BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157M23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 168,243,307 - 168,403,774
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668952, Nfatc2
Upstream geneSlc9a8, Spata2, Zfp313, Snai1, Ube2v1, AI840826, Cebpb, LOC100043728, Ptpn1, 2310033K02Rik, Pard6b, Adnp, Dpm1, Mocs3, LOC100043908, Kcng1
Downstream geneAtp9a, Sall4, Zfp64, LOC100043909
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157M23.bB6Ng01-157M23.g
ACCDH951941DH951942
length9711,063
definitionDH951941|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157M23, 5' end.DH951942|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157M23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(168,402,799 - 168,403,774)(168,243,307 - 168,244,384)
sequence
gaattcttcaagtgctgaccagctcattttctgtaaaattccttcctctt
ttaaggaatgcgtttgaagaggctgaggctagcgcgtgccacactgtcaa
accaagcaaactatagcaggggcggtcaggattgttaaaaagatttaccc
agagtctttgggtaagtgtatttgggcctttgtgtggagtaagctgagct
gccctgtgtgagaaaagccaactgacttgtgttgttacccacgaggactc
agagtgtgctcaggtcacacaggaggaagaggggtgtcctaggttctttg
gacagtgagcagcctttcactagtggtaggctggcctggctcctggtagg
actctgccgagtctgtgaagccagctcactgtgcctccatttccttgtag
ataggcagccagtcttgtcctgaagttccccaaaaaattggcagaggact
ccccaagtattctcaggatccagatgctgactgagccccgggaccccgtg
gcaagagcattgtgttggtgagagacagacagccttgcctgtcagttgta
gaaccaaatggccagctgaagctgtggggagccagcaggaccaggactga
gcaaggggttcagagcagctaccgaggtggcaagacagccaagggatgtt
tcctcaggttccagggtgtggcgcataggcgatgcttcaggcagactgag
cctctgcagagcgcaggaagtgcaggtcaaagcctcgaagctcagagcca
taggcctcagcctcagtcagtcctgcaaaggtgggggacattggatggcc
agctgttggagtgggcggggcaacaactcaaccatatgcacaccagccct
ggctacaaagtatccttagttggagtggggctggaatcttcagcccactg
tgggcattcctcatcggttcccagaacaaagattctgggtaggtgaagcc
gctctgtgcttctagttcttg
gaattcctgataaggagacttggtgaacacaggaacacaagaggtcaggg
gtcaggtagctgcgggtcttggagggggcatcaaaggtggccttggcaag
ttgtccagggtggcagtgcagcccctggctgatgtgtggcagtcatctat
actggccatcttcaggagctccttgggcacaggggcagagctgatgacag
tgtctctgggggcagggatgagatgcagtgaaacagagccacatggcctg
tcaccatgcacagaatagtgtaaggcttgctagtcttggtcccacagtag
cctctctagacaggaactatgggaagcttgatcaagatggtggcccctcg
gatggcattggccacctccttggagcacctaacatcaagaccaacgtgac
ctttggagtccccaatagccttatagtttgacaagagccttgaacctggt
tcactggccaacccaagtctggcaggttctttagaacctcatcctttaga
gatgcacccaggaaaatgtcaatgatctcgctctcctgaatgggcaggga
gaacaggtagatctccttcagggacttgatcttcatttccttgaccaggc
gtcccagttccatgaaggggatccactccttgtcctcagatttacctgtg
tgatccctgcagccttggccatggcccagatctaccaaatcctgactgga
agcaccagctcctaagcctgggtccctcggtcccctgggccctctcatgc
actagcaccatccaccatgtggtgtttcctcaagaagtggaaagcaagct
ttaaatcattagttctctggggctgggaaaatggctctctttgtgaagag
ccttccttgcaagcgtgaagactgagttagcctcctcagaacccatataa
aagctgggcatgcctgtaatctcagtgctgagagaggcagagacagatga
tccctggggttctgtgactggatagtttgtcagattgggtgatctctggt
ctgggagagatcttgcctcacaaattcatgagatactgaggagcctcctg
atgatcaacacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_168402799_168403774
seq2: B6Ng01-157M23.b_47_1017 (reverse)

seq1  CAAGAAACTAGAAGCACAGAGCCGGCTTCACCTACCCAGAGTCCTTTGTT  50
      |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||
seq2  CAAG-AACTAGAAGCACAGAG-CGGCTTCACCTACCCAGAAT-CTTTGTT  47

seq1  CCTGGGAACCGATGAGGCATGCCCACAGTGGGCTGGAGATTCCAGCCCCA  100
       |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  -CTGGGAACCGATGAGGAATGCCCACAGTGGGCTGAAGATTCCAGCCCCA  96

