctattctgctgtgaacctaagtttc
atttacgatcgcagagcgtactccacttacttaacactcaatcaggagtc
taggtttctgccagattaacacaaacccatgggtatatttcctctatgcc
agcacagagaggagaatgggggattgacaagcacttagctgctgaagcac
tgtgtttgcgcatggactgaggacattcctagtgaacatagcaccgtccc
ttttgctcatctgcttccttaggaagcaggaccggctcttaaattagccc
ttcatctttacagcatccttggaagaagagtagggtatagggtaggtggt
tttagttctcattgagcagatgagtctgtgttgggggtggtgattaaata
gtttgtccagagccacaaagcagttgggtggcaacctcaggggtgaccgc
tcctgccctacctcatccctattgtttttgctcttggagaaagagcttga
gttcaaacaaccatcccgagaagccagggaattgaagagggagccagaat
cacccaagctgggtgcccctgagaggaccaatgtgagaaggagttgagaa
gtgcccatgaggagggggagtggcagcaggagccagtttaggaaagcaga
tggccagtgatagtaggggaggaagcatggcattgcaggtccctggaaag
tcctcgttctcaggaaagacaggttataccttagattctgtcaagccctg
agcccagagatgggg
gaattcagttgtaaaagaaaaccaaaaccaaccaaccaaacaaacaaaaa
cccaccagctgttcttgcagagcacccaggttcaatacctagcacccatt
ttgcaagtcacaactttctgtaactctagtccaggggatccagtgctctc
ttttagcttctgcagacacaaggaatgcacatgatgcacagacatacatg
taggtaaaagccaggtacaaattaaaatacaaaattttttaagaagggct
ggctggccactaagtctctgctcctccagggtgtgccaccacacttggct
cttttcccacaggttctgagcgggaagctcaggtcttcatggttgcaaag
caaacacttcaccaactgggctgtctttctgacccttaaaaacttacttc
tgaaagcccacagcacagttgtcattcattaacacaacacagatgccaac
agcgctccacaccagcagtgcattgtgtgtcagctgtgcctgaaggctgg
ctaaggacagaagcattgagcccaaattcccaacaatgttctctgagaac
caattagctgtatggaatttacaataaacaggattgtaggtttcattagc
attggcaaatagtgtgccaagtgtcttttgttattagtgaaatccatatt
gactgcatgcatgtacatggacgctggctgttcagaacatttccctgaat
gccacccctcaggagcacttggtcttgatgctggatagtagatgccaatg
gacttaagaaaagggtacccttgccaaatttcaaagccaagtgtatctga
atctcctgctaggtctgtatggggtggggtgtgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_105010280_105011353
seq2: B6Ng01-131J03.b_46_1110

seq1  GAATTCACTTAGAGAGTGGCTATGTCTGGCTATCTTTATATGATAAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTAGAGAGTGGCTATGTCTGGCTATCTTTATATGATAAATGA  50

seq1  TAATGTTTTTCAGAGAAAGGGTCAATGAGCATTGGGTAGGCAAGGGATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTTTTCAGAGAAAGGGTCAATGAGCATTGGGTAGGCAAGGGATGG  100

seq1  GCAGGGAATGTCCAGGAGATTCAGAACAAAGGTTCAAAGAAAGGCTCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGAATGTCCAGGAGATTCAGAACAAAGGTTCAAAGAAAGGCTCATC  150

seq1  CCTTCTGTCCTCAGTGTGCCACTGTCCCCAGTGTGCCCCTGTCCCCAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGTCCTCAGTGTGCCACTGTCCCCAGTGTGCCCCTGTCCCCAGTG  200

seq1  TGTCACTGTCCCCAGTGTGCCACTGTCCCCAGTGTGCCACTGTCCCCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTGTCCCCAGTGTGCCACTGTCCCCAGTGTGCCACTGTCCCCAGT  250

