BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-134C06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 44,086,869 - 44,264,922
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArhgap15
Upstream geneLOC100041245, Kynu
Downstream geneGtdc1, Zeb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-134C06.bB6Ng01-134C06.g
ACCDH934512DH934513
length1,090827
definitionDH934512|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134C06, 5' end.DH934513|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134C06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,086,869 - 44,087,987)(44,264,098 - 44,264,922)
sequence
gaattccttatagttacaaagcctgtgccatcctgaatttgacatgacct
cctttgctctctaacatccatatgcatgacttcccgtgttctgctacatc
ggagtgtgcacggtgaaattagcttcctccactgacttcatgtgttctct
accatcagtgtgaacgttgcaatcagctttctccgctgacttcctccgat
ctccagcatcagagtgtgtggtagtgaagttgggttaagtatgctcctct
gttggaacaagacatgtttatatgtgccaaccctgtctgtgttgcttgca
aagacatcttagtgccaagtgatgtcttgaggccattgcagttaatgttt
ttacacacacacacaaacacaaagacaaacactatggatgacccttttgc
ttgagagtttactcagtcgttatcaccatcatcgtggtctttacttaaaa
gatatttactaagcaactaactgagcatagatttgtactaatgaagcaaa
tataagactaaaaggagcaacctttttcgcagaaagagcactataaagtt
ttaatagacacattaacaggaatcagaaacttctagttacttcaagagat
tatggaatactctgttatgattttcagtctccgttttctcctacacatat
ttcttgcatttaataggacccctgacacttactaggtgtttctcaattgc
ttaatgaatcatgtattgatccccaatggtaaataatgttgttttttttc
atttccaacatactaactctgttttgtttcttccttccttccttccttcc
ttccttccttcctttctttcttcttctttcttctttcttctttcttcttc
ttcttctttttgttctattgtcaaacataaaatccctgctaagggatgat
ttctatcattcataactattgtatctgtataaatgactattaattgtatg
cagctgcaggatcatttaattaatagatgttaattcacccttaccccagt
cagaaccctatcatccacaatctgacaagaaggtgttgagactgtggata
gaatagacctattgtgtggggagtgtattaatggccattg
gaattcattctccccctgccactctcatctccatggcttcactattcatt
ggtgttaaaagactgtgggtggggcctattcagttcatacagagtggacc
aagtaagcttggatccaccatagggacttactaaaacatggatggttggt
ccgttttgattcatttcttatgagttgaggactgtcctggctagttttaa
ttgtgcacctgacacagtttagagtaactctaggagtaactctaaattga
ctcattgctcagatcagactggatggtgggtatgtctgtggggtttgttt
ggattgtaaattgctgtaggagggttcttgggaccttggtaccacaccga
gttgccttgctcagtcctgagaaagagtttatgcttagtcttattgtaac
ttgttatgccctctttgggtgatatccttgggaggccttctcttttttga
agggaaaggaaggaggagcaagtctagaggggaggggaaaatcatcatag
ggtaggaaggggcactagtaggggtagaaggaagggaaactgtagttggg
atgcattgagagagaaaaaaagcaacatcactgttgagtggggaagaggc
aggagttttaaaataaggaaggtctgccaggaactcacagtacaacttgc
atccctctgttcttcaagggacatctgggcccattgactggcctcatttc
cctgaattcactaaggtccaagctcacttgattcatcaacctcatcggcc
agcttgtcttttagaggtgctcaatccttcacatgcctggtgctagaggc
tgttatggaccccaaaacaagtgatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_44086869_44087987
seq2: B6Ng01-134C06.b_47_1136

seq1  GAATTCCTTATAGTTACAAAGCCTGTGCCATCCTGAATTTGACATGACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTATAGTTACAAAGCCTGTGCCATCCTGAATTTGACATGACCT  50

seq1  CCTTTGCTCTCTAACATCCATATGCATGACTTCCCGTGTTCTGCTACATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCTCTCTAACATCCATATGCATGACTTCCCGTGTTCTGCTACATC  100

seq1  GGAGTGTGCACGGTGAAATTAGCTTCCTCCACTGACTTCATGTGTTCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGTGCACGGTGAAATTAGCTTCCTCCACTGACTTCATGTGTTCTCT  150

