BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-134O18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 54,188,926 - 54,348,373
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041792, LOC100042878, Galnt13
Upstream geneLOC666872, LOC666876, LOC207933, Rprm, LOC666913, LOC626563
Downstream geneLOC666936, Kcnj3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-134O18.bB6Ng01-134O18.g
ACCDH935099DH935100
length1,1611,125
definitionDH935099|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134O18, 5' end.DH935100|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134O18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,347,211 - 54,348,373)(54,188,926 - 54,190,051)
sequence
gccagcctggtctacagagtgagttctaggacagccaaagtacacagaga
aaccctgtctcgaaaaaccaaaagaaaaaaaaatcaaaagagtgctcagg
aataaagtttaagctcaacactgttggtaaatagtaatattttatatttg
tatcttattctttttatattctgctgttacattttaaaattaagcttata
ttagtcaaagtagaggcattcaaatatatactgatagccttgttgacttt
gaagtgtctatggagtgtctcagtggggtggccagaggcagatgagtata
gagataaaattctagaagaaggaaacataagggagtcagtaaatcagtgt
taactaaagctgtggaaagtaactgtccttagagagaatgtgaaagagaa
aaggtgagtcttataaaatacaaatctgtaagaaatataacctcaagaaa
gaggctgggcaaggattatcaggctaagagtaatatatgcacagtgttgt
aaagttaaagacagtatgtttctaagacccaggactgataaaaggtataa
aattgtcccaagtcaaaacgaaattattttctatgtgaagtgataagact
acatttgatgaccttagtgcatcttcagaggagcatagaaaagtcttgaa
acattaaacatcaaaggtgataggtgatgtgtgcacagttttttaagcat
ttgactactaatagagacgagaattacaacatggtcaaaaccagacctgg
gaaaaggaagaatgtattcacacctgtatggtacctttaggaagaagtat
tttgatatgtttaatgtgacaaccaaaatcaacagaggaagaatattgaa
tatatgaaggaaggtattcatctaaattagttctccacacatgtacagaa
ataagatctccagaatgcatgaagcagtggttcttaaatgtagaagattt
gctggaagcaagtgaagggtccctgactctgcactgcagaaacatcacat
cttcgagcaccacaggtgctattcttctctgtatgcatgtgttcacttag
agtccaagaaagaataagcgccagaaatgtttagagatatttttatattc
aacggtggggaaagaaagagattgtcccattaagccttttctcagagatt
ctccttcttaa
gaattccattaagcatgcactctactttttggatgcgctttgatttggat
atagagcatacaggcctgaaataaaagattttgtcatcatagggcattcc
tatagtttatggtcagatgtacacttatttacgagggttgattattgtct
gttatggaaatgccaattttcaaaagtaacatcatctttacatacagaag
aaaaaacaagcagaaagaaaattattgataaaacttataaattaatgaga
aattttgtacctatcaactgtgcctagctttgttaaataggtcatttaaa
ggtggcatcattgggttaaattgttttcttcatatgagcaaatgtttata
tttaggtttgtcatgcaggaaaaatctgaagaccaacaacttatgttgta
gaagctcaattcaatattgctcttactttcatttaaatctagtattgaaa
aattatgaggtacacatacatgaaattaaaacaaaaattaatgatcatgt
ggacaaagacattgtaatacttagcacagagtgtaagcaggaatattact
ttgcttgaacaggtgttctttttaacgggattgcattgctagtcatctag
tttgtcatttggtgatcacatttctatattgattattcaatggaacaaat
aaaaacactaacatctttctagtccataaaaacttatacaatgtgctaat
atattaatgttagcatttgtgtaacatgttgaaaataaaccttatctgca
tctgtattagtcaggtgctggcctaaagaagtacataaataacttgctta
aagaaatacaggagaacacaggtaaacaggtagaagcacttaacgaggaa
acacatataataaattcagacacagtgaaagaccaaacctaagaagatag
aaatgttgtctttatatttaaaatgcatgcaagctgggcaagatgggtca
gcatgtaaaggtgcttgcccagccgagcaagttagttcaattccggggaa
gcacacggtagagaagaaccagaattatacacctgatctctattcgtatg
catagctgtggtgcatgatagtgtggtgggtggaaataaaatacaactgg
tctgtctctctgtactctgtctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_54347211_54348373
seq2: B6Ng01-134O18.b_57_1217 (reverse)

seq1  TTAAG-AGGAGAATCTCTGAGAAAAAGCCTTCATGGGACAATCTCTTTCT  49
      ||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAGGAGAATCTCTGAG-AAAAGGCTTAATGGGACAATCTCTTTCT  49

seq1  TTCCACACACTTTGATAT-CAAATATCTCT--ACATTTCT-GCGCTTTAT  95
      |||| |||  ||  ||||  ||||||||||  |||||||| |||| ||||
seq2  TTCCCCACCGTTGAATATAAAAATATCTCTAAACATTTCTGGCGC-TTAT  98