seq1  CTCCAACCTAAGGATACTTTGTAGCCAGGGCTGGTGTGCATATGGTTGAG  150
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAA-CTAAGGATACTTTGTAGCCAGGGCTGGTGTGCATATGGTTGAG  145

seq1  TTGTTGCCCCGCCCACTCCAACAGCTGGCCATCCAATGTCCCCCACCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCCCCGCCCACTCCAACAGCTGGCCATCCAATGTCCCCCACCTTT  195

seq1  GCAGGACTGACTGAGGCTGAGGCCTATGGCTCTGAGCTTCGAGGCTTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACTGACTGAGGCTGAGGCCTATGGCTCTGAGCTTCGAGGCTTTGA  245

seq1  CCTGCACTTCCTGCGCTCTGCAGAGGCTCAGTCTGCCTGAAGCATCGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACTTCCTGCGCTCTGCAGAGGCTCAGTCTGCCTGAAGCATCGCCT  295

seq1  ATGCGCCACACCCTGGAACCTGAGGAAACATCCCTTGGCTGTCTTGCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGCCACACCCTGGAACCTGAGGAAACATCCCTTGGCTGTCTTGCCAC  345

seq1  CTCGGTAGCTGCTCTGAACCCCTTGCTCAGTCCTGGTCCTGCTGGCTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGTAGCTGCTCTGAACCCCTTGCTCAGTCCTGGTCCTGCTGGCTCCC  395

seq1  CACAGCTTCAGCTGGCCATTTGGTTCTACAACTGACAGGCAAGGCTGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTTCAGCTGGCCATTTGGTTCTACAACTGACAGGCAAGGCTGTCT  445

seq1  GTCTCTCACCAACACAATGCTCTTGCCACGGGGTCCCGGGGCTCAGTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCACCAACACAATGCTCTTGCCACGGGGTCCCGGGGCTCAGTCAG  495

seq1  CATCTGGATCCTGAGAATACTTGGGGAGTCCTCTGCCAATTTTTTGGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGATCCTGAGAATACTTGGGGAGTCCTCTGCCAATTTTTTGGGGA  545

seq1  ACTTCAGGACAAGACTGGCTGCCTATCTACAAGGAAATGGAGGCACAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGGACAAGACTGGCTGCCTATCTACAAGGAAATGGAGGCACAGTG  595

seq1  AGCTGGCTTCACAGACTCGGCAGAGTCCTACCAGGAGCCAGGCCAGCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGCTTCACAGACTCGGCAGAGTCCTACCAGGAGCCAGGCCAGCCTA  645

seq1  CCACTAGTGAAAGGCTGCTCACTGTCCAAAGAACCTAGGACACCCCTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAGTGAAAGGCTGCTCACTGTCCAAAGAACCTAGGACACCCCTCTT  695

seq1  CCTCCTGTGTGACCTGAGCACACTCTGAGTCCTCGTGGGTAACAACACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGTGTGACCTGAGCACACTCTGAGTCCTCGTGGGTAACAACACAA  745

seq1  GTCAGTTGGCTTTTCTCACACAGGGCAGCTCAGCTTACTCCACACAAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTGGCTTTTCTCACACAGGGCAGCTCAGCTTACTCCACACAAAGG  795

seq1  CCCAAATACACTTACCCAAAGACTCTGGGTAAATCTTTTTAACAATCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATACACTTACCCAAAGACTCTGGGTAAATCTTTTTAACAATCCTG  845

seq1  ACCGCCCCTGCTATAGTTTGCTTGGTTTGACAGTGTGGCACGCGCTAGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCCCCTGCTATAGTTTGCTTGGTTTGACAGTGTGGCACGCGCTAGCC  895

seq1  TCAGCCTCTTCAAACGCATTCCTTAAAAGAGGAAGGAATTTTACAGAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTCTTCAAACGCATTCCTTAAAAGAGGAAGGAATTTTACAGAAAA  945

seq1  TGAGCTGGTCAGCACTTGAAGAATTC  976
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGGTCAGCACTTGAAGAATTC  971

seq1: chr2_168243307_168244384
seq2: B6Ng01-157M23.g_69_1131

seq1  GAATTCCTGATAAGGAGACTTGGTGAACACAGGAACACAAGAGGTCAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGATAAGGAGACTTGGTGAACACAGGAACACAAGAGGTCAGGG  50

seq1  GTCAGGTAGCTGCGGGTCTTGGAGGGGGCATCAAAGGTGGCCTTGGCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGTAGCTGCGGGTCTTGGAGGGGGCATCAAAGGTGGCCTTGGCAAG  100