seq1  ACCATCAGTGTGAACGTTGCAATCAGCTTTCTCCGCTGACTTCCTCCGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCAGTGTGAACGTTGCAATCAGCTTTCTCCGCTGACTTCCTCCGAT  200

seq1  CTCCAGCATCAGAGTGTGTGGTAGTGAAGTTGGGTTAAGTATGCTCCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCATCAGAGTGTGTGGTAGTGAAGTTGGGTTAAGTATGCTCCTCT  250

seq1  GTTGGAACAAGACATGTTTATATGTGCCAACCCTGTCTGTGTTGCTTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAACAAGACATGTTTATATGTGCCAACCCTGTCTGTGTTGCTTGCA  300

seq1  AAGACATCTTAGTGCCAAGTGATGTCTTGAGGCCATTGCAGTTAATGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATCTTAGTGCCAAGTGATGTCTTGAGGCCATTGCAGTTAATGTTT  350

seq1  TTACACACACACACAAACACAAAGACAAACACTATGGATGACCCTTTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACACACACACAAACACAAAGACAAACACTATGGATGACCCTTTTGC  400

seq1  TTGAGAGTTTACTCAGTCGTTATCACCATCATCGTGGTCTTTACTTAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGTTTACTCAGTCGTTATCACCATCATCGTGGTCTTTACTTAAAA  450

seq1  GATATTTACTAAGCAACTAACTGAGCATAGATTTGTACTAATGAAGCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTACTAAGCAACTAACTGAGCATAGATTTGTACTAATGAAGCAAA  500

seq1  TATAAGACTAAAAGGAGCAACCTTTTTCGCAGAAAGAGCACTATAAAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGACTAAAAGGAGCAACCTTTTTCGCAGAAAGAGCACTATAAAGTT  550

seq1  TTAATAGACACATTAACAGGAATCAGAAACTTCTAGTTACTTCAAGAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGACACATTAACAGGAATCAGAAACTTCTAGTTACTTCAAGAGAT  600

seq1  TATGGAATACTCTGTTATGATTTTCAGTCTCCGTTTTCTCCTACACATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAATACTCTGTTATGATTTTCAGTCTCCGTTTTCTCCTACACATAT  650

seq1  TTCTTGCATTTAATAGGACCCCTGACACTTACTAGGTGTTTCTCAATTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCATTTAATAGGACCCCTGACACTTACTAGGTGTTTCTCAATTGC  700

seq1  TTAATGAATCATGTATTGATCCCCAATGGTAAATAATGTTGTTTTTTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGAATCATGTATTGATCCCCAATGGTAAATAATGTTGTTTTTTTTC  750

seq1  ATTTCCAACATACTAACTCTGTTTTGTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAACATACTAACTCTGTTTTGTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC  800

seq1  TTCCTTCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TTCCTTCCTTCCTTTCTTTCTT--CTTCTTTC-TTCTTTC-TTCTTTCTT  846

seq1  TCTTTCTTTCTTTTTTGTTTCTTATTTGTCAAAACAATAAAAATCCCTGC  900
         |||||  | ||||  ||||   ||||| |||||   |||||||||||
seq2  --CTTCTTCTTCTTTTTGTTCT--ATTGTC-AAACA--TAAAATCCCTGC  889

seq1  TAAGGGAATGATTTCTATCATTCATAACTATTGTTATTCTGTATTAAATG  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||
seq2  TAAGGG-ATGATTTCTATCATTCATAACTATTGT--ATCTGTA-TAAATG  935

seq1  ACTATTAATTGTATGCAAGCTGCAGGATCATTTTAATTAATTAGATGTTA  1000
      |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| 
seq2  ACTATTAATTGTATGC-AGCTGCAGGATCA-TTTAATTAA-TAGATGTT-  981

seq1  AATTCA-CCTTACCCCAGTCAGAAACCCTATCATCAACAAATCTGACAAG  1049
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||
seq2  AATTCACCCTTACCCCAGTCAG-AACCCTATCATCCAC-AATCTGACAAG  1029

seq1  AAGTGTTTGAGAACTTGTGGATAGAATAGGACCCTTATTGTTGTGGGGAG  1099
      |||   ||||||   ||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||
seq2  AAGGTGTTGAGA--CTGTGGATAGAATA-GACC--TATTG-TGTGGGGAG  1073

