BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-158D12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 72,060,683 - 72,156,180
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRapgef4, B230120H23Rik
Upstream geneDync1i2, Slc25a12, LOC667528, Hat1, LOC100040177, Metapl1, LOC100040207, Dlx1, Dlx1as, Dlx2, Gm1631, Itga6, Pdk1, LOC100040270
Downstream geneCdca7, LOC383712, LOC635960, LOC100039928, 6430710C18Rik, Sp3, Hspe1-ps5, Gtpbp9, LOC620110, Sp9, 1700023B02Rik, Scrn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-158D12.bB6Ng01-158D12.g
ACCDH952232DH952233
length1,1361,045
definitionDH952232|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158D12, 5' end.DH952233|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158D12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,155,038 - 72,156,180)(72,060,683 - 72,061,730)
sequence
gaattcctgagagaattccccaaaaagaagggtttgctttggcccttggt
tttataactttgatgcatgggtggttggctctggtgttttggtaacatca
tagcaagagcacgtgatgccacaaaaccattcacctcatgggtgccagga
aacaagaagggaaagaaaggaaggggtagggttccaagatccccctcaga
gacataccacctgagacctaacttccgcctgctaggtctactctgaaagt
tctcacctgctccaggcagcagcacgaggtagtggccaagccttagcttg
tagcctttggaggacaagcaagacacaaaccagaaaagaatcctatgtct
gaaatacaggaaattttgcaggagtgttgtaggagatccatacccaataa
taaatgttagtaaaacatacaagggtccaagtaaaacaggagtcataggg
actgagaaccttcaagaataacagttcaagtcccctcactgggtgaagtc
ctccaagcctgctgaggtttaggctgagggaaaacagaaatacgaaatga
ctattgaaagaggacggtagtagcttccagcatttcactttgttgttctt
tggatgtgtatggtaaggccttctcaacctttcttccccttatgatgcca
cacttaagctgttgggtttataactcaggctttaggtaataatagtcagt
gcactgtagtggaatctgagcagaagttaatgaagcctgcggtggatgaa
gtcactcttaggactgtgcatctcattttggggactgatgggaacttccc
ttgtgcaaaggacagctagtctccataggtgagagcacagacttgtctcc
tagttatgtggaagttccaatgtatgtgctgggtgtgtgcagaggctgag
tagaggaagacaccacattgcattcacatctcttgccctgtttatatagc
tttatgggtaattttctttctggcaaatggcaccatgttagcctatgtca
ataaatggtgctgaagacacgcaaggcacaagcaaagatgaaataacttc
ttgtgtggtagttttccctccagtagcacaacgatgtgtaaggaaacact
ccaatggtgccaggcagctggaacttcaggtgatac
gaattcatgcaaagaaggatcataatgataggggcagaattaaggggacc
aacaggaggaggcaaaatacccagaagtaagcaatgggaaatcacattac
tgtcctggagggtggggtataggacaggaagggagaatgagaaccgaggc
tagaccctgcaggaatcctggtcatgtctgtggagcctgcagtctaactc
ttcagtcagctatcaggagtcaccaacagtgtgtgcgtgtgtgcttcaga
cactgtgatgggaagtttccttgaggaccaacgtgggagatggcataagt
ccaaagctgggatctgtcattctctgccttgcacgtagcacaagcgaaac
gggtgggaagtagctctgtggtttccttgactccttggcacttaccacgc
acagccttctcaaggtaccgagcaggagagaatggattatgccctcaaca
acaagaggcgggtcatccgcttggtcctgcagtgggcggccatgtatggc
gatctcctccaagaagatgatgtggccatggccttcctggaggtatgtgg
gggtcattcatatccttttgtccactgacacagggtgtacagccaattct
atagagactctgcaattgccagttctagaccttgttagcatgttcactgt
caggtatgtttaataaaagaaaaacatcagcccttgtcctcccgctccag
tgctccagctccatgagtggtgccaccatggtgcgttatggtctgctctt
gtgttctttgcatgtttgagagacttgtaatcgcatgagtacccagcatt
ttgcaggctgcttttttttttctacttcgctctgtaaagatttttttccc
catgtcagtgagttctttgtaatgaaaggttccgacactccatcagcagc
tgtcaaaagcatttatctgtgcccacacgtgtctgctttctcttgctagg
ataactgtacagcaaactctttggtgcatgcgggtctgtcttcagttctc
actttcttagggagtaaagccccagggagaattgtgggggtgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_72155038_72156180
seq2: B6Ng01-158D12.b_47_1182 (reverse)

seq1  GTATCACACTGAAGTTTTCAGCTGCCTGGCAC--ATGGGGTGTTTCCTTC  48
      ||||||| |||||| || ||||||||||||||   ||| |||||||||| 
seq2  GTATCAC-CTGAAG-TTCCAGCTGCCTGGCACCATTGGAGTGTTTCCTTA  48

seq1  TACATCTGTTGTTGGCTACTGGAGGGAAAACTACCACACAAGAAG-TATT  97
       ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CACATC-GTTGT--GCTACTGGAGGGAAAACTACCACACAAGAAGTTATT  95

