BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-133A11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 15,795,177 - 15,969,650
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC625457
Upstream geneCacnb2, LOC100041220, Nsun6, Arl5b, LOC633061, LOC667329, LOC227588
Downstream genePlxdc2, 4930515L03Rik, LOC383665
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-133A11.bB6Ng01-133A11.g
ACCDH933687DH933688
length1,0241,223
definitionDH933687|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133A11, 5' end.DH933688|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133A11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,795,177 - 15,796,204)(15,968,415 - 15,969,650)
sequence
gaattctctttgtcaaagtgctacagctctataagacaggtgttttaaaa
ggatctttgatgaaataactccagcacctctattccttgtggaatataac
atcttatatacattttggggtagtttggactctaaaagcaaatgctttct
attggtttggtctgagatgttaggaatgcctcatctggatgtcaagggcc
tttaggagttgcccttatgtgactgattgtcacagtcctctccatggggt
atggcagtcacatgttccaggacaggaactcagataggagtagataaacg
acctacctcttctcagatattctgaatctgcctaaccttcctaggttttg
tctggtgacatggttccacttgcccagcaaagcattgtcctctctggtgc
tgcttcagttctcacatacaagtcgattgcctttcgtgtcttcccctgat
gatggactataacttgcaaggcaatgaagcattccaccaaaaataaaata
ataaaatttaaaaattaaaaagtaacacaattctttatgaagaccaaatt
ggactgaatctggaaacagtgatcaaagataacaaagtttttattatcaa
actaatattaacttattattgaggccttgaagtcatatttgagagcttta
ttttgtgacagttatattaattgctaaacggcaacagataaaatataatt
gttaaatgaagtttgataagaaaaagtcaaccagtactctttgcaatgct
cttatgcagtctgagtcagtgatgtgtttttatgtgactgaatcataatt
cattaagtcgaagtacaatgaaagtctggatttgtgttgaaaacatgtgt
atggttttggggttaatcactgttgcttttccaaataaagttctacagtg
aatttcttttaggatatatacatcgcaaagatagtattgttttaaaatga
aagaaaatgtaagacagattagttaaatcataaatttgacatggtaggag
ctatgttttgtttttgctttttct
gaattcaagtacccttattaaagcaggttttgaaaaatatctgtcataag
atagtgctgtgactagacaaaagaacattgaaccagtgatatatgacata
cacacatacttctcaagtatgctaaaggtaatgtataaattacagaatat
gtgactttaccactagagtgtacagattggttatgaagatgataaattat
atcattaaggagaaaatacaattataaagaaaaggaacaaataagccttg
tatgttatgcctacattaatttcagtcattcaaatgacaccctttctttt
gagctgaacatatgccaagactaaatacttttcttctgtagacggcagag
tagactgatgctcatagtctctctttaaaattaagcaatgccaataaaac
agaccatgagtaagcctgtgatggacgtgaaaactgtccttagaagtttc
taatgcagtaagtgaaaatatctataaatattactttaattaacagcaac
attacaatgcttatagaaaagctatagccctttgaatatgttagtcctta
aaaaactttgtattaaccagagagtcaaaattatttaatgtccttaatat
ttatttgcctgcttattgtcttagagatgcctaatctaatttgctgagcc
atattctcgaattaagatgatattatcaggttgttttgagaacactctga
aaacatactgtttcaattactcattaacagggatgctaatacagcatcag
atcaggagaatttcatttctcggtctgtagataacagagttaagataaaa
ttgtacaaataatcaggagaaaattcttccatgtcctcaagagatgctac
acatactattgaagttcaataatggcaaaatcactcccattgatagcctt
tacttcattaaaaggcatcactggtcactcatgtgggccatgaactctga
tgtgacatttgtcatgtctattgactagcctttcatctttctcagttgag
actaccaggatttttatcattgataatgatagatcattagaacccactat
agttttcagtcccttctaagaataagggttggtctggtgggcaggtctaa
aagactcaagttatatgtatccagcccattgcctggaggcttgcaccaca
gatgaacacaggcattccttcacttacctcaaggaaggaaccgtatcacc
ttgatgagtgccatctgtattca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_15795177_15796204
seq2: B6Ng01-133A11.b_49_1072

seq1  GAATTCTCTTTGTCAAAGTGCTACAGCTCTATAAGACAGGTGTTTTAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTGTCAAAGTGCTACAGCTCTATAAGACAGGTGTTTTAAAA  50

seq1  GGATCTTTGATGAAATAACTCCAGCACCTCTATTCCTTGTGGAATATAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTTTGATGAAATAACTCCAGCACCTCTATTCCTTGTGGAATATAAC  100

seq1  ATCTTATATACATTTTGGGGTAGTTTGGACTCTAAAAGCAAATGCTTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATATACATTTTGGGGTAGTTTGGACTCTAAAAGCAAATGCTTTCT  150