seq1  GTGCCACTGTCCCCAGTGTGCTGTATTACCAATTGAACAATCACCCTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACTGTCCCCAGTGTGCTGTATTACCAATTGAACAATCACCCTCAC  300

seq1  AGCATGATCAGAAATTCAAGATATTCTATTCTGCTGTGAACCTAAGTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGATCAGAAATTCAAGATATTCTATTCTGCTGTGAACCTAAGTTTC  350

seq1  ATTTACGATCGCAGAGCGTACTCCACTTACTTAACACTCAATCAGGAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACGATCGCAGAGCGTACTCCACTTACTTAACACTCAATCAGGAGTC  400

seq1  TAGGTTTCTGCCAGATTAACACAAACCCATGGGTATATTTCCTCTATGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTCTGCCAGATTAACACAAACCCATGGGTATATTTCCTCTATGCC  450

seq1  AGCACAGAGAGGAGAATGGGGGATTGACAAGCACTTAGCTGCTGAAGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGAGAGGAGAATGGGGGATTGACAAGCACTTAGCTGCTGAAGCAC  500

seq1  TGTGTTTGCGCATGGACTGAGGACATTCCTAGTGAACATAGCACCGTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGCGCATGGACTGAGGACATTCCTAGTGAACATAGCACCGTCCC  550

seq1  TTTTGCTCATCTGCTTCCTTAGGAAGCAGGACCGGCTCTTAAATTAGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTCATCTGCTTCCTTAGGAAGCAGGACCGGCTCTTAAATTAGCCC  600

seq1  TTCATCTTTACAGCATCCTTGGAAGAAGAGTAGGGTATAGGGTAGGTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTTTACAGCATCCTTGGAAGAAGAGTAGGGTATAGGGTAGGTGGT  650

seq1  TTTAGTTCTCATTGAGCAGATGAGTCTGTGTTGGGGGTGGTGATTAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTCTCATTGAGCAGATGAGTCTGTGTTGGGGGTGGTGATTAAATA  700

seq1  GTTTGTCCAGAGCCACAAAGCAGTTGGGTGGCAACCTCAGGGGTGACCGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCCAGAGCCACAAAGCAGTTGGGTGGCAACCTCAGGGGTGACCGC  750

seq1  TCCTGCCCTACCTCATCCCTATTGTTTTTGCTCTTGGAGAAAGAGCTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCCTACCTCATCCCTATTGTTTTTGCTCTTGGAGAAAGAGCTTGA  800

seq1  GTTCAAACAACCATCCCGAGAAGCCAGGGAATTGAAGAGGGAGCCAGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAACAACCATCCCGAGAAGCCAGGGAATTGAAGAGGGAGCCAGAAT  850

seq1  CACCCAAGCTGGGTGCCCCTGAGAGGACCAATGTGAGAAGGAGTTGAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAAGCTGGGTGCCCCTGAGAGGACCAATGTGAGAAGGAGTTGAGAA  900

seq1  GTGCCCATGAGGAGGTGGGAGTGGCAGGCAGGAGCCAGTTTAGGAAAAGC  950
      ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  GTGCCCATGAGGAGG-GGGAGTGGCA-GCAGGAGCCAGTTTAGG-AAAGC  947

seq1  AGATGGCCAGTGAATAGTAGGGGAGGAAGCCATGGCATTGCAAGTGCCCT  1000
      |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||
seq2  AGATGGCCAGTG-ATAGTAGGGGAGGAAG-CATGGCATTGCAGGT-CCCT  994

seq1  GGAAAGTCCCCGTTCTTCAGGACAGACAGGTTATACCTTAGA-TCTGTCA  1049
      ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGAAAGTCCTCGTTC-TCAGGAAAGACAGGTTATACCTTAGATTCTGTCA  1043

seq1  AAGCCCCTGAGTCCCAGTGATGGGG  1074
      |   ||||||| ||||| |||||||
seq2  A--GCCCTGAG-CCCAGAGATGGGG  1065

seq1: chr2_105199235_105200070
seq2: B6Ng01-131J03.g_68_903 (reverse)

