BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-159A09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 115,753,842 - 115,918,416
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMrg1, G630016G05Rik, 2810405F15Rik
Upstream geneLOC100043222, LOC100043232, LOC100043236, BC052040
Downstream geneLOC433464, Tmco5, LOC100043557, LOC241621
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-159A09.bB6Ng01-159A09.g
ACCDH952811DH952812
length1,0841,058
definitionDH952811|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159A09, 5' end.DH952812|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159A09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,753,842 - 115,754,946)(115,917,350 - 115,918,416)
sequence
gaattcactttttaaccttatgctggcctagaactcatagcaaaattttc
ttgccttctgagtgctgagattataggcgtgggcaactctgtccagctcc
aatcaactgtttgattattgctggcttctcttttgcttacgagcctaagt
ctcaataaggggctcaggctttcttcttcatagtatatggcttagtattg
tttctacaatttccacaccatcagatgctgccttctggtatcatccttac
atttaatgagagacttttccattctagcatttatgtcttccatgaggtat
atttcttccttccctttggtaatggggctatgatttctatgttgggaata
tactaagctgcgataaagtgacttcaacttagacaatcaccatagctaac
tatgctgtctgcatggaagacatccaagttagattaaggaattttatcat
ggaactgccaaatggctctttatttactgtatttcctatgtagtaggaag
cgttcttggggtgaaatgaacttcgttgctatcaaatggagggaagaaac
ctgacttgaagagagctcctatagacaacagatttctgtcaacatttcta
caactggatgggaagttacctaaaactggcctgccttcaccttcagatac
ttgaaccaaaacgttgatcataactaacacacttagcctaattcagatta
tctggacttttctgggtttgtcccctccactagctaacaatgaccattta
ctttactttgtatttacgttggagagtaagatgcggaggtagtggatgaa
ggaaaagaacagggtccatcatgctgctttgtcaagcagcagaaactcga
cagacagttcaagattttaaaccatttgtccagttgtgattcagccgata
aaacgtcatacaatcagaaagatagactctggtgcgcaatgatgtggatt
gtaagattttctatctaatcggaaagcaaatataggttgatgtgatgctg
tttcattatgacttcagaagcatcagctctgttttgtgtgtaaagcgata
cttatgggacatgaatataaattggctagccaaa
gaattcatagccacttttgccatgattctctcacctggtgtcagaccaca
gtccacgggagcttagcgttcatcatgtacataagttttcttggtcttct
tgaaatcacaactcaaagtaaaatgacgacacacaatcaccaatgaaggg
attttttttttaattgttgtttcagagttccctgtttctctttccaactg
ctgaacataatcatctatatataaagttaagataaaaagtatataatctt
catgtttaatatctcatcaacataaaaagaacaaaccaagcttgctttat
gctttagaaacctagataatgggctggatggtcaaaataggaaacattca
actcagtcagaccatgaactttttccatgatgctgaggcagtatgtattc
ctctactctgtgagccccaagctatctatgacttaatcttctgtggagct
ctcagggctacagagacagtatgcctttgaacagtcttgaacagtcggta
aggcagagaccaagtggttctctattgtctaaaatgcatagaatcacagg
tctggagacactctgatattatcttaggggccagccactggtaattccag
agccctgcctaggttcataccacaagaggtaaagccatctgaccccaggc
tttttctttttagtgtctgcttcttaggtatagtagctttctctttagta
tctgctgcttaggtatgctgcatgaatgaacacattacaaaatttaatgc
ttggggtaagtttagattatctccgtgagaaactgccaatgcaataaggt
tcagctttatggtttagtgtttgtttgtttgttgtttaaatcttttaagg
tatagaaactgaagccactggcctattttataactgaatcctactagcca
tagagtatgagactaagttacatatagacatttaaaatatagcgtagtag
actaatatgcttcaggatgcagagttaaaaccataaggcatggaaaaaat
tattttaagattattttatttatatattgtaaggacgcctgtagctgctt
ccgacacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_115753842_115754946
seq2: B6Ng01-159A09.b_47_1130

seq1  GAATTCACTTTTTAACCTTATGCTGGCCTAGAACTCATAGCAAAATTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTTTAACCTTATGCTGGCCTAGAACTCATAGCAAAATTTTC  50

seq1  TTGCCTTCTGAGTGCTGAGATTATAGGCGTGGGCAACTCTGTCCAGCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTCTGAGTGCTGAGATTATAGGCGTGGGCAACTCTGTCCAGCTCC  100

seq1  AATCAACTGTTTGATTATTGCTGGCTTCTCTTTTGCTTACGAGCCTAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAACTGTTTGATTATTGCTGGCTTCTCTTTTGCTTACGAGCCTAAGT  150

seq1  CTCAATAAGGGGCTCAGGCTTTCTTCTTCATAGTATATGGCTTAGTATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATAAGGGGCTCAGGCTTTCTTCTTCATAGTATATGGCTTAGTATTG  200

