BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139B20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 108,316,285 - 108,475,030
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043078, LOC668790
Upstream genenone
Downstream geneLOC623003, LOC100043423, LOC623031, Mett5d1, Kif18a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139B20.bB6Ng01-139B20.g
ACCDH938184DH938185
length1,0061,078
definitionDH938184|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139B20, 5' end.DH938185|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139B20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,474,031 - 108,475,030)(108,316,285 - 108,317,383)
sequence
gaattcagaaacttgaattctgtttcttcagggatctttcttgaccaccc
agaactacagctgtcaaactgtccctggaacacctcattgtgttaagatg
cttctgaaactacgttactaattcctaccagaatttattccctgagggca
gagtgatacctttctaagttagggtttatattgctgtgataaagcaccaa
gaccaaacagcaatataaaccctaacttagaaatcttagggagtaaagtg
ttgatttcagattgaatttacaggtaacagtatcactacgagaaaacaga
gtgggaacctgaagccagacactgaagcataagtcatgatggagtgctat
tttactagcttgttcctcatggcttactcaacctgctttttataccaccg
aggaccagggtcctatgcctggatcccttcatgataatcatttttaggta
aatgctcttaaactcttttccatgagcagtctgatggacaagtgttctca
attgaggctcctcttgagcgataactctaactcgtgcaaagctgacaaaa
atctagctaggacagcttccagttactgcctgccaaataagtgatttatg
tggacccacacagacaatatacggtgtccgtttatgagtaacttcatatc
atagaaacaggatattcatggaattcatgtcctcacatctatgaagattc
ccaaagggcaaggaaggtgaagaatttcacaaaatttgggtaagtttcct
aataagacatctaaaatataaggacttaattggatatttgattctttaaa
ttagaaaagctgcatttctcataaaaacatacagtcacagtatccgcact
ggcctaaaaggttttaagatcgcttgctcccttttggttttctacattcc
atttctccactgatctgatttgcttggattccagaactttgggtttagtc
tgaccttttggtctgacatcatttctctggacagatgggagttctgttct
tcagtt
gaattcccttaactgctgtaccttttctccagcacctcaatagtaatttt
accaaatacaggagaatgtataatcaattgcacacaaacttttccagaca
gtacaagatgtggtcctaaagtctatttcccactctttttataagcatag
acaattctcagagacacacaacatagacacagctataaatcaaatctttg
aaatattcataaattgaatatttgaaaaatataaaatcaatataaaaatt
gactcaccatgatcaagtggaatctatcctcaagtaaattaattataatt
aaaagtctaacatagaaacccttgattttctcaggatatttaaaacaatt
ttgataaatttcaacatccattaactataaaacaccaaaagaatcatgaa
tcagatagagtaaatctataagaaatatctgcagctaatagtatggaaaa
taataactttatagaaatcttactaatggtaggaacaatagagaattatc
tttatttagcactatatctatggacttgggcatgatcagtcacatttaga
agcagccaactatcaagtggtatacatattaacaaattgcagtccattgt
tacagaggaactttggagattaatgacaatagactgactgtaaaaatatc
aacgtcatggaatataaagtaagtttgattcaaggccacatagcaacaaa
gcctttatatgacattttatgtcttctggcagttctgaaaatgaattatt
ttgaaaagatattatgtaggcaacatattttatgttaaactataaatatc
agtatgttaagcacaaatttaggtataaaaatttaggtataaaaataagc
aaagataagccgggtgtggtggcacacgcctttaatcccagcactaggga
ggcagaggcaggcagatttctgagttcgaggccagcctggtctacaaagt
gagttccaggacagccagggcaatacagacaaccctgtctggaaaatcaa
aataatataaagcaagagcaaatttaggtatgaaaataagccactaggag
ttcattcatgattactttggggtagttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_108474031_108475030
seq2: B6Ng01-139B20.b_45_1050 (reverse)

seq1  AACTGAAGAACAGAACTACCATCTGTCCAGAGAAATGATGTCAGACCAAA  50
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAGAACAGAACTCCCATCTGTCCAGAGAAATGATGTCAGACCAAA  50

seq1  AGGTCAGACTAAACCCAAAGTTCTGGAATCAAAGC-AATCAGATTCAGTG  99
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||
seq2  AGGTCAGACTAAACCCAAAGTTCTGGAATCCAAGCAAATCAGA-TCAGTG  99