seq1  ATTGGTTTGGTCTGAGATGTTAGGAATGCCTCATCTGGATGTCAAGGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTTGGTCTGAGATGTTAGGAATGCCTCATCTGGATGTCAAGGGCC  200

seq1  TTTAGGAGTTGCCCTTATGTGACTGATTGTCACAGTCCTCTCCATGGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAGTTGCCCTTATGTGACTGATTGTCACAGTCCTCTCCATGGGGT  250

seq1  ATGGCAGTCACATGTTCCAGGACAGGAACTCAGATAGGAGTAGATAAACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGTCACATGTTCCAGGACAGGAACTCAGATAGGAGTAGATAAACG  300

seq1  ACCTACCTCTTCTCAGATATTCTGAATCTGCCTAACCTTCCTAGGTTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACCTCTTCTCAGATATTCTGAATCTGCCTAACCTTCCTAGGTTTTG  350

seq1  TCTGGTGACATGGTTCCACTTGCCCAGCAAAGCATTGTCCTCTCTGGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGACATGGTTCCACTTGCCCAGCAAAGCATTGTCCTCTCTGGTGC  400

seq1  TGCTTCAGTTCTCACATACAAGTCGATTGCCTTTCGTGTCTTCCCCTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCAGTTCTCACATACAAGTCGATTGCCTTTCGTGTCTTCCCCTGAT  450

seq1  GATGGACTATAACTTGCAAGGCAATGAAGCATTCCACCAAAAATAAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACTATAACTTGCAAGGCAATGAAGCATTCCACCAAAAATAAAATA  500

seq1  ATAAAATTTAAAAATTAAAAAGTAACACAATTCTTTATGAAGACCAAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATTTAAAAATTAAAAAGTAACACAATTCTTTATGAAGACCAAATT  550

seq1  GGACTGAATCTGGAAACAGTGATCAAAGATAACAAAGTTTTTATTATCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGAATCTGGAAACAGTGATCAAAGATAACAAAGTTTTTATTATCAA  600

seq1  ACTAATATTAACTTATTATTGAGGCCTTGAAGTCATATTTGAGAGCTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATATTAACTTATTATTGAGGCCTTGAAGTCATATTTGAGAGCTTTA  650

seq1  TTTTGTGACAGTTATATTAATTGCTAAACGGCAACAGATAAAATATAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGACAGTTATATTAATTGCTAAACGGCAACAGATAAAATATAATT  700

seq1  GTTAAATGAAGTTTGATAAGAAAAAGTCAACCAGTACTCTTTGCAATGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATGAAGTTTGATAAGAAAAAGTCAACCAGTACTCTTTGCAATGCT  750

seq1  CTTATGCAGTCTGAGTCAGTGATGTGTTTTTATGTGACTGAATCATAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGCAGTCTGAGTCAGTGATGTGTTTTTATGTGACTGAATCATAATT  800

seq1  CATTAAGTCGAAGTACAATGAAAGTCTGGATTTGTGTTGAAAACATGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGTCGAAGTACAATGAAAGTCTGGATTTGTGTTGAAAACATGTGT  850

seq1  ATGGTTTTGGGGTTAATCACTGTTGCTTTTCCCAAATAAAGTTCTACAGT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTTGGGGTTAATCACTGTTGCTTTT-CCAAATAAAGTTCTACAGT  899

seq1  GAATTTCTTTTTAGGATATATACATCGCAAAGATAGTA-TGTTTTAAAAT  949
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAATTTC-TTTTAGGATATATACATCGCAAAGATAGTATTGTTTTAAAAT  948

seq1  GAAAGAAAAATGTAAGACAGATTTAGTTAAATCATAAATTTGACATGGTA  999
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAG-AAAATGTAAGACAGA-TTAGTTAAATCATAAATTTGACATGGTA  996

seq1  AGAGCTATGTTTTGTTTTTGTCTTTTTCT  1028
       ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGAGCTATGTTTTGTTTTTG-CTTTTTCT  1024

seq1: chr2_15968415_15969650
seq2: B6Ng01-133A11.g_67_1289 (reverse)

seq1  TGAAT-CAGATGGCAATCAATCTAGAGGTTGAATACATGTTTCTTTTCCT  49
      ||||| ||||||||| |||   |  ||||   ||||  | |||  |||||
seq2  TGAATACAGATGGCACTCA---TCAAGGT--GATAC--GGTTC-CTTCCT  42

seq1  TGAGGTAATGTAAGAAATTGGCTGTTGTTCATCTGTGTTGCTATGCTTCA  99
      ||||||||   ||| || || ||| |||||||||||| ||| |  || ||
seq2  TGAGGTAAGTGAAGGAA-TGCCTG-TGTTCATCTGTGGTGCAAGCCTCCA  90

seq1  GGCAATGGCCTGGAAATACATAT-ACCTGAGTTCTTTAGACCTGCCCA-C  147
      |||||||| ||||  |||||||| || |||||  |||||||||||||| |
seq2  GGCAATGGGCTGG--ATACATATAACTTGAGTCTTTTAGACCTGCCCACC  138