seq1  CCTTTCTGTGACTCTAAGTG-ACACATGCCATACAGAG-AGAATAGCACC  143
       ||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  TCTTTCTTGGACTCTAAGTGAACACATG-CATACAGAGAAGAATAGCACC  147

seq1  TGTGTTGCTCGAAGATGTGGATG-TTCTGCCAGTGCAGAGTTCAGGGACC  192
      |||| ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||
seq2  TGTGGTGCTCGAAGATGT-GATGTTTCTG-CAGTGCAGAG-TCAGGGACC  194

seq1  CTTTCACCTTGCCTTCCAGCAATTCTTCTACATTTAAGAACCACTGCCTT  242
      | |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  C-TTCA-CTTG-CTTCCAGCAAATCTTCTACATTTAAGAACCACTG-CTT  240

seq1  CATGCATTCTGGAGATCTTATTTCTGTACATGTGTGGAGAACTAATTTAG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATTCTGGAGATCTTATTTCTGTACATGTGTGGAGAACTAATTTAG  290

seq1  ATGAATACCTTCCTTCATATATTCAATATTCTTCCTCTGTTGATTTTGGT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATACCTTCCTTCATATATTCAATATTCTTCCTCTGTTGATTTTGGT  340

seq1  TGTCACATTAAACATATCAAAATACTTCTTCCTAAAGGTACCATACAGGT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACATTAAACATATCAAAATACTTCTTCCTAAAGGTACCATACAGGT  390

seq1  GTGAATACATTCTTCCTTTTCCCAGGTCTGGTTTTGACCATGTTGTAATT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATACATTCTTCCTTTTCCCAGGTCTGGTTTTGACCATGTTGTAATT  440

seq1  CTCGTCTCTATTAGTAGTCAAATGCTTAAAAAACTGTGCACACATCACCT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTCTCTATTAGTAGTCAAATGCTTAAAAAACTGTGCACACATCACCT  490

seq1  ATCACCTTTGATGTTTAATGTTTCAAGACTTTTCTATGCTCCTCTGAAGA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTTTGATGTTTAATGTTTCAAGACTTTTCTATGCTCCTCTGAAGA  540

seq1  TGCACTAAGGTCATCAAATGTAGTCTTATCACTTCACATAGAAAATAATT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTAAGGTCATCAAATGTAGTCTTATCACTTCACATAGAAAATAATT  590

seq1  TCGTTTTGACTTGGGACAATTTTATACCTTTTATCAGTCCTGGGTCTTAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTTGACTTGGGACAATTTTATACCTTTTATCAGTCCTGGGTCTTAG  640

seq1  AAACATACTGTCTTTAACTTTACAACACTGTGCATATATTACTCTTAGCC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATACTGTCTTTAACTTTACAACACTGTGCATATATTACTCTTAGCC  690

seq1  TGATAATCCTTGCCCAGCCTCTTTCTTGAGGTTATATTTCTTACAGATTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATCCTTGCCCAGCCTCTTTCTTGAGGTTATATTTCTTACAGATTT  740

seq1  GTATTTTATAAGACTCACCTTTTCTCTTTCACATTCTCTCTAAGGACAGT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTATAAGACTCACCTTTTCTCTTTCACATTCTCTCTAAGGACAGT  790

seq1  TACTTTCCACAGCTTTAGTTAACACTGATTTACTGACTCCCTTATGTTTC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTCCACAGCTTTAGTTAACACTGATTTACTGACTCCCTTATGTTTC  840

seq1  CTTCTTCTAGAATTTTATCTCTATACTCATCTGCCTCTGGCCACCCCACT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCTAGAATTTTATCTCTATACTCATCTGCCTCTGGCCACCCCACT  890

seq1  GAGACACTCCATAGACACTTCAAAGTCAACAAGGCTATCAGTATATATTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACTCCATAGACACTTCAAAGTCAACAAGGCTATCAGTATATATTT  940

seq1  GAATGCCTCTACTTTGACTAATATAAGCTTAATTTTAAAATGTAACAGCA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCTCTACTTTGACTAATATAAGCTTAATTTTAAAATGTAACAGCA  990

seq1  GAATATAAAAAGAATAAGATACAAATATAAAATATTACTATTTACCAACA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAAAAAGAATAAGATACAAATATAAAATATTACTATTTACCAACA  1040

seq1  GTGTTGAGCTTAAACTTTATTCCTGAGCACTCTTTTGATTTTTTTTTCTT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGAGCTTAAACTTTATTCCTGAGCACTCTTTTGATTTTTTTTTCTT  1090

seq1  TTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTACTTTGGCTGTCCTAGAACT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTACTTTGGCTGTCCTAGAACT  1140

seq1  CACTCTGTAGACCAGGCTGGC  1163
      |||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTAGACCAGGCTGGC  1161

seq1: chr2_54188926_54190051
seq2: B6Ng01-134O18.g_67_1191

seq1  GAATTCCATTAAGCATGCACTCTACTTTTTGGATGCGCTTTGATTTGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTAAGCATGCACTCTACTTTTTGGATGCGCTTTGATTTGGAT  50