seq1  GAGAAATGGAATGTAG-AAACCAAAAGGGAGCAAGCGATCTTAAAACCTT  148
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATGGAATGTAGAAAACCAAAAGGGAGCAAGCGATCTTAAAACCTT  149

seq1  TTAGGCCAGTGCGGATACTGTG-CTGTATGTTTTTATGAG-AATGCAGCT  196
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTAGGCCAGTGCGGATACTGTGACTGTATGTTTTTATGAGAAATGCAGCT  199

seq1  TTTCTAATTTAAAGAATC-AATATCCAATTAAGTCCTTATATTTTAGATG  245
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAATTTAAAGAATCAAATATCCAATTAAGTCCTTATATTTTAGATG  249

seq1  TCTTATTAGGAAACTTACCCAAATTTTGTG-AATTCTTCACCTTCCTTGC  294
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTAGGAAACTTACCCAAATTTTGTGAAATTCTTCACCTTCCTTGC  299

seq1  CCTTT-GGAATCTTCATAGATGTGAGGACATGAATTCCATGAATATCCTG  343
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGGAATCTTCATAGATGTGAGGACATGAATTCCATGAATATCCTG  349

seq1  TTTCTATGATATGAAGTTACTCATAAACGGACACCGTATATTGTCTGTGT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATGATATGAAGTTACTCATAAACGGACACCGTATATTGTCTGTGT  399

seq1  GGGTCCACATAAATCACTTATTTGGCAGGCAGTAACTGGAAGCTGTCCTA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCACATAAATCACTTATTTGGCAGGCAGTAACTGGAAGCTGTCCTA  449

seq1  GCTAGATTTTTGTCAGCTTTGCACGAGTTAGAGTTATCGCTCAAGAGGAG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGATTTTTGTCAGCTTTGCACGAGTTAGAGTTATCGCTCAAGAGGAG  499

seq1  CCTCAATTGAGAACACTTGTCCATCAGACTGCTCATGGAAAAGAGTTTAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATTGAGAACACTTGTCCATCAGACTGCTCATGGAAAAGAGTTTAA  549

seq1  GAGCATTTACCTAAAAATGATTATCATGAAGGGATCCAGGCATAGGACCC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTTACCTAAAAATGATTATCATGAAGGGATCCAGGCATAGGACCC  599

seq1  TGGTCCTCGGTGGTATAAAAAGCAGGTTGAGTAAGCCATGAGGAACAAGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTCGGTGGTATAAAAAGCAGGTTGAGTAAGCCATGAGGAACAAGC  649

seq1  TAGTAAAATAGCACTCCATCATGACTTATGCTTCAGTGTCTGGCTTCAGG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAATAGCACTCCATCATGACTTATGCTTCAGTGTCTGGCTTCAGG  699

seq1  TTCCCACTCTGTTTTCTCGTAGTGATACTGTTACCTGTAAATTCAATCTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACTCTGTTTTCTCGTAGTGATACTGTTACCTGTAAATTCAATCTG  749

seq1  AAATCAACACTTTACTCCCTAAGATTTCTAAGTTAGGGTTTATATTGCTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAACACTTTACTCCCTAAGATTTCTAAGTTAGGGTTTATATTGCTG  799

seq1  TTTGGTCTTGGTGCTTTATCACAGCAATATAAACCCTAACTTAGAAAGGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCTTGGTGCTTTATCACAGCAATATAAACCCTAACTTAGAAAGGT  849

seq1  ATCACTCTGCCCTCAGGGAATAAATTCTGGTAGGAATTAGTAACGTAGTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTCTGCCCTCAGGGAATAAATTCTGGTAGGAATTAGTAACGTAGTT  899

seq1  TCAGAAGCATCTTAACACAATGAGGTGTTCCAGGGACAGTTTGACAGCTG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGCATCTTAACACAATGAGGTGTTCCAGGGACAGTTTGACAGCTG  949

seq1  TAGTTCTGGGTGGTCAAGAAAGATCCCTGAAGAAACAGAATTCAAGTTTC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTGGGTGGTCAAGAAAGATCCCTGAAGAAACAGAATTCAAGTTTC  999

seq1  TGAATTC  1000
      |||||||
seq2  TGAATTC  1006

seq1: chr2_108316285_108317383
seq2: B6Ng01-139B20.g_67_1144

seq1  GAATTCCCTTAACTGCTGTACCTTTTCTCCAGCACCTCAATAGTAATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTAACTGCTGTACCTTTTCTCCAGCACCTCAATAGTAATTTT  50

seq1  ACCAAATACAGGAGAATGTATAATCAATTGCACACAAACTTTTCCAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAATACAGGAGAATGTATAATCAATTGCACACAAACTTTTCCAGACA  100

seq1  GTACAAGATGTGGTCCTAAAGTCTATTTCCCACTCTTTTTATAAGCATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAGATGTGGTCCTAAAGTCTATTTCCCACTCTTTTTATAAGCATAG  150

seq1  ACAATTCTCAGAGACACACAACATAGACACAGCTATAAATCAAATCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTCTCAGAGACACACAACATAGACACAGCTATAAATCAAATCTTTG  200

seq1  AAATATTCATAAATTGAATATTTGAAAAATATAAAATCAATATAAAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTCATAAATTGAATATTTGAAAAATATAAAATCAATATAAAAATT  250

seq1  GACTCACCATGATCAAGTGGAATCTATCCTCAAGTAAATTAATTATAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCACCATGATCAAGTGGAATCTATCCTCAAGTAAATTAATTATAATT  300

seq1  AAAAGTCTAACATAGAAACCCTTGATTTTCTCAGGATATTTAAAACAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCTAACATAGAAACCCTTGATTTTCTCAGGATATTTAAAACAATT  350

seq1  TTGATAAATTTCAACATCCATTAACTATAAAACACCAAAAGAATCATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAATTTCAACATCCATTAACTATAAAACACCAAAAGAATCATGAA  400

seq1  TCAGATAGAGTAAATCTATAAGAAATATCTGCAGCTAATAGTATGGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAGAGTAAATCTATAAGAAATATCTGCAGCTAATAGTATGGAAAA  450

seq1  TAATAACTTTATAGAAATCTTACTAATGGTAGGAACAATAGAGAATTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAACTTTATAGAAATCTTACTAATGGTAGGAACAATAGAGAATTATC  500

seq1  TTTATTTAGCACTATATCTATGGACTTGGGCATGATCAGTCACATTTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTAGCACTATATCTATGGACTTGGGCATGATCAGTCACATTTAGA  550

seq1  AGCAGCCAACTATCAAGTGGTATACATATTAACAAATTGCAGTCCATTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCAACTATCAAGTGGTATACATATTAACAAATTGCAGTCCATTGT  600

seq1  TACAGAGGAACTTTGGAGATTAATGACAATAGACTGACTGTAAAAATATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGGAACTTTGGAGATTAATGACAATAGACTGACTGTAAAAATATC  650

seq1  AACGTCATGGAATATAAAGTAAGTTTGATTCAAGGCCACATAGCAACAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTCATGGAATATAAAGTAAGTTTGATTCAAGGCCACATAGCAACAAA  700

seq1  GCCTTTATATGACATTTTATGTCTTCTGGCAGTTCTGAAAATGAATTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTATATGACATTTTATGTCTTCTGGCAGTTCTGAAAATGAATTATT  750

seq1  TTGAAAAGATATTATGTAGGCAACATATTTTATGTTAAACTATAAATATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAGATATTATGTAGGCAACATATTTTATGTTAAACTATAAATATC  800

seq1  AGTATGTTAAGCACAAATTTAGGTATAAAAATTTAGGTATAAAAATAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTTAAGCACAAATTTAGGTATAAAAATTTAGGTATAAAAATAAGC  850

seq1  AAAGATAAGCCGGGTGTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTAGGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATAAGCCGGGTGTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTAGGGA  900

seq1  GGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGT  950

seq1  GAGTTCCAGGACAGCCAGGGCAATACAGACAAACCCTGTCTGGAAAAACC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | 
seq2  GAGTTCCAGGACAGCCAGGGCAATACAGAC-AACCCTGTCTGGAAAATC-  998

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAAAGAGCAAAATTTAGGTATAGAA  1050
                 |||| || | ||||| |||||| |||||||||||| |||
seq2  -----------AAAATAATATAAAGC-AAGAGC-AAATTTAGGTAT-GAA  1034

seq1  AATAAGCCACTAAGGAGTTCATTTCAATGAATTACTTTTGGGGTAGTTT  1099
      ||||||||||| |||||||||||   ||| ||||| |||||||||||||
seq2  AATAAGCCACT-AGGAGTTCATT--CATG-ATTAC-TTTGGGGTAGTTT  1078