BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-135A04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 93,128,935 - 93,247,470
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTspan18, LOC100042789, LOC639658
Upstream genePhf21a, Gyltl1b, Pex16, 1700029I15Rik, Mapk8ip1, Cry2, Slc35c1, LOC100042775, LOC100043205, Chst1, Syt13, LOC100042784, Trp53i11, C230071H18Rik
Downstream geneCd82, Alx4, Ext2, 2610203E10Rik, Gm1967, Gm1335, LOC620695, Alkbh3, Hsd17b12, E530001K10Rik, Ttc17, Itpa-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-135A04.bB6Ng01-135A04.g
ACCDH935167DH935168
length1,0231,056
definitionDH935167|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135A04, 5' end.DH935168|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135A04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,128,935 - 93,129,966)(93,246,400 - 93,247,470)
sequence
gaattcattcacactgaatccacgctgggctgttggcattccaaggagag
tggaaactccttggagggttttgttttttttttttgtccagtgttataac
tcgaggattcagaaaatggttagaagtacactgaaggtgctcaataaatg
cccccccccatggataaatctaaggctagcaacagggaggcagccctttg
ctgtaaggggttctggactgaaggaggaggaggaagcaaactgagctcca
gcacccatctgtctctgcttcctgactgtggataccatgtgaccaacagc
ctcaggctctctctctgacatggcaggtgataccctcaaaccatgaaaca
aaataaactctctcctgtaagtggcttttgccaggtctttctatcatggc
gattagaaaagtagcaaacacaacagccatcagtgtaacaggaccggcac
cgagctgttcttcagcctgggagttcgcctctcgtggccactgcaaccac
cagctgtcagtgggcccattcagggtgagaaggctgtgccccagacagga
aggtccacttggaaacttcacaatgtccggctggctcatcttactctggc
tcagtgccaggctacgacattgtcttagggtttctatcactgtgaagaga
caccaagaccacagcaactctgatagaagaaaacgttccattggggctgg
cttacagttgcagaggtttagttcattattatcacggtgcggaaacaaag
catgcaggcagacctggagaaggagctgagagctctatatcttgatctgc
aggcagcagagactgctatgctggggctagcttgagcacacgaagcctca
aagaccacctccacaactgatccacttcctccaacaaggcaaacctcctt
aaagtgccactcccttaagggccaagcattcatcacatgagtctgtgggg
cattcttatcaatcacagaacatatcttagaccttgatcctactactact
actactactactactactactac
gaattctggggcccattcctgcaagtgagcccaaagcaggaggaatagaa
agaagctagttgcagagggagagagctcagaggtgtgggctcagagatgt
ggatgggtgtgggcaggcatgggcgagggggacaattagcatctttttgt
cgtgattgctggaggggcttgagtcagggctgggagtttagttccaaggc
cagcacacatggcacagtttctgctaaggagacagagtagaacagcaagc
tatgcctctgctgggaacagggatttctcaccaggtgtcaccactaaaac
ctgatccgtgcgatgggatggtgatcctaactaaatgaatctatcaagga
aggagggtcataggtgagagagcaggggtctgaggacgcttccaggttcc
agttggagcagtgtatggactcctttagggcttggccgacccttaaggaa
gagcacagctgctggcagataggaggccatgtgatacaggagcccagaga
agctgggttgagaggctgtgtactgagctctgggggcacgtgtatggggc
cagtggcttgtgaagaggaaaggaaggttggtcagaggatatctatgagg
ggggaactggggtaccccaggaagtgagtagtgtccagctccattaagag
ggagtcacatgagtgcctgtcctgctgttggatttggtcaagttttccca
tgaaccataggagatgacagcatgtggtgtcagcaggttgaggacatggt
ggaatggacagatctggtacctatttgcaacatcagacccataacagaca
cagaaccagaaagtggctccaaagggagggtggactaagaccccaggggc
tcattagagtacaagacatggatggtttttctgtggctcaagatgagcct
ggtcgtctaccaggttgtttccccaaatacagcccctcctcccactctct
cctctcatcctttcctttcctctcccttttcttctctctacttccccata
ccctagggttcatcatgaggtataattgaggcacatgacagcatatttgc
agggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_93128935_93129966
seq2: B6Ng01-135A04.b_46_1068

seq1  GAATTCATTCACACTGAATCCACGCTGGGCTGTTGGCATTCCAAGGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCACACTGAATCCACGCTGGGCTGTTGGCATTCCAAGGAGAG  50

seq1  TGGAAACTCCTTGGAGGGTTTTGTTTTTTTTTTTTGTCCAGTGTTATAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACTCCTTGGAGGGTTTTGTTTTTTTTTTTTGTCCAGTGTTATAAC  100

