BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162H18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 39,058,287 - 39,192,497
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpp6c, Vmn2r-ps2
Upstream geneDennd1a, LOC100040947, Lhx2, Nek6, Psmb7, LOC674251, Nr5a1, Nr6a1, Olfml2a, LOC624652, LOC100041071, 1700123D08Rik, Rpl35, Arpc5l, Golga1, A930041I02Rik, LOC100042584
Downstream genePpia-ps2_560.1, LOC100042604, Magmas-ps
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162H18.bB6Ng01-162H18.g
ACCDH955312DH955313
length7091,070
definitionDH955312|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162H18, 5' end.DH955313|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162H18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,191,790 - 39,192,497)(39,058,287 - 39,059,371)
sequence
gaattctgataagctattaatctagccctgataaagcactgctactatta
tcataaccacaagctcaaatttttagatttcctttggttgtcttctaaat
atagacttaaaagtgtttctcattgtgctaaaaaacacctgtctatatac
atctatatatatatccagtcttctggacagaggaaagaagctcttatttc
atggtttacagccatactaaaaattcaagaccaagtgagtttttgccact
tctgctccatggaaggagtctatcttccctgagcttgccttaaagagcat
tcatacttttaacccagaatagtttcctaagcttctcctatgacacaaag
gtatgagttgattgccttctctacaatatgagtttcagtacagataacaa
acaaaggtaatgctaacatgtctaaaacttacctccttttgtaaaaaatt
cttctaagattcagggaatcacttgaatctacctctcataggtcaaatgg
tctccagataagtatccttgtcaatcagcagcctatgtttccccacctac
cgcctagtcctgagggatctcttcccattccctggtatttggactcccct
acctcaactaccataaacataggcctaaaagcttcaaatgtacacttaag
aaaactttttctccctaaactccatagggattgtgtgggtgtgtataggg
gagagggtg
gaattccaggctagcctgagctacagaatgagatcctgtctcaaataaac
aaacaaatgtttcatatgccttatctgaactatttcttcccctatgagtg
ctcaggcatttaggggagggactaaggctggcagtaacactgccagaaag
gttcaaggtcaatctggccaagcagacaattccagcccatccagatccat
gtagcaaaatcctgtctcaaagttccagaatcaaagaaagaaaaaggaag
aaaaaaaaaaaaaatggtttgtgtcccatagcatttcagatttcagtttg
gggcttgaggtgtagcttcctgacaaagtgcttagtctgtatgccctggg
catgcgcccccccacataaaacaaaagtatcgaaaatctgaaactttcac
gtgtcagatccacaatctgaacttgagtgtcccagtggtgctctaagtct
cagactttacagatgatgactgggggtgtgaattttcagattagagatac
tcaattggtattatacaaaattactttcagactatatattatagataatg
tataaaaattatattttataatatataacaaaattatatattgtacatat
aaaacataactgtgtttagatttctgtcttatcctcaagaaatctcatgt
tttccaaacattccaaaatcttagcatttaggagacagccatagaaggat
catggcatcaaggcctcccaggatgacagtgacttctaggccactttggg
cctctatgtctctatggagacatcctgtcaaaaacaaacaaaaccaccaa
aagattaaggaagtaagaaagctggctagaacacaacacagcactaagga
aggtctggggatacaactcagtggcagaataccagccccagaatacatag
ggtctggattcaatcgcccacactgactaaacaagagaggagagaggcgt
gtggagggggcatgtgcagataaaccccagtgtatatgtgtacagcatca
ctttcagtagatcaggtcttatgctgattgatacatgttttgagtgacat
ccagcaatctacattttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_39191790_39192497
seq2: B6Ng01-162H18.b_47_755 (reverse)

seq1  CACCCTCT-CCCTATACACACCCACACAATCCCTATGGAGTTTAGGGAGA  49
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCTCCCCTATACACACCCACACAATCCCTATGGAGTTTAGGGAGA  50

