BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-150D16
Chromosome2 (Build37)
Map Location 160,675,262 - 160,835,684
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZhx3, Lpin3, Emilin3, Chd6
Upstream geneGm826, Mafb, LOC100043892, Top1, Plcg1
Downstream geneLOC100043693, LOC100043694, LOC383769, LOC629655, LOC383770, Ptprt
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-150D16.bB6Ng01-150D16.g
ACCDH946364DH946365
length1,1891,153
definitionDH946364|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150D16, 5' end.DH946365|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150D16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(160,834,486 - 160,835,684)(160,675,262 - 160,676,437)
sequence
gaattcaagcatcaagcaggtcaggaagcaggagctgatgcagagggcat
gaagggatgtttcttactggcttgctcccctggcttgctcagcttttgtt
cttttaaaacccaagactaccagcccagggatggcaccacccacaatggg
ccctaaccccttgatcactaattgagaaaaaaatggcttacagctgtatc
tcatggaggcatttccccaactgaagctcctttctctatgataactccag
cttgtgtcaagttgacacagaaccagccagtacacttatcttatgtgtat
gaatgtcttacccataagcatgtctgtttactatgggcatacctggtgcc
caaggagatcagaagacagtgtcagataccctggaactggagttgcatat
gattgtgaaccaccacatagttactgtgagtcaaaccaggccctctgcac
aaacagccagtgctcaaactattgagctcccaggctcagccttttcctca
gaatgttccttgtacttgtccttcacctttgagtttttgtcagctttagt
gtccagagtaacttatccctataaattcacttgttgtcagtagggtaaac
agaaaggatataaaaagacacaggaaaaataagactgttgctgtccgtta
ctgctctgttaatttcatagtatccacatgaatgttcttctgtgatgtgt
tttgttttctgaatggaccccgagcatctccattgcctgttctttatatt
cctttctttaccccaccatgctagccaaatatttctgtactcttgaagca
gtgccctctacctcactccgttctcctcttcatggtctttagtcttcctg
gtctcagcacatcttagaaacccttttcagtgctgtaactgtgcacatgg
aggttttgctctgcaccttaaacgtttttgagaaaccgacagggtgcaag
ttaccagtttgcagcccaggctggcaattcaagctccttaacacttccga
gtgccctgagcgacgagcactgctgaagtcatggttaagcttataatttg
tttccctaccagaaaattgtacgaagcattctttgcagtataaagtggga
aattggtggagaattagttgtttgacaacttgttgggggatcagtctgat
tagtcttgtaggcaatccttgatttaactgccttttttt
gaattctaggccagtcagagctacacagtgagactctgtctcaaaacaac
aacaaaacaataaaaggaaaataattaaataaaattagctaattatgaat
cccagctaacagattgagcagttcaagacaaaacatttattttcctaagc
tattctactaaaaccttgatcttctttgtagctaaatacttagattttaa
aggaaataatgctaatattagtatcaggaacctgactcttggatgctgct
gtcgccaacacctaaggttgttgcataaccacagacaggcagctcatctg
cctaagccttggtttcctcatttaaaaagtaaaagggggaactcacccac
taacaagatgatactaaatttagtaagtaaacatcatcaaattatttccc
agggaatcctgggttaatttagcacttgaataattctatcaaagaagaca
aaaatagtgctacagttggatgtgtgagctccagcctgtcctcctcttac
tctgtgctgcccactagctggtgacactgcctgtgccaccatcagaaatt
cacaatgtaagcgttttcatttgtagaacagaaacagtagtggtgtctat
ctcagagagttcctgaggattacgtaagataatacttagtaaatgcataa
agtctacctaccagggtaaaagctcatcagggttaaccattggtacaagt
tggtattagctaacaattcagtcctaacattgatacaggtaagaaaaatc
tacaatggcatcagaataatagccaatgtttataatgttcttttttgcat
atttgtaaagtcttttaaattaaatagaataaaacaaaaagaaagcaata
atttccattaccacaaatttgccacttataactgaaaacatttaagtgat
atgttaaagttgcttatgtctcactctctgtgttaggcacactctgagat
ggtcactaatgatctttgctctggtatttcatgcccttggtaacctctct
gctgcatgtgggcagtttactgactcacttctaacaattacagcagatgt
gctgacgtcattcaaacagtttatagagggctctgctttcgtctcagggt
ttctcccctagatcaagctactatgagagtcacattagtcattaagcaat
cat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_160834486_160835684
seq2: B6Ng01-150D16.b_45_1233 (reverse)