seq1  TTTCTACAATTTCCACACCATCAGATGCTGCCTTCTGGTATCATCCTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACAATTTCCACACCATCAGATGCTGCCTTCTGGTATCATCCTTAC  250

seq1  ATTTAATGAGAGACTTTTCCATTCTAGCATTTATGTCTTCCATGAGGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATGAGAGACTTTTCCATTCTAGCATTTATGTCTTCCATGAGGTAT  300

seq1  ATTTCTTCCTTCCCTTTGGTAATGGGGCTATGATTTCTATGTTGGGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTCCTTCCCTTTGGTAATGGGGCTATGATTTCTATGTTGGGAATA  350

seq1  TACTAAGCTGCGATAAAGTGACTTCAACTTAGACAATCACCATAGCTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAGCTGCGATAAAGTGACTTCAACTTAGACAATCACCATAGCTAAC  400

seq1  TATGCTGTCTGCATGGAAGACATCCAAGTTAGATTAAGGAATTTTATCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGTCTGCATGGAAGACATCCAAGTTAGATTAAGGAATTTTATCAT  450

seq1  GGAACTGCCAAATGGCTCTTTATTTACTGTATTTCCTATGTAGTAGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGCCAAATGGCTCTTTATTTACTGTATTTCCTATGTAGTAGGAAG  500

seq1  CGTTCTTGGGGTGAAATGAACTTCGTTGCTATCAAATGGAGGGAAGAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCTTGGGGTGAAATGAACTTCGTTGCTATCAAATGGAGGGAAGAAAC  550

seq1  CTGACTTGAAGAGAGCTCCTATAGACAACAGATTTCTGTCAACATTTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTGAAGAGAGCTCCTATAGACAACAGATTTCTGTCAACATTTCTA  600

seq1  CAACTGGATGGGAAGTTACCTAAAACTGGCCTGCCTTCACCTTCAGATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGGATGGGAAGTTACCTAAAACTGGCCTGCCTTCACCTTCAGATAC  650

seq1  TTGAACCAAAACGTTGATCATAACTAACACACTTAGCCTAATTCAGATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCAAAACGTTGATCATAACTAACACACTTAGCCTAATTCAGATTA  700

seq1  TCTGGACTTTTCTGGGTTTGTCCCCTCCACTAGCTAACAATGACCATTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGACTTTTCTGGGTTTGTCCCCTCCACTAGCTAACAATGACCATTTA  750

seq1  CTTTACTTTGTATTTACGTTGGAGAGTAAGATGCGGAGGTAGTGGATGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACTTTGTATTTACGTTGGAGAGTAAGATGCGGAGGTAGTGGATGAA  800

seq1  GGAAAAGGAACAGGGTCCATCATGCTGCTTTGTCAAGCAGCAGAAACCCG  850
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGAAAA-GAACAGGGTCCATCATGCTGCTTTGTCAAGCAGCAGAAACTCG  849

seq1  ACAGACAGTTCAAGATTTTAAACCATTTGTCCAAGTTGTGATTCCAGCCG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  ACAGACAGTTCAAGATTTTAAACCATTTGTCC-AGTTGTGATT-CAGCCG  897

seq1  ATTAAAACGTCATACAATCAGAAAGATAGAACTCTGGGTGCGCAATGAAT  950
      | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||
seq2  A-TAAAACGTCATACAATCAGAAAGATAG-ACTCT-GGTGCGCAATG-AT  943

seq1  GTGGAATTGTAAAGATTTTCTATCTAAATCGGAAAAGCAAAATATAAGGT  1000
      |||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||
seq2  GTGG-ATTGT-AAGATTTTCTATCT-AATCGG-AAAGC-AAATAT-AGGT  987

seq1  TGAATTGTGATGCTGTTTCCATATAATGACTTCAGAAAGCATCAGC-CTG  1049
      |||  ||||||||||||||   || |||||||||| |||||||||| |||
seq2  TGA--TGTGATGCTGTTTC---ATTATGACTTCAG-AAGCATCAGCTCTG  1031

seq1  TTTTGTGTGTAAAGCGGAAACACTTATGGGACATGAATATAAATTTGCTA  1099
      ||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTTGTGTGTAAAGCG---ATACTTATGGGACATGAATATAAATTGGCTA  1078

seq1  GCCAAA  1105
      ||||||
seq2  GCCAAA  1084

seq1: chr2_115917350_115918416
seq2: B6Ng01-159A09.g_68_1125 (reverse)

seq1  GGTGTCTGAAGACAGCTACA-GCGTACTTACATATA-ATAAATAAATATA  48
      |||||| |||| |||||||| |||| |||||| ||| |||||||||   |
seq2  GGTGTCGGAAG-CAGCTACAGGCGTCCTTACA-ATATATAAATAAAATAA  48

