BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-132O09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 161,912,756 - 162,047,493
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprt
Upstream geneChd6, LOC100043693, LOC100043694, LOC383769, LOC629655, LOC383770
Downstream geneLOC100043895, LOC100043896, LOC100043696, LOC497655, LOC668947, Sfrs6, L3mbtl, LOC241765, Sgk2, Ift52, Mybl2, 2410116G06Rik, LOC269389
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-132O09.bB6Ng01-132O09.g
ACCDH933587DH933588
length1,0871,090
definitionDH933587|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132O09, 5' end.DH933588|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132O09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(162,046,288 - 162,047,493)(161,912,756 - 161,913,845)
sequence
gaattcagggaagggggacaggaaggtgctttgcttctgtcctcagctgt
tagtaacctctctcattcctgtgacagtgtacctgacaaatagcttcagg
ggagagaggtttgttttgccttgttcacagtccatcatgacagagaaagg
tatggtggctcaagtggctcagtgcatggtgatgtgagttgcgtctccct
cacatccatggcagcagatataaaacaaagagctcaggttggaagtgaga
ctgccctgtaaacaagacctgtctcttctgtcccttgcactgcaccctgg
tagacaatttcttctagctaggcctcaccttctaaagattgcacagtcat
ccaatacacctgtgccagatggggatcagctattcaaaagggagcttgta
gaagccatttgacactcacgcccttacacttggcatagaggctggctgcc
agggtggctgttctttcttgctgggttcacccttggacacatttgcactc
atctccaagactttcttctgtgagtctccctcttctggactgattaccca
cttttgtctaccgccagttttttttttgtctttccttctgttcaacttac
actgttcgttatgtgacccaccatacttacaggcctggagacaagggtgg
ttctcccaggtatctccccatcttattgctgtcctggtctctgctgacat
tattccctaacttttgcaataagcagagatggtataaaatgcaggtcctt
gctttcataccttgagctgcatccagcagttggctgtgccttgcatctct
ataagctctgccttcatggtctcagcccaggctgctacttttccactctc
ttcattctgacatgactggacacttctgactgactctagttcctttgttt
cactgatgattggcccactgtctctggaaaccatggagtctgccctttgg
ttacactaatgtctgccttgtacattgtggcccatgccaggagcttcttt
caagttatctgcaaccagaagagtccaccagagttcttctgttgtaagtg
gggattagctttccttttatttagtatatttggaact
gaattcctttatcgggagcataaggttaaaaccacattggttattaatat
tgcaagtagcctattgcatttactgtgttgcccagacagctgaaaatgct
gggtttttttggctttgttttatttttttaaatacatatcaggtaaaaga
cagatgcaagcagcatgttgggagaattgagccaacactcacaaggttgc
aggatgccctaagttgacatgagactggtgttcggagtattcatttcctt
ggtccaacttagctctgagtgttatgaaaaacagcaggcaagggagaaat
gcagagcatgttaacaaactgagatttgagggctgggatgctatgaaata
cgacagcttcaagtcagacttgattaacaatcattagggagagaacatca
cccatttggtattcagtgacccgcctcattctgccaagtggtggaggcag
tctacagagagaacacgagagaaacaagacaaatgtaatgaagagtgaag
aatcaagactagcctagaatggcttatagagatccatacctgctggccac
gggctccctaggggagccacagtaaaggctctgattcaactgggaccttc
ctggtggcttatggagacattttctcaattggcagtccttcctctcagat
gatgcggcttgtgtcaagttgatatgaaacttggcggcacacctacacac
agactcacacaatataacacacacacacacacatacacacacatatacac
acatacacacacataaacacacacacacatacacacatatacacacacat
acacacacacacatacacacatatacacacacacatacacacacacatac
acacatatacacacacatacacatacacacatacacacacatacacacat
atacacacacacacacacacatacacacacacacacatacacacacccac
acactgaatgctgacaaagtagtcccataaaataatgacaaactagagtc
ctttaagtgtatcaaggatttaagaaatcggggattatgccagcataatt
tggaatgaccagctgaaaatcctaactatgaagcccagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_162046288_162047493
seq2: B6Ng01-132O09.b_47_1133 (reverse)

seq1  AGTTCCAAATGTGATGGTGGAGCATAGACAGGAAGTATAAGGCAAGAGAG  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CTAATTGAGATCACCAAGAATAGAAATGAAAGAAAAATGCAGCCATAGGA  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ATAGAAGTTCCCAAAAATATACTAAAATATAAAAGAAAGCTAATCCCCAC  150
           ||||||   ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  -----AGTTCC---AAATATACT-AAATA-AAAGGAAAGCTAATCCCCAC  40

seq1  CCTTAACAACCAGAAGAACTTCTGGTGGACTC-TCTGGTTGCAGATTAAC  199
         | |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  ---TTACAA-CAGAAGAAC-TCTGGTGGACTCTTCTGGTTGCAGA-TAAC  84

