BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-152A02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 122,537,799 - 122,682,265
singlet/doubletdoublet
Overlap genePldn, Sqrdl
Upstream geneFrmd5, Casc4, Mageb3, Ctdspl2, Eif3s1, 4930424G05Rik, B2m, Trim69, 4933406J08Rik, LOC433468, LOC670832, Sord, Duox2, Duoxa2, Duoxa1, Duox1, Shf, Slc28a2, Bambi-ps1, Rp23-357i14.1, Gatm, Spata5l1, AA467197, Slc30a4
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-152A02.bB6Ng01-152A02.g
ACCDH947687DH947688
length1,0281,070
definitionDH947687|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152A02, 5' end.DH947688|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152A02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,681,233 - 122,682,265)(122,537,799 - 122,538,863)
sequence
gaattctaattggatgacagatcagaccctacgccggcttccttcacagt
ctaactccggaagcttagtaggagctgcgaacatactgcagatcaggcag
agctcagtcccgagctcgcagctccagagcacttcaggagaaatggccag
gaactcaaaccaccctgtttagtttcccaaagattcgcaaagcctcatgg
gttacagaaaggaagaggcgagaaacagacgcctgagtagtgactgcaaa
gtcaaggaaaatatgtaaatagctaagatacacggttgtcaaaaatcgag
agaatcctttttttggaaaaggtgactctgcctcataggacagtctcaca
aatgcacaggcctcagccctgtgcttctggttgagggaaagttcagttat
ctgtcgtctggggcatacttgaaccgcggtgaattttgagttgtcttttt
ccttgggttgtaggagatccgatcatcatggcttcagccagagcttctgg
aagtgtcaaaagtcacaccacctgcccttgtcctaccaggtttccccttg
gccttgggctctggtttagaaatcactgcaatagttggtgtctgctacct
gcttttagtatagaactgcttacttgtacttgggtgatttttaacagttt
ttgtcttgtgatttttttttgtactggaactcctacggggattgggggag
accagtgcaatgtgaattctgagcccctagaattgcttgacatgatagac
attccagggtcatttctactagagaaaaggagagttggtgtggttttcct
gcgtgcaaaatagacttgtaagaggatatggatgtattcaagtagaattg
atggccgtagggttgggaaatggctcagtcagaagcatgagagcctgaat
ttagttcccagaacccatgtaaaaggctggtcacagtgagataagcttct
aattctagctctgggagcagaggcagcagcctaagctacttgatagctct
aggctggtgacagactctgtcttcagaa
gaattcaggaactctccgattcatgcacaccacgatgtggctggtgggtg
gaagtgacatgctcttctgctctgatatggcctgtggtttactgtgattc
tcagttcccttccagggaagctggtgttttcctggatctctgatgctttc
gttttcaacatcagttttagaaaattcctggtattctctgtataagtagc
accctggcctgctagaattgttacagtggctcattgtgtgtgtgtgcacg
cggaacttggagctcatggttcagttaggctggttggccactgagttcca
ggggtctgcctgtctctgctctctaccactgcctgagtgctggagctagg
ttttggaaatccaaactcacgaactcatgcttgtctgccaggcactgtac
tgacagccatctcctgagaccttcaataactttaaagaagctgtttttat
aggcttacttcattttctcttatagtttggtgttatgtacatgtttgtgt
gtatagtgtgtgcatgagccctcaagtgtgtgtgtggagttgtgagaaag
gaacctggattattgttgctcaaccattaagccacgttcagataggaatc
ttggtgaccaggagtcctttatgtgtggactttaatttgatgtgttcatc
atggatcaaagcacttgattttgttgacattctcagagtacatttacttt
gctctaacctgtcaaatacaaagtagaatattgtgaggatctgtcttttg
tccatcatctgtccatccatccatccatccacccacccacccatctctat
ctctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatctatctatctctaccacccatctatctctaactgtctctctgtgtg
tgtgtgtgtacatttcttgaggatccatagtaaactaagcatgttggtca
gtgtgggctgtgatttcagaacaccgtaaactttatttttacaggtcctt
gagaaatttgagaccacaacaaagaaacaagctactggcacattcaccaa
tttgggaaaggattcctctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_122681233_122682265
seq2: B6Ng01-152A02.b_40_1067 (reverse)

seq1  TTCTG-AGACAGAGTCTGTCACCAGCCTAGAGCTTATCAAGTAGGCTTAG  49
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  TTCTGAAGACAGAGTCTGTCACCAGCCTAGAGC-TATCAAGTA-GCTTAG  48

