BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140M04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 75,646,488 - 75,780,303
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC623453, Agps, Ttc30b
Upstream geneMtx2, LOC667817, A330043C09Rik, LOC667739, LOC545423, LOC100040324, LOC667828, Hnrpa3, Nfe2l2, E030042O20Rik
Downstream geneTtc30a2, Ttc30a1, Pde11a, Cyct, Drbp1, Osbpl6, Prkra, Dfnb59, Fkbp7, Plekha3, Ttn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140M04.bB6Ng01-140M04.g
ACCDH939399DH939400
length1,044878
definitionDH939399|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140M04, 5' end.DH939400|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140M04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,646,488 - 75,647,546)(75,779,423 - 75,780,303)
sequence
gaattctcctgtttgctgagattatactgtgcctggtgattttgatttgc
ttcagtgcatctacaacatcggcctactcctccctgtcggtgattgagat
gatctgctgctgtcttacttgtcttctacacgtgtgacctgcactccaag
atatcattcatcaactggccttggactgacttcttcagatccctcatagc
aaccatcctgtacctgatcacctccattgttgtccttgtagaaggaagag
gcagctccagagttgttgctgggatactgggcttacttgctacgttgctc
tttggctacgatgcatacatcaccttccctctaaagcagcaaagacatac
agcagcccccactgaccccactgatggcccatgatcgtctttcagctgtc
tctgctacctctcaatagctcctccatcaaaaactttcctcctgttgggc
ggtggtggtgctcgcctttcctccaagctctcaggaggcagaggcaggtg
gatccctgtgagtttgaggccagggctacacagtgagatcctgtctctaa
aaaaaaaattctccggtttccacaacactccagccaattctttgacccca
ttaaaagtgcttatggtacaagagattgaacctagagccgtgtgcatact
aggcaagtattctccactgagctacatcccctgtaaaagtgcctttattc
ggagttttgtcttccagcctgccaatcaacccatctgggtgtggccacct
ttatgggtgtgcctagattcccctttgctctgcagtaccagcagccgaca
tcagttctgcttgaaccatatccccacataagctacaaatgagtgaccca
gtacaaataaccttttttctctgtgtggggtgagctgtgaagggctaata
aacaataaaaatatgtttagtcttaaaaaaaaaaaaaaacatggttccca
ctgtctgcatgggctagggaccctggctgctgtggcatggtcagtgacag
aggtccccacagtcctcagctggctatggcaaggacaggttaaa
gaattcttttacatgaaattcagaaaaatccatctcaagccccaagccat
ttcctggaagcctaattcctttcaataaggtactaaatcattttactgca
aacactacatgctttctcattgctgggaatgctattacacacttacgttc
tcgaaattccattgtaaacaaaataatccattgtgatatttcctaatatt
ccacctagtttattgctttctagaatttctatcattataggacctccttt
cactacctcagctccctagaaaaactaatctattccccagctgcctatca
gagattgatggcgtgtcacacagtggggatggccatgcttgtcacacagt
ggtgacggtcatgccagttgcatagtgggattggtgcactcactgcattt
taaaaatgaccctgcccccatatgtctaagccaaatgcccttctcatctc
tatccaggccacaagagcagcttccagtgaaataaggagggcacagaagc
tccacccacccacccacttcagctaccatgctcttcgataggcaccaatg
caaagataactctagatcagtggttctcatccttcctaaggctgaaaccc
tttaatacagttcctcatgttgtgctggctccccaaccataaaactattt
ttgctgctactttataactgcaattttgctacggttatgaatcataatga
aatatctatgtttttctgatagtcttagtcaaccctcgtgaaaagatcat
ttgactccaaaggagtcgaaatccatgggttaagaacagctgctctagag
caatcctgtagttagtcagaaactagggagagcagggaatctttgcagtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_75646488_75647546
seq2: B6Ng01-140M04.b_47_1090

seq1  GAATTCTCCTGTTTGCTGAGATTATACTGTGCCTGGTGATTTTGATTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGTTTGCTGAGATTATACTGTGCCTGGTGATTTTGATTTGC  50

seq1  TTCAGTGCATCTACAACATCGGCCTACTCCTCCCTGTCGGTGATTGAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGCATCTACAACATCGGCCTACTCCTCCCTGTCGGTGATTGAGAT  100

seq1  GATCTGCTGCTGTCTTACTTGTCTTCTACACGTGTGACCTGCACTCCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGCTGCTGTCTTACTTGTCTTCTACACGTGTGACCTGCACTCCAAG  150

seq1  ATATCATTCATCAACTGGCCTTGGACTGACTTCTTCAGATCCCTCATAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATTCATCAACTGGCCTTGGACTGACTTCTTCAGATCCCTCATAGC  200

seq1  AACCATCCTGTACCTGATCACCTCCATTGTTGTCCTTGTAGAAGGAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCCTGTACCTGATCACCTCCATTGTTGTCCTTGTAGAAGGAAGAG  250

seq1  GCAGCTCCAGAGTTGTTGCTGGGATACTGGGCTTACTTGCTACGTTGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCCAGAGTTGTTGCTGGGATACTGGGCTTACTTGCTACGTTGCTC  300

seq1  TTTGGCTACGATGCATACATCACCTTCCCTCTAAAGCAGCAAAGACATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTACGATGCATACATCACCTTCCCTCTAAAGCAGCAAAGACATAC  350

seq1  AGCAGCCCCCACTGACCCCACTGATGGCCCATGATCGTCTTTCAGCTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCCCCACTGACCCCACTGATGGCCCATGATCGTCTTTCAGCTGTC  400

seq1  TCTGCTACCTCTCAATAGCTCCTCCATCAAAAACTTTCCTCCTGTTGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTACCTCTCAATAGCTCCTCCATCAAAAACTTTCCTCCTGTTGGGC  450

seq1  GGTGGTGGTGCTCGCCTTTCCTCCAAGCTCTCAGGAGGCAGAGGCAGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGTGCTCGCCTTTCCTCCAAGCTCTCAGGAGGCAGAGGCAGGTG  500

seq1  GATCCCTGTGAGTTTGAGGCCAGGGCTACACAGTGAGATCCTGTCTCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTGTGAGTTTGAGGCCAGGGCTACACAGTGAGATCCTGTCTCTAA  550

seq1  AACAATTCCTTCTCCGGTTTCCACAACACTCCAGCCAATTCTTTGACCCC  600
      || ||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AA-AAAAAATTCTCCGGTTTCCACAACACTCCAGCCAATTCTTTGACCCC  599

seq1  ATTAAAAGTGCTTATGGTACAAGAGATTGAACCTAGAGCCGTGTGCATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAGTGCTTATGGTACAAGAGATTGAACCTAGAGCCGTGTGCATAC  649

seq1  TAGGCAAGTATTCTCCACTGAGCTACAT-CCCTGTAAAAGTGCCTTTATT  699
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAAGTATTCTCCACTGAGCTACATCCCCTGTAAAAGTGCCTTTATT  699

seq1  CGGAGTTTTGTCTTCCAGCCTGCCAATCAACCCATCTGGGTGTGGCCACC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGTTTTGTCTTCCAGCCTGCCAATCAACCCATCTGGGTGTGGCCACC  749

seq1  TTTATGGGTGTGCCTAGATTCCCCTTTGCTCTGCAGTACCAGCAGCCGAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGGTGTGCCTAGATTCCCCTTTGCTCTGCAGTACCAGCAGCCGAC  799

seq1  ATCAGTTCTGCTTGAACCATATCCCCACATAAGCTACAAAATGAGTGACC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATCAGTTCTGCTTGAACCATATCCCCACATAAGCTAC-AAATGAGTGACC  848

seq1  CAGTACAAATAACC-TTTTTCTCTGTGTGGGGTGAGCTGTGAAGGGCTAA  898
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAGTACAAATAACCTTTTTTCTCTGTGTGGGGTGAGCTGTGAAGGGCT-A  897

seq1  ATAAACAATAAAAATAATGTTTAAGTCTAAAAAAAAAAAAAAAACATGGT  948
      ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACAATAAAAAT-ATGTTT-AGTCTTAAAAAAAAAAAAAAACATGGT  945

seq1  CCCCACCTGTCTTGCCTTGGGCTTGGGACACCTGGCTGCTGTGGCATGGT  998
       |||| ||||||   | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCCCA-CTGTCT--GCATGGGCTAGGGAC-CCTGGCTGCTGTGGCATGGT  991

seq1  CAGTGACAAGGAGGTCCCCACAGGTCCTCAGGCTGTGCCTATGGCAGTGG  1048
      ||||||||  |||||||||||| ||||||||    || ||||||||  ||
seq2  CAGTGACA--GAGGTCCCCACA-GTCCTCAG---CTGGCTATGGCA-AGG  1034

seq1  AGAAGGTTAAA  1059
      |  ||||||||
seq2  A-CAGGTTAAA  1044

seq1: chr2_75779423_75780303
seq2: B6Ng01-140M04.g_68_944 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACTGCAAAGATTCCCTGCTCT  50
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CACACA-ACACACACACACACACACACACACTGCAAAGATTCCCTGCTC-  48

seq1  TCCCTAGTTTTCTTGACTAACTACAGGATTGCTCTAGAGCAGCTGTTCTT  100
      ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGTTT--CTGACTAACTACAGGATTGCTCTAGAGCAGCTGTTCTT  96

seq1  AACCCATGGATTTCGACTCCTTTGGAGTCAAATGATCTTTTCACGAGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATGGATTTCGACTCCTTTGGAGTCAAATGATCTTTTCACGAGGGT  146

seq1  TGACTAAGACTATCAGAAAAACATAGATATTTCATTATGATTCATAACCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAAGACTATCAGAAAAACATAGATATTTCATTATGATTCATAACCG  196

seq1  TAGCAAAATTGCAGTTATAAAGTAGCAGCAAAAATAGTTTTATGGTTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAATTGCAGTTATAAAGTAGCAGCAAAAATAGTTTTATGGTTGGG  246

seq1  GAGCCAGCACAACATGAGGAACTGTATTAAAGGGTTTCAGCCTTAGGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGCACAACATGAGGAACTGTATTAAAGGGTTTCAGCCTTAGGAAG  296

seq1  GATGAGAACCACTGATCTAGAGTTATCTTTGCATTGGTGCCTATCGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGAACCACTGATCTAGAGTTATCTTTGCATTGGTGCCTATCGAAGA  346

seq1  GCATGGTAGCTGAAGTGGGTGGGTGGGTGGAGCTTCTGTGCCCTCCTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGTAGCTGAAGTGGGTGGGTGGGTGGAGCTTCTGTGCCCTCCTTAT  396

seq1  TTCACTGGAAGCTGCTCTTGTGGCCTGGATAGAGATGAGAAGGGCATTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGGAAGCTGCTCTTGTGGCCTGGATAGAGATGAGAAGGGCATTTG  446

seq1  GCTTAGACATATGGGGGCAGGGTCATTTTTAAAATGCAGTGAGTGCACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGACATATGGGGGCAGGGTCATTTTTAAAATGCAGTGAGTGCACCA  496

seq1  ATCCCACTATGCAACTGGCATGACCGTCACCACTGTGTGACAAGCATGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCACTATGCAACTGGCATGACCGTCACCACTGTGTGACAAGCATGGC  546

seq1  CATCCCCACTGTGTGACACGCCATCAATCTCTGATAGGCAGCTGGGGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCCACTGTGTGACACGCCATCAATCTCTGATAGGCAGCTGGGGAAT  596

seq1  AGATTAGTTTTTCTAGGGAGCTGAGGTAGTGAAAGGAGGTCCTATAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGTTTTTCTAGGGAGCTGAGGTAGTGAAAGGAGGTCCTATAATGA  646

seq1  TAGAAATTCTAGAAAGCAATAAACTAGGTGGAATATTAGGAAATATCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATTCTAGAAAGCAATAAACTAGGTGGAATATTAGGAAATATCACA  696

seq1  ATGGATTATTTTGTTTACAATGGAATTTCGAGAACGTAAGTGTGTAATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATTATTTTGTTTACAATGGAATTTCGAGAACGTAAGTGTGTAATAG  746

seq1  CATTCCCAGCAATGAGAAAGCATGTAGTGTTTGCAGTAAAATGATTTAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCAGCAATGAGAAAGCATGTAGTGTTTGCAGTAAAATGATTTAGT  796

seq1  ACCTTATTGAAAGGAATTAGGCTTCCAGGAAATGGCTTGGGGCTTGAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATTGAAAGGAATTAGGCTTCCAGGAAATGGCTTGGGGCTTGAGAT  846

seq1  GGATTTTTCTGAATTTCATGTAAAAGAATTC  881
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTTTCTGAATTTCATGTAAAAGAATTC  877