seq1  AAAAAAAGCCAGTTATAAATCAAGGA-TGCCTACAAGACTTAAAATCAGA  49
      |||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||   |||||| 
seq2  AAAAAAAGGCAGT--TAAATCAAGGATTGCCTACAAGACT---AATCAG-  44

seq1  AACTGAT-CCCCAACAAGTTGTCCAACAACTTATTCT-CACCAATTTCCC  97
       |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  -ACTGATCCCCCAACAAGTTGTCAAACAACTAATTCTCCACCAATTTCCC  93

seq1  ACTTTATACTTGCAAAGAATGCTGTCGTACAATTTTCCTGGTAGGGAAAC  147
      ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACTTTATAC-TGCAAAGAATGCT-TCGTACAATTTT-CTGGTAGGGAAAC  140

seq1  AAA-TATAAGCCTTAACCATTGACTTCAGCAGTGCTCGTCGCTCAGGGCA  196
      ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATAAG-CTTAACCA-TGACTTCAGCAGTGCTCGTCGCTCAGGGCA  188

seq1  CTCGGAAGTGTTAAGGAGCTTGAATTGCCAGGCCTGGGCTGCAAACTGGT  246
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTCGGAAGTGTTAAGGAGCTTGAATTGCCA-GCCTGGGCTGCAAACTGGT  237

seq1  AACTTGCACCCTGTCGGTTTCTCAAAAACGTTTAAGGTGCAGAGCAAAAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCACCCTGTCGGTTTCTCAAAAACGTTTAAGGTGCAGAGCAAAAC  287

seq1  CTCCATGTGCACAGTTACAGCACTGAAAAGGGTTTCTAAGATGTGCTGAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGTGCACAGTTACAGCACTGAAAAGGGTTTCTAAGATGTGCTGAG  337

seq1  ACCAGGAAGACTAAAGACCATGAAGAGGAGAACGGAGTGAGGTAGAGGGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGAAGACTAAAGACCATGAAGAGGAGAACGGAGTGAGGTAGAGGGC  387

seq1  ACCTGCTTCAAGAGTACAGAAATATTTGGCTAGCATGGTGGGGTAAAGAA  446
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CTGCTTCAAGAGTACAGAAATATTTGGCTAGCATGGTGGGGTAAAGAA  436

seq1  AGGAATATAAAGAACAGGCAATGGAGATGCTCGGGGTCCATTCAGAAAAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATATAAAGAACAGGCAATGGAGATGCTCGGGGTCCATTCAGAAAAC  486

seq1  AAAACACATCACAGAAGAACATTCATGTGGATACTATGAAATTAACAGAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACATCACAGAAGAACATTCATGTGGATACTATGAAATTAACAGAG  536

seq1  CAGTAACGGACAGCAACAGTCTTATTTTTCCTGTGTCTTTTTATATCCTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAACGGACAGCAACAGTCTTATTTTTCCTGTGTCTTTTTATATCCTT  586

seq1  TCTGTTTACCCTACTGACAACAAGTGAATTTATAGGGATAAGTTACTCTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTACCCTACTGACAACAAGTGAATTTATAGGGATAAGTTACTCTG  636

seq1  GACACTAAAGCTGACAAAAACTCAAAGGTGAAGGACAAGTACAAGGAACA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTAAAGCTGACAAAAACTCAAAGGTGAAGGACAAGTACAAGGAACA  686

seq1  TTCTGAGGAAAAGGCTGAGCCTGGGAGCTCAATAGTTTGAGCACTGGCTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGGAAAAGGCTGAGCCTGGGAGCTCAATAGTTTGAGCACTGGCTG  736

seq1  TTTGTGCAGAGGGCCTGGTTTGACTCACAGTAACTATGTGGTGGTTCACA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCAGAGGGCCTGGTTTGACTCACAGTAACTATGTGGTGGTTCACA  786

seq1  ATCATATGCAACTCCAGTTCCAGGGTATCTGACACTGTCTTCTGATCTCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATATGCAACTCCAGTTCCAGGGTATCTGACACTGTCTTCTGATCTCC  836

seq1  TTGGGCACCAGGTATGCCCATAGTAAACAGACATGCTTATGGGTAAGACA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCACCAGGTATGCCCATAGTAAACAGACATGCTTATGGGTAAGACA  886

seq1  TTCATACACATAAGATAAGTGTACTGGCTGGTTCTGTGTCAACTTGACAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATACACATAAGATAAGTGTACTGGCTGGTTCTGTGTCAACTTGACAC  936

seq1  AAGCTGGAGTTATCATAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGGGGAAATGCCTCCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGAGTTATCATAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGGGGAAATGCCTCCA  986

seq1  TGAGATACAGCTGTAAGCCATTTTTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGTTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATACAGCTGTAAGCCATTTTTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGTTA  1036

seq1  GGGCCCATTGTGGGTGGTGCCATCCCTGGGCTGGTAGTCTTGGGTTTTAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCATTGTGGGTGGTGCCATCCCTGGGCTGGTAGTCTTGGGTTTTAA  1086

seq1  AAGAACAAAAGCTGAGCAAGCCAGGGGAGCAAGCCAGTAAGAAACATCCC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACAAAAGCTGAGCAAGCCAGGGGAGCAAGCCAGTAAGAAACATCCC  1136

seq1  TTCATGCCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGATGCTTGAA  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGATGCTTGAA  1186

seq1  TTC  1199
      |||
seq2  TTC  1189

seq1: chr2_160675262_160676437
seq2: B6Ng01-150D16.g_66_1218

seq1  GAATTCTAGGCCAGTCAGAGCTACACAGTGAGACTCTGTCTCAAAACAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGCCAGTCAGAGCTACACAGTGAGACTCTGTCTCAAAACAAC  50

seq1  AACAAAACAATAAAAGGAAAATAATTAAATAAAATTAGCTAATTATGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACAATAAAAGGAAAATAATTAAATAAAATTAGCTAATTATGAAT  100

seq1  CCCAGCTAACAGATTGAGCAGTTCAAGACAAAACATTTATTTTCCTAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTAACAGATTGAGCAGTTCAAGACAAAACATTTATTTTCCTAAGC  150

seq1  TATTCTACTAAAACCTTGATCTTCTTTGTAGCTAAATACTTAGATTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTACTAAAACCTTGATCTTCTTTGTAGCTAAATACTTAGATTTTAA  200

seq1  AGGAAATAATGCTAATATTAGTATCAGGAACCTGACTCTTGGATGCTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATAATGCTAATATTAGTATCAGGAACCTGACTCTTGGATGCTGCT  250

seq1  GTCGCCAACACCTAAGGTTGTTGCATAACCACAGACAGGCAGCTCATCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGCCAACACCTAAGGTTGTTGCATAACCACAGACAGGCAGCTCATCTG  300

seq1  CCTAAGCCTTGGTTTCCTCATTTAAAAAGTAAAAGGGGGAACTCACCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGCCTTGGTTTCCTCATTTAAAAAGTAAAAGGGGGAACTCACCCAC  350

seq1  TAACAAGATGATACTAAATTTAGTAAGTAAACATCATCAAATTATTTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAGATGATACTAAATTTAGTAAGTAAACATCATCAAATTATTTCCC  400