seq1  CCCCACACCCCACCCCATACAGACCTAGCAGGAGATTCAGATACACTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACACCCCACCCCATACAGACCTAGCAGGAGATTCAGATACACTTGG  50

seq1  CTTTGAAATTTGGCAAGGGTACCCTTTTCTTAAGTCCATTGGCATCTACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAATTTGGCAAGGGTACCCTTTTCTTAAGTCCATTGGCATCTACT  100

seq1  ATCCAGCATCAAGACCAAGTGCTCCTGAGGGGTGGCATTCAGGGAAATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCATCAAGACCAAGTGCTCCTGAGGGGTGGCATTCAGGGAAATGT  150

seq1  TCTGAACAGCCAGCGTCCATGTACATGCATGCAGTCAATATGGATTTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAACAGCCAGCGTCCATGTACATGCATGCAGTCAATATGGATTTCAC  200

seq1  TAATAACAAAAGACACTTGGCACACTATTTGCCAATGCTAATGAAACCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAACAAAAGACACTTGGCACACTATTTGCCAATGCTAATGAAACCTA  250

seq1  CAATCCTGTTTATTGTAAATTCCATACAGCTAATTGGTTCTCAGAGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTGTTTATTGTAAATTCCATACAGCTAATTGGTTCTCAGAGAACA  300

seq1  TTGTTGGGAATTTGGGCTCAATGCTTCTGTCCTTAGCCAGCCTTCAGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGGAATTTGGGCTCAATGCTTCTGTCCTTAGCCAGCCTTCAGGCA  350

seq1  CAGCTGACACACAATGCACTGCTGGTGTGGAGCGCTGTTGGCATCTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGACACACAATGCACTGCTGGTGTGGAGCGCTGTTGGCATCTGTGT  400

seq1  TGTGTTAATGAATGACAACTGTGCTGTGGGCTTTCAGAAGTAAGTTTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTAATGAATGACAACTGTGCTGTGGGCTTTCAGAAGTAAGTTTTTA  450

seq1  AGGGTCAGAAAGACAGCCCAGTTGGTGAAGTGTTTGCTTTGCAACCATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCAGAAAGACAGCCCAGTTGGTGAAGTGTTTGCTTTGCAACCATGA  500

seq1  AGACCTGAGCTTCCCGCTCAGAACCTGTGGGAAAAGAGCCAAGTGTGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTGAGCTTCCCGCTCAGAACCTGTGGGAAAAGAGCCAAGTGTGGTG  550

seq1  GCACACCCTGGAGGAGCAGAGACTTAGTGGCCAGCCAGCCCTTCTTAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCCTGGAGGAGCAGAGACTTAGTGGCCAGCCAGCCCTTCTTAAAA  600

seq1  AATTTTGTATTTTAATTTGTACCTGGCTTTTACCTACATGTATGTCTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGTATTTTAATTTGTACCTGGCTTTTACCTACATGTATGTCTGTG  650

seq1  CATCATGTGCATTCCTTGTGTCTGCAGAAGCTAAAAGAGAGCACTGGATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGTGCATTCCTTGTGTCTGCAGAAGCTAAAAGAGAGCACTGGATC  700

seq1  CCCTGGACTAGAGTTACAGAAAGTTGTGACTTGCAAAATGGGTGCTAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGACTAGAGTTACAGAAAGTTGTGACTTGCAAAATGGGTGCTAGGT  750

seq1  ATTGAACCTGGGTGCTCTGCAAGAACAGCTGGTGGGTTTTTGTTTGTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAACCTGGGTGCTCTGCAAGAACAGCTGGTGGGTTTTTGTTTGTTTG  800

seq1  GTTGGTTGGTTTTGGTTTTCTTTTACAACTGAATTC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTGGTTTTGGTTTTCTTTTACAACTGAATTC  836