seq1  TTGTCCAGGGTGGCAGTGCAGCCCCTGGCTGATGTGTGGCAGTCATCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAGGGTGGCAGTGCAGCCCCTGGCTGATGTGTGGCAGTCATCTAT  150

seq1  ACTGGCCATCTTCAGGAGCTCCTTGGGCACAGGGGCAGAGCTGATGACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCATCTTCAGGAGCTCCTTGGGCACAGGGGCAGAGCTGATGACAG  200

seq1  TGTCTCTGGGGGCAGGGATGAGATGCAGTGAAACAGAGCCACATGGCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTGGGGGCAGGGATGAGATGCAGTGAAACAGAGCCACATGGCCTG  250

seq1  TCACCATGCACAGAATAGTGTAAGGCTTGCTAGTCTTGGTCCCACAGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATGCACAGAATAGTGTAAGGCTTGCTAGTCTTGGTCCCACAGTAG  300

seq1  CCTCTCTAGACAGGAACTATGGGAAGCTTGATCAAGATGGTGGCCCCTCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTAGACAGGAACTATGGGAAGCTTGATCAAGATGGTGGCCCCTCG  350

seq1  GATGGCATTGGCCACCTCCTTGGAGCACCTAACATCAAGACCAACGTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCATTGGCCACCTCCTTGGAGCACCTAACATCAAGACCAACGTGAC  400

seq1  CTTTGGAGTCCCCAATAGCCTTATAGTTTGACAAGAGCCTTGAACCTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAGTCCCCAATAGCCTTATAGTTTGACAAGAGCCTTGAACCTGGT  450

seq1  TCACTGGCCAACCCAAGTCTGGCAGGTTCTTTAGAACCTCATCCTTTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGCCAACCCAAGTCTGGCAGGTTCTTTAGAACCTCATCCTTTAGA  500

seq1  GATGCACCCAGGAAAATGTCAATGATCTCGCTCTCCTGAATGGGCAGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCACCCAGGAAAATGTCAATGATCTCGCTCTCCTGAATGGGCAGGGA  550

seq1  GAACAGGTAGATCTCCTTCAGGGACTTGATCTTCATTTCCTTGACCAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGGTAGATCTCCTTCAGGGACTTGATCTTCATTTCCTTGACCAGGC  600

seq1  GTCCCAGTTCCATGAAGGGGATCCACTCCTTGTCCTCAGATTTACCTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGTTCCATGAAGGGGATCCACTCCTTGTCCTCAGATTTACCTGTG  650

seq1  TGATCCCTGCAGCCTTGGCCATGGCCCAGATCTACCAAATCCTGACTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCCTGCAGCCTTGGCCATGGCCCAGATCTACCAAATCCTGACTGGA  700

seq1  AGCACCAGCTCCTAAGCCTGGGTCCCTCGGTCCCCTGGGCCCTCTCATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCAGCTCCTAAGCCTGGGTCCCTCGGTCCCCTGGGCCCTCTCATGC  750

seq1  ACTAGCACCATCCACCATGTGGTGTTTCCTCAAAGAAGTGGAAAGCAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCACCATCCACCATGTGGTGTTTCCTC-AAGAAGTGGAAAGCAAGC  799

seq1  TTTAAATCATTAGTTCTCTGGGGCTGGGAAAATGGCTCCCTTTGTGAAGA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTAAATCATTAGTTCTCTGGGGCTGGGAAAATGGCTCTCTTTGTGAAGA  849

seq1  GCCTTCCTTGCAAGCGTGAAGACTGAGTTAGCCTCCCCAGAACCCATATA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  GCCTTCCTTGCAAGCGTGAAGACTGAGTTAGCCTCCTCAGAACCCATAT-  898

seq1  AAAAGCTGGGCATGCCTGTAATCCCAGTGCTGAGAGAGGCAGAGACAGAA  950
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAAAGCTGGGCATGCCTGTAATCTCAGTGCTGAGAGAGGCAGAGACAG-A  947

seq1  GGATCCCTGGGGTTCTGTGACTGGATAGTTTGTCAGAATTGGTGATCTCT  1000
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
seq2  TGATCCCTGGGGTTCTGTGACTGGATAGTTTGTCAGATTGGGTGATCTCT  997

seq1  GGGTTCTGGGAGAGACCTTGCCTCAACAAATACAATGAAGAATAACTGAG  1050
      ||  ||||||||||| |||||||| |||||| | ||| |||   ||||||
seq2  GG--TCTGGGAGAGATCTTGCCTC-ACAAATTC-ATG-AGA--TACTGAG  1040

seq1  GAAGGCCCTCACTGATGATCACACACAC  1078
      ||    |||| |||||||||| ||||||
seq2  GA---GCCTC-CTGATGATCA-ACACAC  1063