BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138B09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 99,337,411 - 99,491,620
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC621386
Upstream geneLOC100042886
Downstream geneLOC668702, LOC100042907, LOC241572, LOC668705
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138B09.bB6Ng01-138B09.g
ACCDH937438DH937439
length1,071609
definitionDH937438|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138B09, 5' end.DH937439|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138B09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,337,411 - 99,338,492)(99,490,969 - 99,491,620)
sequence
gaattccaacttgttgaagcaatgcacttcattgaggttatagagatgtg
aagattgggttgcttcctggagccgaagagcataaaagacagatgatatt
ataaaacccccaaccatcacactatttagactgtgatactttaaactgtc
tcctgacatagtccacaaaatgcataacatttgagaaactatactaggtg
agttgggacattgttaggtgaggtaatcacattttaatattgagctattt
atttctggaaaaacctactgttttggctagcctcattgatacttactgac
agtattatcctctatattttcataattttacaaaaataaatttaacatat
ggaaccatgttctattttaatcatggtccaattttatgtgttttaataga
tgccactgtcaacacattatcaaactgaaagtcatacttttagattcttt
attcaggcttcaaaacaaaatcaaacaacttctgaacacatcctccaggc
tttcccctgtgaattacaatgaatgcaaacatcaaggagaattgttcttt
tagctctgggcaacatgaggctatcaccaacatacagttggaagcttgaa
gtggattttggcttatctctgtctttctgcctgctggttagtacattgaa
gggctagagaagcagcagtaaaaatttcagcactggataatagagaaaaa
atactgttgcctttttgtttgttaatagggcataacaattgttcacaaac
ctactggaagccattgtgcttactctatagtatggtgtcgatgcagggaa
agaagcaaccacttagataatcaacaaggcatgcctccctgccctgctga
cccagagatgccaagggcttataggctacattgatttcaggacttttata
tttataatcttagctgcacaactgaatatgtctcaatgaatctgtttatt
tgaaatagttaaagtatataattaattttgacttagaaactgttgtatta
taatgttatgtattattatatactttattttattgcattgatggtggttg
aatttctcctgtgtgtttgtg
gaattcacttacttctatttgtatttatttccaatgaatatttctcttat
cattcccactcctgttaaataccaggcttactagcacttgagggaaattc
ttctctgtcagtttttccttcctagattttccagaggaaactaaccacga
tgatatttaaattaaggcacttgatatattcttccatatctccaattgat
ttgtccaaaattgcctttaatttgcagcaggcattgagactccttcagtg
aatatatttaattaaacatatccaatatttatgccatgaaagaagtactg
gagagctattcaaaccattatacaaaccacttttccaattatgtttacat
tattacttgaaaataacacacacatacacacatatatatgtatacatata
catacatatgtatatgtatatatgtatctatatgtatgtgtgtatatgta
catacatatgtatatgtatatatgtatctatatgtatgtgtgtatatgta
catatatatgtatatatgtatatatgtatatatgtatatatacacataga
tatatagatacatatatatatgtatatacgtatgcatatagatacatata
tacatatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_99337411_99338492
seq2: B6Ng01-138B09.b_46_1116

seq1  GAATTCCAACTTGTTGAAGCAATGCACTTCATTGAGGTTATAGAGATGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACTTGTTGAAGCAATGCACTTCATTGAGGTTATAGAGATGTG  50

seq1  AAGATTGGGTTGCTTCCTGGAGCCGAAGAGCATAAAAGACAGATGATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGGGTTGCTTCCTGGAGCCGAAGAGCATAAAAGACAGATGATATT  100

seq1  ATAAAACCCCCAACCATCACACTATTTAGACTGTGATACTTTAAACTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACCCCCAACCATCACACTATTTAGACTGTGATACTTTAAACTGTC  150

seq1  TCCTGACATAGTCCACAAAATGCATAACATTTGAGAAACTATACTAGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACATAGTCCACAAAATGCATAACATTTGAGAAACTATACTAGGTG  200

seq1  AGTTGGGACATTGTTAGGTGAGGTAATCACATTTTAATATTGAGCTATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGACATTGTTAGGTGAGGTAATCACATTTTAATATTGAGCTATTT  250

seq1  ATTTCTGGAAAAACCTACTGTTTTGGCTAGCCTCATTGATACTTACTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGGAAAAACCTACTGTTTTGGCTAGCCTCATTGATACTTACTGAC  300

seq1  AGTATTATCCTCTATATTTTCATAATTTTACAAAAATAAATTTAACATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTATCCTCTATATTTTCATAATTTTACAAAAATAAATTTAACATAT  350

seq1  GGAACCATGTTCTATTTTAATCATGGTCCAATTTTATGTGTTTTAATAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCATGTTCTATTTTAATCATGGTCCAATTTTATGTGTTTTAATAGA  400

seq1  TGCCACTGTCAACACATTATCAAACTGAAAGTCATACTTTTAGATTCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACTGTCAACACATTATCAAACTGAAAGTCATACTTTTAGATTCTTT  450

seq1  ATTCAGGCTTCAAAACAAAATCAAACAACTTCTGAACACATCCTCCAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGCTTCAAAACAAAATCAAACAACTTCTGAACACATCCTCCAGGC  500

seq1  TTTCCCCTGTGAATTACAATGAATGCAAACATCAAGGAGAATTGTTCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCTGTGAATTACAATGAATGCAAACATCAAGGAGAATTGTTCTTT  550