seq1  CTTGGAAAGGAGCTCCTGGCATGGGCCACAATGTACAAAGGCAGACATTA  249
        | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  --TTGAAAGAAGCTCCTGGCATGGGCCACAATGTAC-AAGGCAGACATTA  131

seq1  GTGTAACCAAAGGGCAGACTCCATGGTTTCCAGAGACAGTGGGGCCAATC  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTGTAACCAAAGGGCAGACTCCATGGTTTCCAGAGACAGT-GGGCCAATC  180

seq1  ATCAGTGAAACAAAGGAACTAGAGTCAGTCAGAAGTGTCCAGTCATGTCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGAAACAAAGGAACTAGAGTCAGTCAGAAGTGTCCAGTCATGTCA  230

seq1  GAATGAAGAGAGTGGAAAAGTAGCAGCCTGGGCTGAGACCATGAAGGCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAAGAGAGTGGAAAAGTAGCAGCCTGGGCTGAGACCATGAAGGCAG  280

seq1  AGCTTATAGAGATGCAAGGCACAGCCAACTGCTGGATGCAGCTCAAGGTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATAGAGATGCAAGGCACAGCCAACTGCTGGATGCAGCTCAAGGTA  330

seq1  TGAAAGCAAGGACCTGCATTTTATACCATCTCTGCTTATTGCAAAAGTTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCAAGGACCTGCATTTTATACCATCTCTGCTTATTGCAAAAGTTA  380

seq1  GGGAATAATGTCAGCAGAGACCAGGACAGCAATAAGATGGGGAGATACCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATAATGTCAGCAGAGACCAGGACAGCAATAAGATGGGGAGATACCT  430

seq1  GGGAGAACCACCCTTGTCTCCAGGCCTGTAAGTATGGTGGGTCACATAAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAACCACCCTTGTCTCCAGGCCTGTAAGTATGGTGGGTCACATAAC  480

seq1  GAACAGTGTAAGTTGAACAGAAGGAAAGACAAAAAAAAAACTGGCGGTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTGTAAGTTGAACAGAAGGAAAGACAAAAAAAAAACTGGCGGTAG  530

seq1  ACAAAAGTGGGTAATCAGTCCAGAAGAGGGAGACTCACAGAAGAAAGTCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGTGGGTAATCAGTCCAGAAGAGGGAGACTCACAGAAGAAAGTCT  580

seq1  TGGAGATGAGTGCAAATGTGTCCAAGGGTGAACCCAGCAAGAAAGAACAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGATGAGTGCAAATGTGTCCAAGGGTGAACCCAGCAAGAAAGAACAG  630

seq1  CCACCCTGGCAGCCAGCCTCTATGCCAAGTGTAAGGGCGTGAGTGTCAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTGGCAGCCAGCCTCTATGCCAAGTGTAAGGGCGTGAGTGTCAAA  680

seq1  TGGCTTCTACAAGCTCCCTTTTGAATAGCTGATCCCCATCTGGCACAGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCTACAAGCTCCCTTTTGAATAGCTGATCCCCATCTGGCACAGGT  730

seq1  GTATTGGATGACTGTGCAATCTTTAGAAGGTGAGGCCTAGCTAGAAGAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGGATGACTGTGCAATCTTTAGAAGGTGAGGCCTAGCTAGAAGAAA  780

seq1  TTGTCTACCAGGGTGCAGTGCAAGGGACAGAAGAGACAGGTCTTGTTTAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTACCAGGGTGCAGTGCAAGGGACAGAAGAGACAGGTCTTGTTTAC  830

seq1  AGGGCAGTCTCACTTCCAACCTGAGCTCTTTGTTTTATATCTGCTGCCAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGTCTCACTTCCAACCTGAGCTCTTTGTTTTATATCTGCTGCCAT  880

seq1  GGATGTGAGGGAGACGCAACTCACATCACCATGCACTGAGCCACTTGAGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTGAGGGAGACGCAACTCACATCACCATGCACTGAGCCACTTGAGC  930

seq1  CACCATACCTTTCTCTGTCATGATGGACTGTGAACAAGGCAAAACAAACC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATACCTTTCTCTGTCATGATGGACTGTGAACAAGGCAAAACAAACC  980

seq1  TCTCTCCCCTGAAGCTATTTGTCAGGTACACTGTCACAGGAATGAGAGAG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCCCTGAAGCTATTTGTCAGGTACACTGTCACAGGAATGAGAGAG  1030

seq1  GTTACTAACAGCTGAGGACAGAAGCAAAGCACCTTCCTGTCCCCCTTCCC  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTAACAGCTGAGGACAGAAGCAAAGCACCTTCCTGTCCCCCTTCCC  1080