seq1  AGACACACCCCTTATCTTAAGAAGGGACTGAAAAACTATAGTGGGTTTCT  197
      |||| || |||||||  | ||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  AGAC-CAACCCTTATTCTTAGAAGGGACTG-AAAACTATAGTGGG-TTCT  185

seq1  AATGATCTATCATTATCAATGATAAAAATTCTGGTAGTCTCAACTGAGAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AATGATCTATCATTATCAATGATAAAAATCCTGGTAGTCTCAACTGAGAA  235

seq1  AGATGAAAGGCTAGTCAATAGACATGACAAATGTCACATCAGAGTTCATG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAAGGCTAGTCAATAGACATGACAAATGTCACATCAGAGTTCATG  285

seq1  GCCCACATGAGTGACCAGTGATGCCTTTTAATGAAGTAAAGGCTATCAAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACATGAGTGACCAGTGATGCCTTTTAATGAAGTAAAGGCTATCAAT  335

seq1  GGGAGTGATTTTTGCCATTATTGAACTTCAATAGTATGTGTAGCATCTCT  397
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGA-TTTTGCCATTATTGAACTTCAATAGTATGTGTAGCATCTCT  384

seq1  TGAGGACATGGAAGAATTTTCTCCTGATTATTTGTACAATTTTATCTTAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGACATGGAAGAATTTTCTCCTGATTATTTGTACAATTTTATCTTAA  434

seq1  CTCTGTTATCTACAGACCGAGAAATGAAATTCTCCTGATCTGATGCTGTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTATCTACAGACCGAGAAATGAAATTCTCCTGATCTGATGCTGTA  484

seq1  TTAGCATCCCTGTTAATGAGTAATTGAAACAGTATGTTTTCAGAGTGTTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATCCCTGTTAATGAGTAATTGAAACAGTATGTTTTCAGAGTGTTC  534

seq1  TCAAAACAACCTGATAATATCATCTTAATTCGAGAATATGGCTCAGCAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACAACCTGATAATATCATCTTAATTCGAGAATATGGCTCAGCAAA  584

seq1  TTAGATTAGGCATCTCTAAGACAATAAGCAGGCAAATAAATATTAAGGAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATTAGGCATCTCTAAGACAATAAGCAGGCAAATAAATATTAAGGAC  634

seq1  ATTAAATAATTTTGACTCTCTGGTTAATACAAAGTTTTTTAAGGACTAAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATAATTTTGACTCTCTGGTTAATACAAAGTTTTTTAAGGACTAAC  684

seq1  ATATTCAAAGGGCTATAGCTTTTCTATAAGCATTGTAATGTTGCTGTTAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCAAAGGGCTATAGCTTTTCTATAAGCATTGTAATGTTGCTGTTAA  734

seq1  TTAAAGTAATATTTATAGATATTTTCACTTACTGCATTAGAAACTTCTAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTAATATTTATAGATATTTTCACTTACTGCATTAGAAACTTCTAA  784

seq1  GGACAGTTTTCACGTCCATCACAGGCTTACTCATGGTCTGTTTTATTGGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTTTTCACGTCCATCACAGGCTTACTCATGGTCTGTTTTATTGGC  834

seq1  ATTGCTTAATTTTAAAGAGAGACTATGAGCATCAGTCTACTCTGCCGTCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTAATTTTAAAGAGAGACTATGAGCATCAGTCTACTCTGCCGTCT  884

seq1  ACAGAAGAAAAGTATTTAGTCTTGGCATATGTTCAGCTCAAAAGAAAGGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGAAAAGTATTTAGTCTTGGCATATGTTCAGCTCAAAAGAAAGGG  934

seq1  TGTCATTTGAATGACTGAAATTAATGTAGGCATAACATACAAGGCTTATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTTGAATGACTGAAATTAATGTAGGCATAACATACAAGGCTTATT  984

seq1  TGTTCCTTTTCTTTATAATTGTATTTTCTCCTTAATGATATAATTTATCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTTTTCTTTATAATTGTATTTTCTCCTTAATGATATAATTTATCA  1034

seq1  TCTTCATAACCAATCTGTACACTCTAGTGGTAAAGTCACATATTCTGTAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATAACCAATCTGTACACTCTAGTGGTAAAGTCACATATTCTGTAA  1084

seq1  TTTATACATTACCTTTAGCATACTTGAGAAGTATGTGTGTATGTCATATA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACATTACCTTTAGCATACTTGAGAAGTATGTGTGTATGTCATATA  1134

seq1  TCACTGGTTCAATGTTCTTTTGTCTAGTCACAGCACTATCTTATGACAGA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGTTCAATGTTCTTTTGTCTAGTCACAGCACTATCTTATGACAGA  1184

seq1  TATTTTTCAAAACCTGCTTTAATAAGGGTACTTGAATTC  1236
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTCAAAACCTGCTTTAATAAGGGTACTTGAATTC  1223