seq1  TCGAGGATTCAGAAAATGGTTAGAAGTACACTGAAGGTGCTCAATAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGGATTCAGAAAATGGTTAGAAGTACACTGAAGGTGCTCAATAAATG  150

seq1  CCCCCCCCCATGGATAAATCTAAGGCTAGCAACAGGGAGGCAGCCCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCATGGATAAATCTAAGGCTAGCAACAGGGAGGCAGCCCTTTG  200

seq1  CTGTAAGGGGTTCTGGACTGAAGGAGGAGGAGGAAGCAAACTGAGCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGGGGTTCTGGACTGAAGGAGGAGGAGGAAGCAAACTGAGCTCCA  250

seq1  GCACCCATCTGTCTCTGCTTCCTGACTGTGGATACCATGTGACCAACAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCATCTGTCTCTGCTTCCTGACTGTGGATACCATGTGACCAACAGC  300

seq1  CTCAGGCTCTCTCTCTGACATGGCAGGTGATACCCTCAAACCATGAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCTCTCTCTCTGACATGGCAGGTGATACCCTCAAACCATGAAACA  350

seq1  AAATAAACTCTCTCCTGTAAGTGGCTTTTGCCAGGTCTTTCTATCATGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAACTCTCTCCTGTAAGTGGCTTTTGCCAGGTCTTTCTATCATGGC  400

seq1  GATTAGAAAAGTAGCAAACACAACAGCCATCAGTGTAACAGGACCGGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGAAAAGTAGCAAACACAACAGCCATCAGTGTAACAGGACCGGCAC  450

seq1  CGAGCTGTTCTTCAGCCTGGGAGTTCGCCTCTCGTGGCCACTGCAACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCTGTTCTTCAGCCTGGGAGTTCGCCTCTCGTGGCCACTGCAACCAC  500

seq1  CAGCTGTCAGTGGGCCCATTCAGGGTGAGAAGGCTGTGCCCCAGACAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTCAGTGGGCCCATTCAGGGTGAGAAGGCTGTGCCCCAGACAGGA  550

seq1  AGGTCCACTTGGAAACTTCACAATGTCCGGCTGGCTCATCTTACTCTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCACTTGGAAACTTCACAATGTCCGGCTGGCTCATCTTACTCTGGC  600

seq1  TCAGTGCCAGGCTACGACATTGTCTTAGGGTTTCTATCACTGTGAAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCCAGGCTACGACATTGTCTTAGGGTTTCTATCACTGTGAAGAGA  650

seq1  CACCAAGACCACAGCAACTCTGATAGAAGAAAACGTTCCATTGGGGCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGACCACAGCAACTCTGATAGAAGAAAACGTTCCATTGGGGCTGG  700

seq1  CTTACAGTTGCAGAGGTTTAGTTCATTATTATCACGGTGCGGAAACAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGTTGCAGAGGTTTAGTTCATTATTATCACGGTGCGGAAACAAAG  750

seq1  CATGCAGGCAGACCTGGAGAAGGAGCTGAGAGCTCTATATCTTGATCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGGCAGACCTGGAGAAGGAGCTGAGAGCTCTATATCTTGATCTGC  800

seq1  AGGCAGCAGGAGACTGCTATGCTGGGGCTAGCTTGAGCACACGAAGCCTC  850
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCA-GAGACTGCTATGCTGGGGCTAGCTTGAGCACACGAAGCCTC  849

seq1  AAAGACCACCTCCAC-ACTGATCCACTTCCTCCAACAAGGCCAAACCTCC  899
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAAGACCACCTCCACAACTGATCCACTTCCTCCAACAAGG-CAAACCTCC  898

seq1  TAAAAGTGCCACTCCC-TAAGGGCCAAGCATTCAATCACATGAGTCTGTG  948
      | |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTGCCACTCCCTTAAGGGCCAAGCATTC-ATCACATGAGTCTGTG  947

seq1  GGGGCCATTCTTATTCAAACCACCAGACATATCCTTAGACCTTGGACTCT  998
      |||  |||||||||   || |||   |||||| |||||||||||  |   
seq2  GGG--CATTCTTAT--CAATCACAGAACATAT-CTTAGACCTTGATC---  989

seq1  CTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTAC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTAC  1023

seq1: chr2_93246400_93247470
seq2: B6Ng01-135A04.g_69_1124 (reverse)

seq1  CACCCTGCAAATATGCTGTCATGGTGCCCTCATGTATACTTCATGATGGA  50
      |||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||| ||||||| ||
seq2  CACCCTGCAAATATGCTGTCAT-GTG-CCTCAATTATACCTCATGAT-GA  47