seq1  AAAAGTTTTCTTAAGTGTACATTTGAAGCTTTTAGGCCTATGTTTATGGT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTTCTTAAGTGTACATTTGAAGCTTTTAGGCCTATGTTTATGGT  100

seq1  AGTTGAGGTAGGGGAGTCCAAATACCAGGGAATGGGAAGAGATCCCTCAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGGTAGGGGAGTCCAAATACCAGGGAATGGGAAGAGATCCCTCAG  150

seq1  GACTAGGCGGTAGGTGGGGAAACATAGGCTGCTGATTGACAAGGATACTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGGCGGTAGGTGGGGAAACATAGGCTGCTGATTGACAAGGATACTT  200

seq1  ATCTGGAGACCATTTGACCTATGAGAGGTAGATTCAAGTGATTCCCTGAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGAGACCATTTGACCTATGAGAGGTAGATTCAAGTGATTCCCTGAA  250

seq1  TCTTAGAAGAATTTTTTACAAAAGGAGGTAAGTTTTAGACATGTTAGCAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGAAGAATTTTTTACAAAAGGAGGTAAGTTTTAGACATGTTAGCAT  300

seq1  TACCTTTGTTTGTTATCTGTACTGAAACTCATATTGTAGAGAAGGCAATC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTGTTTGTTATCTGTACTGAAACTCATATTGTAGAGAAGGCAATC  350

seq1  AACTCATACCTTTGTGTCATAGGAGAAGCTTAGGAAACTATTCTGGGTTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATACCTTTGTGTCATAGGAGAAGCTTAGGAAACTATTCTGGGTTA  400

seq1  AAAGTATGAATGCTCTTTAAGGCAAGCTCAGGGAAGATAGACTCCTTCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATGAATGCTCTTTAAGGCAAGCTCAGGGAAGATAGACTCCTTCCA  450

seq1  TGGAGCAGAAGTGGCAAAAACTCACTTGGTCTTGAATTTTTAGTATGGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCAGAAGTGGCAAAAACTCACTTGGTCTTGAATTTTTAGTATGGCT  500

seq1  GTAAACCATGAAATAAGAGCTTCTTTCCTCTGTCCAGAAGACTGGATATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACCATGAAATAAGAGCTTCTTTCCTCTGTCCAGAAGACTGGATATA  550

seq1  TATATAGATGTATATAGACAGGTGTTTTTTAGCACAATGAGAAACACTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGATGTATATAGACAGGTGTTTTTTAGCACAATGAGAAACACTTT  600

seq1  TAAGTCTATATTTAGAAGACAACCAAAGGAAATCTAAAAATTTGAGCTTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCTATATTTAGAAGACAACCAAAGGAAATCTAAAAATTTGAGCTTG  650

seq1  TGGTTATGATAATAGTAGCAGTGCTTTATCAGGGCTAGATTAATAGCTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTATGATAATAGTAGCAGTGCTTTATCAGGGCTAGATTAATAGCTTA  700

seq1  TCAGAATTC  708
      |||||||||
seq2  TCAGAATTC  709

seq1: chr2_39058287_39059371
seq2: B6Ng01-162H18.g_69_1138

seq1  GAATTCCAGGCTAGCCTGAGCTACAGAATGAGATCCTGTCTCAAATAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCTAGCCTGAGCTACAGAATGAGATCCTGTCTCAAATAAAC  50

seq1  AAACAAATGTTTCATATGCCTTATCTGAACTATTTCTTCCCCTATGAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATGTTTCATATGCCTTATCTGAACTATTTCTTCCCCTATGAGTG  100

seq1  CTCAGGCATTTAGGGGAGGGACTAAGGCTGGCAGTAACACTGCCAGAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCATTTAGGGGAGGGACTAAGGCTGGCAGTAACACTGCCAGAAAG  150

seq1  GTTCAAGGTCAATCTGGCCAAGCAGACAATTCCAGCCCATCCAGATCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGGTCAATCTGGCCAAGCAGACAATTCCAGCCCATCCAGATCCAT  200