seq1  AGGGAATCCTGGGTTAATTTAGCACTTGAATAATTCTATCAAAGAAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATCCTGGGTTAATTTAGCACTTGAATAATTCTATCAAAGAAGACA  450

seq1  AAAATAGTGCTACAGTTGGATGTGTGAGCTCCAGCCTGTCCTCCTCTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGTGCTACAGTTGGATGTGTGAGCTCCAGCCTGTCCTCCTCTTAC  500

seq1  TCTGTGCTGCCCACTAGCTGGTGACACTGCCTGTGCCACCATCAGAAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCTGCCCACTAGCTGGTGACACTGCCTGTGCCACCATCAGAAATT  550

seq1  CACAATGTAAGCGTTTTCATTTGTAGAACAGAAACAGTAGTGGTGTCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGTAAGCGTTTTCATTTGTAGAACAGAAACAGTAGTGGTGTCTAT  600

seq1  CTCAGAGAGTTCCTGAGGATTACGTAAGATAATACTTAGTAAATGCATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGAGTTCCTGAGGATTACGTAAGATAATACTTAGTAAATGCATAA  650

seq1  AGTCTACCTACCAGGGTAAAAGCTCATCAGGGTTAACCATTGGTACAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTACCTACCAGGGTAAAAGCTCATCAGGGTTAACCATTGGTACAAGT  700

seq1  TGGTATTAGCTAACAATTCAGTCCTAACATTGATACAGGTAAGAAAAATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTAGCTAACAATTCAGTCCTAACATTGATACAGGTAAGAAAAATC  750

seq1  TACAATGGCATCAGAATAATAGCCAATGTTTATAATGTTCTTTTTTGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGGCATCAGAATAATAGCCAATGTTTATAATGTTCTTTTTTGCAT  800

seq1  ATTTGTAAAGTCTTTTAAATTAAATAGAATAAAACAAAAAGAAAGCAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTAAAGTCTTTTAAATTAAATAGAATAAAACAAAAAGAAAGCAATA  850

seq1  ATTTCCATTACCACAAATTTGCCACTTATAACTGAAAACATTTAAGTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATTACCACAAATTTGCCACTTATAACTGAAAACATTTAAGTGAT  900

seq1  ATGTTAAAGTTGCTTATGTCTCACTCTCTGTGTTAGGCACACTCTGAGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAAAGTTGCTTATGTCTCACTCTCTGTGTTAGGCACACTCTGAGAT  950

seq1  GGTCACTAATGATCTTTGCCTCCTGGTA-TTCATGCCCTTGGGTAACCTC  999
      |||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||| |||||||| 
seq2  GGTCACTAATGATCTTTGC--TCTGGTATTTCATGCCCTT-GGTAACCT-  996

seq1  CTCTGCTGCAATGTGGGCCAGTTTACTGACTCACTTCTAACAAATACAGC  1049
      ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTCTGCTGC-ATGTGGG-CAGTTTACTGACTCACTTCTAACAATTACAGC  1044

seq1  AGATGTGCTGGAGCGTCATTTCCAAAACAAGGTTATAGAGGGGCTCTGGC  1099
      ||||||||||   |||||||  ||||   || ||||||| ||||||| ||
seq2  AGATGTGCTG--ACGTCATT--CAAA--CAGTTTATAGA-GGGCTCT-GC  1086

seq1  TTCCGTCTCAGGTGTTTTCTTTCCCTCTTAGATCAAGCTACCTATGAGAA  1149
      || |||||||||       |||| | | |||||||||||| ||||||| |
seq2  TTTCGTCTCAGG------GTTTCTCCCCTAGATCAAGCTA-CTATGAG-A  1128

seq1  GTCAACATTAAGTCATTAAGCAATCAT  1176
      ||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  GTC-ACATT-AGTCATTAAGCAATCAT  1153