seq1  GCTGCTGGCCTCTGCCTCCCAAGAGCTAGAATTAGAAGCTTATCTCACTG  99
      |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCT-GCCTCTG-CTCCC-AGAGCTAGAATTAGAAGCTTATCTCACTG  95

seq1  TGACCAGCCTTTTTACATGGGTTCTGGGAACTAAATTCAGGCTCTCATGC  149
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAGCC-TTTTACATGGGTTCTGGGAACTAAATTCAGGCTCTCATGC  144

seq1  TTCTGACTGAGCCATTTCCCAACCCTACGGCCATCAATTCTACTTGAATA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACTGAGCCATTTCCCAACCCTACGGCCATCAATTCTACTTGAATA  194

seq1  CATCCATATCCTCTTACAAGTCTATTTTGCACGCAGGAAAACCACACCAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATATCCTCTTACAAGTCTATTTTGCACGCAGGAAAACCACACCAA  244

seq1  CTCTCCTTTTCTCTAGTAGAAATGACCCTGGAATGTCTATCATGTCAAGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTTTTCTCTAGTAGAAATGACCCTGGAATGTCTATCATGTCAAGC  294

seq1  AATTCTAGGGGCTCAGAATTCACATTGCACTGGTCTCCCCCAATCCCCGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTAGGGGCTCAGAATTCACATTGCACTGGTCTCCCCCAATCCCCGT  344

seq1  AGGAGTTCCAGTACAAAAAAAAATCACAAGACAAAAACTGTTAAAAATCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTCCAGTACAAAAAAAAATCACAAGACAAAAACTGTTAAAAATCA  394

seq1  CCCAAGTACAAGTAAGCAGTTCTATACTAAAAGCAGGTAGCAGACACCAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTACAAGTAAGCAGTTCTATACTAAAAGCAGGTAGCAGACACCAA  444

seq1  CTATTGCAGTGATTTCTAAACCAGAGCCCAAGGCCAAGGGGAAACCTGGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCAGTGATTTCTAAACCAGAGCCCAAGGCCAAGGGGAAACCTGGT  494

seq1  AGGACAAGGGCAGGTGGTGTGACTTTTGACACTTCCAGAAGCTCTGGCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAGGGCAGGTGGTGTGACTTTTGACACTTCCAGAAGCTCTGGCTG  544

seq1  AAGCCATGATGATCGGATCTCCTACAACCCAAGGAAAAAGACAACTCAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATGATGATCGGATCTCCTACAACCCAAGGAAAAAGACAACTCAAA  594

seq1  ATTCACCGCGGTTCAAGTATGCCCCAGACGACAGATAACTGAACTTTCCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACCGCGGTTCAAGTATGCCCCAGACGACAGATAACTGAACTTTCCC  644

seq1  TCAACCAGAAGCACAGGGCTGAGGCCTGTGCATTTGTGAGACTGTCCTAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCAGAAGCACAGGGCTGAGGCCTGTGCATTTGTGAGACTGTCCTAT  694

seq1  GAGGCAGAGTCACCTTTTCCAAAAAAAGGATTCTCTCGATTTTTGACAAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGTCACCTTTTCCAAAAAAAGGATTCTCTCGATTTTTGACAAC  744

seq1  CGTGTATCTTAGCTATTTACATATTTTCCTTGACTTTGCAGTCACTACTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTATCTTAGCTATTTACATATTTTCCTTGACTTTGCAGTCACTACTC  794

seq1  AGGCGTCTGTTTCTCGCCTCTTCCTTTCTGTAACCCATGAGGCTTTGCGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGTCTGTTTCTCGCCTCTTCCTTTCTGTAACCCATGAGGCTTTGCGA  844

seq1  ATCTTTGGGAAACTAAACAGGGTGGTTTGAGTTCCTGGCCATTTCTCCTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGGGAAACTAAACAGGGTGGTTTGAGTTCCTGGCCATTTCTCCTG  894

seq1  AAGTGCTCTGGAGCTGCGAGCTCGGGACTGAGCTCTGCCTGATCTGCAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTCTGGAGCTGCGAGCTCGGGACTGAGCTCTGCCTGATCTGCAGT  944

seq1  ATGTTCGCAGCTCCTACTAAGCTTCCGGAGTTAGACTGTGAAGGAAGCCG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCGCAGCTCCTACTAAGCTTCCGGAGTTAGACTGTGAAGGAAGCCG  994

seq1  GCGTAGGGTCTGATCTGTCATCCAATTAGAATTC  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAGGGTCTGATCTGTCATCCAATTAGAATTC  1028

seq1: chr2_122537799_122538863
seq2: B6Ng01-152A02.g_67_1136

seq1  GAATTCAGGAACTCTCCGATTCATGCACACCACGATGTGGCTGGTGGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAACTCTCCGATTCATGCACACCACGATGTGGCTGGTGGGTG  50