seq1  TGAATTC  1206
      |||||||
seq2  TGAATTC  1087

seq1: chr2_161912756_161913845
seq2: B6Ng01-132O09.g_68_1157

seq1  GAATTCCTTTATCGGGAGCATAAGGTTAAAACCACATTGGTTATTAATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTATCGGGAGCATAAGGTTAAAACCACATTGGTTATTAATAT  50

seq1  TGCAAGTAGCCTATTGCATTTACTGTGTTGCCCAGACAGCTGAAAATGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTAGCCTATTGCATTTACTGTGTTGCCCAGACAGCTGAAAATGCT  100

seq1  GGGTTTTTTTGGCTTTGTTTTATTTTTTTAAATACATATCAGGTAAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTTTTGGCTTTGTTTTATTTTTTTAAATACATATCAGGTAAAAGA  150

seq1  CAGATGCAAGCAGCATGTTGGGAGAATTGAGCCAACACTCACAAGGTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCAAGCAGCATGTTGGGAGAATTGAGCCAACACTCACAAGGTTGC  200

seq1  AGGATGCCCTAAGTTGACATGAGACTGGTGTTCGGAGTATTCATTTCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCCCTAAGTTGACATGAGACTGGTGTTCGGAGTATTCATTTCCTT  250

seq1  GGTCCAACTTAGCTCTGAGTGTTATGAAAAACAGCAGGCAAGGGAGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAACTTAGCTCTGAGTGTTATGAAAAACAGCAGGCAAGGGAGAAAT  300

seq1  GCAGAGCATGTTAACAAACTGAGATTTGAGGGCTGGGATGCTATGAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCATGTTAACAAACTGAGATTTGAGGGCTGGGATGCTATGAAATA  350

seq1  CGACAGCTTCAAGTCAGACTTGATTAACAATCATTAGGGAGAGAACATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACAGCTTCAAGTCAGACTTGATTAACAATCATTAGGGAGAGAACATCA  400

seq1  CCCATTTGGTATTCAGTGACCCGCCTCATTCTGCCAAGTGGTGGAGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTGGTATTCAGTGACCCGCCTCATTCTGCCAAGTGGTGGAGGCAG  450

seq1  TCTACAGAGAGAACACGAGAGAAACAAGACAAATGTAATGAAGAGTGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGAGAGAACACGAGAGAAACAAGACAAATGTAATGAAGAGTGAAG  500

seq1  AATCAAGACTAGCCTAGAATGGCTTATAGAGATCCATACCTGCTGGCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGACTAGCCTAGAATGGCTTATAGAGATCCATACCTGCTGGCCAC  550

seq1  GGGCTCCCTAGGGGAGCCACAGTAAAGGCTCTGATTCAACTGGGACCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCCCTAGGGGAGCCACAGTAAAGGCTCTGATTCAACTGGGACCTTC  600

seq1  CTGGTGGCTTATGGAGACATTTTCTCAATTGGCAGTCCTTCCTCTCAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGCTTATGGAGACATTTTCTCAATTGGCAGTCCTTCCTCTCAGAT  650

seq1  GATGCGGCTTGTGTCAAGTTGATATGAAACTTGGCGGCACACCTACACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCGGCTTGTGTCAAGTTGATATGAAACTTGGCGGCACACCTACACAC  700

seq1  AGACTCACACAATATAACACACACACACACACATACACACACATATACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCACACAATATAACACACACACACACACATACACACACATATACAC  750

seq1  ACATACACACACATAAACACACACACACATACACACATATACACACACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACACACACATAAACACACACACACATACACACATATACACACACAT  800

seq1  ACACACACACACATACACACATATACACACACACATACACACACACATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACATACACACATATACACACACACATACACACACACATAC  850

seq1  ACACATATACACACACATACACATACACACATACACACACATACACACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATACACACACATACACATACACACATACACACACATACACACAT  900

seq1  ATACACACACACACACACACATACACACACACACACATACACACACACAC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATACACACACACACACACACATACACACACACACACATACACACACCCAC  950

seq1  ACACTGAATGCTGACAAAGTAGTCCCAT-AGATAATGACAAACTAGGAGG  999
      |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||   |
seq2  ACACTGAATGCTGACAAAGTAGTCCCATAAAATAATGACAAACTAG--AG  998

seq1  TCCTTTAAAGTGTATCAA-GATTTAAGACATCGGGGATTATGCCAGCAT-  1047
      |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  TCCTTT-AAGTGTATCAAGGATTTAAGAAATCGGGGATTATGCCAGCATA  1047

seq1  ACTTGGATTGACCAGCTGAAAATCCTAACTATGAAGCCCAGTT  1090
      | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAATGACCAGCTGAAAATCCTAACTATGAAGCCCAGTT  1090