BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139I19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 119,453,413 - 119,647,672
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNusap1, Ndufaf1, LOC625328, LOC100043622, Rtf1, Itpka, Ltk, Rpap1, Tyro3
Upstream geneBub1b, Pak6, Gm1337, Plcb2, LOC100043272, A430105I19Rik, Disp2, D2Ertd750e, Ivd, Bahd1, Chst14, LOC677379, Ccdc32, Rpusd2, Casc5, Rad51, 1200015F23Rik, Gchfr, Dnajc17, OTTMUSG00000015762, LOC545640, Zfyve19, Ppp1r14d, Spint1, Rhov, Vps18, LOC100043609, Dll4, Chac1, Inoc1, LOC100043612, Exdl1, 1500003O03Rik, LOC100043307, Oip5
Downstream gene6330405D24Rik, LOC625403, Mga, Mapkbp1, Pla2g4b, Spnb5, Ehd4, Pla2g4e, LOC100043635, Pla2g4d, Pla2g4f, Vps39, Tmem87a, Ganc, Capn3, Zfp106, Snap23, Lrrc57, Cep27, Stard9, Cdan1, Ttbk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139I19.bB6Ng01-139I19.g
ACCDH938504DH938505
length1,0771,027
definitionDH938504|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139I19, 5' end.DH938505|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139I19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,453,413 - 119,454,489)(119,646,651 - 119,647,672)
sequence
gaattcctacctcccaggtgaatgggactgtgcaaactgaagagaagcca
ccagaactagcacagtctatctaccataactggcacacttttagtgagct
tccatttaccttccttcatgatgctagatgactggaaacatgctgtgttc
tgcaggctcctcagaagtagagatccatgtctgctgtgctccccactgta
cacctgatcctagcactcgggaagaaatgactagtactaagtataaatta
gatgcccatttaaggggctggagacagatgagggttggctaagggattaa
gagggcttgctgctgtgcagttcggatctcagtacccatgtgaaagccag
acatggtcccatgcaaacctgtaattgtagctctgaggagagtgaaaact
atctctggggcttgttggccactggtctaacctaaaaacaagatatccaa
gtttgggggctggagagatggctcagcggttaagggcactgactgttctt
ccagaggtcttgatttcaattcccagcaaccacatggtggctcacaacca
tcagtaatgggatacgatgccctcttctggtgtgtctgaagacagcaaca
gtgtactcataaaataaatcttaaataaaaaaaaaaaaaaagatctccaa
gttcatgagagatcctgccttaaagggaacaaagtggagaataatagaga
gggtcccctcccacctcccccacaatgccctcctctggcattcatgcaat
cctacaaaaattgattgaataatatgagtgttcacatggtggtcacatag
gtggactgtaataaagatggaagaaagagggaccagcctgaagtgtggag
ctttaaaggtctttttccttagtttgctcctagcctggtgatgctcagtc
tgtgcttgtgtggtcatgttgagaaacgaggtgcttcctcacttgctttg
atcacactgactttactcttggctctattcacatggcactctcttctcag
gcataaggcatacagctagatgtcagtggggaagccaagacactgagggt
attgaggttaacacagttgggtactac
gaattccctgcctctaaatgcatagctgaaactacaagcctgagagccac
tagccctatctctctcttggggttggttggttcgttttgagacagggtct
caagtagcccagactggccttgaacttgctacacatcccaggaagacctt
gactacctgatcctggtctctaccagccaccaaactagggccaggcgcca
gtctcctgtctccctgctttccaggtgcagacagacttccacagtttcct
taagcataagctttggggcaaaaataaataaataaataaataaataaata
aataaataaataaataaataaataaataaataaaacccacaggctcattt
gtattcttctccatcaagtcggtacttaggggatgaatttaaacctccag
aggaggcaaactcaagacagttttaacaaaggagtggctggtcttcagtg
cttgaaaagcttgactaggtgacttgggaatatggggctcctgctgggta
cacacaggtcacttctcctgaggcctgcagctctgcttagctgcctgggc
gcccgctctactcgcagctggagagctgccacatggaggacaaagacgat
ggtgtcccctcaacccggcagagcctttccttgccaaggcctggcaaaga
gaagtcgcatgtgacctgcgtgtgacctagcctctgaatgggctctaact
catcttctcagccttgaccggccgtcagagttaaagggtcagcaggctca
gcataggcccagggtcactgagggtcttcctggtcctttgacttaatttt
atgtgtatacatgtatgtctttatactacacacatgcctggtgtccacag
aggccaggagaggatgatggatccttctggaattggagttacagttctgg
ttgtgagattacaatgtggatgctgggaactgaacccagaatcttcttaa
agaagtcagtgctctgctgaaccatctcaccacccctataggattctttt
acttatttatttttgttttttgagaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_119453413_119454489
seq2: B6Ng01-139I19.b_46_1122

