BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140C01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 145,784,294 - 145,921,176
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930529M08Rik
Upstream geneSlc24a3, LOC627312, OTTMUSG00000015643, LOC433482, LOC100043810, Rin2, Nat5, Crnkl1, LOC100043563
Downstream geneInsm1, A230067G21Rik, LOC668918, Gm114, Xrn2, Nkx2-4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140C01.bB6Ng01-140C01.g
ACCDH938939DH938940
length1,057834
definitionDH938939|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140C01, 5' end.DH938940|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140C01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,784,294 - 145,785,355)(145,920,344 - 145,921,176)
sequence
gaattctccacccaagcagcactctgaatgaacatacaaaggaatggctg
cttttcagaactctgtttctagtcttctttgtgctgatggagttattaac
cccagattggtcatcaccatggggatgggatacaccctgcaaatggcagg
gtggggcgcccagtaaacttgccaccctcgctcacagtgagacggggctg
tcctctcgtctgaccccggtaggcagtgctcacagctttagagtgctggc
tcttggagattttgctgcatggatggttctccttagccgaggtgttcttt
ctgtgaggcaggcctttgtcatatgccatttgagactttgaggctgatgt
catccattatcattagcgctaaggatgatgcaagatcttaaattatcgat
taccccaaggaatgcatttagtatgttgagcaagttcctctatccatttt
ggagacgggcttaagggacagtgttcagaactccaagctttggatgtttg
cttcttgtttttttcccaggagagttgctattaaggtccgattttggaca
gctttgttatgtgcagtggaaggttcacggctaggctcagggctcgctgt
ctctccagatctttattcctgattttaatattgagtattatttgttttag
tttaagattatgaatatgtgtttcttcgccgtatgaaacatttacaaaca
cacacacatatacacactcatgaaaactcagagctacaattttattaagt
acatatataaatatacactatataatgatcaaatctatgtacatcaatgt
agttaacatcaccatctcaaattatttttttcttctgtttgtttttgaga
caggaattcattatgtagcattgactgtcctctaactcactatgtagacc
agggtggcttgaactcatggaaatctgtctgctgtcctcatatgctaccc
tgttgctgggcttaaagtcatacatcaccatactcagtctcaactttaaa
aaaaaatggtttcatttattcttgagaatttcacaaggctatttggatca
atccatt
gaattctacaggttatgccatgtttgagtgtcagcccacttccaagaaac
tggactcctaacccccacagtgcagcatttcccttggagtcctcaaggca
atacagtgacgtcagtagtgttattagctctatttttctcaggtaaaact
gaggcacaatggttttcagagaccatccatattaagtgtcacctcactta
acctctgcctgtacagtcgccccctagaactggaggtgtgtgcgatggga
cgccctgttgaacaccaaaatctgaaggtgcccaagtctctgattcaaga
tgccatgacaggcacacataaggtatataccaccacttgaatacttaata
tcatcgcagaattgcttataacaacttacacagaataaaaagtaagtagc
tggtctactgtgttgtattggaataaagtctgcttgtgctcagagcagtc
aggtttttctcccaaggattctctgctgatgccgcttgcatctatggatg
aaaacccccagggaagacttgcaggaggcactgtcctgtgggcctcaagt
cgttcagatgcttttaacacatcatctaactcccaccgttcgacaccagc
ctttccactttcagacatgcacagttatccgtgtcagggcaccaagactg
tcacctagcagaatagtctacaggatccttttctgagagcaaggctgtca
catggcatgacagcatacaactacaattccagaacttgggaggctgaggc
aagaggatcatcaattgcaggctacttttggccacacagttgagtctctc
tctctctctctctctctctctctctctctctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_145784294_145785355
seq2: B6Ng01-140C01.b_44_1100

seq1  GAATTCTCCACCCAAGCAGCACTCTGAATGAACATACAAAGGAATGGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCACCCAAGCAGCACTCTGAATGAACATACAAAGGAATGGCTG  50

seq1  CTTTTCAGAACTCTGTTTCTAGTCTTCTTTGTGCTGATGGAGTTATTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGAACTCTGTTTCTAGTCTTCTTTGTGCTGATGGAGTTATTAAC  100

seq1  CCCAGATTGGTCATCACCATGGGGATGGGATACACCCTGCAAATGGCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATTGGTCATCACCATGGGGATGGGATACACCCTGCAAATGGCAGG  150

seq1  GTGGGGCGCCCAGTAAACTTGCCACCCTCGCTCACAGTGAGACGGGGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGCGCCCAGTAAACTTGCCACCCTCGCTCACAGTGAGACGGGGCTG  200

seq1  TCCTCTCGTCTGACCCCGGTAGGCAGTGCTCACAGCTTTAGAGTGCTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCGTCTGACCCCGGTAGGCAGTGCTCACAGCTTTAGAGTGCTGGC  250

seq1  TCTTGGAGATTTTGCTGCATGGATGGTTCTCCTTAGCCGAGGTGTTCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGAGATTTTGCTGCATGGATGGTTCTCCTTAGCCGAGGTGTTCTTT  300

seq1  CTGTGAGGCAGGCCTTTGTCATATGCCATTTGAGACTTTGAGGCTGATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGGCAGGCCTTTGTCATATGCCATTTGAGACTTTGAGGCTGATGT  350

seq1  CATCCATTATCATTAGCGCTAAGGATGATGCAAGATCTTAAATTATCGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATTATCATTAGCGCTAAGGATGATGCAAGATCTTAAATTATCGAT  400

seq1  TACCCCAAGGAATGCATTTAGTATGTTGAGCAAGTTCCTCTATCCATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCAAGGAATGCATTTAGTATGTTGAGCAAGTTCCTCTATCCATTTT  450

seq1  GGAGACGGGCTTAAGGGACAGTGTTCAGAACTCCAAGCTTTGGATGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACGGGCTTAAGGGACAGTGTTCAGAACTCCAAGCTTTGGATGTTTG  500

seq1  CTTCTTGTTTTTTTCCCAGGAGAGTTGCTATTAAGGTCCGATTTTGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGTTTTTTTCCCAGGAGAGTTGCTATTAAGGTCCGATTTTGGACA  550

seq1  GCTTTGTTATGTGCAGTGGAAGGTTCACGGCTAGGCTCAGGGCTCGCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTTATGTGCAGTGGAAGGTTCACGGCTAGGCTCAGGGCTCGCTGT  600

seq1  CTCTCCAGATCTTTATTCCTGATTTTAATATTGAGTATTATTTGTTTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAGATCTTTATTCCTGATTTTAATATTGAGTATTATTTGTTTTAG  650

seq1  TTTAAGATTATGAATATGTGTTTCTTCGCCGTATGAAACATTTACAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGATTATGAATATGTGTTTCTTCGCCGTATGAAACATTTACAAACA  700

seq1  CACACACATATACACACTCATGAAAACTCAGAGCTACAATTTTATTAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATATACACACTCATGAAAACTCAGAGCTACAATTTTATTAAGT  750

seq1  ACATATATAAATATACACTATATAATGATCAAATCTATGTACATCAATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATAAATATACACTATATAATGATCAAATCTATGTACATCAATGT  800

seq1  AGTTAACATCACCATCTCAAATTATTTTTTTCTTCTGTTTTGTTTTTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTTAACATCACCATCTCAAATTATTTTTTTCTTCTG-TTTGTTTTTGAG  849

seq1  ACAGGAATTCATTATGTAGCATTGACTGTCCTCTAACTCACTATGTAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAATTCATTATGTAGCATTGACTGTCCTCTAACTCACTATGTAGAC  899

seq1  CAGGGTGGCTTGGAACTCATGGAAATCTGTCTGCTGTCCCCATATGCTAC  950
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAGGGTGGCTT-GAACTCATGGAAATCTGTCTGCTGTCCTCATATGCTAC  948

seq1  CCTG-TGCTGGGCTTAAAGTCATACACCACCATACTCAGTCTCAAACTTT  999
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTGTTGCTGGGCTTAAAGTCATACATCACCATACTCAGTCTC-AACTTT  997

seq1  AAAAAAAAATGGTTTCATTTATTCTTTGAGAATTTCACATAGTCTATTTT  1049
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| 
seq2  AAAAAAAAATGGTTTCATTTATTC-TTGAGAATTTCACA-AGGCTATTTG  1045

seq1  GATCATATCCATT  1062
      ||||| |||||||
seq2  GATCA-ATCCATT  1057

seq1: chr2_145920344_145921176
seq2: B6Ng01-140C01.g_67_900 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTCAACTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTCAACTGTG  50

seq1  TGGCCAAAAGTAGCCTGCAATTGATGATCCTCTTGCCTCAGCCTCCCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAAAAGTAGCCTGCAATTGATGATCCTCTTGCCTCAGCCTCCCAAG  100

seq1  TTCTGGAATTGTAGTTGTATGCTGTCATGCCATGTGACAGCCTTGCTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAATTGTAGTTGTATGCTGTCATGCCATGTGACAGCCTTGCTCTC  150

seq1  AG-AAAGGATCCTGTAGACTATTCTGCTAGGTGACAGTCTTGGTGCCCTG  199
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGGATCCTGTAGACTATTCTGCTAGGTGACAGTCTTGGTGCCCTG  200

seq1  ACACGGATAACTGTGCATGTCTGAAAGTGGAAAGGCTGGTGTCGAACGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGGATAACTGTGCATGTCTGAAAGTGGAAAGGCTGGTGTCGAACGGT  250

seq1  GGGAGTTAGATGATGTGTTAAAAGCATCTGAACGACTTGAGGCCCACAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTTAGATGATGTGTTAAAAGCATCTGAACGACTTGAGGCCCACAGG  300

seq1  ACAGTGCCTCCTGCAAGTCTTCCCTGGGGGTTTTCATCCATAGATGCAAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCCTCCTGCAAGTCTTCCCTGGGGGTTTTCATCCATAGATGCAAG  350

seq1  CGGCATCAGCAGAGAATCCTTGGGAGAAAAACCTGACTGCTCTGAGCACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCATCAGCAGAGAATCCTTGGGAGAAAAACCTGACTGCTCTGAGCACA  400

seq1  AGCAGACTTTATTCCAATACAACACAGTAGACCAGCTACTTACTTTTTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACTTTATTCCAATACAACACAGTAGACCAGCTACTTACTTTTTAT  450

seq1  TCTGTGTAAGTTGTTATAAGCAATTCTGCGATGATATTAAGTATTCAAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTAAGTTGTTATAAGCAATTCTGCGATGATATTAAGTATTCAAGT  500

seq1  GGTGGTATATACCTTATGTGTGCCTGTCATGGCATCTTGAATCAGAGACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTATATACCTTATGTGTGCCTGTCATGGCATCTTGAATCAGAGACT  550

seq1  TGGGCACCTTCAGATTTTGGTGTTCAACAGGGCGTCCCATCGCACACACC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCACCTTCAGATTTTGGTGTTCAACAGGGCGTCCCATCGCACACACC  600

seq1  TCCAGTTCTAGGGGGCGACTGTACAGGCAGAGGTTAAGTGAGGTGACACT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTCTAGGGGGCGACTGTACAGGCAGAGGTTAAGTGAGGTGACACT  650

seq1  TAATATGGATGGTCTCTGAAAACCATTGTGCCTCAGTTTTACCTGAGAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGGATGGTCTCTGAAAACCATTGTGCCTCAGTTTTACCTGAGAAA  700

seq1  AATAGAGCTAATAACACTACTGACGTCACTGTATTGCCTTGAGGACTCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGCTAATAACACTACTGACGTCACTGTATTGCCTTGAGGACTCCA  750

seq1  AGGGAAATGCTGCACTGTGGGGGTTAGGAGTCCAGTTTCTTGGAAGTGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAATGCTGCACTGTGGGGGTTAGGAGTCCAGTTTCTTGGAAGTGGG  800

seq1  CTGACACTCAAACATGGCATAACCTGTAGAATTC  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACTCAAACATGGCATAACCTGTAGAATTC  834