BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-145C09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 180,118,708 - 180,119,837
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneCdh4, Taf4a, Lsm14b, Psma7, Ss18l1, Gtpbp5, Hrh3, Osbpl2, LOC100039470, Adrm1, Lama5, Rps21, Cables2, BC066135, Gata5
Downstream geneEG622283, Slco4a1, Ntsr1, 1600027N09Rik, Ogfr, Col9a3, Tcfl5, Dido1, 2310003C23Rik, 1700019H03Rik, Bhlhb4, OTTMUSG00000016394, Ythdf1, Birc7, C030019F02Rik, LOC100039607, Arfgap1, Col20a1, Chrna4, Kcnq2, Eef1a2, 2700038C09Rik, Ptk6, Srms, LOC622592, BC051628, BC006779, Gmeb2, EG665467, Stmn3, Rtel1, Arfrp1, Zgpat, Lime1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-145C09.g
ACCDH942636
length1,104
definitionDH942636|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145C09, 3' end.
singlet/doublet---singlet
BLAST hitno hit dataunique
sequence
gaattcacttgctaagccccaatgccagtgggcttgtggggagaactatt
ggttagaacccatgacaagggtgctctaactcctgctcctgggtggagga
caggactggcttgtccaggctttgtggctggcccctgctgaggtataaaa
tgcatgaaactcctgtccctgagaactcactgggtggagcagaggatctt
ggttggctttgcttcattgtgggtaactaaagagtccccagatataggta
agtctctgtatgaaccccacacaccagtgggaaaatgtctctgtatgttt
gtctgagctgacccatagtgattgcaagactcatccaatctcaagttgaa
caccccacgattctagctaaaacctccagctccaccatgccctgtccttg
ctatgtagctcctgatggcttgatattcaccgtagcccaggcttgcttca
tactccccaactccaccacctgaatgttggggttatgagcttgtgcttcc
atgcctaaccacacataatcacaatatccaggggacctagggtagcatgg
tagccccagctgagcttctccttgctcctgtgaggacagattagccagta
cagagaggacacttctctgagtacaggaggaaggaggttttctagtggat
tctaaaacagcagcaagtctttggatgcccatgcactgcacagggacact
catgccttctgaggagcttgaagcttccacccatagtcccagagtcgtct
caatggcctgtacttgacagtagcagggtggtagagactcgctcaatgtc
actttgctcaaaggggatagtttggccaatcccaggctgctggactcagg
atcccagcccagtggggccatgttctcaagccgtgtttcttatcaaccca
gtgggaacaaatggagccatcgccagtgtacttgtgatattggggtcttc
aagccacacacccttgatgctagttcttggaggaaacagacactgagtgc
cttctctgtgcccaagggacctgcaattctcatgacttgggtggctagat
ccccagaaacatggctcgttggcacctgacccacccccactcgagcaaag
tatc
quality valuesOpen.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_180118708_180119837
seq2: B6Ng01-145C09.g_68_1171

seq1  GAATTCACTTGCTAAGCCCCAATGCCAGTGGGCTTGTGGGGAGAACTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGCTAAGCCCCAATGCCAGTGGGCTTGTGGGGAGAACTATT  50

seq1  GGTTAGAACCCATGACAAGGGTGCTCTAACTCCTGCTCCTGGGTGGAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGAACCCATGACAAGGGTGCTCTAACTCCTGCTCCTGGGTGGAGGA  100

seq1  CAGGACTGGCTTGTCCAGGCTTTGTGGCTGGCCCCTGCTGAGGTATAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTGGCTTGTCCAGGCTTTGTGGCTGGCCCCTGCTGAGGTATAAAA  150

seq1  TGCATGAAACTCCTGTCCCTGAGAACTCACTGGGTGGAGCAGAGGATCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGAAACTCCTGTCCCTGAGAACTCACTGGGTGGAGCAGAGGATCTT  200

seq1  GGTTGGCTTTGCTTCATTGTGGGTAACTAAAGAGTCCCCAGATATAGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGCTTTGCTTCATTGTGGGTAACTAAAGAGTCCCCAGATATAGGTA  250

seq1  AGTCTCTGTATGAACCCCACACACCAGTGGGAAAATGTCTCTGTATGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTGTATGAACCCCACACACCAGTGGGAAAATGTCTCTGTATGTTT  300

seq1  GTCTGAGCTGACCCATAGTGATTGCAAGACTCATCCAATCTCAAGTTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGCTGACCCATAGTGATTGCAAGACTCATCCAATCTCAAGTTGAA  350

seq1  CACCCCACGATTCTAGCTAAAACCTCCAGCTCCACCATGCCCTGTCCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCACGATTCTAGCTAAAACCTCCAGCTCCACCATGCCCTGTCCTTG  400

seq1  CTATGTAGCTCCTGATGGCTTGATATTCACCGTAGCCCAGGCTTGCTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAGCTCCTGATGGCTTGATATTCACCGTAGCCCAGGCTTGCTTCA  450

seq1  TACTCCCCAACTCCACCACCTGAATGTTGGGGTTATGAGCTTGTGCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCCCAACTCCACCACCTGAATGTTGGGGTTATGAGCTTGTGCTTCC  500

seq1  ATGCCTAACCACACATAATCACAATATCCAGGGGACCTAGGGTAGCATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTAACCACACATAATCACAATATCCAGGGGACCTAGGGTAGCATGG  550

seq1  TAGCCCCAGCTGAGCTTCTCCTTGCTCCTGTGAGGACAGATTAGCCAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCCAGCTGAGCTTCTCCTTGCTCCTGTGAGGACAGATTAGCCAGTA  600

seq1  CAGAGAGGACACTTCTCTGAGTACAGGAGGAAGGAGGTTTTCTAGTGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGACACTTCTCTGAGTACAGGAGGAAGGAGGTTTTCTAGTGGAT  650

seq1  TCTAAAACAGCAGCAAGTCTTTGGATGCCCATGCACTGCACAGGGACACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAACAGCAGCAAGTCTTTGGATGCCCATGCACTGCACAGGGACACT  700

seq1  CATGCCTTCTGAGGAGCTTGAAGCTTCCACCCATAGTCCCAGAGTCGTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTTCTGAGGAGCTTGAAGCTTCCACCCATAGTCCCAGAGTCGTCT  750

seq1  CAATGGCCTGTACTTGACAGTAGCAGGGTGGTAGAGACTCGCTCAATGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGCCTGTACTTGACAGTAGCAGGGTGGTAGAGACTCGCTCAATGTC  800

seq1  ACTTTGCTCAAAGGGGATAG-TTGGCCAATCCCAGGCTGCTGGACTCAGG  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGCTCAAAGGGGATAGTTTGGCCAATCCCAGGCTGCTGGACTCAGG  850

seq1  AATCCCAGCCCAGTGGGGCCATGTTCCCAAGCCGTGTTTCTTATACAACC  899
       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  -ATCCCAGCCCAGTGGGGCCATGTTCTCAAGCCGTGTTTCTTAT-CAACC  898

seq1  CAGGTGGGAACAAAATGGAGCCATCGCCAAGTGTACTTGTGGATATGGGG  949
      || |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||
seq2  CA-GTGGGAAC-AAATGGAGCCATCGCC-AGTGTACTTGT-GATATTGGG  944

seq1  GTCTCCAAGCCACACACCCTTGATGCCAAGGTTC-TGGAGGAGACAGGAC  998
      |||| ||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||| ||| |||
seq2  GTCTTCAAGCCACACACCCTTGATGCTA--GTTCTTGGAGGAAACA-GAC  991

seq1  AACTGAGTTGGCCTTCTCTGTTGCCCAAGGTGACCTGCAATTCTCATGAC  1048
       |||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  -ACTGAGT--GCCTTCTCTG-TGCCCAAGG-GACCTGCAATTCTCATGAC  1036

seq1  CTGGGGTTGGCTTAGGATCCCCAGGAAAACCAGTGGCTCTGTTGCCACCT  1098
       ||||  |||||   ||||||||| || |    |||||| |||| |||||
seq2  TTGGG--TGGCT--AGATCCCCAGAAACA----TGGCTC-GTTGGCACCT  1077

seq1  GACCCAACCCCACTTCTGAGCAAAAAGGTATC  1130
      |||||| |||||||   |||||||   |||||
seq2  GACCCACCCCCACT--CGAGCAAA---GTATC  1104