seq1  TGTAAATTAAATGGCCATTG  1119
      ||||   | |||||||||||
seq2  TGTA---TTAATGGCCATTG  1090

seq1: chr2_44264098_44264922
seq2: B6Ng01-134C06.g_68_894 (reverse)

seq1  TCATCACTTGTTTTGGGGTCCCTTACAGCCTCTAGCACCAGGCATGTGAA  50
      ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCACTTGTTTTGGGGTCCATAACAGCCTCTAGCACCAGGCATGTGAA  50

seq1  GGATTGAGCACCTCT-AAAGACAAGCTGGCCGATGAGGTTGATGAATCAA  99
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGAGCACCTCTAAAAGACAAGCTGGCCGATGAGGTTGATGAATCAA  100

seq1  GTGAGCTTGGACCTTAGTGAATTCAGGGAAATGAGGCCAGTCAATGGGCC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTTGGACCTTAGTGAATTCAGGGAAATGAGGCCAGTCAATGGGCC  150

seq1  CAGATGTCCCTTGAAGAACAGAGGGATGCAAGTTGTACTGTGAGTTCCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTCCCTTGAAGAACAGAGGGATGCAAGTTGTACTGTGAGTTCCTG  200

seq1  GCAGACCTTCCTTATTTTAAAACTCCTGCCTCTT-CCCACTCAACAGTGA  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCAGACCTTCCTTATTTTAAAACTCCTGCCTCTTCCCCACTCAACAGTGA  250

seq1  TGTTGCTTTTTTTCTCTCTCAATGCATCCCAACTACAGTTTCCCTTCCTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTTTTTTTCTCTCTCAATGCATCCCAACTACAGTTTCCCTTCCTT  300

seq1  CTACCCCTACTAGTGCCCCTTCCTACCCTATGATGATTTTCCCCTCCCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCCTACTAGTGCCCCTTCCTACCCTATGATGATTTTCCCCTCCCCT  350

seq1  CTAGACTTGCTCCTCCTTCCTTTCCCTTCAAAAAAGAGAAGGCCTCCCAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTTGCTCCTCCTTCCTTTCCCTTCAAAAAAGAGAAGGCCTCCCAA  400

seq1  GGATATCACCCAAAGAGGGCATAACAAGTTACAATAAGACTAAGCATAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATCACCCAAAGAGGGCATAACAAGTTACAATAAGACTAAGCATAAA  450

seq1  CTCTTTCTCAGGACTGAGCAAGGCAACTCGGTGTGGTACCAAGGTCCCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTCAGGACTGAGCAAGGCAACTCGGTGTGGTACCAAGGTCCCAA  500

seq1  GAACCCTCCTACAGCAATTTACAATCCAAACAAACCCCACAGACATACCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCTCCTACAGCAATTTACAATCCAAACAAACCCCACAGACATACCC  550

seq1  ACCATCCAGTCTGATCTGAGCAATGAGTCAATTTAGAGTTACTCCTAGAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCCAGTCTGATCTGAGCAATGAGTCAATTTAGAGTTACTCCTAGAG  600

seq1  TTACTCTAAACTGTGTCAGGTGCACAATTAAAACTAGCCAGGACAGTCCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTAAACTGTGTCAGGTGCACAATTAAAACTAGCCAGGACAGTCCT  650

seq1  CAACTCATAAGAAATGAATCAAAACGGACCAACCATCCATGTTTTAGTAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCATAAGAAATGAATCAAAACGGACCAACCATCCATGTTTTAGTAA  700

seq1  GTCCCTATGGTGGATCCAAGCTTACTTGGTCCACTCTGTATGAACTGAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTATGGTGGATCCAAGCTTACTTGGTCCACTCTGTATGAACTGAAT  750

seq1  AGGCCCCACCCACAGTCTTTTAACACCAATGAATAGTGAAGCCATGGAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCCACCCACAGTCTTTTAACACCAATGAATAGTGAAGCCATGGAGA  800

seq1  TGAGAGTGGCAGGGGGAGAATGAATTC  825
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTGGCAGGGGGAGAATGAATTC  827