BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139D02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 101,294,794 - 101,422,327
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB230118H07Rik
Upstream geneLOC241572, LOC668705
Downstream geneRag2, Rag1, LOC100042930, Traf6, 2600010E01Rik, LOC100043302, Commd9, Ldlrad3, LOC674202, Trim44, Fjx1, E430002G05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139D02.bB6Ng01-139D02.g
ACCDH938242DH938243
length1,210975
definitionDH938242|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139D02, 5' end.DH938243|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139D02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,421,081 - 101,422,327)(101,294,794 - 101,295,756)
sequence
gaattcattagtcctttggtggcatcctgtgaactgaatttagccatcct
aattctgctattgtgtgaggttgatacattgaaactgttggttcttgtct
gtatattaaacattgacaaaatcagcttcatagtcgagcaggagagtgct
gtgttgggcactgttgtgatggagtttcttcatcactagcagtaggtctg
tacttgccatatggcctgctgttctgctcgtcccaatggaaactgtggat
agctgaggagaacctctctgaggggtggtatttggcagtttttatatccc
ttagcatttgatagcagtgagctgtagccacagacaggagggagcacctg
catggagcagcctccagagttgtacatctttggctggctctgatgagtgg
gcccctttgctttacttgttggttcagctattcttgaataggtctagggg
accagaatccttagctttataagtgtaggctcagggagctggcactcctc
cacccctggcagggccagtgttgtacctgcagagcctgtggtgtctgaga
gccttggctccaggcttgaagcgtttctagagctcttcccgtgaaactga
caaaatgttgctggagagtgaaagttcttcaggagctgcagtgatcacct
gggctcactgtgtggttagtgtgtgtttttctcaaggtgtctgtggtatt
cagaacagctagtacatgcatcagagaaatccaggtggccgtttacaagt
caatgctgaaggctgccagtgcaacatgggataacagctgtgaattaggg
agtcacatcgtcctgtccccaacatctctgcttatttgcagggaaatgat
cagcattgcttacaacaagaacctaaacaggtatcactaatgctaatagt
gacttataagcctctaacaccatgtacaagtggtgaacaccaggcaaggt
tatcagaaagaagtggctccccttcatctgtctcacactgatataacaat
gtgctagcaaagtttgtaagtccccttatacctcccccaaccctgctctc
aatcaccatcttcccttctgcctggtatttccctgaattcgcatatattc
tttgcaagacatgcctcccttcatgtatggccagtagcatcttctgtctc
atatgcagctaggaaacgaagccagatacggatctacggtttcatgtttg
gacatagctt
gaattctgtattttgagatggaagaatggatgcttagcaggtaattagca
gactctgttgagaaaagatatagatacttgagtaaaacattattactggt
tcttagaggcaattttactaatattcagtgcatataaaaataaatgcttt
aaaactttataaaatatttttattttttgagattataatataattatatc
atcccccctttcctcccaccaaaacttcccatatacccctcattgctctt
ttaaattcatgacctctcttttgattaattgctgctacacacacacacac
acacagacacacacacatatatgtattgatacataaagtacagcctatca
tatttaatataccccttgcttttctgtactcgggaaattttttcaaagga
tttatgactttttctatctataaactcattttatttctgcaaaagaagcc
ttcctcgttatgttttttgaattcttttattagatactttctttatttac
atttcaaatgttatcccctttcctggtttccccctctgaaaacctcctat
cggatccccctccccctgcttctatgagggtgctccctcacccacccact
cccacttccccatcctggcattcccatacagtggggcatcaagccttcac
aggacccagggcctctcctcccattgatgtctgacaaggccatttactgc
tacatatgcagctggagccatgggtccctccatgtgtactctttggtttg
tggtttagtccctgggagctctggggtggaggtctggttgattgatattt
tttgttcttcctatggggttgcaaaccccttaagctccttcagccctttc
tctagctcctccattggggaccccgtgctcagtctaatggttggctgcaa
gcatccacctctgtatctgtcagctctagcagagcctctcaggagacagc
tatacaggctcctgtcagcagcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_101421081_101422327
seq2: B6Ng01-139D02.b_47_1256 (reverse)

seq1  AAGCTATGTCACAAACAATAGAAAACGTTGATGTTTTACGTTGATTCCCC  50
      |||||||||| ||||||   |||| ||| ||     | |||  ||    |
seq2  AAGCTATGTC-CAAACA--TGAAACCGTAGA-----TCCGT--AT----C  36

seq1  TGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTAATTGGCC  100
      ||   |||| || |||||||||||||   |||||||||  || | |||||
seq2  TGGCTTCGTTTC-CTAGCTGCATATGAGACAGAAGATG--CT-ACTGGCC  82

seq1  AT-CATTGGGAGGGGAGGCACTTGGTCTTGCAAAGATTATATGCCGAAAT  149
      || |||   || ||||||||    |||||||||||| |||||||   |||
seq2  ATACAT---GAAGGGAGGCA---TGTCTTGCAAAGAATATATGC--GAAT  124

seq1  ACAGGGAAATACCAGGGCCAGGAAGTGAGAGTGGGTGGATTGGAGAGCAG  199
       |||||||||||||||  || |||| || ||  ||| |||| ||||||||
seq2  TCAGGGAAATACCAGG--CA-GAAGGGA-AGATGGT-GATT-GAGAGCAG  168

seq1  GGTGGGGGAGGGTATAAGGGGACTTTTACAAACTTTGCTAGCCACATTGG  249
      ||| ||||  |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| 
seq2  GGTTGGGGGAGGTATAAGGGGAC--TTACAAACTTTGCTAG-CACATTG-  214

seq1  TTTATATCAGTGTGAGACAGATGAAGGGGAGCCACTTCTTTCTGATAACC  299
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTATATCAGTGTGAGACAGATGAAGGGGAGCCACTTCTTTCTGATAACC  263

seq1  TTGCCTGGTGTTCACCACTTGTACATGGTGTTAGAGGCTTATAAGTCACT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGGTGTTCACCACTTGTACATGGTGTTAGAGGCTTATAAGTCACT  313

seq1  ATTAGCATTAGTGATACCTGTTTAGGTTCTTGTTGTAAGCAATGCTGATC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCATTAGTGATACCTGTTTAGGTTCTTGTTGTAAGCAATGCTGATC  363

seq1  ATTTCCCTGCAAATAAGCAGAGATGTTGGGGACAGGACGATGTGACTCCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCTGCAAATAAGCAGAGATGTTGGGGACAGGACGATGTGACTCCC  413

seq1  TAATTCACAGCTGTTATCCCATGTTGCACTGGCAGCCTTCAGCATTTGAC  499
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAATTCACAGCTGTTATCCCATGTTGCACTGGCAGCCTTCAGCA-TTGAC  462

seq1  TTGTAAACGGCCACCTGGATTTCTCTGATGCATGTACTAGCTGTTCTGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAACGGCCACCTGGATTTCTCTGATGCATGTACTAGCTGTTCTGAA  512

seq1  TACCACAGACACCTTGAGAAAAACACACACTAACCACACAGTGAGCCCAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACAGACACCTTGAGAAAAACACACACTAACCACACAGTGAGCCCAG  562

seq1  GTGATCACTGCAGCTCCTGAAGAACTTTCACTCTCCAGCAACATTTTGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCACTGCAGCTCCTGAAGAACTTTCACTCTCCAGCAACATTTTGTC  612

seq1  AGTTTCACGGGAAGAGCTCTAGAAACGCTTCAAGCCTGGAGCCAAGGCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCACGGGAAGAGCTCTAGAAACGCTTCAAGCCTGGAGCCAAGGCTC  662

seq1  TCAGACACCACAGGCTCTGCAGGTACAACACTGGCCCTGCCAGGGGTGGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACACCACAGGCTCTGCAGGTACAACACTGGCCCTGCCAGGGGTGGA  712

seq1  GGAGTGCCAGCTCCCTGAGCCTACACTTATAAAGCTAAGGATTCTGGTCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGCCAGCTCCCTGAGCCTACACTTATAAAGCTAAGGATTCTGGTCC  762

seq1  CCTAGACCTATTCAAGAATAGCTGAACCAACAAGTAAAGCAAAGGGGCCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGACCTATTCAAGAATAGCTGAACCAACAAGTAAAGCAAAGGGGCCC  812

seq1  ACTCATCAGAGCCAGCCAAAGATGTACAACTCTGGAGGCTGCTCCATGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATCAGAGCCAGCCAAAGATGTACAACTCTGGAGGCTGCTCCATGCA  862

seq1  GGTGCTCCCTCCTGTCTGTGGCTACAGCTCACTGCTATCAAATGCTAAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCCCTCCTGTCTGTGGCTACAGCTCACTGCTATCAAATGCTAAGG  912

seq1  GATATAAAAACTGCCAAATACCACCCCTCAGAGAGGTTCTCCTCAGCTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAAAAACTGCCAAATACCACCCCTCAGAGAGGTTCTCCTCAGCTAT  962

seq1  CCACAGTTTCCATTGGGACGAGCAGAACAGCAGGCCATATGGCAAGTACA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTTTCCATTGGGACGAGCAGAACAGCAGGCCATATGGCAAGTACA  1012

seq1  GACCTACTGCTAGTGATGAAGAAACTCCATCACAACAGTGCCCAACACAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTACTGCTAGTGATGAAGAAACTCCATCACAACAGTGCCCAACACAG  1062

seq1  CACTCTCCTGCTCGACTATGAAGCTGATTTTGTCAATGTTTAATATACAG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCCTGCTCGACTATGAAGCTGATTTTGTCAATGTTTAATATACAG  1112

seq1  ACAAGAACCAACAGTTTCAATGTATCAACCTCACACAATAGCAGAATTAG  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAACCAACAGTTTCAATGTATCAACCTCACACAATAGCAGAATTAG  1162

seq1  GATGGCTAAATTCAGTTCACAGGATGCCACCAAAGGACTAATGAATTC  1247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCTAAATTCAGTTCACAGGATGCCACCAAAGGACTAATGAATTC  1210

seq1: chr2_101294794_101295756
seq2: B6Ng01-139D02.g_67_1027

seq1  GAATTCTGTATTTTGAGATGGAAGAATGGATGCTTAGCAGGTAATTAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTATTTTGAGATGGAAGAATGGATGCTTAGCAGGTAATTAGCA  50

seq1  GACTCTGTTGAGAAAAGATATAGATACTTGAGTAAAACATTATTACTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGTTGAGAAAAGATATAGATACTTGAGTAAAACATTATTACTGGT  100

seq1  TCTTAGAGGCAATTTTACTAATATTCAGTGCATATAAAAATAAATGCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGAGGCAATTTTACTAATATTCAGTGCATATAAAAATAAATGCTTT  150

seq1  AAAACTTTATAAAATATTTTTATTTTTTGAGATTATAATATAATTATATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTTATAAAATATTTTTATTTTTTGAGATTATAATATAATTATATC  200

seq1  ATCCCCCCTTTCCTCCCACCAAAACTTCCCATATACCCCTCATTGCTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCCCTTTCCTCCCACCAAAACTTCCCATATACCCCTCATTGCTCTT  250

seq1  TTAAATTCATGACCTCTCTTTTGATTAATTGCTGCTACACACACACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTCATGACCTCTCTTTTGATTAATTGCTGCTACACACACACACAC  300

seq1  ACACAGACACACACACATATATGTATTGATACATAAAGTACAGCCTATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGACACACACACATATATGTATTGATACATAAAGTACAGCCTATCA  350

seq1  TATTTAATATACCCCTTGCTTTTCTGTACTCGGGAAATTTTTTCAAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAATATACCCCTTGCTTTTCTGTACTCGGGAAATTTTTTCAAAGGA  400

seq1  TTTATGACTTTTTCTATCTATAAACTCATTTTATTTCTGCAAAAGAAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGACTTTTTCTATCTATAAACTCATTTTATTTCTGCAAAAGAAGCC  450

seq1  TTCCTCGTTATGTTTTTTGAATTCTTTTATTAGATACTTTCTTTATTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCGTTATGTTTTTTGAATTCTTTTATTAGATACTTTCTTTATTTAC  500

seq1  ATTTCAAATGTTATCCCCTTTCCTGGTTTCCCCCTCTGAAAACCTCCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAATGTTATCCCCTTTCCTGGTTTCCCCCTCTGAAAACCTCCTAT  550

seq1  CGGATCCCCCTCCCCCTGCTTCTATGAGGGTGCTCCCTCACCCACCCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATCCCCCTCCCCCTGCTTCTATGAGGGTGCTCCCTCACCCACCCACT  600

seq1  CCCACTTCCCCATCCTGGCATTCCCATACAGTGGGGCATCAAGCCTTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTCCCCATCCTGGCATTCCCATACAGTGGGGCATCAAGCCTTCAC  650

seq1  AGGACCCAGGGCCTCTCCTCCCATTGATGTCTGACAAGGCCATTTACTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCAGGGCCTCTCCTCCCATTGATGTCTGACAAGGCCATTTACTGC  700

seq1  TACATATGCAGCTGGAGCCATGGGTCCCTCCATGTGTACTCTTTGGTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATGCAGCTGGAGCCATGGGTCCCTCCATGTGTACTCTTTGGTTTG  750

seq1  TGGTTTAGTCCCTGGGAGCTCTGGGGTGGAGGTCTGGTTGATTGATATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAGTCCCTGGGAGCTCTGGGGTGGAGGTCTGGTTGATTGATATTT  800

seq1  TTTGTTCTTCCTATGGGGTTGCAAACCCCTTAAGCTCCTTCAGCCCTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCTTCCTATGGGGTTGCAAACCCCTTAAGCTCCTTCAGCCCTTTC  850

seq1  TCTAGCTCCTCCATTGGGGACCCCGTGCTCAGTCTAATGGTTGGCTGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTCCTCCATTGGGGACCCCGTGCTCAGTCTAATGGTTGGCTGCAA  900

seq1  GCATCCACCTCTGTATCTGTCAGGCTCTAGCAGAGCCTCTCAGGAGACAG  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCACCTCTGTATCTGTCA-GCTCTAGCAGAGCCTCTCAGGAGACAG  949

seq1  CTATAACAGGCTC  963
      |||| ||||||||
seq2  CTAT-ACAGGCTC  961