seq1  TCATCCTTTGCTTGTGCCTTGCGGTGTCTTCAGCACCATTTATTGACATA  147
      |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAT-CTTTGCTTGTGCCTTGC-GTGTCTTCAGCACCATTTATTGACATA  143

seq1  GGCTAACATGGTGCCATTTGCCAGAAAGAAAATTACCCATAAAGCTATTA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGCTAACATGGTGCCATTTGCCAGAAAGAAAATTACCCATAAAGCTA-TA  192

seq1  TAAAACAGGGCAAGAGATGTTGAATGCAATGTGGTGTCTTCCTCTACTCA  247
      | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-AAACAGGGCAAGAGATG-TGAATGCAATGTGGTGTCTTCCTCTACTCA  240

seq1  GCCTCTGCACACACCCAGCACATACATTGGAACTTCCACATAACTAGGAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCACACACCCAGCACATACATTGGAACTTCCACATAACTAGGAG  290

seq1  ACAAGTCTGTGCTCTCACCTATGGAGACTAGCTGTCCTTTGCACAAGGGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCTGTGCTCTCACCTATGGAGACTAGCTGTCCTTTGCACAAGGGA  340

seq1  AGTTCCCATCAGTCCCCAAAATGAGATGCACAGTCCTAAGAGTGACTTCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCCATCAGTCCCCAAAATGAGATGCACAGTCCTAAGAGTGACTTCA  390

seq1  TCCACCGCAGGCTTCATTAACTTCTGCTCAGATTCCACTACAGTGCACTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCGCAGGCTTCATTAACTTCTGCTCAGATTCCACTACAGTGCACTG  440

seq1  ACTATTATTACCTAAAGCCTGAGTTATAAACCCAACAGCTTAAGTGTGGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTATTACCTAAAGCCTGAGTTATAAACCCAACAGCTTAAGTGTGGC  490

seq1  ATCATAAGGGGAAGAAAGGTTGAGAAGGCCTTACCATACACATCCAAAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAAGGGGAAGAAAGGTTGAGAAGGCCTTACCATACACATCCAAAGA  540

seq1  ACAACAAAGTGAAATGCTGGAAGCTACTACCGTCCTCTTTCAATAGTCAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAAAGTGAAATGCTGGAAGCTACTACCGTCCTCTTTCAATAGTCAT  590

seq1  TTCGTATTTCTGTTTTCCCTCAGCCTAAACCTCAGCAGGCTTGGAGGACT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTATTTCTGTTTTCCCTCAGCCTAAACCTCAGCAGGCTTGGAGGACT  640

seq1  TCACCCAGTGAGGGGACTTGAACTGTTATTCTTGAAGGTTCTCAGTCCCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCAGTGAGGGGACTTGAACTGTTATTCTTGAAGGTTCTCAGTCCCT  690

seq1  ATGACTCCTGTTTTACTTGGACCCTTGTATGTTTTACTAACATTTATTAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTCCTGTTTTACTTGGACCCTTGTATGTTTTACTAACATTTATTAT  740

seq1  TGGGTATGGATCTCCTACAACACTCCTGCAAAATTTCCTGTATTTCAGAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATGGATCTCCTACAACACTCCTGCAAAATTTCCTGTATTTCAGAC  790

seq1  ATAGGATTCTTTTCTGGTTTGTGTCTTGCTTGTCCTCCAAAGGCTACAAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATTCTTTTCTGGTTTGTGTCTTGCTTGTCCTCCAAAGGCTACAAG  840

seq1  CTAAGGCTTGGCCACTACCTCGTGCTGCTGCCTGGAGCAGGTGAGAACTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGCTTGGCCACTACCTCGTGCTGCTGCCTGGAGCAGGTGAGAACTT  890

seq1  TCAGAGTAGACCTAGCAGGCGGAAGTTAGGTCTCAGGTGGTATGTCTCTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTAGACCTAGCAGGCGGAAGTTAGGTCTCAGGTGGTATGTCTCTG  940

seq1  AGGGGGATCTTGGAACCCTACCCCTTCCTTTCTTTCCCTTCTTGTTTCCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGATCTTGGAACCCTACCCCTTCCTTTCTTTCCCTTCTTGTTTCCT  990

seq1  GGCACCCATGAGGTGAATGGTTTTGTGGCATCACGTGCTCTTGCTATGAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCCATGAGGTGAATGGTTTTGTGGCATCACGTGCTCTTGCTATGAT  1040

seq1  GTTACCAAAACACCAGAGCCAACCACCCATGCATCAAAGTTATAAAACCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCAAAACACCAGAGCCAACCACCCATGCATCAAAGTTATAAAACCA  1090

seq1  AGGGCCAAAGCAAACCCTTCTTTTTGGGGAATTCTCTCAGGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCAAAGCAAACCCTTCTTTTTGGGGAATTCTCTCAGGAATTC  1136