seq1  ATAGAGCATACAGGCCTGAAATAAAAGATTTTGTCATCATAGGGCATTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGCATACAGGCCTGAAATAAAAGATTTTGTCATCATAGGGCATTCC  100

seq1  TATAGTTTATGGTCAGATGTACACTTATTTACGAGGGTTGATTATTGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTTATGGTCAGATGTACACTTATTTACGAGGGTTGATTATTGTCT  150

seq1  GTTATGGAAATGCCAATTTTCAAAAGTAACATCATCTTTACATACAGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGGAAATGCCAATTTTCAAAAGTAACATCATCTTTACATACAGAAG  200

seq1  AAAAAACAAGCAGAAAGAAAATTATTGATAAAACTTATAAATTAATGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACAAGCAGAAAGAAAATTATTGATAAAACTTATAAATTAATGAGA  250

seq1  AATTTTGTACCTATCAACTGTGCCTAGCTTTGTTAAATAGGTCATTTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGTACCTATCAACTGTGCCTAGCTTTGTTAAATAGGTCATTTAAA  300

seq1  GGTGGCATCATTGGGTTAAATTGTTTTCTTCATATGAGCAAATGTTTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCATCATTGGGTTAAATTGTTTTCTTCATATGAGCAAATGTTTATA  350

seq1  TTTAGGTTTGTCATGCAGGAAAAATCTGAAGACCAACAACTTATGTTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGTTTGTCATGCAGGAAAAATCTGAAGACCAACAACTTATGTTGTA  400

seq1  GAAGCTCAATTCAATATTGCTCTTACTTTCATTTAAATCTAGTATTGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCAATTCAATATTGCTCTTACTTTCATTTAAATCTAGTATTGAAA  450

seq1  AATTATGAGGTACACATACATGAAATTAAAACAAAAATTAATGATCATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGAGGTACACATACATGAAATTAAAACAAAAATTAATGATCATGT  500

seq1  GGACAAAGACATTGTAATACTTAGCACAGAGTGTAAGCAGGAATATTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAAGACATTGTAATACTTAGCACAGAGTGTAAGCAGGAATATTACT  550

seq1  TTGCTTGAACAGGTGTTCTTTTTAACGGGATTGCATTGCTAGTCATCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGAACAGGTGTTCTTTTTAACGGGATTGCATTGCTAGTCATCTAG  600

seq1  TTTGTCATTTGGTGATCACATTTCTATATTGATTATTCAATGGAACAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCATTTGGTGATCACATTTCTATATTGATTATTCAATGGAACAAAT  650

seq1  AAAAACACTAACATCTTTCTAGTCCATAAAAACTTATACAATGTGCTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACTAACATCTTTCTAGTCCATAAAAACTTATACAATGTGCTAAT  700

seq1  ATATTAATGTTAGCATTTGTGTAACATGTTGAAAATAAACCTTATCTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAATGTTAGCATTTGTGTAACATGTTGAAAATAAACCTTATCTGCA  750

seq1  TCTGTATTAGTCAGGTGCTGGCCTAAAGAAGTACATAAATAACTTGCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTAGTCAGGTGCTGGCCTAAAGAAGTACATAAATAACTTGCTTA  800

seq1  AAGAAATACAGGAGAACACAGGTAAACAGGTAGAAGCACTTAACGAGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATACAGGAGAACACAGGTAAACAGGTAGAAGCACTTAACGAGGAA  850

seq1  ACACATATAATAAATTCAGGACACAGTGAAAAGACCAAACCTAAGAAGAA  900
      |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  ACACATATAATAAATTCA-GACACAGTG-AAAGACCAAACCTAAGAAG-A  897

seq1  TAGAAATGTTGTCTTTATATTTAAAAATGCATGCAAGCTGGGCAAGATGG  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATGTTGTCTTTATATTT-AAAATGCATGCAAGCTGGGCAAGATGG  946

seq1  GTCAGCATGTAAAGGTGCTTGCCCCAGGCCGAGCAAGTTAGTTCAATTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCATGTAAAGGTGCTTGCCC--AGCCGAGCAAGTTAGTTCAATTCC  994

seq1  GGGGAAGCACACGGTAGAGAGAACCCAGAATTATACA-CTGATCTCTATT  1049
      ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGGGAAGCACACGGTAGAGAAGAACCAGAATTATACACCTGATCTCTATT  1044

seq1  CGTATGCCATAGCCTGTGTGTGCATGTATGTG-GGTGTGTGGATAT-AAA  1097
      |||||| ||||| ||||| |||||||   ||| |||| ||||| || |||
seq2  CGTATG-CATAG-CTGTG-GTGCATGATAGTGTGGTGGGTGGAAATAAAA  1091

seq1  TACTATCTGTCTGTCTCT-----CTCTGTCTCTG  1126
      ||| |   ||||||||||     |||||||||||
seq2  TACAACTGGTCTGTCTCTCTGTACTCTGTCTCTG  1125