seq1  TAGCTCTGGGCAACATGAGGCTATCACCAACATACAGTTGGAAGCTTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTGGGCAACATGAGGCTATCACCAACATACAGTTGGAAGCTTGAA  600

seq1  GTGGATTTTGGCTTATCTCTGTCTTTCTGCCTGCTGGTTAGTACATTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATTTTGGCTTATCTCTGTCTTTCTGCCTGCTGGTTAGTACATTGAA  650

seq1  GGGCTAGAGAAGCAGCAGTAAAAATTTCAGCACTGGATAATAGAGAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAGAGAAGCAGCAGTAAAAATTTCAGCACTGGATAATAGAGAAAAA  700

seq1  ATACTGTTGCCTTTTTGTTTGTTAATAGGGCATAACAATTGTTCACAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGTTGCCTTTTTGTTTGTTAATAGGGCATAACAATTGTTCACAAAC  750

seq1  CTACTGGAAGCCATTGTGCTTACTCTATAGTATGGTGTCGATGCAGGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGGAAGCCATTGTGCTTACTCTATAGTATGGTGTCGATGCAGGGAA  800

seq1  AGAAGCAACCACTTAGATAATCAAACAAGGCATGCCTCCCTGCCCTGCTG  850
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAACCACTTAGATAATC-AACAAGGCATGCCTCCCTGCCCTGCTG  849

seq1  ACCCAGAGATGCCAAGGGCTTATAGGCTACATTGATTTCAGGAACTTTTA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACCCAGAGATGCCAAGGGCTTATAGGCTACATTGATTTCAGG-ACTTTTA  898

seq1  TATTTATAATCTTAGCTGCACAACTGAATATGTCTCAATGAATCTTGTTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TATTTATAATCTTAGCTGCACAACTGAATATGTCTCAATGAATC-TGTTT  947

seq1  ATTTGAAATAGTTAAAGTATATTAATTAATTTTGACTTAGAAAACTGTTG  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATTTGAAATAGTTAAAGTATA-TAATTAATTTTGACTTAG-AAACTGTTG  995

seq1  TTATTATAATTGTTATTGTTATTATTATTATACTTTATTTTATTGCATTG  1050
       |||||||| ||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  -TATTATAA-TGTTAT--GTATTATTA-TATACTTTATTTTATTGCATTG  1040

seq1  ATTGGTTGGTTGAATGTCT-CTGTGTGTTTGTG  1082
      ||  | ||||||||| ||| |||||||||||||
seq2  AT--GGTGGTTGAATTTCTCCTGTGTGTTTGTG  1071

seq1: chr2_99490969_99491620
seq2: B6Ng01-138B09.g_67_674 (reverse)

seq1  TATATGCATATATGCATATATACATATATGCATATATACATATATACATA  50
                                              |||||  |||
seq2  ----------------------------------------TATATGTATA  10

seq1  TATGCA--TATATGCATATATGCATATATACATATATACATATATACATA  98
      |||| |  ||||||||||    | |||||||||||||  |||| ||  ||
seq2  TATGTATCTATATGCATA----CGTATATACATATAT--ATATGTATCTA  54

seq1  TATACATATATACATATATACATATATACATATATACATATATACATATA  148
      ||||  ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCTATGTGTATATATACATATATACATATATACATATATACATATA  104

seq1  TATGTACATATACACACATACATATAGATACATATATACATATACATATG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACATATACACACATACATATAGATACATATATACATATACATATG  154

seq1  TATGTACATATACACACATACATATAGATACATATATACATATACATATG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACATATACACACATACATATAGATACATATATACATATACATATG  204

seq1  TATGTATATGTATACATATATATGTGTGTATGTGTGTGTTATTTTCAAGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATATGTATACATATATATGTGTGTATGTGTGTGTTATTTTCAAGT  254

seq1  AATAATGTAAACATAATTGGAAAAGTGGTTTGTATAATGGTTTGAATAGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGTAAACATAATTGGAAAAGTGGTTTGTATAATGGTTTGAATAGC  304

seq1  TCTCCAGTACTTCTTTCATGGCATAAATATTGGATATGTTTAATTAAATA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGTACTTCTTTCATGGCATAAATATTGGATATGTTTAATTAAATA  354

seq1  TATTCACTGAAGGAGTCTCAATGCCTGCTGCAAATTAAAGGCAATTTTGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACTGAAGGAGTCTCAATGCCTGCTGCAAATTAAAGGCAATTTTGG  404

seq1  ACAAATCAATTGGAGATATGGAAGAATATATCAAGTGCCTTAATTTAAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCAATTGGAGATATGGAAGAATATATCAAGTGCCTTAATTTAAAT  454

seq1  ATCATCGTGGTTAGTTTCCTCTGGAAAATCTAGGAAGGAAAAACTGACAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCGTGGTTAGTTTCCTCTGGAAAATCTAGGAAGGAAAAACTGACAG  504

seq1  AGAAGAATTTCCCTCAAGTGCTAGTAAGCCTGGTATTTAACAGGAGTGGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAATTTCCCTCAAGTGCTAGTAAGCCTGGTATTTAACAGGAGTGGG  554

seq1  AATGATAAGAGAAATATTCATTGGAAATAAATACAAATAGAAGTAAGTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAAGAGAAATATTCATTGGAAATAAATACAAATAGAAGTAAGTGA  604

seq1  ATTC  652
      ||||
seq2  ATTC  608