seq1  ACCCTAGGGGTATGGGGGAAGTAGAGAGAAAGGAAAAGGGAGAGGAAAAG  100
      |||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||  
seq2  ACCCTA-GGGTAT-GGGGAAGTAGAGAGAA--GAAAAGGGAGAGGAAA--  91

seq1  GAAAAGGATGAAGAGGAGGAGGAAGATGAGAAGGAGGGGCTGTATTTGGG  150
      | |||||||||    ||||||  |||   | |||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGATGA----GAGGAG--AGAGTGGGAGGAGGGGCTGTATTTGGG  135

seq1  GAAACAACTTGGTAGACGACCAGGCTCATCTTTGAGCCACAG-AAAACCA  199
      |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  GAAACAACCTGGTAGACGACCAGGCTCATC-TTGAGCCACAGAAAAACCA  184

seq1  TCCATGTCTTGTACTCTAATGAGCCCCTGGGGTCCTAGTCCACCCTCCCT  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCATGTCTTGTACTCTAATGAGCCCCTGGGGTCTTAGTCCACCCTCCCT  234

seq1  TTGGAGCCACTTTCTGGTTCTGTGTCTGTTATGGGTCTGATGTTGCAAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGCCACTTTCTGGTTCTGTGTCTGTTATGGGTCTGATGTTGCAAAT  284

seq1  AGGTACCAGATCTGTCCATTCCACCATGTCCTCAACCTGCTGACACCACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACCAGATCTGTCCATTCCACCATGTCCTCAACCTGCTGACACCACA  334

seq1  TGCTGTCATCTCCTATGGTTCATGGGAAAACTTGACCAAATCCAACAGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCATCTCCTATGGTTCATGGGAAAACTTGACCAAATCCAACAGCA  384

seq1  GGACAGGCACTCATGTGACTCCCTCTTAATGGAGCTGGACACTACTCACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGGCACTCATGTGACTCCCTCTTAATGGAGCTGGACACTACTCACT  434

seq1  TCCTGGGGTACCCCAGTTCCCCCCTCATAGATATCCTCTGACCAACCTTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGGTACCCCAGTTCCCCCCTCATAGATATCCTCTGACCAACCTTC  484

seq1  CTTTCCTCTTCACAAGCCACTGGCCCCATACACGTGCCCCCAGAGCTCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTCTTCACAAGCCACTGGCCCCATACACGTGCCCCCAGAGCTCAG  534

seq1  TACACAGCCTCTCAACCCAGCTTCTCTGGGCTCCTGTATCACATGGCCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGCCTCTCAACCCAGCTTCTCTGGGCTCCTGTATCACATGGCCTC  584

seq1  CTATCTGCCAGCAGCTGTGCTCTTCCTTAAGGGTCGGCCAAGCCCTAAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGCCAGCAGCTGTGCTCTTCCTTAAGGGTCGGCCAAGCCCTAAAG  634

seq1  GAGTCCATACACTGCTCCAACTGGAACCTGGAAGCGTCCTCAGACCCCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCATACACTGCTCCAACTGGAACCTGGAAGCGTCCTCAGACCCCTG  684

seq1  CTCTCTCACCTATGACCCTCCTTCCTTGATAGATTCATTTAGTTAGGATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCACCTATGACCCTCCTTCCTTGATAGATTCATTTAGTTAGGATC  734

seq1  ACCATCCCATCGCACGGATCAGGTTTTAGTGGTGACACCTGGTGAGAAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCCCATCGCACGGATCAGGTTTTAGTGGTGACACCTGGTGAGAAAT  784

seq1  CCCTGTTCCCAGCAGAGGCATAGCTTGCTGTTCTACTCTGTCTCCTTAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTCCCAGCAGAGGCATAGCTTGCTGTTCTACTCTGTCTCCTTAGC  834

seq1  AGAAACTGTGCCATGTGTGCTGGCCTTGGAACTAAACTCCCAGCCCTGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTGTGCCATGTGTGCTGGCCTTGGAACTAAACTCCCAGCCCTGAC  884

seq1  TCAAGCCCCTCCAGCAATCACGACAAAAAGATGCTAATTGTCCCCCTCGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCCCCTCCAGCAATCACGACAAAAAGATGCTAATTGTCCCCCTCGC  934

seq1  CCATGCCTGCCCACACCCATCCACATCTCTGAGCCCACACCTCTGAGCTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCTGCCCACACCCATCCACATCTCTGAGCCCACACCTCTGAGCTC  984

seq1  TCTCCCTCTGCAACTAGCTTCTTTCTATTCCTCCTGCTTTGGGCTCACTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTCTGCAACTAGCTTCTTTCTATTCCTCCTGCTTTGGGCTCACTT  1034

seq1  GCAGGAATGGGCCCCAGAATTC  1071
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAATGGGCCCCAGAATTC  1056