BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-149J06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 51,246,925 - 51,380,929
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666781, LOC227885, Rnd3, LOC666802
Downstream geneLOC666810, LOC100041614, Tas2r134, LOC433426, Ppia-ps2_635.1, Rbm43, LOC100041634, Nmi, Tnfaip6, Rif1, Neb, LOC100041670, Arl5a, Cacnb4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-149J06.bB6Ng01-149J06.g
ACCDH945881DH945882
length1,1481,135
definitionDH945881|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149J06, 5' end.DH945882|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149J06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,246,925 - 51,248,085)(51,379,790 - 51,380,929)
sequence
gaattcaaaacagtcattacactgatcaagcttcgtcccgggttctttag
gaaagtctttttcaaaaggtctttacactttgtgatatttagtgacaaga
gcatgcaagttcaggatagctgatggctttgcacttttgttttctacttg
gaattaatttgaattttaaaacatttctgtcttgatactacaggaaatgt
tgaatgcatggaaaatctttggttttgtttctttctcttgttgactttct
ttgttgattttcttttgaacgaaatatccaatagtctattcactgcatag
cctgaactattggtaatgaagggtcaatgacttctaactttccagaacac
ttatgcctccctgtatgctggggatgctttttcaatgcaagctgaagaaa
ctgagttccgggtagagagctgggcaacccttaggatgctggcacacaaa
agaatgctgcagctagcctaaggaggagaggaggacaccaacagtaaaaa
gaggacagcagcttccaattattaagtaaaagaggagtcatacttaatga
tcaaatatttgcaatcgctgtgacataaattgcagcacattaatctatag
attcaaaataataccagatgaaatctcaatcttcctttccttcttttctt
aaagaaaatgtttaactgtctccaaaatgcttctagaaatataaaaactc
aagagtaatgaaagctatttagaagataaagaacatagcttgagaattta
gtctatctaattctagtcatcaatatagagttcaacaatgaattattaag
taaatagtatgaagctaataatattaaaataataatagtatggaattagt
aaataattatatgcagacttatacataaataatctaccatcataattcaa
aggaagagatatagctttgaagttgcacttggtaattgtatagtcactta
tggaaaataaatgaagccagacatcctgattgtacaacttaattcatatt
aaaatttgctccaatatctcacacacccacacaaaaaaattgtaatacca
gggcagtgggatggctcacctagtgtgatatctgagctagatgttgagca
caatgaaaaagaaagatcaccttgtcttatgtctctgacttcacagat
gaattctttgattttcagaacatttagcataagagactgggaaactatta
tggataaatcaatcatacagttatatgtccttcaaaatagctgtacaggt
ggtatggtcctaagaaaataaagggcacagttttagtcaagttcaaaggc
attgttaaagagaattgtaaaaattcagaggcattgttaagtggatttct
accctgttaacaatgccctgtagcttactgggctcccccatgatattttg
atattttccttttctttctttttttaaaaagatttatttattaattttat
gtatttgagtgcagtgtcactgttttcagacacaccagaagagggcatca
gaccctattacaaatggttgtgaaccaccatgtagttgctgggaattgaa
ctcaggacccctggcagagaagtcagtgctcttaaccactgagccacctc
tccagccccaggatatttgtctttagtgctgtaagccactatgtttgttg
taggctcccactctgtgaggatgcctcacggggttccataaagaactgct
gtagtattgggacttagagccccagctgaggccctgagctggtaactaca
ctagccacaaagagctccagtgggttctgctcctaatagatgaatcatgt
ccattctctggtcctttccggctaaggctgcagatagagcagagtcatca
taattacacatttcccagtttccggctcagtgaatccatgagcatagtaa
tcattttaagctactgaactttggagctagttatttacaaatagagaagc
aacagaaacattatataaggattccttgcattcatagaaagcttttgcct
attgtatcagataacagaaaaagtaagatgtagctcagttactcaagagt
gtttgtcagtgaacagatcctgaaaccttaaggctcactgcttgaacttc
tttgggtctttctttttctcactcagatagacactcattggctgcctcat
atgtgctcaagtgagctagtgtgggcctgggcactgctgttggtggggtg
agttgacattgattgtcatttgaattgtgctaatacccagaaaacagccc
tctggaatgtctgtgaatgagtttacttgagatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_51246925_51248085
seq2: B6Ng01-149J06.b_46_1193

seq1  GAATTCAAAACAGTCATTACACTGATCAAGCTTCGTCCCGGGTTCTTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAACAGTCATTACACTGATCAAGCTTCGTCCCGGGTTCTTTAG  50

seq1  GAAAGTCTTTTTCAAAAGGTCTTTACACTTTGTGATATTTAGTGACAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCTTTTTCAAAAGGTCTTTACACTTTGTGATATTTAGTGACAAGA  100

seq1  GCATGCAAGTTCAGGATAGCTGATGGCTTTGCACTTTTGTTTTCTACTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCAAGTTCAGGATAGCTGATGGCTTTGCACTTTTGTTTTCTACTTG  150

seq1  GAATTAATTTGAATTTTAAAACATTTCTGTCTTGATACTACAGGAAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAATTTGAATTTTAAAACATTTCTGTCTTGATACTACAGGAAATGT  200

seq1  TGAATGCATGGAAAATCTTTGGTTTTGTTTCTTTCTCTTGTTGACTTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCATGGAAAATCTTTGGTTTTGTTTCTTTCTCTTGTTGACTTTCT  250

seq1  TTGTTGATTTTCTTTTGAACGAAATATCCAATAGTCTATTCACTGCATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGATTTTCTTTTGAACGAAATATCCAATAGTCTATTCACTGCATAG  300

seq1  CCTGAACTATTGGTAATGAAGGGTCAATGACTTCTAACTTTCCAGAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAACTATTGGTAATGAAGGGTCAATGACTTCTAACTTTCCAGAACAC  350

seq1  TTATGCCTCCCTGTATGCTGGGGATGCTTTTTCAATGCAAGCTGAAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCCTCCCTGTATGCTGGGGATGCTTTTTCAATGCAAGCTGAAGAAA  400

seq1  CTGAGTTCCGGGTAGAGAGCTGGGCAACCCTTAGGATGCTGGCACACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTCCGGGTAGAGAGCTGGGCAACCCTTAGGATGCTGGCACACAAA  450

seq1  AGAATGCTGCAGCTAGCCTAAGGAGGAGAGGAGGACACCAACAGTAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCTGCAGCTAGCCTAAGGAGGAGAGGAGGACACCAACAGTAAAAA  500

seq1  GAGGACAGCAGCTTCCAATTATTAAGTAAAAGAGGAGTCATACTTAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACAGCAGCTTCCAATTATTAAGTAAAAGAGGAGTCATACTTAATGA  550

seq1  TCAAATATTTGCAATCGCTGTGACATAAATTGCAGCACATTAATCTATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATATTTGCAATCGCTGTGACATAAATTGCAGCACATTAATCTATAG  600

seq1  ATTCAAAATAATACCAGATGAAATCTCAATCTTCCTTTCCTTCTTTTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAATAATACCAGATGAAATCTCAATCTTCCTTTCCTTCTTTTCTT  650

seq1  AAAGAAAATGTTTAACTGTCTCCAAAATGCTTCTAGAAATATAAAAACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAATGTTTAACTGTCTCCAAAATGCTTCTAGAAATATAAAAACTC  700

seq1  AAGAGTAATGAAAGCTATTTAGAAGATAAAGAACATAGCTTGAGAATTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTAATGAAAGCTATTTAGAAGATAAAGAACATAGCTTGAGAATTTA  750

seq1  GTCTATCTAATTCTAGTCATCAATATAGAGTTCAACAATGAATTATTAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATCTAATTCTAGTCATCAATATAGAGTTCAACAATGAATTATTAAG  800

seq1  TAAATAGTATGAAGCTAATAATATTAAAATAATAATAGTATGGAATTAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGTATGAAGCTAATAATATTAAAATAATAATAGTATGGAATTAGT  850

seq1  AAATAATTATATGCAGACTTATACATAAATAATCTACCATCATAATTCAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAATAATTATATGCAGACTTATACATAAATAATCTACCATCATAATTC-A  899

seq1  AAGGAAGAGATATAGCTTTGAAG-TGCACTTGGTAATTGTATAGTCACTT  949
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAGATATAGCTTTGAAGTTGCACTTGGTAATTGTATAGTCACTT  949

seq1  ATGGAAAATAAATGAAGCCAAGACAATCCTGATTGTTACAACTTTAATTC  999
      ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||
seq2  ATGGAAAATAAATGAAGCC-AGAC-ATCCTGATTG-TACAAC-TTAATTC  995

seq1  ATA-TAAAATTTGCTCCAAATATCTCACACACACACACAAAAAAAATTGT  1048
      ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  ATATTAAAATTTGCTCC-AATATCTCACACACCCACAC-AAAAAAATTGT  1043

seq1  AATACCAGGGCCAGTGAGATGGCTCACCTAGTGTGATAATCTGAGCTAGA  1098
      |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AATACCAGGG-CAGTGGGATGGCTCACCTAGTGTGAT-ATCTGAGCTAGA  1091

seq1  TGTTGGAGGCACAAATGAGAAGAAAGGATCCACCTTGTCTTATGTCCTCT  1148
      |||||   |||| ||||| ||  || ||| ||||||||||||||| ||||
seq2  TGTTG--AGCAC-AATGAAAAAGAAAGAT-CACCTTGTCTTATGT-CTCT  1136

seq1  GACTTCTACAGAT  1161
      |||||| ||||||
seq2  GACTTC-ACAGAT  1148

seq1: chr2_51379790_51380929
seq2: B6Ng01-149J06.g_68_1202 (reverse)

seq1  TCATCTCAAGT-AACTCATTCACAGACATGTCCAGAGGCTTGTCTCCTGG  49
      ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||| | ||||
seq2  TCATCTCAAGTAAACTCATTCACAGACAT-TCCAGAGGGCTGTTTTCTGG  49

seq1  GTTATTAG--CAATCCAAATTGACAATCAATGTCAACTATCACCCACCAA  97
      | ||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||  | ||||||||
seq2  G-TATTAGCACAATTCAAA-TGACAATCAATGTCAACTCAC-CCCACCAA  96

seq1  CAGCAGTGCCCCAGGCCACACCTAGCTCTACTTGAGCCACATATGAGGCA  147
      |||||||||||  | ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  CAGCAGTGCCCAGGCCCACA-CTAGCTC-ACTTGAG-CACATATGAGGCA  143

seq1  GCCAATGAGTGTCTATCTGAGTGAGGAAAAAGAAAGACCCAAAGAAGTTC  197
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATGAGTGTCTATCTGAGTGA-GAAAAAGAAAGACCCAAAGAAGTTC  192

seq1  AGGCAGTGAGCCTTAAGGTTTCAGGATCTGTTCACTGAC-AACACTCTTG  246
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGCAGTGAGCCTTAAGGTTTCAGGATCTGTTCACTGACAAACACTCTTG  242

seq1  AGTAACTGAGCTACATCTTACTTTTTCCTGTTATCTGATACAATAGGCAA  296
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTGAGCTACATCTTACTTTTT-CTGTTATCTGATACAATAGGCAA  291

seq1  AAGCTTTCTATGAATGCAAGGAATCCTTATATAATGTTTCTGTTGCTTCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTCTATGAATGCAAGGAATCCTTATATAATGTTTCTGTTGCTTCT  341

seq1  CTATTTGTAAATAACTAGCTCCAAAGTTCAGTAGCTTAAAATGATTACTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGTAAATAACTAGCTCCAAAGTTCAGTAGCTTAAAATGATTACTA  391

seq1  TGCTCATGGATTCACTGAGCCGGAAACTGGGAAATGTGTAATTATGATGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATGGATTCACTGAGCCGGAAACTGGGAAATGTGTAATTATGATGA  441

seq1  CTCTGCTCTATCTGCAGCCTTAGCCGGAAAGGACCAGAGAATGGACATGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTCTATCTGCAGCCTTAGCCGGAAAGGACCAGAGAATGGACATGA  491

seq1  TTCATCTATTAGGAGCAGAACCCACTGGAGCTCTTTGTGGCTAGTGTAGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTATTAGGAGCAGAACCCACTGGAGCTCTTTGTGGCTAGTGTAGT  541

seq1  TACCAGCTCAGGGCCTCAGCTGGGGCTCTAAGTCCCAATACTACAGCAGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCTCAGGGCCTCAGCTGGGGCTCTAAGTCCCAATACTACAGCAGT  591

seq1  TCTTTATGGAACCCCGTGAGGCATCCTCACAGAGTGGGAGCCTACAACAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATGGAACCCCGTGAGGCATCCTCACAGAGTGGGAGCCTACAACAA  641

seq1  ACATAGTGGCTTACAGCACTAAAGACAAATATCCTGGGGCTGGAGAGGTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTGGCTTACAGCACTAAAGACAAATATCCTGGGGCTGGAGAGGTG  691

seq1  GCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTTCTCTGCCAGGGGTCCTGAGTTCAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTTCTCTGCCAGGGGTCCTGAGTTCAAT  741

seq1  TCCCAGCAACTACATGGTGGTTCACAACCATTTGTAATAGGGTCTGATGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCAACTACATGGTGGTTCACAACCATTTGTAATAGGGTCTGATGC  791

seq1  CCTCTTCTGGTGTGTCTGAAAACAGTGACACTGCACTCAAATACATAAAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTGGTGTGTCTGAAAACAGTGACACTGCACTCAAATACATAAAA  841

seq1  TTAATAAATAAATCTTTTTAAAAAAAGAAAGAAAAGGAAAATATCAAAAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAATAAATCTTTTTAAAAAAAGAAAGAAAAGGAAAATATCAAAAT  891

seq1  ATCATGGGGGAGCCCAGTAAGCTACAGGGCATTGTTAACAGGGTAGAAAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGGGGGAGCCCAGTAAGCTACAGGGCATTGTTAACAGGGTAGAAAT  941

seq1  CCACTTAACAATGCCTCTGAATTTTTACAATTCTCTTTAACAATGCCTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTAACAATGCCTCTGAATTTTTACAATTCTCTTTAACAATGCCTTT  991

seq1  GAACTTGACTAAAACTGTGCCCTTTATTTTCTTAGGACCATACCACCTGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGACTAAAACTGTGCCCTTTATTTTCTTAGGACCATACCACCTGT  1041

seq1  ACAGCTATTTTGAAGGACATATAACTGTATGATTGATTTATCCATAATAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTATTTTGAAGGACATATAACTGTATGATTGATTTATCCATAATAG  1091

seq1  TTTCCCAGTCTCTTATGCTAAATGTTCTGAAAATCAAAGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGTCTCTTATGCTAAATGTTCTGAAAATCAAAGAATTC  1135