seq1  GTAGCAAAATCCTGTCTCAAAGTTCCAGAATCAAAGAAAGAAAAAGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAAAATCCTGTCTCAAAGTTCCAGAATCAAAGAAAGAAAAAGGAAG  250

seq1  AAAAAAAAAAAAAATGGTTTGTGTCCCATAGCATTTCAGATTTCAGTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAATGGTTTGTGTCCCATAGCATTTCAGATTTCAGTTTG  300

seq1  GGGCTTGAGGTGTAGCTTCCTGACAAAGTGCTTAGTCTGTATGCCCTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTGAGGTGTAGCTTCCTGACAAAGTGCTTAGTCTGTATGCCCTGGG  350

seq1  CATGCGCCCCCCCACATAAAACAAAAGTATCGAAAATCTGAAACTTTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCGCCCCCCCACATAAAACAAAAGTATCGAAAATCTGAAACTTTCAC  400

seq1  GTGTCAGATCCACAATCTGAACTTGAGTGTCCCAGTGGTGCTCTAAGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGATCCACAATCTGAACTTGAGTGTCCCAGTGGTGCTCTAAGTCT  450

seq1  CAGACTTTACAGATGATGACTGGGGGTGTGAATTTTCAGATTAGAGATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTTACAGATGATGACTGGGGGTGTGAATTTTCAGATTAGAGATAC  500

seq1  TCAATTGGTATTATACAAAATTACTTTCAGACTATATATTATAGATAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTGGTATTATACAAAATTACTTTCAGACTATATATTATAGATAATG  550

seq1  TATAAAAATTATATTTTATAATATATAACAAAATTATATATTGTACATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAATTATATTTTATAATATATAACAAAATTATATATTGTACATAT  600

seq1  AAAACATAACTGTGTTTAGATTTCTGTCTTATCCTCAAGAAATCTCATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATAACTGTGTTTAGATTTCTGTCTTATCCTCAAGAAATCTCATGT  650

seq1  TTTCCAAACATTCCAAAATCTTAGCATTTAGGAGACAGCCATAGAAGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAACATTCCAAAATCTTAGCATTTAGGAGACAGCCATAGAAGGAT  700

seq1  CATGGCATCAAGGCCTCCCAGGATGACAGTGACTTCTAGGCCACTTTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCATCAAGGCCTCCCAGGATGACAGTGACTTCTAGGCCACTTTGGG  750

seq1  CCTCTATGTCTCTATGGAGACATCCTGTCAAAAACAAACAAAACCACCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTATGTCTCTATGGAGACATCCTGTCAAAAACAAACAAAACCACCAA  800

seq1  AAGATTAAGGAAGTAAGAAAGCTGGCTAAGAACACAACACAGCACTAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTAAGGAAGTAAGAAAGCTGGCT-AGAACACAACACAGCACTAAGG  849

seq1  AAGGTCTGGGGATACAACTCAGTGGCAGAATACCAGCCCCAGAATACATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTGGGGATACAACTCAGTGGCAGAATACCAGCCCCAGAATACATA  899

seq1  GGGTCTGGATTCAATCGCCCACACTGACCAAAACAAAGAAGAGGAGAGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||   ||||||||| |
seq2  GGGTCTGGATTCAATCGCCCACACTGA-CTAAACAA--GAGAGGAGAG-A  945

seq1  GGCGTGTGGAGGGGGCATGTGCAGATAAAACCCCAGTGTATAATGTGTAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  GGCGTGTGGAGGGGGCATGTGCAGAT-AAACCCCAGTGTAT-ATGTGTAC  993

seq1  AGCATCCACCTTCAGTAGATTCCAGGGTCCTATGCTGAATTTGATTACAA  1050
      ||||| ||| ||||||||||  || |||| ||||||||  |||| ||| |
seq2  AGCAT-CACTTTCAGTAGAT--CA-GGTCTTATGCTGA--TTGA-TAC-A  1035

seq1  TGTTTGAAGTGACATCCAGCAATCTACATTTTTTT  1085
      |||||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGAGTGACATCCAGCAATCTACATTTTTTT  1070