seq1  TCTTTAAAAATAATTTTTT-CATGCCTTATTGGTTTTTAACTTCTTGCAT  97
      ||||  ||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||   |||||
seq2  TCTT--AAAATAATTTTTTCCATGCCTTAT--GGTTTTAACT--CTGCAT  92

seq1  ACTGAAGCATATTAGTCTACTAACGCTATATTTTAAATGTCTATTATGTA  147
       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTGAAGCATATTAGTCTACT-ACGCTATATTTTAAATGTCTA-TATGTA  140

seq1  ACTTAGTCTCATACTCTATGGCTAGTAGGATTCAGTTTATAAAATAGGCC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACTTAGTCTCATACTCTATGGCTAGTAGGATTCAG-TTATAAAATAGGCC  189

seq1  AGTGGCTTCAGTTTCTATACCTTAAAAGATTTAAACAAACAAACAAACAA  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGTGGCTTCAGTTTCTATACCTTAAAAGATTTAAAC-AACAAACAAACAA  238

seq1  ACACTAAACCATAAAGCTGAACCTTATTGCATTGGCAGTTTCTCACGGAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAACCATAAAGCTGAACCTTATTGCATTGGCAGTTTCTCACGGAG  288

seq1  ATAATCTAAACTTACCCCAAGCATTAAATTTTGTAATGTGTTCATTCATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTAAACTTACCCCAAGCATTAAATTTTGTAATGTGTTCATTCATG  338

seq1  CAGCATACCTAAGCAGCAGATACTAAAGAGAAAGCTACTATACCTAAGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATACCTAAGCAGCAGATACTAAAGAGAAAGCTACTATACCTAAGAA  388

seq1  GCAGACACTAAAAAGAAAAAGCCTGGGGTCAGATGGCTTTACCTCTTGTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACACTAAAAAGAAAAAGCCTGGGGTCAGATGGCTTTACCTCTTGTG  438

seq1  GTATGAACCTAGGCAGGGCTCTGGAATTACCAGTGGCTGGCCCCTAAGAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAACCTAGGCAGGGCTCTGGAATTACCAGTGGCTGGCCCCTAAGAT  488

seq1  AATATCAGAGTGTCTCCAGACCTGTGATTCTATGCATTTTAGACAATAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCAGAGTGTCTCCAGACCTGTGATTCTATGCATTTTAGACAATAGA  538

seq1  GAACCACTTGGTCTCTGCCTTACCGACTGTTCAAGACTGTTCAAAGGCAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACTTGGTCTCTGCCTTACCGACTGTTCAAGACTGTTCAAAGGCAT  588

seq1  ACTGTCTCTGTAGCCCTGAGAGCTCCACAGAAGATTAAGTCATAGATAGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTCTGTAGCCCTGAGAGCTCCACAGAAGATTAAGTCATAGATAGC  638

seq1  TTGGGGCTCACAGAGTAGAGGAATACATACTGCCTCAGCATCATGGAAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGCTCACAGAGTAGAGGAATACATACTGCCTCAGCATCATGGAAAA  688

seq1  AGTTCATGGTCTGACTGAGTTGAATGTTTCCTATTTTGACCATCCAGCCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATGGTCTGACTGAGTTGAATGTTTCCTATTTTGACCATCCAGCCC  738

seq1  ATTATCTAGGTTTCTAAAGCATAAAGCAAGCTTGGTTTGTTCTTTTTATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTAGGTTTCTAAAGCATAAAGCAAGCTTGGTTTGTTCTTTTTATG  788

seq1  TTGATGAGATATTAAACATGAAGATTATATACTTTTTATCTTAACTTTAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGAGATATTAAACATGAAGATTATATACTTTTTATCTTAACTTTAT  838

seq1  ATATAGATGATTATGTTCAGCAGTTGGAAAGAGAAACAGGGAACTCTGAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGATGATTATGTTCAGCAGTTGGAAAGAGAAACAGGGAACTCTGAA  888

seq1  ACAACAATTAAAAAAAAAATCCCTTCATTGGTGATTGTGTGTCGTCATTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAATTAAAAAAAAAATCCCTTCATTGGTGATTGTGTGTCGTCATTT  938

seq1  TACTTTGAGTTGTGATTTCAAGAAGACCAAGAAAACTTATGTACATGATG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGAGTTGTGATTTCAAGAAGACCAAGAAAACTTATGTACATGATG  988

seq1  AACGCTAAGCTCCCGTGGACTGTGGTCTGACACCAGGTGAGAGAATCATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCTAAGCTCCCGTGGACTGTGGTCTGACACCAGGTGAGAGAATCATG  1038

seq1  GCAAAAGTGGCTATGAATTC  1067
      ||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGTGGCTATGAATTC  1058