seq1  GAAGTGACATGCTCTTCTGCTCTGATATGGCCTGTGGTTTACTGTGATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGACATGCTCTTCTGCTCTGATATGGCCTGTGGTTTACTGTGATTC  100

seq1  TCAGTTCCCTTCCAGGGAAGCTGGTGTTTTCCTGGATCTCTGATGCTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCCCTTCCAGGGAAGCTGGTGTTTTCCTGGATCTCTGATGCTTTC  150

seq1  GTTTTCAACATCAGTTTTAGAAAATTCCTGGTATTCTCTGTATAAGTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCAACATCAGTTTTAGAAAATTCCTGGTATTCTCTGTATAAGTAGC  200

seq1  ACCCTGGCCTGCTAGAATTGTTACAGTGGCTCATTGTGTGTGTGTGCACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGCCTGCTAGAATTGTTACAGTGGCTCATTGTGTGTGTGTGCACG  250

seq1  CGGAACTTGGAGCTCATGGTTCAGTTAGGCTGGTTGGCCACTGAGTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAACTTGGAGCTCATGGTTCAGTTAGGCTGGTTGGCCACTGAGTTCCA  300

seq1  GGGGTCTGCCTGTCTCTGCTCTCTACCACTGCCTGAGTGCTGGAGCTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTGCCTGTCTCTGCTCTCTACCACTGCCTGAGTGCTGGAGCTAGG  350

seq1  TTTTGGAAATCCAAACTCACGAACTCATGCTTGTCTGCCAGGCACTGTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAAATCCAAACTCACGAACTCATGCTTGTCTGCCAGGCACTGTAC  400

seq1  TGACAGCCATCTCCTGAGACCTTCAATAACTTTAAAGAAGCTGTTTTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCCATCTCCTGAGACCTTCAATAACTTTAAAGAAGCTGTTTTTAT  450

seq1  AGGCTTACTTCATTTTCTCTTATAGTTTGGTGTTATGTACATGTTTGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTACTTCATTTTCTCTTATAGTTTGGTGTTATGTACATGTTTGTGT  500

seq1  GTATAGTGTGTGCATGAGCCCTCAAGTGTGTGTGTGGAGTTGTGAGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGTGTGTGCATGAGCCCTCAAGTGTGTGTGTGGAGTTGTGAGAAAG  550

seq1  GAACCTGGATTATTGTTGCTCAACCATTAAGCCACGTTCAGATAGGAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGGATTATTGTTGCTCAACCATTAAGCCACGTTCAGATAGGAATC  600

seq1  TTGGTGACCAGGAGTCCTTTATGTGTGGACTTTAATTTGATGTGTTCATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGACCAGGAGTCCTTTATGTGTGGACTTTAATTTGATGTGTTCATC  650

seq1  ATGGATCAAAGCACTTGATTTTGTTGACATTCTCAGAGTACATTTACTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATCAAAGCACTTGATTTTGTTGACATTCTCAGAGTACATTTACTTT  700

seq1  GCTCTAACCTGTCAAATACAAAGTAGAATATTGTGAGGATCTGTCTTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAACCTGTCAAATACAAAGTAGAATATTGTGAGGATCTGTCTTTTG  750

seq1  TCCATCATCTGTCCATCCATCCATCCATCCACCCACCCACCCATCTCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCATCTGTCCATCCATCCATCCATCCACCCACCCACCCATCTCTAT  800

seq1  CTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  850

seq1  CTATCTATCTATCTCTACCACCCATCTATCTCTAACTGTCTCTCTGTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTCTACCACCCATCTATCTCTAACTGTCTCTCTGTGTG  900

seq1  TGTGTGTGTACATTTCTTGAGGATCCATAGTAAACTAAGCATGTTGGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTACATTTCTTGAGGATCCATAGTAAACTAAGCATGTTGGTCA  950

seq1  GTGTGGGCTGTGATTTCAGAACACCGTAGACTTTATTTTTACA-GTTCTT  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||
seq2  GTGTGGGCTGTGATTTCAGAACACCGTAAACTTTATTTTTACAGGTCCTT  1000

seq1  GAGAAATTGAAGACCACAAACAAG-AACAAGCTACTGGCACATTCACCA-  1047
      ||||||||  |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAGAAATTTGAGACCACAACAAAGAAACAAGCTACTGGCACATTCACCAA  1050

seq1  -TTTGGTAAGGA-TCCTCTT  1065
       || || ||||| |||||||
seq2  TTTGGGAAAGGATTCCTCTT  1070