seq1: chr2_72060683_72061730
seq2: B6Ng01-158D12.g_70_1114

seq1  GAATTCATGCAAAGAAGGATCATAATGATAGGGGCAGAATTAAGGGGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCAAAGAAGGATCATAATGATAGGGGCAGAATTAAGGGGACC  50

seq1  AACAGGAGGAGGCAAAATACCCAGAAGTAAGCAATGGGAAATCACATTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAGGAGGCAAAATACCCAGAAGTAAGCAATGGGAAATCACATTAC  100

seq1  TGTCCTGGAGGGTGGGGTATAGGACAGGAAGGGAGAATGAGAACCGAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGGAGGGTGGGGTATAGGACAGGAAGGGAGAATGAGAACCGAGGC  150

seq1  TAGACCCTGCAGGAATCCTGGTCATGTCTGTGGAGCCTGCAGTCTAACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCCTGCAGGAATCCTGGTCATGTCTGTGGAGCCTGCAGTCTAACTC  200

seq1  TTCAGTCAGCTATCAGGAGTCACCAACAGTGTGTGCGTGTGTGCTTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCAGCTATCAGGAGTCACCAACAGTGTGTGCGTGTGTGCTTCAGA  250

seq1  CACTGTGATGGGAAGTTTCCTTGAGGACCAACGTGGGAGATGGCATAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGATGGGAAGTTTCCTTGAGGACCAACGTGGGAGATGGCATAAGT  300

seq1  CCAAAGCTGGGATCTGTCATTCTCTGCCTTGCACGTAGCACAAGCGAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGCTGGGATCTGTCATTCTCTGCCTTGCACGTAGCACAAGCGAAAC  350

seq1  GGGTGGGAAGTAGCTCTGTGGTTTCCTTGACTCCTTGGCACTTACCACGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGAAGTAGCTCTGTGGTTTCCTTGACTCCTTGGCACTTACCACGC  400

seq1  ACAGCCTTCTCAAGGTACCGAGCAGGAGAGAATGGATTATGCCCTCAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTTCTCAAGGTACCGAGCAGGAGAGAATGGATTATGCCCTCAACA  450

seq1  ACAAGAGGCGGGTCATCCGCTTGGTCCTGCAGTGGGCGGCCATGTATGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGGCGGGTCATCCGCTTGGTCCTGCAGTGGGCGGCCATGTATGGC  500

seq1  GATCTCCTCCAAGAAGATGATGTGGCCATGGCCTTCCTGGAGGTATGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCCTCCAAGAAGATGATGTGGCCATGGCCTTCCTGGAGGTATGTGG  550

seq1  GGGTCATTCATATCCTTTTGTCCACTGACACAGGGTGTACAGCCAATTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATTCATATCCTTTTGTCCACTGACACAGGGTGTACAGCCAATTCT  600

seq1  ATAGAGACTCTGCAATTGCCAGTTCTAGACCTTGTTAGCATGTTCACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGACTCTGCAATTGCCAGTTCTAGACCTTGTTAGCATGTTCACTGT  650

seq1  CAGGTATGTTTAATAAAAGAAAAACATCAGCCCTTGTCCTCCCGCTCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATGTTTAATAAAAGAAAAACATCAGCCCTTGTCCTCCCGCTCCAG  700

seq1  TGCTCCAGCTCCATGAGTGGTGCCACCATGGTGCGTTATGGTCTGCTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCAGCTCCATGAGTGGTGCCACCATGGTGCGTTATGGTCTGCTCTT  750

seq1  GTGTTCTTTGCATGTTTGAGAGACTTGTAATCGCATGAGTACCCAGCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTTTGCATGTTTGAGAGACTTGTAATCGCATGAGTACCCAGCATT  800

seq1  TTGCAGGCTGCTTTTTTTTTTCTACTTCGCTCTGTAAAGATTTTTTTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGGCTGCTTTTTTTTTTCTACTTCGCTCTGTAAAGATTTTTTTCCC  850

seq1  CATGTCAGTGAGTTCTTTGTAATGAAAGGTTCCGACACTCCATCAGCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCAGTGAGTTCTTTGTAATGAAAGGTTCCGACACTCCATCAGCAGC  900

seq1  TGTCCACAAAAGCATTTATCTGTGCCCACACGTGTCTGCTTTCTCCTTGC  950
      |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGT---CAAAAGCATTTATCTGTGCCCACACGTGTCTGCTTTCT-CTTGC  946

seq1  TAGGATAACTGTACAGCAAACACTTTTGTGCATGCGGGTCTGTCTTCAGT  1000
      ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATAACTGTACAGCAAACTCTTTGGTGCATGCGGGTCTGTCTTCAGT  996

seq1  TACTCACTTTCTTA-GGAGTAAAAGCCCAAGGGAGAATGGT--GGGTGGG  1047
      | |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||  |||||||
seq2  T-CTCACTTTCTTAGGGAGT-AAAGCCCCAGGGAGAATTGTGGGGGTGGG  1044

seq1  G  1048
      |
seq2  G  1045