seq1  GAATTCCTACCTCCCAGGTGAATGGGACTGTGCAAACTGAAGAGAAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACCTCCCAGGTGAATGGGACTGTGCAAACTGAAGAGAAGCCA  50

seq1  CCAGAACTAGCACAGTCTATCTACCATAACTGGCACACTTTTAGTGAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACTAGCACAGTCTATCTACCATAACTGGCACACTTTTAGTGAGCT  100

seq1  TCCATTTACCTTCCTTCATGATGCTAGATGACTGGAAACATGCTGTGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTACCTTCCTTCATGATGCTAGATGACTGGAAACATGCTGTGTTC  150

seq1  TGCAGGCTCCTCAGAAGTAGAGATCCATGTCTGCTGTGCTCCCCACTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCTCCTCAGAAGTAGAGATCCATGTCTGCTGTGCTCCCCACTGTA  200

seq1  CACCTGATCCTAGCACTCGGGAAGAAATGACTAGTACTAAGTATAAATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGATCCTAGCACTCGGGAAGAAATGACTAGTACTAAGTATAAATTA  250

seq1  GATGCCCATTTAAGGGGCTGGAGACAGATGAGGGTTGGCTAAGGGATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCCATTTAAGGGGCTGGAGACAGATGAGGGTTGGCTAAGGGATTAA  300

seq1  GAGGGCTTGCTGCTGTGCAGTTCGGATCTCAGTACCCATGTGAAAGCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTTGCTGCTGTGCAGTTCGGATCTCAGTACCCATGTGAAAGCCAG  350

seq1  ACATGGTCCCATGCAAACCTGTAATTGTAGCTCTGAGGAGAGTGAAAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTCCCATGCAAACCTGTAATTGTAGCTCTGAGGAGAGTGAAAACT  400

seq1  ATCTCTGGGGCTTGTTGGCCACTGGTCTAACCTAAAAACAAGATATCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGGGGCTTGTTGGCCACTGGTCTAACCTAAAAACAAGATATCCAA  450

seq1  GTTTGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGGGCACTGACTGTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGGGCACTGACTGTTCTT  500

seq1  CCAGAGGTCTTGATTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGTCTTGATTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCA  550

seq1  TCAGTAATGGGATACGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAATGGGATACGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCAACA  600

seq1  GTGTACTCATAAAATAAATCTTAAATAAAAAAAAAAAAAAAGATCTCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACTCATAAAATAAATCTTAAATAAAAAAAAAAAAAAAGATCTCCAA  650

seq1  GTTCATGAGAGATCCTGCCTTAAA-GGAACAAAGTGGAGAATAATAGAGA  699
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGAGAGATCCTGCCTTAAAGGGAACAAAGTGGAGAATAATAGAGA  700

seq1  GGGTCCCCTCCCACCTCCCCCACAATGCCCTCCTCTGGCATTCATGCAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCCCTCCCACCTCCCCCACAATGCCCTCCTCTGGCATTCATGCAAT  750

seq1  CCTACAAAAATTGATTGAATAATATGAGTGTTCACATGGTGGTCACATAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAAAAATTGATTGAATAATATGAGTGTTCACATGGTGGTCACATAG  800

seq1  GTGGACTGTAATAAAGATGGAAGAAAGAGGGACCAGCCTGAAGTGTGGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACTGTAATAAAGATGGAAGAAAGAGGGACCAGCCTGAAGTGTGGAG  850

seq1  CTTT-AAGGTC-TCTTCCTTAGTTTGCTCCTAGCCTGGTGATGCTCAGTC  897
      |||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAGGTCTTTTTCCTTAGTTTGCTCCTAGCCTGGTGATGCTCAGTC  900

seq1  TGTGCTTGTGTGGTCATGTTGAGAAACGAGGTGCTTCCTCACTTGCTTTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTGTGTGGTCATGTTGAGAAACGAGGTGCTTCCTCACTTGCTTTG  950

seq1  ATCACACTGACTTTACTCTTGGCTCTTATTCACATGGCACTTCTCTTCCC  997
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |
seq2  ATCACACTGACTTTACTCTTGGCTC-TATTCACATGGCAC-TCTCTTCTC  998

seq1  AGGCATAAAGGCATACAGCTAGAATGTCAGTGGGGGAAGCAGAGACAC-G  1046
      |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||| |
seq2  AGGCAT-AAGGCATACAGCTAG-ATGTCAGT-GGGGAAGCCAAGACACTG  1045

seq1  AGGGTA-TGAGGTTAAACACAGTT-GGTACTAC  1077
      |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  AGGGTATTGAGGTT-AACACAGTTGGGTACTAC  1077

seq1: chr2_119646651_119647672
seq2: B6Ng01-139I19.g_66_1092 (reverse)

seq1  TGTCTCAAAAAAACAAAATAAATAAGTAAAAGATACCTATAAGGGGTGGT  50
      ||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||
seq2  TGTCTCAAAAAACAAAAATAAATAAGTAAAAGAATCCTAT-AGGGGTGGT  49

seq1  GAGATGGTTCAGCAGAGCACTGACTTCTTTAAGAGGA-TCTGGGTTCAGT  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
seq2  GAGATGGTTCAGCAGAGCACTGACTTCTTTAAGAAGATTCTGGGTTCAGT  99

seq1  TCCCAGCATCCACATGGT-ATCTCACAACCAGAACTGTAACTCCAATTCC  148
      ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCATCCACATTGTAATCTCACAACCAGAACTGTAACTCCAATTCC  149

seq1  AG-AGGATCCATCATCCTCTCCTGGCCTCTGTGGACACCAGGCATGTGTG  197
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGATCCATCATCCTCTCCTGGCCTCTGTGGACACCAGGCATGTGTG  199

seq1  TAGTATAAAGACATACATGTATACACATAAAATTAAGTCAAAGGACCAGG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATAAAGACATACATGTATACACATAAAATTAAGTCAAAGGACCAGG  249

seq1  AAGACCCTCAGTGACCCTGGGCCTATGCTGAGCCTGCTGACCCTTTAACT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCTCAGTGACCCTGGGCCTATGCTGAGCCTGCTGACCCTTTAACT  299

seq1  CTGACGGCCGGTCAAGGCTGAGAAGATGAGTTAGAGCCCATTCAGAGGCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACGGCCGGTCAAGGCTGAGAAGATGAGTTAGAGCCCATTCAGAGGCT  349

seq1  AGGTCACACGCAGGTCACATGCGACTTCTCTTTGCCCAGGCCTTGGCAAG  397
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGGTCACACGCAGGTCACATGCGACTTCTCTTTG-CCAGGCCTTGGCAAG  398

seq1  GAAAGGCTCTGCCGGGTTGAGGGGACACCATCGTCTTTGTCCTCCATGTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCTCTGCCGGGTTGAGGGGACACCATCGTCTTTGTCCTCCATGTG  448

seq1  GCAGCTCTCCAGCTGCGAGTAGAGCGGGCGCCCAGGCAGCTAAGCAGAGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCTCCAGCTGCGAGTAGAGCGGGCGCCCAGGCAGCTAAGCAGAGC  498

seq1  TGCAGGCCTCAGGAGAAGTGACCTGTGTGTACCCAGCAGGAGCCCCATAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCCTCAGGAGAAGTGACCTGTGTGTACCCAGCAGGAGCCCCATAT  548

seq1  TCCCAAGTCACCTAGTCAAGCTTTTCAAGCACTGAAGACCAGCCACTCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGTCACCTAGTCAAGCTTTTCAAGCACTGAAGACCAGCCACTCCT  598

seq1  TTGTTAAAACTGTCTTGAGTTTGCCTCCTCTGGAGGTTTAAATTCATCCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAAAACTGTCTTGAGTTTGCCTCCTCTGGAGGTTTAAATTCATCCC  648

seq1  CTAAGTACCGACTTGATGGAGAAGAATACAAATGAGCCTGTGGGT----T  693
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |
seq2  CTAAGTACCGACTTGATGGAGAAGAATACAAATGAGCCTGTGGGTTTTAT  698

seq1  TTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTT  748

seq1  ATTTATTTTTGCCCCAAAGCTTATGCTTAAGGAAACTGTGGAAGTCTGTC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTTTGCCCCAAAGCTTATGCTTAAGGAAACTGTGGAAGTCTGTC  798

seq1  TGCACCTGGAAAGCAGGGAGACAGGAGACTGGCGCCTGGCCCTAGTTTGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTGGAAAGCAGGGAGACAGGAGACTGGCGCCTGGCCCTAGTTTGG  848

seq1  TGGCTGGTAGAGACCAGGATCAGGTAGTCAAGGTCTTCCTGGGATGTGTA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGTAGAGACCAGGATCAGGTAGTCAAGGTCTTCCTGGGATGTGTA  898

seq1  GCAAGTTCAAGGCCAGTCTGGGCTACTTGAGACCCTGTCTCAAAACGAAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTCAAGGCCAGTCTGGGCTACTTGAGACCCTGTCTCAAAACGAAC  948

seq1  CAACCAACCCCAAGAGAGAGATAGGGCTAGTGGCTCTCAGGCTTGTAGTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAACCCCAAGAGAGAGATAGGGCTAGTGGCTCTCAGGCTTGTAGTT  998

seq1  TCAGCTATGCATTTAGAGGCAGGGAATTC  1022
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTATGCATTTAGAGGCAGGGAATTC  1027